清代在意识形态方面，倡佛抑道，道教没有多大进展。但道教作为历史悠久的本土宗教，在汉族民间仍然受到推崇，成为人们精神生活的重要内容。道教的活动场所为道观，是人们祈愿求神焚香化纸的场所。进入近代，道教的大小观宫遍布城乡，这些道教观宫有供奉天上各种神仙的玉皇庙、火神庙、灶君庙、九天庙等，供奉地上万物的马王庙、河神庙、雷祖庙、风神庙（也称为封神庙）、城隍庙等，也有供奉人间功德卓著人物的关岳庙（也称为武庙）等。
兰州有名的道观有东华观、金天观。两观历史悠久，一说建于唐，一说建于元，还有一说认为建于明。东华观在民国以后改建为医院。金天观又名雷坛、雷祖庙，该观藏书丰富，后因兵灾遭毁，内藏书籍亦遭毁。各个道观都有崇拜祭祀的对象，如金天观每年的农历八月八日在传说的雷祖诞辰，举行盛大的雷坛庙会，以祭雷神，故金天观又称为雷祖庙。白云观是兰州又一座影响较大的道观，又称吕祖庙，建于道光十七年（1837年），是为纪念道仙吕洞宾修建的。在兰州附近的名山也有许多道教胜迹，比如五泉山的道教胜迹始于北周，还有红泥岩古洞以及东龙口的日月宫、文昌宫等。五泉山峰顶有三教洞，专祀儒、释、道三教教祖，体现出三教合一的精神。近代名士刘尔炘撰楹联：“进门来有贤有圣有佛有仙他曾将宗旨说明分为三教；这路是可东可西可南可北你须要主意拿定走哪一条。”兴隆山有清虚观、二仙洞、灵官殿、吕祖殿、混元阁、关帝庙、龙王庙、太白宫、三圣母庙等道观。这些道观吸引着人们常来此烧香求神。
道教在发展过程中，派系繁杂，主要有正一、真大、太一、全真四大派系。甘肃近代主要有全真（又称丹鼎派）和正一（又称为符篆派）两大派系，全真派又分为龙门和嵛山两派。甘肃尤其以全真派的龙门派较多，而兰州的金天观则是有代表性的嵛山派道观。道教的住持分为正宗道士和民间道人两种，全真派一般都为正宗道士，他们没有家室，注重个人修行，静心养气，以性养生，以生养性，钻研道教经典，著述立说，阐述原理，一般都有固定的道观，有些则无固定的道观，云游四海。正一派多为民间道人，他们不出家，也不云游，迷信符箓，又称为阴阳。他们是师徒相传的个体道教职业者，在所住地，主持民间的丧葬祭祀，占卜风水，装神弄鬼，镇土祛邪，降妖除魔，画谶测吉等活动。有人来请时，即携带鼓锣乐器等前往，事毕而归，收受报酬。对民间而言，真正影响社会生活的是阴阳家，他们是基层社会的道教职业者。近代几乎较大的村落都有阴阳，有的相邻的数村必有阴阳。光绪初年，在道教比较兴盛的平凉，知县专设考录当地阴阳的阴阳官，由其住持考核各地阴阳的资历和黜留。根据甘肃省档案馆的有关资料记载，在1943年，甘肃有道观1054座，其中较大的道观有200多座，信教群众2711户，15807人。全省有男女道士590人。其中兰州地区有道观36座，武都县有20余座。
四、伊斯兰教
回族、撒拉族、东乡族和保安族等都信仰伊斯兰教，这些民族在历史上与中亚各民族有着千丝万缕的联系。中亚的穆斯林自元代迁移到中国后，经过近五六百年的发展，逐渐形成了几个新的民族共同体，他们主要分布在丝绸之路沿线。其中以回族人口最多，分布区域最广，影响也最大。穆斯林禁食猪肉，称猪肉为大荤或大肉，称汉族是大教，而汉族称其为小教。现在西北的许多地方仍然称猪肉为大肉，意为大多数人吃的肉，是否真源于此，不得而知。
