巴赫可称得上是“管风琴之王”。管风琴是巴赫一生的主要创作工具，也是最能体现他演奏艺术的乐器。巴赫生前作为一个管风琴演奏家的名气远远超过了他作为作曲家的声望。巴赫首创了五指并用的管风琴演奏技巧（此前的音乐家很少用拇指触键），并高度发展了运用踏板的技巧。
1714 年年底，巴赫访问了卡塞尔城，为弗里德里希亲王演奏了管风琴，引起了轰动。时隔多年后，有人这样回忆当时的情形：“他的脚在踏板上飞行，仿佛是长了翅膀一样，使得声音像暴风雨中的雷鸣闪电一样在回响。亲王脱下手指上的戒指赠给了他。试想，如果巴赫熟练的脚也得到这样的赠予，那么亲王又将以何物去奖励他呢？”
一位著名音乐家在巴赫逝世后这样评价他：“就像希腊只有一个荷马，罗马只有一个维吉尔，德国也只有一个巴赫。无论是在作曲艺术或管风琴和羽管键琴的演奏上，全欧洲迄今还没有人能与他相比，将来也不会有人能超过他。”
有一次，巴赫在一个乡村教堂里，用简陋的管风琴弹奏出了惊人的美妙的音乐时，一个老乐师听完以后，对眼前这位非凡的陌生人说：“您如果不是伟大的巴赫，就是一位来自天堂的天使。只有他有这样的技艺！”