诏书训谕云、贵两省文武官员、军民等人：“各宜安分自保，无听诱胁。即或误从贼党，但能悔罪归诚，悉赦已往，不复究治。至尔等父兄子弟亲族人等，现在直隶各省出仕居住者，已有谕者，俱令各安职业，并不株连，尔等勿怀疑虑。其有能擒斩吴三桂头献军前者，即以其爵爵之；有能诛缚其下渠魁，及以兵马城池归命自效者，论功从优叙录。朕不食言。”
同时，为了保护东南财富之区，年轻的康熙重视长江下游重镇安东的防务，十三年正月，除命两江总督阿席熙调集官兵“于封疆扼要之处，加以侦探严防”之外，又命德州、沧州及顺义等十处驻防满兵会于德州，以都统尼雅斡为镇南将军率领往兖州，会同驻防副都统马哈达，分兵为三路；择马肥者，尼雅斡领之先往安庆，马璐者，速令喂养，马哈达领之，继行安庆察哈尔兵亦同往，余兵以副都统根特领之，防守兖州。
正月二十二日，康熙得知偏沅巡抚庐震力不资敌，放弃长沙而奔岳州，立命都统觉罗朱满领兵速赴武昌，“务期保固地方；或武昌无警，即于岳州以北水路要地驻防”，以便牵制敌人，防其顺流东下。并令江守将军额楚、镇海将军王之鼎，各遣副都统一员，领兵千名，前往安庆防守，由尼雅翰“总统诸师”。
康熙十三年正月，战局发生变化，由于四川巡托罗森提督、总兵等人投降吴三桂，不仅丢掉了四川，还危及到陕西和湖北的安全。在湖广战场，吴三桂遣总兵杨宝荫、将军夏国相、张国柱、吴应麟等人，分别攻陷常德、澧州、衡州、岳州等地，长沙副将黄子卿又以城相献，于是诸多难题面临在康熙帝的眼前。
为防止四川叛军东出奉节，康熙帝命彝陵总兵官徐治都仍回陵（宜昌）防守，派副都统佟国瑶为提督总兵官，驻防湖北郧阳。但荆州仍然岌岌可危。康熙知道荆州乃兵家必争之地，可兼顾武昌、彝陵、襄阳、郧阳等地。遂派大军驻荆州。
从此，康熙帝又把精力投入到荆州保卫战中。
7．乌兰巴托之战
蒙古族历来为我国之属，每岁人贡，相恃和睦。而厄鲁特四部之一准噶尔部后起的领袖噶尔丹却无事生非，大行侵盒略扩张之道，致使众蒙古鸡犬难安。并一再向清政府挑衅，康熙二十九年五月，又发起了一轮新的挑衅活动。他以攻伐仇人喀尔喀为名，率军二万余人，循索约尔济河南下，进入蒙古乌珠穆沁境内，“褫夺边界衣服，出言不逊”。清政府针锋相对，两军相遇乌兰巴托。
对于乌兰巴托之役，康熙帝的指导思想非常明确，即要“获丑宁遗类”，意在全歼。经过三天的认真准备，福全于八月初一黎明，各队按序向乌兰巴托峰出发，“日中见敌，设鹿角抢粮，列兵徐进，下午一时许临迁敌人，“隔河而阵，以火器为前列，经攻中坚。”
开始时，地形条件对清军十分不利，噶尔丹军居高临下，且在林中隐蔽，清军则面临泥淖，暴露无遗，因而战斗极为艰难。清军右翼进击，为河崖烂泥所阻，只好退回原处；左翼内大臣佟国纲、佟国纳中鸟枪牺牲，前锋参领骁将格斯泰及前锋统领迈图亦先后阵亡，“大臣而下以至军士，阵亡被创者甚众”。但清军继续强攻，炮火齐发，声震天地，终于在下午七、八时击毁驼城，继敌阵为二，敌惊溃不支。清军乘势进击，“遂破贼垒，大败之”。噶尔丹乘夜“旋奔高山顶，遁人险恶处”。清兵因“昏夜地险，收兵除退”而驻兵山周围，仍对噶尔丹采取警戒与围困之势。
敌寇即已被困，下一步应如何行动？康熙帝在回京的途中，接到福全的奏疏，得知首战告捷，自然“不胜欣悦”。但担心王公大臣等由此滋长怯战与麻痹情绪，使征剿半途而废，他郑重重申歼敌务尽的意图，明确指出，“此后当何以穷其详议以闻。”要将士把想法讲给他听。
然而福全竟于八月二日，以“使我将士暂息”为名，放缓对乌兰巴托山的围攻；八月四日，又忘记诱敌深入，意在全歼的皇帝的意图，竟接受噶尔丹所派西藏喇济隆胡土克图所提“休征罢战”的要求，下令各部一律停止进击。
