乾隆年间，清王朝政治经济正臻全盛时期，由于清廷大兴文字狱，大批知识分子学术回避现实，不敢议论朝政，转而将精力放在研究儒家经典之上，对古籍经书进行了训释、校勘和辑录佚文的工作，取得了很大成就。大批学者遵循汉儒考据方法研磨经典，深感有将古今著作汇为总集以便检阅之需要，这就提出了大规模搜集和贮藏古代图书的要求。而乾隆帝又为了加强文化统治，因势利导，准备编纂一部空前规模的大丛书，于是在乾隆三十七年（1772年）正月初四，乾隆帝敕令各省搜集历代及清朝人的著作，准备编修《四库全书》。次年二月，成立《四库全书》馆，馆址设在翰林院内，并在武英殿设缮书处，任命皇室郡王及大学士16人为总裁，六部尚书及侍郎为副总裁，下设总纂官、总阅官、总校官等300余人，如纪昀、戴震、邵晋涵、周永年、翁方纲、刘统勋等人，可谓人才济济，群贤毕至。他们分工明确，各司其职：纪昀为总纂官兼管集部，经部由戴震负责，史部为邵晋涵，子部以周永年为主，另外配缮录人员达3800余人。历时10年，于乾隆四十六年（1781年）十二月综编抄录成第一部《四库全书》。其后分抄六部，连同第一部分别庋藏在全国七座藏书楼中：承德避暑山庄之文津阁，圆明园之文源阁，紫禁城内文华殿后之文渊阁，盛京（今辽宁沈阳）故宫之文溯阁，称为“内廷四阁”；又有扬州文汇阁、镇江文宗阁、杭州文澜阁，称为“江浙三阁”；合称“南北七阁”。乾隆五十二年（1787年），最终完成《四库全书》编纂和缮写校订工作。
《四库全书》共收书3503种，79557卷，分经、史、子、集四部，44类，65属。经部收录儒家经典，注释与研究经学的著作，以及治经、解经、训诂的小学之书，下分10类：易、书、诗、礼、春秋、孝经、五经总义、四书（《论语》《孟子》《大学》《中庸》）、乐（古代的《乐经》已失传，此类收录关于古代音乐理论和古乐器的著作）、小学（研究字义、字形和音韵的著作）。史部收录各种体裁的历史、地理及目录书等，下分15类：正史、编年、纪事本末、别史、杂史、诏令奏议、传记、史钞、载记（记载割据一方的王朝或外国历史的著作）、时令、地理、职官、政书、目录、史评。子部收录先秦以来诸子百家和佛教、道教著作，下分14类：儒家、兵家、法家、农家、医家、天文算法、术数（占卜吉凶的书）、艺术、谱录（器物、生物、植物、食品等图谱或辞典）、杂家、类书、小说家、释家、道家。集部收录历代诗文集以及文学评论、词曲方面的著作，下分5类：楚辞、别集、总集、诗文评、词曲。每册书的封面用黄绢质地，经、史、子、集四部用绿、红、蓝、灰四色加以区别，代表春、夏、秋、冬四季之意。内页则用坚白太史连纸和开化榜纸。每册卷首钤有白文“古稀天子之宝”章，卷未钤有朱文“乾隆御览之宝”章。每若干册贮存在一个楸木匣内，是为一函，函面上刻书名，函内的书用香楠木片夹起并用绸带束缚，函面的字、绸带与绢面的颜色统一。这样不但可以防霉、防虫，而且在形式上也极其整齐美观，有着极高的艺术价值。
《四库全书》的主要来源有四个方面：一、政府藏书，即内府本，包括武英殿等内廷各处藏书；二、清代皇帝的著作和奉皇帝命令纂修的书籍；三、公私进呈的图书，包括各省采进、私人进献和通行的书籍；四、从《永乐大典》中辑录的佚书。收入《四库全书》的各书，书前都撰有一篇提要，介绍作者生平、主要内容、学术源流、版本流传，间或考辨文字增删、篇章分合、本书得失等内容，体例完备，形式统一。
《四库全书》编选的书目收录宏富，辑补残缺，校勘文字，订正讹误，对我国的古籍整理起到了积极作用。另一方面，由于清廷实行文化专制，对一些书籍采取了扼杀的措施，尤其对于戏曲小说，在搜集遗书中大量地禁毁，根本不予收录；所选之书也删去邪佞不雅之言，改正有辱朝廷之语，抽毁反满思想之作。《四库全书》还有一个极大的缺点，就是不重视有关生产技术的著作，除农、医、天文、算法外，所收科学技术的书籍甚少。如明末宋应星的《天工开物》，总结了当时工艺生产、制造技术方面的各种成就，竟未收录，以致在国内流传几乎绝迹。这些都表现了纂修工作中清朝统治者的偏见，产生了很大的消极影响。
《四库全书》的命运也随着清王朝的兴衰惨遭灾祸。南北七阁之书，南三阁之书均佚，其中文汇阁、文宗阁，同毁于咸丰三年（1853年）太平军的战火。咸丰十一年（1861年），太平军攻克杭州，文澜阁毁于战乱，全书散佚，经丁申、丁丙兄弟抢救搜辑，尚存8389册，经先后补抄，文澜阁书得复旧貌，今藏浙江省图书馆。北四阁之书，圆明园文源阁之书，咸丰十年（1860年）英法联军焚毁圆明园时遭受劫难。文津阁之书今藏北京图书馆，保存最为完整。文溯阁之书亦存，1966年，由沈阳迁移兰州，由甘肃省图书馆收藏。文渊阁之书，于新中国成立前夕被运往台湾，现藏于台湾故宫博物院。文渊阁本《四库全书》今存36375册，连同《四库全书总目提要》128册、《四库全书考证》72册、《分架图》8册，共计36583册，是现存诸阁本册数最多、保存较完好的一部。