隆庆六年，当朱翊钧十岁时，不得不结束了无忧无虑的童年生活，开始进入皇宫私塾念书。当然，皇宫的私塾不是一般的私塾，是最高档次的贵族学校，请的老师都是些大名鼎鼎的学者和高级官员，诸如高仪、张四维、马自强、沈渊、许国等人。实事求是地讲，这些人学识过人，但给朱翊钧这样的小学生讲课，只说些三字经的初级读物，即使讲一些《尚书》、《大学》、《通鉴》，又只能讲些段落大意和中心思想，不能放开来全面论述自己的观点，未免有些杀鸡用牛刀。这使他们有些失落，叹息说：“不是一个话语系统的，唉，真不是一个话语系统的，没法沟通。讲这些精神，现在的年轻人都不懂。”
刚刚开学两个月，一场天大的变故便落到了朱翊钧的头上。
五月下旬，宫中传出穆宗病重的消息。
其实，穆宗早在正月间就患病了，只是病情时好时坏，大家也都不敢乱说什么。民间老百姓却没有什么顾忌，早把穆宗生病的消息传到了全国各地，有的地方还谣言四起，传言中让穆宗死了好几回。有的地方老百姓还把穆宗的病当作反面教材来教育那些生活作风有问题的年轻人：“你看，连皇上这样营养充足的人都吃不消，你还瞎搞什么？老老实实跟老婆过吧，别乱七八糟的包什么二奶了！”搞得被教训的年轻人很不乐意，说：“皇上是皇上，人家有几十上百个老婆，怎么好跟人家比？我不就红杏出墙了一次嘛，有必要这样婆婆妈妈的说个不停吗？”
五月二十五日，穆宗觉得自己身体不行了，传旨让内阁辅臣高拱、张居正、高仪到乾清宫受顾命。高拱几人忙赶到了皇宫。最先到的是张居正，后面来的人见了他，就惭愧地说：“不好意思，不好意思，又堵车了。”张居正笑笑，说：“我也刚到，最近交通老是这样堵。”走在走廊上，大家就悄悄地问高拱：“你说皇上这次是不是真的不行了？”所有人中，高拱跟皇上的关系是最亲密的，也只有他对皇上的病情知道得最清楚。但高拱这人老奸巨猾，只是摇了摇头，严肃地说：“皇上吉人天相，自会渡过难关的。”张居正和高仪忙都点头说：“高大人说得是，还是高大人有见识。”心里却有了疙瘩。
张居正和高仪想：老滑头，这个时候了还跟咱们玩虚的！
高拱却在心里说：还不知道你们的居心？就想等我说错话，参我一本说我诅咒皇上！想搞我？嫩着呢！
进了门，皇后、李贵妃和太子朱翊钧已经站在穆宗身边等他们了。高拱忙抢先一步跪在穆宗跟前，眼里流出两行清泪，说：“皇上，想死臣等了！”
穆宗伸手握住他，声音有些沙哑地说：“今后要劳累先生了。”
这使张居正和高仪很妒忌，心里很不平衡，便在心里乱骂：“老不死，算你狠，又抢在前面了！还流泪呢，真会作秀，******鳄鱼的眼泪！”但表面上却也不得不跟高拱一样，显露出沉痛的样子来。
穆宗说：“今天叫大家来，是想让大家帮着把身后的事处理好……”
高拱抽泣着打断穆宗，说：“皇上，您吉人天相，不会有事的。”
大家都忙点头，说：“是呀，是呀，皇上您不会有事的。”
穆宗却很想得开，说：“我知道自己的病情，大概好不了了。其实没有什么，生死是自然界的现象嘛，这是自然规律，谁都逃不掉的。”
张居正说：“我认识的好多州县级干部由于常年劳累，都有些小毛小病的，但只要注意保养，也就好了，平时他们的精神都抖擞得很呢。皇上您今年才三十多岁，正是年富力强的时候，平时注意一些，多锻炼，多保养，也一定会好起来的。”
穆宗摇摇头，说：“不行了，身体不行了，以前不注意，现在得病了，才知道健康的可贵啊。身体确实是革命的本钱啊！”
穆宗说这些的话的时候，朱翊钧和皇后、生母李贵妃在旁边直落泪。穆宗看见他们流泪，就摸着朱翊钧的头，说：“不要哭，以后要听皇后和妈妈的话，不要惹他们生气，要乖。学习上要用功，不懂的地方要及时向老师们请教，要虚心，不要骄傲自满。还有，生活上要艰苦朴素，不要和人家攀比。”
朱翊钧一边落泪一边点头：“孩儿知道。”