清乾嘉时期，穆斯林人口增加，社会规模扩大，社会问题随之产生。各种问题在文化上的症结是伊斯兰教文化在新的环境里如何继续发展的问题，主要表现在两个方面：一方面是伊斯兰教文化面临本土化的问题，即如何吸收本土文化，使伊斯兰教能够在异域继续发展；另一方面是中国伊斯兰教和阿拉伯世界伊斯兰教的关系问题。伊斯兰教在中国发展过程中，并没有离开阿拉伯世界伊斯兰教发展的影响，一些到麦加朝觐的穆斯林将伊斯兰教的变化及时带到中国。新的伊斯兰教派系纷纷传人，对正在异域发展的伊斯兰教产生了很大的影响。这样，最初传来的伊斯兰教已经在本土发展后，又面临着和阿拉伯世界的也在发展的伊斯兰教之间的继续对接问题。
伊斯兰教产生后，形成了两大派系，即逊尼派和什叶派，甘肃的穆斯林几乎都是逊尼派，基本没有什叶派。清后期，在甘肃河州穆斯林聚集区出现了伊斯兰教门宦。早在明末清初，伊斯兰教的神秘派传人中国，神秘派发源于阿拉伯和中亚地区，在国外称苏菲（阿拉伯语），在新疆称依禅（波斯语），最初由这些地区的传教士传入中国，或由中国阿訇从中亚引进。清中后期，苏菲派在甘肃各地形成了四个派系：即虎夫耶、噶的林耶、哲赫忍耶、库布忍耶。门宦最初是由清朝统治者加于当时出现的伊斯兰教的新教的，伊斯兰教苏菲派诸支派并不以此自称。“门宦”一词见于光绪二十三年（1897年）三月河州知州杨增新的《呈请裁革回教门宦》一文里，以后便为官方文书引用，民间也就这样称谓这些派系了。门宦不是自称，而是它称。以苏菲派的教义为主要信仰特征的门宦和之前传人的伊斯兰教有一定的区别，故称其为新教。之前传入的伊斯兰教不分派别门宦，统称为“格底木”，阿拉伯语为“尊古”，一般称为老教。以后四大门宦又分为许多小派系，可谓门宦丛生。仅虎夫耶就有11个支派，主要有花寺门宦、毕家场门宦、穆夫提门宦、北庄门宦、胡门门宦、丁门门宦、临洮门宦，以及明德堂、庆云堂等；噶的林耶有7个支派，主要有祁门（即大拱北门宦）、海门门宦、阿门门宦、崖头门宦、高赵家门宦以及文全堂、灵明堂；哲赫忍耶没有明确的门宦，但在发展过程中，也有支派，是诸门宦中人数最多、散布地区最广、教权最为集中巩固的一个门宦，教民分布在西北、云南、贵州等13个省区；库布忍耶也没有分出门宦。各个门宦都为道祖修建拱北，拱北是该门宦教主的坟墓。每个门宦都有自己的拱北，有的门宦甚至有几个、几十个拱北。门宦创始人一般被称为教主或老人家（也叫太爷），相当于汉族信仰的宗教里的“道祖”，地位多为世袭，子弟都有教主的身份，但教主的长子则为所有教主中的最大者（穆夫提不同，除了教主长子，其他人没有教主身份）。门宦之间界限严格，有的门宦互不通婚，如华寺和洪门就有这种情况。在以拱北为标志划分的各个门宦形成后，以尊古为主要信仰宗旨的“格底木”老教势力渐弱。
