7月10日。清政府颁行《遣派游学学生办法大纲》，外务部奏准于设立游美学务处上年6月23日，美国国会通过以一部分庚子赔款“退还”中国案，决定将其超额的1000余万美元退还中国，试图以此对中国示好，进而获得其在列强对中国新一轮在华争夺中的优势地位。同月29日，清政府外务部和学部会奏，决定以美国所退庚款，自次年起每年派遣赴美留学生100名。本日，外务部奏请设立游美学务处，附设肄业馆，派遣学生赴美留学，其上奏称：“美国减收赔款，业于本年正月起实行，则选派学生出洋，即应举办，非徒酬答与国，实乃推广育才。臣等拟在京师设立游美学务处，管理考选遣送稽查等事，并附设肄业馆，选学生入馆试验，随时送往美国肄业，以八分习农工商矿等科，以二分习法政理财师范诸学。专派监督驻美，管理学生学费功课起居等事，至于学生名额，按照各赔款数目匀约，其满汉蒙藏亦酌约名额，以昭公溥。”获清政府批准。同日，清政府颁布由财务部拟定的《遣派游学学生办法大纲》，规定了中国派遣赴美留学生的办法。《大纲》规定：（一）设游美学务处，由外务部、学部派遣办事人员专门负责考选学生、管理肄业馆、遣送学生及至驻美监督通信等事；（二）在京城外建立肄业馆，作为集训赴美留学生的预备学校，肄业馆约容学生300名，其中办事室、讲舍、书库、操场、教习学生等居室，沿用美式高等初级各科教习，所有学习办法均照美式学堂，以便学生熟悉课业，到美入学后可适应美国的学习生活；（三）所取学生拟分两格，第一格年在20以下，国文通达，英文及科学程度可入美国大学或专门学，第二格年在15以下，国文通达，姿禀特异。以上二项均须身体强壮，性情纯正，相貌完全，身家清白始为合格。（四）每年取第一格学生100名，第二格学生200名。（五）专设驻美监督，准其调用汉、洋文书记、支应员各一人，帮同办理有关事务。7月14日，游美学务处在京成立，由周自齐任督办，唐国安、范源濂为帮办。同年9月4日起，在北京招收第一批留美学生，9月16日发榜，录取程义法、唐悦良、梅贻琦、王士杰、胡刚复等47名。9月28日，外务部上奏清廷，奏报招收首批赴美游学学生情形，并请求赏给清华园地亩，兴筑游美肄业馆。奏云：“查本年应送学生定额一百名，因时日促迫，不及如额录取，业就各处咨送学生分场考试国文、英文及各种科学，认真校阅，择其程度较高、分数较多者，取定四十七名，先行派赴美国径进大学。拟于明年春夏间即行参照原定办法，考选学生入馆肄习。现在应即赶速筹建肄业馆，俾诸生得以及时就学，免至有误进修，当经饬行游美学务处于京城附近地方详加相择。查有西直门外成府东北清华园旧址一区，方广约四百余亩，尚存房屋数十间，卉木萧疏，泉流映带，清爽高旷，于卫生最为合宜，且与京张铁道路线距离仅有半里，往来亦称便利，以之建筑讲堂、操场、办事室、图书馆、教习寓庐、学生斋舍，庶几藏修游息各得其宜。该园现归内务府官房租库经管，合仰恳天恩俯准，将该园地亩房屋全行赏拨，作为游美肄业馆之有。如蒙俞允，即由臣等行知该管衙门交收清楚，并饬游美学务处绘图估价，克日兴筑，俾得早观厥成，用宏造就。”同一天奉到朱批：“著照所请。该衙门知道。”10月间，清廷游美学务处在北京西郊清华园旧址动工建筑游美肄业馆，建成后改名清华学校。10月12日，第一批留学生由北京启程赴美。至辛亥革命爆发，三年中，该处共选派三批留美学生180人。民国成立后，游美学务处撤销。
