胡惟庸虽然死了，可是李善长依然活在这个世界上。帝国权力中枢的大部分官员还是李善长在任时的老部下，他们面对胡惟庸已死，皇帝对他们日益不满的现实，只能回到李善长的羽翼之下，以寻求权力庇护。
这种做法在朱元璋看来，就成了官员们结党营私和图谋不轨的双重判断标准。朱元璋明白，自己要想实现皇帝权力的最大化，就要想办法分化官僚集团，各个击破，千万不能再让他们形成抱团势力。
李善长的存在让那些文官功臣集团心有所属，这也是朱元璋最为不安的地方。
对于朱元璋来说，淮西集团虽然因胡惟庸之死受到了重创，但是只要他们的带头大哥李善长还活着，淮西勋贵集团就一天不会消失。事实也的确如此，外廷的大部分政府部门都由这个集团的人把持，即使在洪武十四(1381年)年成立了大理寺和都察院，和刑部一起并称三法司，刑部受天下刑名，都察院纠察，大理寺驳正，形成了大明朝廷正常的司法程序。但三法司的人也多是文官集团的人，朱元璋觉得实在靠不住。最让朱元璋信任的人，莫过于身边那些检校。
检校从建制之初就为朱元璋一手掌控，为朱元璋夺权，弹压官员立下过汗马功劳。检校只是个职务名称，并非真正意义上的官僚机构。虽然检校有侦察权，却不能扣押人犯和判罪量刑。要想让检校发挥更大的作用，就必须赋予他们更多的权力。如果将检校并入外廷文官系统的三法司，只会让他们拘束于国家法律和程序，无法做到任意妄为。
朱元璋要找到清洗大臣的理由，其实很好找，就两个字——谋反。和谁谋反呢？和胡惟庸。要向天下人证明一个死人谋反并飞多么难的事，死人是不会开口说话的。虽然朝堂上仍有不少淮西集团的官员，可面对栽赃于死人这件事，他们也有口莫辩。
朱元璋要的就是他们有口莫辩的态度，不辨就等于默认。默认就意味着，他们都是胡惟庸的同党，一个也不能少。
洪武十八年(1385年)起，早已尘埃落定的胡惟庸案再生波澜，犯罪性质也从当初暧昧不清的“擅权枉法”变成十恶不赦之首的“图谋造反”。从洪武十八年到洪武二十三年(1390年)，在短短的五年时间里，被胡惟庸案牵扯进去的功臣有一公、二十侯，其中连坐、死罪、黥面、流放的有数万人之多，朝中文臣几乎为之一空。
而为这个案子流出的最后一滴血，正是李善长的血。
洪武二十三年（1390年）春天，注定又是一个不平常的季节。虐杀的阴云在天空几度徘徊和犹疑，最终还是决然地降落到李善长的身上。
一月，李善长定远老家的一段老房子的墙体倒塌，惊吓了这位年近八旬的古稀老人。他只想在一个能遮风挡雨的屋子里安度余生，他不忍心惊扰乡里，便给自己曾经的战友汤和写了一封信，要求借三百名士兵修缮房屋。
就在三百名士兵到来的第二天，在他家十五里外的濠塘镇上发生了一起惊天大案。
如果说朱元璋对这个案子还有一点家丑不愿外扬的顾忌在里面，那么汤和那块落井的石头却砸中了朱元璋的脚。就在汤和借兵给李善长的同时，他的告密信也向京城出发了。有人说汤和太过无情，可是对于权力斗争而言，无情要别人的命，有情却有可能会要了自己的命。毕竟他要年轻许多，还想在这个世上多活几年，他更不想让自己的妻儿也跟他一起上断头台。他在目睹了身边战友们被朱元璋一个一个收拾掉，变得惶惶不可终日。这么多年的权力斗争，让他明白了一个道理，主人不会将自己豢养的所有猎犬一网打尽，最后肯定会留下一条，用来看家护院、装点门面。当他发现朱元璋的杀气再次出现后，为了能够成为笑到最后的那条看家犬，汤和不得不出卖昔日的鹰奴。
汤和借出的三百名士兵使朱元璋很容易就联想到了刺杀太子的数百名刺客，按照朱元璋以往的脾性，他根本不会在这件事上多做周旋，肯定会在得到消息的第一时间里下旨捉拿李善长归案。不过这一次朱元璋欺骗了所有人的直觉，他居然忍住了。刺杀太子的罪名虽然很重，但是并不符合他心中的权力布局。朱元璋没有利用这个事件对胡惟庸案进行收官，是因为这桩刺杀案对他而言，还有另外一层深意在其中。
朱元璋决定再忍一忍、再等一等，他相信李善长还会祭出更加愚蠢的昏招。他已经等了十一年，也不在乎再多等这几个月时间。
