但舆论的力量实在太大，除了私下的议论不说，一些人还暗中印刷了传单，到处散发。这些用劣质纸张印刷的、象盗版书籍一样的传单广为流传，虽然错别字很多，使不知情的人还以为是老军医的广告，但在群众中造成了很坏的影响。传单其实也没有什么新东西，无非是些恐吓和辱骂的大字报之类的玩意儿，诸如：张居正是个王八蛋，张居正是个扒灰高手，张居正是个白眼狼，张居正生活作风有问题，张居正喜欢吃明文禁止的野生保护动物，张居正收受贿赂，张居正公款出国旅游，张居正家庭有矛盾，张居正的爸爸是人妖，张居正里通外国，张居正是画皮，张居正对先帝有腹诽的嫌疑，等等。搞得京城里一时间沸沸扬扬。
张居正因此在十月份再次上书，请求万历让他回去尽孝道。万历还是不许。
张居正过了几天，又上书万历，再次请求丁忧。万历有些烦了，对老猫说：“操，这张居正成天哼哼啊啊，婆婆妈妈，歪歪叽叽，就像一只苍蝇，有完没完？告诉他不用回去了，他还这样，到底是我重要还是他老爸重要？你要做样子给人家看，两三次也差不多了，还玩什么！”说完，批示道：“着司礼监差随堂官一员，同卿子编修嗣修驰驿前去，营葬卿父，完日后即迎卿母来京伺养，用全孝思。卿宜体朕至意，弗再辞。”
张居正见万历这样的批示，乐得顺水推舟，高高兴兴地继续做自己的元辅了。但每见了人，张居正还是作出一副很委屈和无辜的样子，摊开两手，说：“你看，我有什么办法呢？皇上一定要我留下来，我不能违背圣旨啊。唉，自古忠孝不能两全，真是痛苦啊！”
有的大臣见他这样，当面没说什么，背后却骂：“去你妈的忠孝两全！你是哑子太监，上下两个巴都不全！”
本来张居正和万历都以为没什么事了，可没想到这顽固势力还强得很！
十月十八日，翰林院的吴中行首先上书，指出张居正不回去是不对的。吴中行认为，从伦理上来说，张居正不回去尽孝，很不符合我们的国情，会招人议论；从政治的角度来讲，张居正不回去，会导致朝廷官员的不满，会引起朝廷的动荡；所以，无论从哪个方面来说，张居正还是回去的好。但吴中行这人的神经有点问题，写完之后，他还特意给张居正留了一份，让张居正过目，还说：“元辅请指正。”好像自己写的是什么学术论文。搞得张居正倒有些莫名其妙的。
吴中行说得还是客气的。十九日，赵用贤上书，谴责张居正“能以君臣之义为效忠于数年，不能以父子之情少尽于一日”，认为张居正根本就不关心自己父亲的死活，也跟自己的父亲没有什么感情。
二十日，艾穆、沈思孝联名上书，不客气地说：“我们有几点想法想跟皇上沟通：一是张居正父亲去世，他居然好意思留下来，跟大臣们在一起上朝而没有丝毫的内疚，这会让大家怎么想？请皇上考虑；二是皇上留下张居正的目的如果是为了国家，但国家最重要的根本就是纲常，没有了纲常，怎么能服众人，怎么能治理国家？请皇上考虑；三是如果国家有什么大的庆祝活动，张居正参加不参加？参加，就是不孝道－－哪有老爹死了还参加欢庆活动的？不参加，对国家不尊重－－哪有身为大臣不参加国家的庆祝的？请皇上考虑。”
这些奏疏上去以后，被冯保给扣了下来。冯保叫人十万火急地去通知张居正，让他来商量怎么处理。张居正正在睡午觉，听到消息，连裤子都穿反了，惊惊慌慌地来到冯保那儿。冯保让他看这些奏疏。张居正看完，脸色就变了，一会儿红，一会儿绿，一会儿白，一会儿黑，就像练一门绝世的功夫，好半天没有说话。许久，才“呸”地一声骂出来，说：“这些狗娘养的，敢在老子头上动土了！”
冯保忙劝说：“张大人不要动气，这些小子，还不是张大人你手里的蚂蚁，值得你动气吗？”
张居正说：“我是气他们又要平时拿好处，关键时候又要跟你作对！一个单位，最怕的就是这样一些人！”
冯保说：“这样的人多了，什么单位都有。现在问题出来了，我们得把它解决才是。”
张居正在房间里背了手踱来踱去，由于裤子穿反，就像是两手放在肚子上一样。想了半天，问冯保：“公公你有什么主意？”
冯保说：“我的意思很简单，就是把他们几个给狠狠收拾一顿，杀鸡给猴看，让其他人不敢再乱说话。”
张居正点头：“好主意。不过，公公，你看该怎么惩治他们？”
冯保说：“最干脆的，是把他们给杀了，或者，关他个十年八年的。”
张居正想了想，说：“不是很好，我们还是要抱着治病救人的态度。我看，就实行廷杖吧，即使他们在生理上痛苦，更重要的，是使他们的心灵上有一道抹不去的创伤。”
