杰斐逊成为美国总统后，性格温和的他接连实施了几项民主改革措施，深入到各个领域。人们对杰斐逊这位继任者给予了很大的期望。不过，民主改革在实施过程中阻碍重重，首先便是来自司法领域的政敌的刁难，杰斐逊用自己的手段予以还击。面对来自巴巴里海的外患，杰斐逊果断派兵进行了清剿，稳定了美国的海上贸易。而路易安娜州纳入美国版图，使这一重要的海边地带也成为美国重要的贸易港口，美国经济在稳定中逐渐腾飞。
此时，欧洲的英法战争随着西班牙支持英国，使战争的天平倒向了英国一边。胜利让英国控制了欧洲大部分海域，同样也影响了美国与欧洲其他国家的航运贸易。面对英国的侵犯，美国没有坐以待毙，而是通过封港的手段向英国的霸道行为发起了挑战。
为了民主的选举
在美法冲突的影响下，美国联邦政府内部分成两个党派——联邦党和民主共和党。在一些政策的制定及执行上，两党有较大的分歧，这为美国的发展埋下了隐患。约翰·亚当斯执政时，两党矛盾进一步激化。
联邦派为了打压共和派，于1798年颁布了摧残人权的四项法令，引发了民众的强烈不满。深受其害的民主共和党人反弹更大，两党之争也因此上升到了一个新的台阶。为了恢复民主，反抗联邦派的迫害，以杰斐逊为首的民主共和党人起草并通过了《肯塔基决议案》和《弗吉尼亚决议案》。两个法案一再强调各州要维护主权，反对联邦派制定的违宪条令，得到了各州的广泛赞同。民主共和党在人民的拥护下，影响范围在逐渐扩大，与联邦党人较量也随之进入白热化。
1800年，美国进行了新一期的总统大选，两党之争达到了有史以来的高潮。长期处于压迫地位的共和派人决定要使出浑身解数，提高党派在中央的地位。杰斐逊表示每个民主共和党人都要全力以赴，在选举中尽自己最大的努力。在纽约民主共和党成立了一个由各区领导人构成的核心会议，专门全面指挥下面各县的行动。民主共和党的势力很快遍及宾夕法尼亚和费城的每个县区。
被民主共和党提名为总统的杰斐逊因早些时期提出的治国方针和一些思想形象深入民心。此时再经过刻意的传播，杰斐逊很快取得了人民的基本认可，这为杰斐逊顺利登台做了良好的铺垫。
联邦党尽管也在为竞选积极地准备着，但党内却因为候选人的名单产生了隔阂。极具影响力的汉密尔顿极力支持查尔斯·科茨沃斯·平克尼为总统候选人，招致了在任总统亚当斯的强烈不满，双方争执不休，内部的分裂让联邦党丧失了良机。
选举并非易事，尽管民主共和党做了充分的准备，但候选人杰斐逊的选举之路并非一帆风顺。本应占据优势的杰斐逊在1800年12月的正式选举中，以相同的票数与联邦党候选人伯尔打了个平手。联邦党派由于亚当斯在竞选中失利，变得意见统一，全党开始全力支持伯尔，希望伯尔能够阻止杰斐逊成为美国总统。在接下来的投票过程中，双方一直处于持平状态，胜负难分。直至第36轮，杰斐逊才以略微的优势险胜伯尔，成为新一任美国总统。
归根结底，杰斐逊在选举中取胜不能仅仅归结于他“借力”于联邦党人的分裂，更重要的是杰斐逊的治国方针得到了美国民众的认可和支持。杰斐逊选举中提出的新政府设想在拉拢选民上起到了重要作用。杰斐逊提出建立分工更为明确，程序清晰政府机构的构想，废除了繁重冗杂的行事方式和礼节，吸引了民众的注意力。此外，资产阶级出身的杰斐逊制定的经济政策，兼顾了农业和商业的发展，减轻民众负担，获得了底层人民的支持。
在就职演说中，杰斐逊首先分析了民主共和党和联邦党之间的矛盾，反复重申大家都是美利坚的子民，为了祖国的美好未来，双方应当摒弃前嫌，握手言和。任何想要分裂政府、解散联邦的人，他会毫不保留的同他们斗争到底。在以后的任职期间，杰斐逊也的确做到了这点，授予了联邦党人很多重要的职位，同时要求共和党内其他领导人团结联邦党，为两派的顺利融合做了很大的贡献。
