密码学在欧洲的发展，于中世纪时期遭遇了一个瓶颈时期。古希腊遗存下来的密码思想成为欧洲人主要使用的密码体系。
公元800—1200年之间，阿拉伯人在密码方面取得了巨大成就，特别是公元9世纪，阿拉伯的密码学家阿尔·金迪提出了解密的频度分析方法。这是密码学上的一个重要成就。当时的欧洲人仍在使用最基本的密码。
在欧洲，只有修道院里的修士还在研究密码。他们钻研圣经，寻找里面“隐藏”的信息。
这种传统与圣经的古本有一定关系。事实上，《旧约》中确实蓄意包含了一些明显的密码信息。例如，旧约中的有些文字是用埃特巴什（atbash）加密的。
埃特巴什是一种传统的希伯来替代编码，其方法为，对每一个字母X，找到他在字母顺序表中的位置，然后从字母顺序表的尾部往前数同样数目的字母，找到相应的字母Y，用后一个字母Y作为X的替代码。在英语中，这意味着用Z替代A，用Y替代B，以此类推。
埃特巴什密码是由熊斐特博士发现的。熊斐特博士为库姆兰《死海古卷》的最初研究者之一，他在《圣经》
历史研究方面最有名气的著作是《逾越节的阴谋》。他运用这种密码来研究别人利用其他方法不能破解的那些经文。这种密码被运用在公元1世纪的艾赛尼/萨多吉/拿撒勒教派的经文中，用以隐藏姓名。其实早在公元前500年，它就被抄经人用来写作《耶利米书》。
埃特巴什码的系统比较单纯，但是加密往往会将人的思路引到恺撒或者维吉尼亚密码之类上面。《旧约》中发现的一个密码与这同样简单。在《耶利米书》第二十五章第二十六节和第五十一章第四十一节中，先知为通天塔写了Sheshach。希伯来文第二个字母（b）被倒数第二个字母（sh）所取代。第十二个字母（l）被倒数第十二个字母（ch）代替。（这些元音次序错乱，但在希伯来文中，元音不大重要。）这种密码被称为Ath—bash—一个由希伯来文第一个字母（a）、最后一个字母（th）、第二个字母（b）和倒数第二个字母（sh）组成的单词。
熊斐特博士于《艾赛尼派的奥德赛》一书中描述他如何对圣殿骑士们崇拜的鲍芙默神痴迷，又如何用埃特巴什码分析这个词。令他惊奇的是，破译出的词“Sophia”为希腊语中的“智慧”。
在希伯来语中，“Baphomet”一词拼写如下—要记住，希伯来语句必须从右向左读：
〔taf〕〔mem〕〔vav〕〔pe〕〔bet〕
将埃特巴什码用于上述字母，熊斐特博士得到如下结果：
〔alef〕〔yud〕〔pe〕〔vav〕〔shin〕
即为用希伯来语从右向左书写的希腊词“Sophia”。Sophia的词义为“智慧”，同时它还是一位女神的名字。许多人据此相信，圣殿骑士崇拜这位女神。
分析《圣经》中使用埃特巴什码的用意，与其说是用来隐藏信息，还不如说是为了增加其神秘性。但就这，已经足够激起人们对密码学足够的兴趣。最起码，圣殿骑士们通晓埃特巴什码的事实，表明圣殿骑士中间有些人来自一个拿撒勒教派。
圣殿骑士团与历史上的“十字军东征”有直接关系。1096年，十字军攻占圣城耶路撒冷，很多狂热的欧洲人前往耶路撒冷朝圣。
当时十字军的主力大部分已经返回欧洲，朝圣者在路上常会遭到沿途强盗的袭击。为了保护朝圣者的安全，法国贵族HuguensdePayns和其他八名骑士建立了圣殿骑士团，以保护欧洲的朝圣者。