冯保赞叹说：“还是张大人站得高些。”
于是商定对几个人实行廷杖之刑。
有消息灵通人士知道张居正的打算后，企图来给吴中行等人说情。一大帮人来找张居正，张居正躲着不见。其中有资历比较老的干部就干脆到张居正的内屋找他，恳请张居正放过吴中行等人，说：“张大人，他们也是为了国家，没有私心，有得罪你的地方，你大人不记小人过，就当他们是无知小孩吧。”
张居正说：“啊哟，我倒无所谓，只是皇上生气得很，我不敢多说话的。”
老干部说：“皇上生气，也是为了你张大人生气，你说算了，皇上也就算了。”
张居正怔了怔，说：“我哪儿有这么大的面子？皇上生起气来，谁都不敢劝的。”
老干部说：“别人不敢劝，你张大人是敢劝的。”
张居正有些发火，说：“你不要逼我好不好？我说了，真不关我的事。要求情，你们到皇上那儿去。”
老干部说：“张大人，你就不要再推托了，别人不知道内情，我还不知道吗？”
张居正听了这话，忽然跪了下来，尖着声音说：“你要我去皇上那儿求情，我是不敢，干脆，你还是杀了我算了，大家落得清净。”然后像泼妇一样把脖子伸长，头往老干部那儿拱，“你来杀啊，你来杀啊！”
老干部一见着架势，吓得忙窜了出去。
老干部气喘吁吁地回到家，坐下来，对家里人说：“这张居正，还真做得出来！连下跪这招都使出来了！”感叹说：“我看啊，朝廷是一代不如一代了，我们那时候，谁会这样无赖？我们那时候……”就开始说起光辉历史来。
家里的家眷和丫鬟一听他的“我们那时候”，忙都跑了出去。
二十二日，万历传出圣旨，命令锦衣卫将吴中行等四人拖出午门前廷杖。吴、赵各廷杖六十，开除公职，永不叙用；艾、沈各廷杖八十，发配边远贫困地区充军。
打吴中行等人屁股的时候，热闹得很：长安街头聚集了成千上万人，围在羽林军外面看稀奇，指指点点，议论谁是谁，谁长得还英俊，谁实在对不起观众；打的时候，又议论谁打得轻了，谁打得重了，谁多数了，谁少数了。这使被打屁股的几位很失望，后来反思说：“我们为了国家，为了人民，惨遭张居正的毒手，可人们不但不理解不同情，反而幸灾乐祸，看热闹，有的还想买我们屁股上的鲜血来做药馒头治病，看来，我们对人民群众的教育还是不够啊！”
可令张居正没想到的是，吴中行等人居然会因为被廷杖而名声大振。
一些自命清高的官员和知识分子认为吴中行等人敢坚持真理，不畏强权，是值得学习的楷模和典范。一时间，民间知识分子和一些官员对吴中行等人歌功颂德的文章奔涌而出，在民间活跃得很。像歌颂吴中行的：“英英者何？兰生气。追之琢之，永成国器”，又有歌颂赵贤的：“黄流在中，为君子寿”，等等。
这叫张居正很妒忌，对冯保说：“妈的，没想到倒让吴中行这等人出名了！”又很不高兴地把主管宣传口子的人找来，说：“我们看我们最近的宣传有问题，不是宣传好的方面，而是宣传一些坏人、一些罪犯，不是宣传积极的东西，而是宣传消极的东西、不利于安定团结的东西。我们的媒体导向很不正确，对一些低级趣味、对一些媚俗的玩艺很感兴趣，大作文章，大肆宣扬，他们到底想干些什么？你们作为领导，对这样一些问题怎么就没有点敏感性呢？”
搞得这些人头上的汗水马上下来了。
十一月初六，张居正正式回内阁上班。
上班的当天，万历派人来叫他到平台见面。这是张居正在“夺情”后第一次与万历见面。
两人见了面，都略微感到有些隔阂，有些别扭，就好像多年没见面的恋人一样。过了片刻，万历说：“先生这段日子辛苦了。”
张居正马上呜咽着说：“还要多谢皇上的照顾。”
万历说：“先生尽孝已尽了，要把心思多放一些在国家大事上了，多为国家做一些贡献，才真正能安慰九泉之下的老父。”
张居正说：“居正本想回去尽孝心的，就是因为担心国家和新政，才放弃了人之常情，但没想到会遭致如此多的非议。唉，皇上，其实我还是希望回去的，以免人家说些不好听的话，牵累到皇上你。”
万历和知道张居正在说客气话，心里说：“你想回去才怪！”张居正其实心里也在想：“就算不回去，安慰安慰你这个小皇帝也是好的。”两人都知道对方在说假话，都心照不宣，面上都一副很感动的样子。
万历说：“先生不必理会这些流言蜚语，对这些人自有国家的法律严惩。你尽管安心上班。”
张居正说：“多谢皇上的恩典。”
又说了会闲话，万历吩咐太监赏给张居正白银五十两、彩缎四表里，并让张居正在宫内吃饭。吃完饭，张居正才去内阁处理文件。