建文元年（1399年），建文帝正式改元，各地藩王以此为由纷纷前往南京朝贺，朱棣也趁此机会随行前往。燕王府的文武官员们百般劝阻，认为燕王此去京师无异于狼入虎口。但是朱棣还是一意孤行，其勇气可嘉。
这一年的三月，朱棣来到皇城南京。朱允炆在奉天殿接见了他，叔侄二人相见，并无多少真情流露的唏嘘感叹。燕王朱棣叉着腿傲慢地站在大殿上，向着端坐御座上的侄皇帝拱手致敬，作为君臣见面的礼节，双方的寒暄也只是点到为止。
朝中大臣们无法接受朱棣这种藐视建文帝的做派，从燕王踏入皇城的第一步，这些人就横竖看其不顺眼。朱棣从洪武门进入皇城，以君王的威仪走过皇帝专用御道。他站在奉天殿上向建文帝拱手示意，不行叩拜之礼。这哪里是君臣见面？简直就是江湖男女平辈人。
监察御史曾凤韶实在看不下去，就上呈奏疏：按照大明高皇帝祖训规定，亲王来朝在大殿之上要行君臣之礼，回到皇宫里才行长幼尊卑之礼。燕王目无君皇，违反祖制，如此下去，国将不国。为严肃纲纪，臣奏请皇帝治燕王以“大不敬”之罪。
“大不敬”是封建制度下的“十恶”大罪之一。一旦罪名坐实，就可能会落得满门抄斩。从朱棣南京觐见的整个过程来看，他的“大不敬”是板上钉钉的事，满朝文武官员都可以站出来做目击证人，以这个理由除掉燕王易如反掌。可建文帝并不这么想，他在读完曾凤韶的弹劾奏疏后，只是轻轻说了一句：“燕王是我的亲叔叔，无需深究。”
既然建文帝不想借此机会除掉朱棣，那就只好再想想别的办法。户部侍郎卓敬给皇帝朱允炆上了一道密奏，提醒建文帝不要放过这样一个千载难逢的机会。他提议将燕王从他长期盘踞的北平调离，将其迁徙到南昌一带。
密奏里的原话是这样的：“燕王智虑绝人，酷类先帝。夫北平者，强干之地，金元所由兴也，宜徙南昌以绝祸本。”就是说，燕王和先帝朱元璋很像，胸中韬略远胜于他人。将此人放在北平这样的龙兴之地，就等于为大明帝国埋下了一颗随时可能引爆的定时炸弹。
卓敬的密奏具有很强的针对性和可操作性，可以说是一个一石三鸟之计。既可以避免以“大不敬”罪名整治燕王所带来的负面影响，又可以免除建文帝背上迫害皇叔的恶名；最重要的一点就是可以消除燕王之患。就是这样一个一石三鸟之计，还是没有得到建文帝的支持。建文帝在看了密奏后，对卓敬说：“四叔燕王是朕的至亲，我不能这么做。”
卓敬还不死心，继续规劝道：“陛下与燕王虽是叔侄关系，但是叔侄关系怎得上父子关系。隋朝皇帝杨坚与杨广是父子关系。杨坚年老的时候，有人跟他说，您的皇太子杨广在调戏你的爱妾，杨坚就动了杀杨广的念头，但他还没有来得及动手，杨广已经获悉了这个信息，先下手为强，将亲生父亲杨坚给杀了。父子关系尚且靠不住，更何况你们之间的叔侄关系！”
建文帝听后半天才冒出来一句话：“卿休矣。”言下之意，你们大臣们不要再逼我做不伦之事，我意已决。
等到朱棣平安回到北平后，建文帝才意识到，曾经有一份天上掉馅饼的机会摆在面前，可自己不懂得珍惜。虽然他又是派官员到北平去巡视民情，监视燕王动态；又是想办法削弱燕王的兵力，但是除掉燕王的最好机会已经流失。
建文元年（1399年）五月，朱元璋周年祭奠。按照皇家的规定，皇子皇孙都要前往南京参加祭祀大典。朱棣刚刚从建文帝眼皮子底下逃过一劫，他没有勇气再去冒一次险。而南京方向这时候也不断传来风声，建文君臣因为放走他正后悔着。
朱棣自己不愿再去一趟南京，可先皇的周年祭总要有人代表自己前往。自己不愿到场，那么他的儿子们就必须去参加，不然事情就闹大了。在这种情况下，他的长子朱高炽就带着两个弟弟前往南京参加朱元璋的祭祀大典。
儿子们前脚刚跨出北平，朱棣这边就对外称病。等到朱元璋祭祀大典结束，燕王的病情传得越发严重。朱高炽三兄弟到了南京后不久，朱棣的奏疏也送达建文帝的手上：燕王病重，恳求建文帝能够恩准三个儿子回北平见其最后一面。
