突然，天地之间发生了一场来历不明的大洪水，近千米高的浪涛吞没了平原、谷地上的一切生灵，只有少数人在荒凉的高原或高山顶上幸免于难，此前人类拥有的一切文明都毁于这场洪水，包括医学。
洪水退去，幸存的人类从高山走下平原，他们在往日的废墟上找到了许多遗留下来的文明成果，当然也包括医学。但幸存的人类并非洪水前的精英，他们是一些比较落后的牧羊人，本身并没有多少文化。因此，尽管他们找到了以前高深的医学，由于理解不了，也无法实际应用。但病魔并不体谅人类的苦衷，在洪水过后的废墟上，它们四处为虐，侵蚀着这些幸存者的生命，人类面临又一次的毁灭。
创造过洪水前高度发达文明而又已经离去的“神”（天地分离中的天），不忍心看着人类毁于病魔，不得不再一次光临地球，向被病魔折磨的人类传授医学知识，讲授人体生命结构形式。那些洪水幸存者——以山为名的部落派遣最精明的人，向这些神学习医学，并将这些知识用口传历史的方式记录下来。
又过了若干年，人类开始有了自己的文字，他们要做的第一件事，就是将记忆中的知识笔录下来，然后经过汇总，最后形成了两部书——《易经》和《黄帝内经》（当时这两部书有无数版本，分别属于不同的部落），它们都是关于人类生命的最高认识，《易经》是人体生命结构的符号模式，《黄帝内经》则是这套符号模式的理论解释和实际操作。
也许有人会说：大洪水是全人类的一件大事，史前民族几乎都有关于大洪水的记载，为什么洪水过后“神”只将医学传给了中国人呢？其实这是个误解，接受传授的民族绝非中国一家，但唯有中国在漫长的历史中将其完整保留。
以上假设，是一个合理的推论，它是目前中医起源问题上的全新观点。让我们试着用此观点去解决中医起源中的相关问题。
我们有一个观点：人类历史上存在两个文明体系，一个是史前文明体系，它的来源正在进一步研究当中；另一个则是人类自己创造的文明，习惯上我们将它称为物质文明。这两个文明体系，在对世界的基本认识上差别很大，分别从不同的角度来认识我们所处的世界和我们自己。由于基本认识的不同，所采取的改造世界的方法、手段也不同。中医学是史前文明的医学体系，而西医学则属于物质文明的医学体系。
也就是说，大洪水之后我们刚接触中医时，它就是一个相当完整的医学体系，但由于当时没有太多的时间，也由于洪水中的幸存者们太落后，无法全部接受所传授的知识。怎么办呢？这些传授者并没有手把手教给人类中医的实际操作，而是重点传授中医的理论部分和实用的针灸技术，以期人类能够在今后自己感悟理论的基础上，创造实践。这就是中医理论水平与实际操作水平脱节的原因。
为了便于人类的实际应用，传授者使用某种极先进的仪器，对自然植物进行扫描，编制了一个比较详细的目录，这就是最早的《本草》。故古史记载：“神农以赭鞭鞭草木，始尝百草，始有医药。”
人类虽然得到了十分高深的医学，但一直对它的理论部分理解不透（直到今天我们也没有完全读懂中医的理论，以至有人要废除中医理论，只保留可操作的中药和针灸），所以在漫长的几千年里，中医理论一直被束之高阁，不被人们注意。人们急功近利，在中医大原则的指导下，不断摸索中药治病的方法，居然很有心得。这反而促使中医理论更加不被注意。这就是为什么在春秋以前看不到中医资料的重要原因。但中国人在尊祖敬宗的传统下，虽然理解不了，还是将它妥善保存。
《黄帝内经》成书推测
既然中医著作一直在民间流传，为什么《黄帝内经》的成书却在战国时期呢？我们认为，这与当时世界文化的大背景是相符的，《内经》只能成书在此时，而不能成书在这以前。
公元前500年前后（这只是一个大致的历史时段），全世界莫明其妙地经历了一场思想大爆炸，一些影响人类几千年的哲学、社会、伦理思想好像突然冒出来的一样，一大批名垂千古的思想家产生了，如中国的孔子、老子、墨子，古希腊的苏格拉底、亚里士多德……印度的佛陀……当时世界各国的学术异常活跃，中国各诸侯国都在设立学校，一些能言善辩之士到处游说国君，苏秦一人竟然能兼任好几国的宰相；印度也是到处开辩论会，辩论的主题大多属于宗教神学或者哲学；古希腊各城邦小国也给那些苦思冥想的哲学家、自然科学家提供了优越的环境，所以脱离实际的哲学、数学、物理等才能取得惊人的成绩。为什么会发生这场思想大爆炸呢？目前的学术界还没有一个合理的解释。
我们这样设想本次思想大爆炸与《黄帝内经》成书的关系：
虽然，我们的祖先手里有一套高深的医学，但在很长时期内，由于理解不了而被束之高阁。历史发展到了春秋战国时期，渐渐聪明起来的中国人，结合几千年的人类实践，开始整理、继承史前文明的成果。于是，中国一下子冒出了一大批令后人望尘莫及的学者，他们号称“先秦诸子”，洋洋洒洒写出了许多冠绝千古的文章，奠定了中华文明的基础。而他们的成就都是从史前文明中得到的灵感，比如说，孔子创造的儒家与老子创造的道家尽管表面有差异，但他们实际都来自一个文明原点，可以说都出自《易经》，所谓的差异不过是继承中的不同理解而已。
这场思想大爆炸，出现了一个影响巨大的成果，那就是“阴阳五行哲学”的建立，这套哲学理论其实也脱胎于《易经》和《黄帝内经》。它既是理解史前文明的一把钥匙，也是隔绝史前文明的一个障碍。从此以后，人类告别了史前文明的规范，走上了独立发展的道路，开始建造令人们吃惊的物质文明体系。
因此，《黄帝内经》的成书，必然在“阴阳五行哲学”建立之后，人们用自己悟出的哲学体系，再回头去整理、继承不同版本的中医著作。直到此时，人们才开始注意古老的中医理论，它的各种版本才会出现在文献当中，这就是为什么所有中医著作都出现在这个时期的原因。又用了大约几百年的时间，人们才疏理完毕，最后形成了今本《黄帝内经》。正因为如此，今本《黄帝内经》中有一些后人理解添加的东西，它们可能是对的，也可能是完全错误的，而后一种可能性更大，如“九宫八风”说等。