并且，福全于四日与济隆会谈时答复说：“许汝所请，当各发印文一道，与各路领军诸王大臣。汝执此往，不论遇何路军兵，即令送本路王及大臣，即止不击也。”说完，“付以檄康亲王、土谢图亲王、达尔汉亲王、内大臣苏尔达、都统额黑讷、副都统马席印文各一道”，在内蒙地区，给噶尔丹开了安全通行证。康熙览奏，斥福全失机之罪，令其待内大臣苏尔达等所率军队到达，即迅速进剿，并痛斥说：“若又失机会不进逼之，王与大臣此行何所事事耶？”然而为时已晚，噶尔丹既已远行，追击也就无济于事了。
噶尔丹见清军停止战斗，便乘隙从西喇木伦河涉水，横度大碛山，连夜遁走冈爱泊，向北逃回科布多。当时内大臣苏尔达、科尔沁亲王沙律、班弟等所率之科尔沁、盛京乌喇联军，已如康熙所料，如期到达里里正好邀击。但因执行福全“暂止勿击”之令，致使顽敌宵遁。由此康熙帝汲取教训，在日后的从政、从军生涯中，务求事事周全，不遗后患。
不过，乌布兰通之战虽未达到全歼噶尔丹的目的，但却使噶尔丹遭到了沉重的打击，实力也大大削弱，并且归途中又遭了罹瘟疫，得还科布多时已不过数千人。因而，战后不久，噶尔丹一反过去的傲慢的态度，不仅不在坚持索要土谢图汗及哲卜尊丹巴，并且一再发誓：“自此不再敢犯喀尔喀。”
签于此，康熙遂于八月十八日遣敕谕噶尔丹，历数其“率兵人我边汛，行劫乌珠穆奏”之罪，并严正声明：“尔今率尔兵出界而居，不得擅犯我属下部落喀尔喀一人一畜，亦不得有一人与众部落往来通使”；“若再违誓言，妄行劫夺生事，朕厉兵秣马，见俱整备，必务穷讨，断不中止”。这就不仅进一步阐明喀尔喀与清朝的归属地位，为多伦会盟打下基础，而且警告噶尔丹，如果胆敢违誓再犯喀尔喀，清廷就理所当然地大举征讨。
通过这次乌兰巴托的战役后，康熙总结了敌我双方在战略战术和军事素质上的差距，以求知己知彼，百战不殆，康熙说：“朕向闻蒙古临阵初虽骁勇，但一旦败北，即奔窜，首尾而不顾，惴怯殊甚”。然而漠西厄鲁特蒙古则不然，战败并非首尾不顾，胡乱奔窜，而是鹿奔高山顶，遁于险恶处，有计划地转移到新的阵地。
其实，也正因为康熙帝的这一新的认识，扭转了原来就认为噶尔丹不堪一击的轻敌思想。同时，此次战役也暴露了清军的弱点，不仅“排列太密”，被伤者多，而且“进退之际，海螺未鸣”，指挥不力。
于是，在后来的日子里，鉴于这种情况，康熙帝决定有针对性地进行训练。康熙三十年设立火器营，“以公侯大臣为总统，专理营务，训练军队；另外，又恢复春秋两季的校猎，“令八旗官兵集于宽敞平原之地，排列陈势，鸣锣进退，以熟操练。”
三十二年十二月，康熙帝在阅兵之后，见军队训练颇有成效，特别予以了嘉奖，并且回顾往事说：“前厄鲁特噶尔丹之役，官兵不能悉体朕意，即行剿灭，致使机会丧失，罔奏朕功，朕心为之不怪。故这些年以来，检阅官兵，岁凡两举，朕躬临指示训诲。”
数年之后，他仍不忘前事，说：“六年以来，乌兰巴托之役，时廑朕怀，因是训练军旅，咨访形势”。可见康熙帝从乌兰巴托之役汲取的教训之深。
8．内蒙、外蒙尽归统一
康熙知道驱逐外国侵略要依靠武力，而且，了解到武力也是讨平叛乱、统一蒙古、巩固边防的重要前提，但这确是不得已而为之的权宜之计。因为，与此同时要想真正达到蒙古内部完全统一于清朝政府，并消除不稳定因素的目的，就必须对外蕃蒙古各部进行有效的管辖和治理。因此，康熙在平定噶尔丹叛乱前后即开始采取一系列政策和措施：