江西宁都州发生农民聚众反抗调查户口事件。
7月11日。浙江铁路股东年会第四次大会召开。
7月12日。梁启超致书其弟仲策论时局称：益信中国前途非归我而执政，莫能拯救。然使更迟五年，则虽举我听政，亦无能为矣。
河南巡抚吴重奏报豫省防军改编情形。统计通省巡防步队28营，马队12营，全年薪饷干需银587100余两。
擅自与福公司签约的杨敬宸等人被革职查办。
7月13日。浙江乌程县（今湖州市）北乡佃农千余人进城报荒，大闹县署。
护理云贵总督沈秉奏陈川滇会筹大举剿抚凉山冈办法。
7月14日。中日交涉安奉铁路改筑问题，清廷被迫让步。安奉铁路纠纷由来已久，该铁路系日俄战争时期由日本修建的从安东至奉天、长约190英里的窄轨军用轻便铁路。根据1905年《中日东三省事宜条约》附约规定，该路仍归日本政府管辖，由军用铁路改为商业铁路，两年竣工。其改良办法应由中日双方妥善协商解决。但日本违约暗中动工改筑。一方面，任意在铁路沿线侵占民房，建筑兵营；另一方面企图在新义州、鸭绿江等地架设铁桥，与安奉铁路接轨，实现满韩铁路直接通车。本年1月31日，日使伊集院照会清外务部，要求商议安奉铁路改筑问题，允南满铁路会社承领该项工程，安奉铁路问题开始交涉。2月，清邮传部派黄国璋等赴奉会商，未能达成协议。接着，东三省总督锡良也派员与日方分赴沿线各处勘察。结果日本所定新线，与前全异，并拟加宽轨道。6月8日，东三省总督将会勘情形咨报外务部称：日本所勘定新线，与旧道相距，远者数里，近者几丈至十数丈不等，并拟改用宽轨，其意图一为与京义线连接，一为与南满铁路连接，即作为南满铁路支线。这两线一旦连成一气，自仁川而奉天，自奉天北至长春，南至大连旅顺，节节灵活，脉络贯通，对我极为不利，要求清廷从速阻止。并提出八条对策：（一）抱定约内改良二字之义，不得另勘路钱与改易广轨。（二）重为声明此路系单独之路，与南满铁路绝无关涉，以绝日本将来以该路为南满枝路之张本，藉以保全主权。（三）与日本据约而争，令沿路日本兵队一律撒去，再由中国派遣兵队分站驻扎，以资保护。（四）沿线日本所设警察应一律撤去，由中国警署查察沿路情形，派设警察以保主权。（五）与日方明定除铁路必须用之地亩外，不得多购余地以为附属地。（六）安奉铁路沿线车站，应使日方会同中国地方官妥商协定。（七）应在铁路开工之前根据《北京条约》有关条款之规定与日方商定特派人员，以行使中国派员干涉之权。（八）向日方索回被南满公司强占之安东县六道沟之地，划为各国商人公共居住之地，藉以破除日方独霸之狡谋。锡良所拟的这八项对策得到清廷允准。同时，外务部尚书、会办大臣梁敦彦与日使伊集院举行会谈。中方以安奉铁路与南满铁路情形不同，护路兵及巡警事尚未议妥，先不要开工；日方则以上述理由与改良铁路工程无关，要求早日开工。谈判没有进展。6月25日，东三省总督锡良向驻奉日领事小池再次提出《安奉铁路事宜草案》10条，即：安奉铁路依北京协约，为独立之铁路，非他路之支路；改良工事就原路改良，不许改造；各车站经两国派员协定后，设于便利之处；沿路所用地亩除铁路所必须建造物所用之外，不得购买余地；安东六道沟安奉铁路占有之地，中国政府即时收回；开工之先，由两国派员会同购地，按章程公平给价；照北京条约，安奉铁路之日本守备兵即时撤去，中国政府另派兵保护之，铁路沿线，中国有自治之全权，故日本警察须一律撤去，中国政府另派巡警保护，等等。