杀了张昺、谢贵，接着又把屠刀指向了葛诚、卢振等人，朱棣尚不解恨，此时他兽性大发，尤其是对葛诚和卢振两个“内奸”恨之入骨，于是他又下令将葛诚、卢振两家给灭族。
朱棣的暴行一下子震慑了众人，但就在节骨眼上有两个不怕死的书生出来极谏朱棣，一个是燕王府伴读余逢辰，安徽宣城人，因为供职于燕王府，他才来到了北平。此人不仅有学问，而且品行也端正，朱棣开始时对他很信任，但后来因为要密谋造反，他就一直背着余逢辰，想尽办法做好保密工作。然后无论怎么保密，毕竟同在一个燕王府内，余逢辰最终还是听说了朱棣他们的异谋，他找了好多的机会，竭力规劝朱棣不要干出那种大逆不道的事情来，但每次都被朱棣敷衍过去。余逢辰终于明白：朱棣压根儿没把他的话当回事。当得悉朱棣将要起兵谋反的消息时，余逢辰在写给儿子的家书中谈了自己的想法：如果国家一旦有难，他将必定为国殉节。
余逢辰的家信写好寄走没多久，就上演了这出“西瓜宴”，朱棣连杀朝廷命官，余逢辰感到该是自己尽职的时候了，于是他就出来反复劝导，甚至泣谏燕王千万不要“君父两负”，但已经“中了邪”的朱棣哪儿听得进这种书生的“腐言”，反而觉得耳根难受，一怒之下将余逢辰也给杀了。
杀了一个书生余逢辰，朱棣本以为这下可全镇住了，可没想到又冒出了一个不要命的书生杜奇来。要说这个杜奇，在大明朝历史上并没有多大的名气，但他是当时北平城里有名的才子，燕王听说杜奇名气大，为了使自己的造反赢得更多人的支持，他就将杜奇请到了自己的燕王府里来，但使朱棣大跌眼界的是这个杜奇可也是正人君子，他来了燕王府看到了朱棣他们密谋的竟是“十恶不赦”的罪孽，他不仅不为朱棣出谋划策，反而竭力劝谏朱棣不要干出那种千古骂名的恶事来，朱棣早就听够了余逢辰的“腐言”，没想到又来个不要命的“腐儒”，他顿时火冒三丈，气急败坏地将杜奇也给杀了。
在专制社会里，帝国的君王们往往是踩着别人的尸骨而登上万人景仰的宝座。朱棣就是这么一个杰出的政治家。杀了一个又一个，他正在兴头上，意犹未尽，于是就下令杀向燕王府外面。
再说燕王府外那些奉命包围燕王府的官军，和那些随同张昺、谢贵一起来到燕王府前的护卫兵士，他们一直在外等候着张、谢两位大员下达命令，压根儿就不知道燕王内发生的一切。等到太阳西下时，还不见张昺、谢贵出来，一些心急的兵士就开始偷偷地溜了，一些留下来的兵士好不容易等到这一刻，突然间看见燕王府的城头上有人挑着两个血淋淋的人头出来喊话了：“张昺、谢贵假传皇上圣旨，谋害燕王。今已被燕王斩首示众！将士们，你们千万不要再受蒙蔽了，大家都没事了，赶快回去，燕王就赦你们无罪；如果有人胆敢抗令不尊，燕王说了，要灭他的九族！”
一副杀气腾腾的样子，一下子将燕王府外的朝廷官军全给怔蒙了，有反应快的兵士赶紧逃命，也有的放下了武器，剩下一些想抵抗但还没来得及抵抗的，一刹那间全成了朱棣亲兵的刀下之鬼。
北平都指挥使彭二得悉朱棣公然举兵反叛的消息后，马上披上铠甲，跨上战马，奔驰在北平的街头，大声高喊：“燕贼谋反了，跟我杀贼者，有赏！”这一喊很快聚集了1000来号朝廷官兵，他们在彭二的带领下，向燕王府的端礼门发起了进攻，但因为都是临时凑合起来的，组织性差，很快就被朱棣的亲兵们被打垮了。
此时天色已暗，尽管张昺与谢贵这两位北平最高朝廷命官被杀了，但整个北平城还是掌控在建文朝廷官军的手中，尤其是北平城的那九个门都被守得严严实实的，如果不把它们一口气拿下来，以往所有的努力都会徒劳。
朱棣与手下主要干将张玉、朱能等人商议决定，乘着黑夜给九门守军发动了突然袭击，一夜之间整个北平城的八个城门就像多米诺骨牌一样一个接一个地“倒了”，到天亮时只剩下一个西直门还在朝廷官军手里。至此，整个北平全部被朱棣占据，一夜之间，建文朝廷在浑然不觉中丢了一个北方至关重要的军事重镇。
从洪武三十一年（1398）八月废夺周王，建文削藩开始，到建文元年（1399）七月初燕王朱棣公然反叛，建文削藩宣告失败，经过历时一年的惊心动魄的削藩与反削藩之后，明王朝步入了你死我活的皇位争夺大战——“靖难之役”。
1402年，燕王朱棣带领军队进入南京城，称帝，从此明朝的历史翻开了属于永乐时期的一页。与此同时，明朝中央的政治权力体制也随着这位新皇帝的诞生而发生着巨大的变化。
永乐皇帝朱棣认为在其父朱元璋搭建的权力框架之内，不可能再产生出强有力的辅政机构。他决定不完全拘于朱元璋的那一套，在权力的一亩二分地上，他要再搞出点新的花样来。
即位不久，他就“特简解缙、胡广、杨荣等直文渊阁，参预机务”，但这时候还没有打破六大部门分权制衡的权力分配体制。因此，内阁的参政议政虽然在一定程度上缓解了权力集散失衡所造成的潜在危机，却并未从根本上打破旧有的权力格局。也就是说，这时候的六部长官和内阁成员共同帮助皇帝处理政务，只是朱棣在遵从祖制的前提下做出的一种权变。
永乐皇帝开始尝试性地让这些大学士参与军国大事的处置。虽然他们的官阶只有五品，没有部下，没有统辖机构，甚至没有自己专门的办公场所。可以说是既无宰相之名，又无宰相之实。但并不排除这些人不是权力系统中的红人，因为他们全部是围着皇帝转的人，是皇帝的亲信近臣，每日侍奉于皇帝身边，奔走于殿阁之下，特别是可以参与国家政务，貌似宰相。
为了避开宰相这个已经变得不祥的字眼，加上其名称为“入值文渊阁”，又在内廷办事。所以人们含混地称之为“内阁”，算是有了内阁制的大模样。
我们知道一种体制的好坏，效果究竟如何，一方面取决于这种体制本身是否严密完善，另一方面取决于那些高层权力拥有者的识见、谋略、态度和活动。二者同样重要，有很多时候，前者还要受制于后者。体制的不完善或漏洞可以通过政治高层的具体行动或临时政策来设法弥补，体制缺陷带来的不良影响可以通过具体努力控制在最小的程度和范围内。
开始参政议政拥有一定实权的大学士虽然事权不明，与部臣、宦官之间却也从未发生类似后世那样的严重权力冲突。因为永乐只让大学士做自己让他们做的事情，严令大学士和六部发生其他关系，他以此防止造成权责不清引发冲突，这是他的高明之处。
但他和他的父亲朱元璋都没有学过哲学，不明白这个世界，不是静止的，是不断发展变化的。