杰斐逊在1800年总统选举中取得的胜利在美国具有划时代的意义，他是开创了美国总统兼任执政党领袖的先例。当年美国两党之间权利的交接也是美国史上首次一个政党向两一个政党的和平移接，这一事件标志着美国政治生活中政党制度的初步形成。此后，美国联邦党进入衰退期，民主共和党登上了在美国历史舞台上，并开始了为期24年的执政时期。
温和总统杰斐逊的改革
新当选的总统托马斯·杰斐逊被称为美国历史上最温和的总统。一上台，他便审时度势地展开了一系列民主改革措施。杰斐逊认为如果想要联邦政府的工作变得有条不紊，必须将权力集中在一个能够在限定权力范围内灵活运用各项权力，并在遇到问题时能当机立断采取行动的人。因此杰斐逊先从政府的工作秩序开始进行整顿。
他恢复了华盛顿时期的工作程序：凡是经过总统审批的文件，在获得总统签署后交给各部门进行办理；各个部门分内的事情都要由部长经过总统审批之后，才能交到手下实施。特别重大的问题都先开会进行讨论，再开始执行。为了处理事情更加高速高效，杰斐逊废除一些繁琐的接见外宾的礼仪，在穿着上也要求尽量简单、朴素。除此之外他还取消了一年一度的国会开幕式演讲，以文书的形式取而代之，同时每天早上开放总统的官邸供游客参观访问。
对于普通民众来说，杰斐逊是一个为他们谋福利的总统。杰斐逊十分观众普通民众的生活状况，他提倡用节约的方式代替税收，实行了将近十年的国产货物税被废除。同时他还主张扩大白人男子的选举权。马里兰和南卡罗莱纳等州在杰斐逊时期颁布了新的州宪法，废除了选民的财产限制。
为了扩充民主思想在宪法中的影响力，避免联邦政府的总统和副总统最后由国会中少数人决定任命的状况，杰斐逊补充修改了第十二条宪法修正案，规定了投票选举正、副总统的方式。美国宪法还规定了在1808年之前不得私自干涉奴隶贸易。在第二任期的时候，杰斐逊颁布了《禁止奴隶贸易法令》，使宪法中规定的1808年作为最后期限得以实现。虽然这一次宪法修正案遭到国内支持奴隶制度的人员的干涉和阻挠，但它还是顺利地通过施行，在法律上对奴隶制度做出了限制。
杰斐逊在任期内还对土地政策进行了一些调整。1796年联邦党政府颁布的土地法提高了地价，这在当时引起了轩然大波。为了平息民间的非议，国会不得不重新制定出土地政策，在1800年5月颁布了一项新的土地政策，做出了一定的让步，将原有的每个人最低购买土地的数量从640英亩降到了320英亩，还允许一些资金不充裕的人进行赊购，但是土地的单价仍然保持在每英亩2美元。
杰斐逊还鼓励对西部进行开发，1804年的土地法规定每个人一次最少购买土地的数量下降到了160英亩，价格也下降到了每英亩1.64美元，这些优惠的政策让大量的人口拥向这些西部的新地区，西进运动就此展开。1808年杰斐逊政府颁布的新土地法令对赊购土地的人进行优惠，将最后还款期限从四年延长到了五年。杰斐逊的土地政策收到了不错的效果，土地出售从1800年的6.7万英亩增加到了1818年的350万英亩。
杰斐逊另一项民主化改革的措施是废除亚当斯的摧残人权法令。1801年12月杰斐逊针对《归化法》在国情咨文中说道：“拒绝给予住满十四周年的人以国籍的待遇，也就是对有此意向的大多数人表示反对……不管是谁，只要他表现出愿意永远和我们共呼吸共命运的诚意，不是就可以确实取得一个公民的资格吗？”