圣殿骑士团成员有严格的规定，加入组织时要发誓遵从修会的三大规定：守贞、守贫、服从，还要发誓保护朝圣者，这是他们作为圣地的军事修会与一般的修会相区别的地方。
在宗教的名义下，加之朝圣者对圣殿骑士的崇拜，圣殿骑士在成立之初就取得了重大的成功，并在特洛伊会议后，迅速地接收了大量的新成员以及财物捐赠。很快的，圣殿骑士团在法兰西、英格兰、苏格兰以及伊比利亚半岛拥有了大量财产。
在意大利、奥地利、德国、匈牙利和君士坦丁堡也拥有土地及生意。就连当时的法国国王也嫉妒他们的财富，正如一本书中所描述的那样：圣殿骑士已将自己建成为“在基督王国里最富有和强大的组织”，“只有教皇统治是唯一的例外”。随着圣殿骑士团的不断发展，这个组织有了自己的法庭，拥有与教会一样巨大的庇护权。
它有自己的市场和定期集市，并在议会中有自己的代表。也许很多人并不知道，现代意义上的银行就是由这个组织建立的。圣殿骑士拥有巨大的财政和政治权力，定期把货币和物资从英格兰运往巴勒斯坦。在此基础上，它发展出了一套有效的、几乎所有欧洲君主和贵族都使用的银行系统。正是在他们的部分银行系统中产生了骑士团的第一个“密码”。为了不必再随身携带大量现金，骑士团成员还设计了一套用特殊方法做成的表示信用的借据系统，这就使得钱可以存在一个地方，借据则可转到世界的另一个地方并当场兑现。正是在这个庞大的银行信用体系中，骑士团成员发展出了一系列只有他们自己才能知道的各种复杂的密码。历史告诉我们真相，那些圣殿骑士前往东方并不是为了寻找所罗门的宝藏和耶稣基督的秘密，而是为了大量的金钱与货物贸易。
频度分析解码方法
代换式密码的缺点是可以通过分析每个符号出现的频率而轻易地被破译。在每种语言中，冗长的文章中的字母表现出一种可对之进行分辨的频率。例如，e是英语中最常用的字母，其出现频率为八分之一。频率分析法还可以用来对单词中的字母的位置及其组合进行分析。例如，全部英语单词中有一半以上是以t，a，o，s或w开头的。仅10个单词（the，of，and，to，a，in，that，it，is和I）就构成标准英语文章四分之一以上的篇幅。
玛丽女王死于密码被破之谜
观点：她出生仅六天，就成为了苏格兰女王；她是虔诚的天主教徒，死后封为圣徒，跻身耶稣会殉难者之列；她美貌与才华都格外出众，却成为宫廷斗争的牺牲品；她本有可能当上英格兰女王，却以“叛国罪”的名义被斩首—充满传奇色彩的玛丽女王，最终死在一封被破译密码的书信上……
玛丽·斯图尔特1542年12月8日出生在苏格兰林立思戈宫，她是苏格兰国王詹姆斯五世和法国王族吉斯玛丽的独生女。出生之后6天，其父詹姆斯五世就死于霍乱。1543年，一岁大的玛丽在斯特灵城堡加冕为苏格兰女王。由于年纪幼小，苏格兰王后，法国吉斯公爵的妹妹玛丽·德·吉斯代为摄政。
1548年，英国国王亨利八世开始他的“粗暴求爱”，利用军事行动施压，代儿子向玛丽求婚。苏格兰贵族会议所早就有既定的联法攻英的方案，于是玛丽女王被迅速送到法国宫廷，成了法国皇太子的未婚妻。法王亨利二世和凯瑟琳·德·美第奇王后非常喜爱她，给了她无微不至的照顾和最好的教育。玛丽女王17岁那年，正式与同龄的法国皇太子弗朗索瓦成婚。同年，亨利二世死在一次骑士比武大会上，弗朗索瓦成了法国国王，玛丽则成了法国王后。
1560年，一直体弱多病的弗朗索瓦二世因耳部感染引起的脑病变在奥尔良去世，年仅16岁。孀居的玛丽王后结束了在法国的生活，回到了家乡苏格兰。