河州有影响的拱北为噶的林耶大拱北，是信徒为纪念创建者祁静一修建的。拱北由出家人看守，出家人由信教群众公推。拱北的继承者按“一清峰云月，道传永世芳，敬诚先哲远，克念悟真常”排定辈次，到1949年达11辈，即“敬”字辈。由于新兴的门宦竭力发展自己的势力，并以建拱北为标志，故拱北成为门宦的象征。各门宦除了修建拱北，也修建清真寺。清同治以后，仅甘肃河州就有清真寺达1000余座，拱北100多所，河州因此被人们称为中国的麦加。
伊斯兰教门宦在发展过程中，其信仰场所清真寺仍然按照常规在发展。清真寺是联系穆斯林的精神载体，较大的村落都有清真寺，或数村建一座清真寺，穆斯林的宗教活动都以清真寺为单位而开展。河州最早建立的清真寺是南关大寺，相传建于明洪武初年（1368年），以后相继建立了12个寺，都在回族集中的八坊内，故称为八坊十二寺。这些寺最初是有钱的穆斯林私人捐建的，如某姓修的寺，就以其姓作为寺名，王寺就是王穆夫梯出资修建的，故称为王寺。寺权归修建者所有，其家族推荐人员掌管寺内的教权、学权、事务权、经济权等，一般为世袭，不设经堂教育，没有开学阿訇，也没有满拉。1850年以后，从麦加来的穆罕默德的后裔提倡在南关各大寺立经堂，招满拉。以后在王寺创办了中心寺院（即海乙制），选品学兼优的阿訇到王寺开学，并总管八坊十二寺。各分寺的阿訇，统由王寺大阿訇选派，到其他分寺掌管教权，废除了修建者世袭管理寺院的遗俗。以后中心寺院便为南关清真大寺，这是南关清真大寺的来由。马家军阀统治时期，为了实现政教统治，集中宗教权力，资助中心寺院发展，使中心寺院的权力更为集中，成为河州地区教权的中心。除了影响大的河州清真寺，在穆斯林集中的地区也都建有规模大小不同的清真寺。据新中国成立初期，国家民委组织的对东乡族的调查显示：每34户人家就有一个清真寺或拱北，每25户供养一个宗教职业者。
清中后期以来，伊斯兰教派系林立、教门互不统一，不同教派之间的冲突屡屡发生，这对伊斯兰教的发展显然不利。光绪年间，甘肃东乡族人马果园（也称为马万福）赴阿拉伯朝觐，回来后开始宣传自己的宗教主张，他主张凭经立教，反对门宦，人们称之为“依黑瓦尼”（阿拉伯语为“弟兄”之意）或“哎海里逊乃”（意为“尊经”或凭经立教的意思）。民国时期，该教得到马麒、马麟弟兄在政治上的扶持，很快风行甘肃，一般称为新教或新兴教。这种新教是区别于主张门宦的新教，所以有时候又称其为新兴教。由于门宦是相对于原来的“格底木”来说是新教，当“依黑瓦尼”产生并逐渐影响比较大时，门宦便又成为老教了，因此在“依黑瓦尼”出现以后，以前的各教派便统称为老教了。也有将“依黑瓦尼”称为新兴教的。
老教和信仰“依黑瓦尼”的新教之间的区别是：老教对教民要求略为宽松，新教认为老教趋向汉化，不准新教和老教结婚，不准吃老教宰的羊；老教有门宦，新教不讲门宦；老教的主麻日在任何寺都可以做，新教则非在中心寺做不可；老教阿訇在教民中进行宗教活动时，是念、吃、散同时，即念经、吃饭、拿散钱；新教阿訇则完全相反，主张念了不吃，吃了不念。