李善长就仿佛一个走在布满了陷阱道路上的盲人，他压根就不知道自己已经从鬼门关转了一圈回来，他毫无知觉的走过第一个陷阱，却再也逃不过第二个陷阱。
这一年的三月，李善长的一个转弯抹角的亲戚丁斌犯事被判流放，丁夫人在李善长面前痛哭一番，晓之以理、哀之以情，讲述丁斌如何对李善长心存孝敬。或许真是人一老，耳朵根就会变软，丁夫人的痛哭让李善长拉不下这个面子，他第二天给朱元璋上了一封信，‘恳求陛下看在老臣当年的微末之功上，给丁斌一个改过从新的机会吧！’
只可惜朱元璋的耳朵根却不软，他从这封信中找到了一个绝佳的机会，既然李善长想为丁斌求情，那么就以丁斌为突破口。
朱元璋当即密令左都御史詹徽追查丁斌案，朱元璋在交代任务时，并没有将事情挑明了说。可是詹徽却在朱元璋只言片语的交代中揣摩到了圣意，他连夜拷问丁斌。李善长一心替丁斌脱罪，可他万万没有料到，丁斌会反过来出卖他，在詹徽的诱导下，丁斌供出了李善长之弟李存义与胡惟庸共同谋反的细节。
这里不得不佩服詹徽心机之巧，他之所以选择李存义维突破口是因为此人既是李善长的之弟，同时也是胡惟庸的亲家，是沟通李、胡二人的天然桥梁。
果然，在继续追查李存义后，他终于供出了足以置李善长于死地的供词：胡惟庸多次请求他找李善长共举大事，李善长不许，胡惟庸亲自来说，李善长终于长叹，‘我已老，汝等自为之’。
这个‘汝等自为之’是詹徽最得意的手笔，它符合李善长的身份，轻一点说是知情不报，但往深处想就是默许胡惟庸造反，虽然他没有参与，但他已有此心了，用今天的话说，就是有了作案动机。
即使是造反未遂也是重罪，詹徽随即大规模网络罪名，重赏之下、必有勇夫，李善长的家奴纷纷跳起告状，绘声绘色地编织了一个又一个的故事，直到此时，文武百官才如梦方醒，或许是怕李善长案牵连自己，文武百官纷纷跳出口诛笔伐，千夫所指，李善长求生无门，四月，朱元璋批下此案。
洪武二十三年（1390年）春，太师李善长参与胡惟庸谋反案，赐死，夷其三族，赦其长子驸马李祺及临安公主所出嫡二子李芳、李茂死罪，贬为庶民。李善长遭到灭族当然是一大冤案，是朱元璋为了剪灭勋臣有计划的行动。
就在李善长死后的第二年，一个小小的五品郎中王国用上书，替李善长说了一句公道话。
王国用的原话是这样说的：“善长与陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一，生封公，死封王，男尚公主，亲戚拜官，人臣之分极矣。藉令欲自图不轨，尚未可知，而今谓其欲佐胡惟庸者，则大谬不然。人情爱其子，必甚于兄弟之子，安享万全之富贵者，必不侥幸万一之富贵。善长与惟庸，犹子之亲耳，于陛下则亲子女也。使善长佐惟庸成，不过勋臣第一而已矣，太师国公封王而已矣，尚主纳妃而已矣，宁复有加于今日？且善长岂不知天下之不可幸取。”
这句话就是说，李善长和陛下是一条心，“出万死以取天下，勋臣第一”。生是国公，死后会封王，儿子娶了公主，亲戚做大官，位极人臣。他没有必要冒险造反，成败尚未可知。有人说他想辅佐胡惟庸造反，更是大错。试想，一个人爱自己的儿子肯定甚于爱自己的侄子。李善长与胡惟庸，是侄儿结亲，与陛下则是亲子亲女结亲。他即使辅佐胡惟庸造反成功，无非封太师国公王而已，男的娶公主女的嫁给王子而已，难道能比今天的富贵更加进一步吗？而且李善长难道不知道天下不能侥幸夺取的吗？
朱元璋看完王国用的这封上书，竟然没有怪罪于这个五品郎中，可见他从内心也是认同于这句话的。李善长被灭族，固然是朱元璋刻薄寡恩所致，但和李善长参不透帝王心有很大关系。王国用所说“出万死以取天下，勋臣第一”，这是李善长生前的荣耀，也是致他于死地的刀锋。
不知道白发苍苍李善长临行前是怎样一番心态，想当年李斯与儿子一起被绑缚至刑场，李斯发出了“牵犬东门岂可得乎？”的人生感叹。不知道李善长会不会有着同样的慨叹。很多搅进权力场中的知识分子，至死也不会有这种醒悟的。就算生命重新再来一次，权力依然是他们的心头好。
随后朱元璋又搞了一次权力的再分配。促使权力进行再分配的事件，或者简单地说这次权力再分配的最明显的标志。