7月13日，日使伊集院就锡良提案照会清外务部，指责该提案颇多过失，并严重警告清廷：如漠视日本政府态度，“则终非敝国所能忍耐”，要求饬令东三省总督从速办理安奉铁路改筑之事。14日，驻奉日领小池张造与清廷奉天巡抚程德全举行会谈，小池提出，对于改良之事，是否以不改轨为宗旨；如清廷派员参加勘查，则此路必须改成宽轨。对于草案10条，日方对1、2两条不认，要求对8、9两条另议，为程德全所拒绝。事后，程致电外务部称：如答应日方要求，则自东京至奉天不过40小时，名为便商，实为运兵，用意险恶，当在鉴中。26日，清廷与日本重开谈判。小池要求将草案第2条先行删去。锡良表示，这样开始谈判难度很大，若将10条并议，何者可允，何者可商，何者必不允，转达政府后自能续议。小池又提出用第2条换取他项利益，锡良坚持将10条逐条答复后再商。会谈不欢而散。30日，小池致锡良说帖，进一步指责清廷提改条件，皆是作难。并声明，清廷若有诚意，应将该条件概行收回，而于改筑之实行，如此，日本再就各条件互行商议。8月6日，北京、天津及东三省等地民众为安奉路交涉问题，开始抵制日货。同日，日本公使伊集院照会清外务部，指责清政府“藉词妨害”，“蒙晦成约”，阻挠改筑路张。同时表示：“帝国政府遗憾之下，不得已顾及世界交通之便利，据条约上之权利，决定不俟贵国之协力，自行改筑安奉之路线。”8月7日，清外务部复照日使伊集院，安奉铁路允改宽轨道，如需更正路线，可照约妥商。9日，清外务部电出使各大臣，将安奉铁路交涉实情布告各国，并要求各国辨明是非曲直。8月19日，清廷东三省总督锡良、奉天巡抚程德全与日本国驻奉总领事小池张造，各奉本国政府之命，在奉天议订《安奉铁路节略》，就安奉铁路一事订定以下各项：（一）筑该铁路轨道应与京奉铁路轨道相等；（二）该铁道线路，两国政府承认大致应以两国委员前已会同查勘测定之线路为准，惟陈相屯至奉天之线路应由两国日后再行协议妥定；（三）本节略彼此签字盖印之日起应即开议购地及其他一切细目；（四）本节略彼此签字盖印之第二日，即开议购地及其他一切细目之第二日起，即将该路工事上紧赶办；（五）中国应令沿路各地方官关于该工事之施行妥实照料。本节略中、日文各二份，彼此签字盖印双方各持中、日文一份为据，以昭信守云。
7月15日。清廷派贝勒载洵、提督萨镇冰充筹办海军大臣。
清帝自为海陆军大元帅。本日，清廷公然决定集军权于皇室。根据《宪法大纲》的规定，皇帝为大清帝国海陆军大元帅。由于皇帝尚未亲政，决定先由摄政王代行海陆军大元帅职权。另设军咨处，统筹管理全国陆海各军事宜，派贝勒毓朗管理，后又添派贝勒载涛协助管理。同时派庆亲王奕的次子、镇国将军载振办理禁卫军。
美国总统塔夫脱致书清廷摄政王载沣，要求中国借美资建筑湖广铁路。
日本宪兵在延吉枪杀中国巡警。日本宪兵在延吉拘捕中国人，中国巡警加以干涉，双方发生争执。驻延吉日本宪兵闯入和龙峪府衙署，枪杀中国营兵，清廷外务部就此令驻日本大臣胡惟德向日本政府严重交涉，要求日本政府严办，并再声明界务未决以前，彼此应维持现状，转饬令该处日官，不要再生事端。23日，伊集院就此事向清外务部提出抗议，指责延吉边务督办吴禄贞办事不当，且无解释纷扰之诚意，近乎挑唆，如任其所为，日本将采取适当措施，以为抵制，则两国难保不陷入不快之格局。