朱棣这一招用得极为巧妙，既可以弥补先前决策上的失误；又可以摸清建文君臣的底数。如果建文帝扣押了他的儿子们，那么中央朝廷就会失去舆论的主动权；如果朝廷放人，那么朱棣也就达到了保全儿子的目的。
建文君臣在面对这样一份乞子回藩的奏书，也是莫衷一是。有人主张将朱高炽三人扣下来，留作人质，以此来挟制朱棣。黄子澄认为，将朱高炽三兄弟扣留，反而会授予燕王把柄，如果对方以此为藉口起兵，那么中央朝廷就会失去舆论上的主动权。不如先放三人回去，借以打消燕王的顾虑，然后再找机会收拾他。
黄子澄以遣归其子的方式来稳定朱棣，当然这也正中朱棣的下怀。朱棣父子相聚，大喜道"：“吾父子复得相聚，天赞我矣！”
建文帝听从了黄子澄的意见，放朱高炽三兄弟回北平。建文元年（1399）六月，燕山护卫有个小军官百户倪琼向建文帝上奏，告发燕王朱棣属下的两个官校于琼和周铎在暗中为朱棣招兵买马，图谋不轨。建文帝立即下令将于琼和周铎火速逮捕，并押送到京师南京来进行审讯。审讯结果，两个官校交代出燕王朱棣私下招兵买马意图不轨。
为了获得实情，建文帝去向左都督徐增寿求证。徐增寿是徐达的二儿子，即为朱棣的二舅子，又是朱棣的铁哥儿们。徐增寿在听建文帝讲已经有人供出朱棣密谋造反的事实以后，他巧舌如簧地跟建文帝说：“燕王与先帝〈这里指朱标，朱允炆登基以后，将父亲朱标追尊为兴宗孝康皇帝〉是亲兄弟，他贵为亲王，已经富贵之极，又是你的亲叔叔，怎么可能还会起来造反！（燕王先帝同气，富贵已极，何故反）
建文帝也拿不定主意，最后下诏令将燕王朱棣严责一通。仅仅限于责备，并无实质性的举措。这样又一次白白地浪费了削藩的良机。
建文帝的诏令受到的唯一效果就是，燕王朱棣再也坐不住了。他的那些不轨行为都是偷偷摸摸地进行，只所以没有大张旗鼓是因为他清楚双方的实力对比。如果贸然起兵，只会自取灭亡。思量来思量去，朱棣决定在前面装病的基础上再做疯，以此来迷惑朝廷。
堂堂的藩王为了保全自己，也顾及不上颜面二字。他不再是个体面的藩王，俨然就是一个丐帮弟子，疯疯癫癫，蓬头垢面，有时倒地便睡，一睡就好几个小时，有时胡言乱语，大呼小叫，见到别人在吃东西，他就伸手去抢。甚至有史书记载，处于癫狂状态的朱棣居然当着女人的面撒尿，毫无羞耻之心。
建文元年六月的一天，北平布政使（相当于北京市市长）张昺和都指挥使（相当于北京市军区司令）谢贵亲自到燕王府里摸底。在燕王府中他们见到了疯疯癫癫的朱棣，当时北平正是炎热的夏季，朱棣披头散发，身披破布袄，抱着火炉正在烤火，嘴里还不停地念叨：“真冷啊！真冷啊！”朱棣见到二人，像见了陌生人。
他们将所见到的一幕奏报建文帝，燕王朱棣疯了。
这个消息像长了翅膀，不仅整个北平城的人都这么认为，就连建文帝也被蒙蔽了。就在满城都在流传燕王疯了的消息时，有人却提出了质疑，燕王不是真疯，而是在装疯。提出质疑的人是燕王府的长史葛诚，此人是建文帝安插在燕王身边的一个“线人”。
葛诚将自己收集到的证据秘密呈报建文帝，没等建文帝做出判断，装疯的朱棣就自动露出了马脚。
为了摸清建文帝和中央朝廷的态度，朱棣派遣护卫百户邓庸到南京奏事，以收集情报。真搞不清楚朱棣到底是出于怎样的考虑，毋庸置疑这是一招臭棋。邓庸刚进南京城，就被朱允炆抓了起来。抓他的理由很简单。夏天抱着火炉喊冷的朱棣还知道向皇帝奏事吗？只有一种可能，那就是燕王是在装疯。
一番刑讯之下，邓庸就全招了。建文帝这才意识到燕王已经在步步逼近，意欲不轨。自己不能再被当傻子蒙蔽，朱允炆发出密敕，令北平方面的张昺、谢贵抓捕燕王府官属；同时密令北平都指挥佥事张信捉拿燕王朱棣本人。燕王朱棣并不是一个平庸的对手，在北方边疆与蒙古人交手了十几年，从战火硝烟中一路摸爬滚打走过来。朱允炆严重低估了对手的势力，他以为单凭北平那几个平庸的朝廷大员就能摆平一切。