其次，中医有些人体器官的位置与解剖学明显不符。
几千年人体解剖的经验告诉我们，肝在腹部的右方，这是千真万确的。但中医却告诉我们：现代解剖学讲得不对，应该是“左肝右肺”。明朝大医学家朱溪丹曾有一个治疗肝病的方子，名字就叫“左金丹”。
另外，中医发现了比西医更多的脏器关联。
现代解剖学在证实器官位置的同时，也在证实器官间的关联，比如心脏与肝脏就有密切的关系，胃与大、小肠也有密切的关联。器官的位置与器官间的联系，构成了现代医学的基础。中医里的器官联系比西医多得多，绝大部分超出了现代科学研究的范围，我们举个例子：
一个人出现便秘，痛苦不堪，于是他来到医院求治，无意中碰上一个中医、一个西医。接下来的对话就很有意思了：
西医说：便秘嘛好治，不就是大便太干燥吗？可以搞进去些润滑的东西，就如同汽车上润滑油一样。要不还有一个更简单的办法，用手去抠吧。
中医说：你这是肺火太大，我给你开个方子，清清肺火就好了！
西医对中医说：弱智！解剖学告诉我们，肺与大肠分属于两个不同的系统，肺是呼吸系统，而大肠则属于消化系统，它们根本没有关系，你清肺怎么能治疗便秘呢？
中医对西医说：你真是不学无术！《黄帝内经》上明明写着：“肺与大肠相表里”，怎么能说没有关系呢？我清肺治便秘，那是治根。你润肠或手抠，那是治表。
结果可以想象得到，这个人的便秘治好了。但这个例子却说明了一个问题，中医学从另一个角度，发现了人体器官间更多的关系。
类似的例子在中医里绝非孤证，而是比比皆是，比如眼病治肝，鼻咽病治肺，口腔病治心治脾，等等。其中最典型的是耳病治肾。
耳与肾相距甚远，一个在上，一个在下，而且解剖学也没有发现二者之间有什么联系。但中医却认为“肾开窍于耳”，肾与耳关系密切。这个结论对不对呢？从上世纪60年代以来，随着西医学的进步，人们发现了一个奇怪的现象：肾炎和肾功能衰竭者常有爆发性耳聋的情况，肾透析、肾移植的人也常会出现听力障碍。此外，患有骨骼病的患者常有先天性耳聋；先天性肾功能不全或者障碍者中先天性耳聋的比例特别高。
药物反映也证实了以上的发现，例如，耳毒性药物大多具有肾毒性，如链霉素、庆大霉素等，这些药物的使用已造成无数耳聋的病例；同样，利肾的药物也多数有利于耳，如中药泽泻为利尿良药，但它同样可治内耳眩晕症。
中医与现代科学格格格不入的地方简直太多太多了。例如，中医是一种捆绑式的医学，将一切关于医疗的方面，涉及内科、外科、心理等等，统统捆绑在一起，这与西医的理论原则、组织原则根本不同。
再比如说，西医学讲究定量，它将生命的许多现象最终变成了一大堆数字，比如血压就是我们最常见的数字，低压60-90，高压90-140为正常。甚至肥胖也出现了肥胖指标，指数18-25属正常，25以上属于肥胖，肥胖指数=体重/身高的平方。当我们拿到西药时，关于成分标注得很清楚，这个含量多少毫克，那个多少毫克。此外还有血糖数量、尿检数量、血检数量、体温等等。而中医恰恰是无法将生命数字化的医学，它不重视数量，而重视现象。当中医诊断说心血不足的时候，它所依据的不是血液流量或血压；当开出一剂药方的时候，也没有办法统计草药中的各种化学成分，因为一味草药的化学成分少则几十种，多则几百种，一个复方中往往是几味、或十几味草药。
中医在许多方面都与现代医学格格不入，对科学而言，这是最大的侵犯，是“异己”分子，除了否定它，似乎再没有别的路可走。
科学不能解释爱情
其实，最最让现代科学无法接受的还是中医理论。现代科学看中医理论，就像地球人看外星人，怎么看都没有一点相似之处，它们的差别竟大到如此地步：它们是水火两极，如果承认了中医的理论，必然要修改现代科学的基本原则。