玛丽回到苏格兰后，欧洲各皇室及苏格兰宫廷内部的各种纷争搞得她焦头烂额，但玛丽不是一个柔弱的普通女子，1565年7月，她选中了新的夫婿—表兄亨利·斯图尔特·达恩利爵士。这位英俊年轻，风度潇洒的爵士有着玛丽更为看重的资本：亨利可以在伊丽莎白死后继承英格兰王位（条件是伊丽莎白没有后嗣）。
然而，玛丽女王这一次看走了眼。婚后不久，玛丽就发现亨利是个好色成性的浪子，并且其吃醋的功夫纯属一流。他大肆打击女王的宠臣们，尤其是女王的意大利籍秘书大卫·里奇奥，甚至还纠合苏格兰贵族当着女王的面杀害了里奇奥。玛丽女王决计除掉他，1567年2月9日，达恩利勋爵被发现死在了爱丁堡柯克欧菲尔德宫的花园里，尸体有明显的被人掐死的痕迹。
人们认为这是女王的情人博斯韦尔伯爵所为，但女王纠合了一群支持自己的贵族组织了一次虚假的审判，结果是伯爵本人无罪释放。
1567年5月15日，女王和博斯韦尔伯爵在圣十字架宫成婚。这次不得人心的婚姻激怒了苏格兰贵族们，他们开始公开反对玛丽一世的统治。尽管玛丽打算做出一些让步，但最终还是被囚禁在列文湖畔的城堡里。王位传给了她和达恩利勋爵的儿子詹姆斯，玛丽的同父异母兄弟、马里伯爵詹姆士·斯图亚特摄政。
1568年，玛丽寻找机会，成功从列文湖城堡逃了出去，她组织了几次未遂的军事政变，但在兰塞德战役中损失了全部的军队。穷途末路的玛丽被迫逃到英格兰，寻求伊丽莎白一世的庇护，希望能说服伊丽莎白帮她夺回王位。不料，玛丽不仅没有得到帮助，反而被伊丽莎白软禁在卡莱尔城堡。伊丽莎白一世之所以这样做，有着不得已的苦衷。
一方面，看到与自己有亲戚关系的女王被人从王位上赶下来，她感到很不安。另一方面，为玛丽夺回王位，就必须与在苏格兰境内的亲新教、亲英格兰的派别交战，这是伊丽莎白不希望看到的。
就在这里，囚禁中的玛丽女王与伊丽莎白一世展开了近20年的明争暗斗。这是欧洲历史上非常著名的史实，整个过程跌宕起伏，简直就像一部小说。
我们都知道，玛丽女王的曾外祖父是伊丽莎白的爷爷亨利七世，两位女王有血缘关系。当时的苏格兰从属于英格兰又有相对的独立性，伊丽莎白一世必须要谨慎处理这层关系。她软禁了玛丽女王，一方面安抚了苏格兰的亲新教的那帮盟友，一方面也是变相保护了玛丽，这样就不会得罪国内信奉天主教的人，使他们不至于采取极端措施。
当时的英格兰，新教与天主教的斗争正呈白热化的争斗局面。众所周知，伊丽莎白一世的父亲亨利八世与教皇关系紧张，甚至已经到了水火不容的敌对状态。亨利八世死后，其长女、伊丽莎白的姐姐玛丽一世，登基成为英格兰女王。
玛丽一世是个极其虔诚的天主教徒，她登基后努力把英国从新教恢复到罗马天主教，为此，她曾处决了差不多三百个反对者，而被历史称为“血腥玛丽”（BloodyMary）。伊丽莎白一世登基后，颠覆了其姐姐的政策，开始扶持新教势力。因为根据天主教的教规，伊丽莎白是亨利八世的私生女，无权继承王位。
与苏格兰女王玛丽相比，伊丽莎白一世欠缺美貌与罗马教廷的支持。但是，这位沉默寡言的女王有着难以想象的城府与意志力。她借助国内民众的支持，不断镇压天主教徒组织的一次又一次武装叛乱。而被她软禁的玛丽，则成为其手中的一枚棋子。事实上，伊丽莎白一世对玛丽有着足够的戒备心，尽管后者一直被严密封锁在卡莱尔城堡里。