第一，完善盟旗制度，加强政治统治。一是按照内部通例，颁给每旗执政官扎萨克管旗扎萨克印，使其具有既是世袭罔替的封建领主，又是代表皇帝管辖一旗事务的朝廷命官的双重身份，旗下贵族亦是如此，从而使旗内贵族等级制度转化为封建官吏等级制度。二是会盟活动固定化，以加强对各扎萨克（旗）的领导。会盟的主要内容是简稽军实、巡阅边防、清理刑狱、编审人丁。最初规定三年一会，康熙四十九年后改为五年一会。漠南蒙古四十九旗即被分为哲里木、卓索图、昭乌达、锡林郭勒、乌兰察布、伊克昭六盟。后来盟逐渐成为旗的上一级组织，设正副盟长各一人，代表理藩院对各旗进行监督和协调。
同时，对漠西厄鲁特蒙古的管辖始于平定噶尔丹叛乱之后，大体上则分为三种情况进行：一是噶尔丹直属部下归降者，均安插张家口外，编入察哈尔旗分佐领，重要人物授以官衔。二是为噶尔丹控制的部落，仿照内外蒙古通例分编旗队，原地驻牧。三是策妄阿拉布坦等参加平叛斗争的当地贵族，康熙允许他们保持与清廷称臣纳贡的关系。
第二，是建立法律制度，整顿社会秩序。他针对对社会治安和生产危害极大的偷盗牲畜行为，制订了严厉的处罚条例，同时对其他犯罪行为处罚也极严厉，如《理蕃院则例》对蒙古人的处罚条例。后由于扎萨克正公、台吉等承审刑狱业务不熟，康熙于三十七年（1698年）特派内地官员辅佐他们听理盗案。
第三，在经济上注意改善和保障他们的生计，禁止蒙古贵族以进贡为名大肆搜刮牧民。
为了帮助蒙古地区改变落后状态，谋“久远生全之计”，康熙根据当地实际情况，积极实行亦农亦牧、以牧为主的方针。为发展牧业，康熙四十七年第二次调整牧地。同时，清廷为巩固边防的需要，也直接参与对该地区的发展，先后在口外设立了许多牧场。
第四，振兴扶持蒙古地区黄教势力，自顺治六年（1649年）喀尔喀哲卜尊丹巴胡土克图改宗黄教后，黄教即在喀尔喀取得绝对统治地位，而长期以来黄教的唯一中心在拉萨。
第五，广泛推行政治联姻政策。满族皇室与漠南蒙古贵族联姻是清廷的一贯政策，康熙继承这种政策。
康熙三十六年（1697年），康熙与喀尔喀蒙古势力雄厚的土谢图汗联姻，以第六女和硕恪靖公主下嫁其孙扎萨克多罗郡王敦多布多尔济，授和硕额附（驸马）。康熙将孙女和惠公主下嫁喀尔喀左副将军亲王丹津多尔济长子多尔济色布腾；十女和硕纯悫公主下嫁喀尔喀赛音诺颜部部长善巴堂弟策凌。
厄鲁特和硕特部阿拉善扎萨克和罗理于康熙四十三年与清廷结成亲家，第三子阿宝尚郡主，授和硕额附，赐第京师，在御前行走。后阿宝袭父爵并参加平定策妄阿拉布坦叛乱、护送达赖喇嘛进藏等军事行动，统兵驻防拉萨，所部为清朝统一青海、西藏、天山南北的事业起了重要作用。
第六，设立站、台，实行巡边制度。设立驿站军台，改善交通条件，这是加强内地与蒙古各部联系的重要手段。推行巡边制度，命领队大臣春秋两季按一定路线巡查西北边境卡伦（哨所）。
可以说，康熙对蒙古恩威并施，因其教不改其俗，齐其政不易其宜，加强了大漠南北及青海蒙古的管理和治理，密切了蒙古与清王朝的关系，也为遏制北方沙俄的入侵，以及以后彻底解决新疆准噶尔部问题创造了良好的条件。
特别值得提的是，康熙年间开始的秋狝木兰活动以及建造避暑山庄所包含的政治意义。
木兰国场建于康熙二十年，位于内蒙古中心地带，周长一千余里，总面积达一百平方公里，它北控蒙古南卫京师，具有重要战略地位。
围场建成后，康熙几乎每年都到围场举行秋狝大典。它的特殊意义在于，康熙可以在这里接见蒙古各部上层人物。同他们加强联系。
9．尊崇达赖喇嘛
避暑山庄初称热河行宫，始建于康熙四十二年（1703年），至四十七年初建成。热河行宫的兴建与木兰秋猕有直接关系。尊崇达赖喇嘛