穆宗又问：“对了，你那只猫呢？”
朱翊钧哭着说：“回父王，在宫里。听说父王身体欠安，它也很担心，这两天连饭都不想吃。”
穆宗感慨说：“义猫啊，义猫啊。”
说了一些闲话，穆宗觉得支撑不住了，忙叫冯保宣读写好的遗嘱，大意是让高拱等大臣以后好好辅佐皇太子搞好朝政。当然，为了这遗嘱，后来引起了高拱和冯保等人的纠纷，闹得整个朝廷不安，这是后话。
第二天，穆宗在乾清宫病逝。据说，穆宗在临死前，大声喊：“某某，你，你，好……”搞得大家都莫名其妙，不知道皇上是什么意思，也没有人听清这“某某”到底是谁。有人猜测是皇上的初恋情人，有人认为是皇上的敌人，人人乱想，众说纷纭。（后来，《红楼梦》中黛玉临死前，悲呼：你，你，好……——不晓得是不是和穆宗皇帝学习的。）
按照穆宗的要求，告别仪式从简，葬礼简化，不让亲王等来京治丧，不许封疆大吏离职吊唁，也不准搞什么哀悼晚会，免得骚扰百姓。许多大臣在私下里都说：“皇上治理国家的水平虽然不咋地，在位这些年也没做出什么杰出的贡献，也没有什么代表理论，不过在体贴老百姓这一点上倒还真做得不错。”
穆宗死后半个月，太子朱翊钧正式登基，改国号为“万历”，成为明代第十三代皇帝，人称万历皇帝。朱翊钧此时才十岁。
对十岁的朱翊钧来讲，年纪轻轻就要担负起治理国家的重任，再加之自己还要出阁就学，实在有些吃力。好多大臣都对此很钦佩，认为小皇帝又要工作，又要学习，行政工作和专业研究双肩挑，实在不容易。
朱翊钧登基以后，顾命大臣张居正对他的学习抓得很紧，要求他“进学修德”，“用贤使能”，德、智、体、美、劳全面发展。张居正为此得到了很多大臣的赞赏，觉得他真是对后代负责，对大明的江山负责。不过朱翊钧太小，有些不懂事，对张居正的好意并不太领情，私下里对小太监说：“我KAO，你以为他真是对我好啊？这帮家伙，还不是想为自己讨一个好名声，让我来做试验品！他们是把自己的幸福建立在别人的痛苦之上！”
至于上朝之事，朱翊钧却没有什么意见。坐在高高的龙椅上面，看着下面的大臣撅了屁股给自己磕头，那是很过瘾的事情。当然，有很多人认为这是中国人的劣根性，没有人权意识，还有人认为这有点******的意味，这些鬼话朱翊钧都不放在心上，依然兴致勃勃地看了一个个撅起的屁股，觉得痛快之极。
只是在猫的问题上朱翊钧与有些大臣发生了些矛盾。
这只猫已经十多岁了。猫能活到这个岁数确实有些奇怪，“老而不死谓之贼”，猫也如此。但朱翊钧就是喜欢它，成天和它形影不离，谁拿它都没办法。朱翊钧朝政以后，坚持要带着这只猫上朝。在历史上从来没有过这样的先例，所以很多大臣一致认为这断断不可以。历史学渊博的大臣就博古引今，从纣王开始讲起，讲到元朝的腐败问题，洋洋洒洒做了一个上午的讲座，最后得出一个结论，就是要皇上“千万不可玩物丧志”。朱翊钧却不服，说：“我养只猫算什么玩物丧志了？它花得了几个钱？它既不会唱卡拉OK，也不会搓麻将，怎么让我玩物丧志了？你们有些人天天热衷于搓麻将、唱歌跳舞、洗桑拿，都算不上玩物丧志，我养一只猫就是玩物丧志！开什么玩笑！”说着又犯了小孩脾气，摔了只玉杯，说：“我就带它上朝，怎么样？你们爱来不来！”
大家见皇上发了脾气，倒也不敢再说什么，只好由他带着猫上朝。但大臣们心里都不舒服：给皇上磕头也就算了，现在还要顺带给你这只猫磕头，这算什么？
但不舒服也就不舒服，不舒服也只能憋在心里，还能怎么样？除非你不当这个官。
于是万历就带着这只猫上朝。
上朝后遇到的第一件大事，就是处理张居正、冯保和高拱之间的矛盾。
其实大臣之间有矛盾并不奇怪，舌头跟牙齿还有不合的时候，更何况大臣之间的关系简直就是牙齿对牙齿，不磕撞才奇怪。但张居正和高拱之间的矛盾跟一般的矛盾还有所不同，关乎朝廷的安定团结，关乎社会的长治久安，所以很让人有些头痛。