浙江德清乡民暴动。本月，德清乡民纷纷进城告灾。本日，乡民聚众进城，连续捣毁贪污绅士书吏房屋。中午，邑令闻警，亲自弹压，当场拿获乡民30余人，并将为首一人就地“正法”
7月16日。江苏吴江县盛泽镇炼染工人罢工。参加者数百人反对铜元折价，要求提高待遇。
前山东巡抚袁树勋奏请将义丐武训事迹宜付国史馆。
7月17日。朱思绂以三品卿衔奉命赴各省考察制造军械局厂。
邮传部呈报山西同蒲铁路股资大概情形。
沪宁铁路车站举行落成典礼，上海道蔡乃煌莅临演说。
7月18日。江西调查户口受阻，丰城等县迭起风潮。调查人口总数，为议院未开以前，逐年筹备事宜之一，各省皆依限办理。江西丰城等县乡民因误解此意，进行抵制，引起大范围骚动。
7月19日。清江发生水灾。据本日《民呼日报》报道：“五月下旬以来，清淮一带又复大雨五六昼夜，势若倾盆，几无片刻晴霁，四乡稍洼田地，积水深至六七尺。”“所最难堪者，茅檐屋中人，处此米珠薪桂之时，终日勤勤，不获一饱。妇子相对愁叹，其情形之惨，殊非笔墨所能形容矣。”
7月20日。上海出品陈列所成立。以筹办南洋劝业会。
7月21日。清廷颁布《考试毕业游学生章程》。
7月23日。清廷命成立谘议局。本日，清政府颁布《各省谘议局章程及议员选举章程》，同时谕令各省迅速设立谘议局，并限一年之内一律办齐。至1909年10月，谘议局在各省成立。根据清政府所颁谘议局章程的规定，各省谘议局的职责和宗旨是，采取舆论，指陈通省利弊，筹计地方治安，作为“民意”机构，以为资政院储才。各省谘议局设议长一人，总理全局事务，设副议长二人，并以议员定额之2／10为常驻议员，由议员中互选产生。议员用复选举法选出，任期三年，每年9月起开常年会一次，会期40天，临时会期20天。谘议局有议决本省兴革事件、预算、决算、税法、公债、各省单行章程规则之增删修改、权利之存废等事件之权。但同时，各省谘议局议决之后，还须呈各省督抚批准，才能实行，而且谘议局还受督抚之监督，但不能监督地方行政。各省谘议局成立后，立宪派人物遂以此为依托，在全国范围内发动了更大规模的国会请愿运动。
清廷准庆亲王奕开去管理陆军部事务。
预备立宪公会讲习所举行毕业典礼，会长郑孝胥致结业词。
7月25日。两江总督端方奏明南洋高等商业学堂办法。并将原设之中等商业学堂合并办理等折。
清廷任命东北三省巡抚。实授程德全为奉天巡抚，陈昭常为吉林巡抚，周树模为黑龙江巡抚。
7月26日。湖广总督陈夔龙奏陈鄂省遵设自治研究所。
清军征讨德格土司之乱。四川总督赵尔巽以川军入藏定于本月起程，惟虑藏人阻挠，究竟应否准其迎头痛剿，转战前进，抑或停顿半途，另筹进步等事，本日致电枢垣谨请代奏朝廷，请旨示遵。次日，驻藏大臣兼川滇边务大臣赵尔丰出兵征讨川藏军事重镇德格土司之乱。
7月27日。日本人向延吉地区增兵添械。本日早六时许，有日本官兵由会宁渡江越境，并携带军械。8月4日，清外务部就此照会日使伊集院提出抗议，请迅速撤回该处日兵。8月8日，清廷命东三省总督锡良、吉林巡抚陈昭常妥为应付，力求稳慎，毋得稍涉大意，以防叵测。
《民呼日报》遭人诬指自吞赈款、“毁坏名誉”等罪。
7月28日。云南弥勒县等地发生地震。