近代在河州还有一种地域性的民间组织——教坊，或称为寺坊，它以清真寺为中心，将附近的村落联系起来，久之，便成为教坊。这是宗教区域和民间村落结合，教权和世俗基层社会的管理权结合在一起的民间组织。它以清真寺为依托，开展对所辖区域的管理。每个寺坊相对独立，有阿訇、学董、乡老、满拉等。阿訇、满拉是宗教职业者，学董和乡老是村落里的管理者，他们有时候分离，各司其职，有时候又混淆在一起，实际上反映出教权和世俗权力的结合。清真寺的宗教首领称开学阿訇，主要负责宗教活动；清真寺及其所辖区域的总负责人称学董，负责收学粮，管理寺产，维修清真寺等事务；乡老是学董的助手，类似于清真寺内的办事员，受阿訇和学董的指使。有的地方称寺内诵经者为“掌教”，司事者为“社者”，教授经典者为“阿訇”。
伊斯兰教在发展过程中，探索出了适合穆斯林社会发展的教育方式，即经堂教育。经堂教育是伊斯兰教在发展过程中形成的伊斯兰教教育体系。经堂教育的倡导者是明代陕西关中回族胡登洲，到咸丰、同治年间向甘肃河州传播，并很快发展起来。经堂一般设在清真寺北侧，因其以传播伊斯兰教经典为主，故称为经堂。甘肃近代伊斯兰教的经堂教育发展得比较快，在每个清真寺内的侧室，都设有宣讲伊斯兰教经文的经堂，教师由清真寺聘请，称为开学阿訇。他的职责是对群众宣讲教旨，领导礼拜，向学员传授经典知识，主持本坊教众的婚丧事宜。开学阿訇有招收学员的义务，向阿訇学经的学生称为满拉，有脱产满拉和不脱产满拉。入寺的满拉，要有一定的阿文基础，并向阿訇交纳供奉，入寺学习若干年后，便可以根据学业升为阿訇。影响大的清真寺的开学阿訇基本都是品行兼优、学识渊博的伊斯兰教学者。经堂师生的经费来源，是供养制和施舍制的结合，主讲阿訇每天的膳食由教民轮流供奉，他也可以在主持婚丧仪式后收取报酬，接受教民的布施。规模大的清真寺主讲阿訇的报酬由清真寺开支。寺里设立学董，专门管理寺内经费的收支情况。
经堂教育分为小学和大学两个阶段。小学教育没有严格的规定，主要招收7～10岁的穆斯林儿童免费入学，学习伊斯兰教的基本知识，学习期限为一年，有志于继续学习者可以升入大学；大学是自觉自愿的学习，是经堂教育的重点，届时家长可以联系有关清真寺，领孩子拜见开学阿訇。学员被收录后，主要学习伊斯兰教宗教知识，如《古兰经》、圣训等，还加授波斯文，学习期限是3～5年，有的学习时间更长，有十几年甚至二十几年的。大学部学员才可以称为满拉，学业期满，举行“穿衣”挂幛仪式后，便成为阿訇，之后就可以招收满拉了。“回民子弟，多诵回经，有举为满拉、黑提布乙麻木等名目。若天经三十本讲通即举阿訇。由各庄头人公送四角尖顶冠，长领袍，尚绿色，入寺，所行礼节，直伏其身，叩首者三，举手及胸拱揖者三，诚为自成风气，名日穿衣礼。”清后期对家在清真寺附近的学员（满拉），其生活、学习费用由家庭供养，从外地来的学员，或开学阿訇特招的学员，生活费由经济殷实的学董、乡老、坊民供养。清末到民国时期，回族社会发展渐趋稳定，回族在政治上的地位日隆，教民给清真寺捐献的房产和田地开始增多，清真寺将其出租，作为寺里收入，用于支付阿訇的薪金和满拉的学习费用。
对每个穆斯林来说，不管新教或老教，或以后的新兴教，也不管是那种门宦或是寺坊，都严格遵循穆斯林应该遵循的基本戒律。穆斯林男女出幼年龄是男12岁，女9岁，出幼时，延师诵经，并教以礼拜等仪式，出幼后便要遵循伊斯兰教的有关礼仪和规程了。不管伊斯兰教怎样变化，在五功、五典、六大信仰这些基本信仰方面是一致的。