按照亨利八世的遗嘱：他死后，由独子爱德华和他的后代继位；如果爱德华没有后代，爱德华死后由玛丽和她的后代继位；如果玛丽没有后代，玛丽死后由伊丽莎白和她的后代继位。伊丽莎白一世登基后，爱德华与玛丽一世都没有子嗣留下，如果伊丽莎白一世再没有后代，那玛丽有当然的承袭英王王位的权利。玛丽女王的血统就来自玛格丽特·都铎，她的母亲吉斯玛丽与亨利八世是亲姊妹关系。至于罗马教廷，由于她的父母是按新教教规结婚的，教廷早就宣称伊丽莎白一世没有资格当英国女王，而应该由玛丽女王承袭。
当时的伊丽莎白一世已经打定主意独身，欧洲各皇室向她求婚的皇族有许多，其中就包括她的前姐夫，西班牙的菲利普国王，以及她的宠臣莱斯特伯爵。伊丽莎白一世知道，许多人追求她只是觊觎英王王位，而要找到一个门当户对又信仰新教的夫君，并不是一件容易的事。不想结婚的伊丽莎白也没有指定自己的继承人，因为她明智地认识到假如她指定一个继承人的话，她的地位会被削弱，而且这一举动可以给她的敌人方便，他们有可能利用继承人来反对她。
一直遭软禁的玛丽并没有甘心老死在城堡中，她不断与欧洲各国同情她的各种势力通信，其中就包括她曾经嫁过去的法国皇室。聪明的玛丽女王为了掩人耳目，在书信中使用了许多密码，这些密码属于凯撒密码（Athbash）系统，与明文相对应的密码符号都是按照某种模式编制的。不幸的是，当时的英国王室中有精通密码的人才。当时的首席大臣弗朗西斯·沃尔辛厄姆受命监视玛丽女王的一举一动，并且此人精通频率分析。玛丽女王的信件事先都被他看到并判读，那些隐藏在字里行间的秘密几乎都被他截获。同样的，外界送给玛丽女王的密码也逃不过弗朗西斯·沃尔辛厄姆的眼睛。
伊丽莎白一世对玛丽女王的行为一直了如指掌。英国女王对这些天主教势力与玛丽的预谋时刻保持着警惕，直至到最后无法容忍。
弗朗西斯·沃尔辛厄姆告诉女王，他破译出玛丽阴谋暗杀伊丽莎白女王以便继承她的皇位。
1586年8月15日，玛丽女王因叛国罪被审判，她被指控密谋刺杀伊丽莎白女王并取而代之成为英国新女王。
伊丽莎白的首辅大臣弗朗西斯·沃尔辛厄姆已经逮捕了其他的同谋者，逼供并处决了他们。最后，法庭以叛国罪成立判处玛丽极刑。
1587年2月8日，玛丽女王在弗斯利亨城堡被处决。传说玛丽临刑前镇定自若，看上去就像去赴宴而不是去赴死。刽子手砍了三次才把玛丽的头颅斩下，当把玛丽女王冷峻的头颅展示给众人的时候，人们惊愕的发现女王的嘴还在喃喃的动。
此后，关于玛丽女王的历史评价有许多版本，这名虔诚的天主教徒在死了400年后的今天仍然拥有众多粉丝和崇拜者。尤其在苏格兰人眼中，玛丽女王更像一个悲剧中的女英雄而不是统治者。玛丽的英国国王的梦想最终在她的儿子身上实现—1603年，她的亲生子、苏格兰的詹姆斯六世继承了童贞女王伊丽莎白的王位，成了名副其实的英国国王。从这个意义上说，玛丽最终与伊丽莎白一世打了个平手。而使得她最终丧命的密码破译的事实，成为西方现代密码历史的开端。
亨利八世
亨利八世为英国都铎王朝第二任国王。亨利八世推行宗教改革，将新教引入英格兰。他通过一些重要法案，使英国教会脱离罗马教廷，自己成为英格兰最高宗教领袖，并解散修道院，使英国王室的权力因此达到顶峰。这位娶过6任老婆的国王有两个著名的女儿：玛丽一世和伊丽莎白一世，后者当上英国女王后开创了英国的“黄金时代”。