星云承接着他在20世纪50年代的革新思路，衡量了大陆十方丛林制、传统子孙制、管理人制、现代董事会制、日本佛教大本山制等体制的各种利弊，尽量扬长避短，于70年代初步创立了佛光山宗务委员会组织体制。要旨为：
1．宗务委员会设于佛光山，又称“总本山”，原星云领导的在宜兰、台北等处道场，称为别院或分院，受宗务委员会领导，与台湾当时大多数寺院不同，实际上已经不再受“中佛会”指导。宗务委员会为最高权力机构。所以佛光山的创立对台湾“中佛会”而言，不啻是另起炉灶，充分体现了自主性与集中统一领导。这一体制初步实现了太虚改革僧伽制度的理想，避免了当年大陆中国佛教会体制的“内耗”，及其即使在太虚领导下，也仅能“指导”寺院，在经济上反而受制于传统寺院的弊端。宗务委员会由七至十一人组成。委员由僧众会员选举产生，宗务委员内推有开士级以上的僧众会员[31]一人为宗长兼佛光山住持。六年一任，可连选连任一次。对内综理一切事务，对外代表佛光山。采用住持制偏向于权力的集中，这是为了贯彻星云人间佛教理念的需要，也是防止争权的摩擦，提高效率的需要。为了防止权力过分集中造成个人专断的弊端，故采用委员会制度加以制衡。宗务委员会下属的分、别院也采用住持制，为防止权力集中可能造成的腐败等弊端，佛光山的分、别院后来还采取了财权与管理权的分权制；为了僧众和合，防止传统寺院常有争权夺利现象，采用职事轮换制，使各职事在工作中都可以体会他职的苦乐。另外，佛光山系统还形成了一个惯例，即分、别院的住持，一般都不是该院的创建者。这样，可以防止常有的“恋栈”现象与权力专擅。
2．早期（1967—1986）宗务委员会下设五堂二会，即宗务堂（实际执行机构，下分各执事部门及各分院）、教育堂、文化堂、慈善堂（此三堂主管三方面事业）、福利堂（主管朝山会馆与法物流通处）、计划工作会、策进工作会。可以看出，这一机构设置，与慈航法师强调的以佛教教育、文化、慈善事业为重的人间佛教理念是完全一致的。后来又根据需要多次调整。
3．在佛光山宗务委员会制度的基础上，为了能在僧团和合的同时，发挥每个徒众的进取心。根据星云的建议，经宗务委员会讨论通过，于1981年就颁布了《徒众序列等级阶位办法》，并试行。在1985、1994、1997年又经三次修订，佛教的宗教师系列制度逐渐完善。
这一制度并非凭空订立。我们可将此与太虚于1930年设想的《建立中国现代佛教住持僧大纲》的内容作一对比：
僧尼分为三大类：学僧（包括上士、学士、博士、大士四等）、职僧（包括国会长、省会长、县会长、甲科长、乙科长、甲科员、乙科员、甲事务员、乙事务员九级）、德僧（长老僧）。
上士、学士、博士、大士都必须分别从初、中、高及研究院（太虚称为律仪院、普通教理院、高等教理院、观行参学处）毕业，毕业后即可任职僧，以获上士学历者为例，先从最低的事务员做起，分五级晋升，最高可至甲科长（按：这一世俗名称不妥，太虚在同文中又称为甲等布教师，实相当于乡镇寺院的住持一级）。学士、博士、大士学历的任职起点各依次高一级，也分五级晋升，最高级也各高一级，也就是说，只有拥有大士学历，最后才有可能任全国佛教会的会长职。
德僧限年龄五十，出家三十年以上者，可按其所好持律、参禅或念佛。
而《徒众序列等级阶位办法》是这样规定的：佛光山出家徒众分为五类（包括清净士、学士、修士、开士、大师），清净士、学士均分六级，逐次晋升，修士、开士均分三级。其阶位的核定与晋升依据学历、年资、经历、特殊技能、戒腊、道业、学业、事业贡献等。以依学历原则核定为例，小学毕业出家者为二级清净士，国中（初中）、高中、大学专科、本科、硕士、博士研究生学历依次各高一级，也就是说，有硕士学位的已受具足戒者，可直接核定为一级学士，以后再按年资或其他原则晋升。这些规定在精神上与太虚设想接近。
有些徒众年资届满，但业绩太平庸不符升阶标准，可晋为安士，也包括清安士、学安士、修安士三类。这也颇类于太虚关于德僧的设想，惟无年龄限制，也就是说，如果无心于人间佛教事业的话，不管年轻年迈，都可以在佛光山各道场自修自了。但避免了“有些出家人在学业、道业、事业上并无可观之处，只是剃了头就做人的老师，甚至私受徒众，传授戒法；或自以为有神通，号称大师”等弊端。[32]这些弊端，在台湾佛教界的确随处可见，然而这也不能仅归罪于出家人，有些出家人其实是给不明寺院底里的信众宠坏的。
不过，太虚这一设想是在出访欧美后，有意借鉴天主教的组织严密的优长，模仿其教阶制，在中国难免缺乏可行性。星云订立的这一制度则意在借鉴现代的人才激励制度，明确地针对汉传佛教界普遍的弊病，例如做事的虽难免有错，但总比安坐闲住好，但不做事的反而在旁边说做事的风凉话。其中一些重要的晋升办法，进一步以现代社会的成就原则取代了传统的身份原则，例如第五条第四款有关特殊贡献等的规定。[33]此外，职务与级别分立，级别较低也可委重任。依此，佛教受中国宗法传统影响形成的论年资辈分的习染在佛光山却吃不开，青年人只要有才能、肯干，很快会得到晋升重用，佛光山的执事大都很年轻。当然，品行与参学也很重要。因此，谨守本分的出家人也可通过年资的累积晋升。佛光山的出家众的衣食住行与日用品都由常住供给，级别其实表现了佛教大众对个人成就的肯定，与单银（另发的个人零用钱，截至1995年，佛光山出家众的最高职位到最低职位所得都在新台币400～150元之间，而当时为佛光山服务的在家众的平均月薪约为3000元）的关系也不大。
星云的又一很有前瞻性的理念也通过《徒众序列等级阶位办法》实现了制度化，那就是“僧信平等”。该办法还核定了佛光山在家的师姑、教士年资等级，其职级大体与出家人一样。但毕竟出家人舍弃更多，全心全意奉献佛教的可能性也更大，因此，该办法规定的在家教士的晋升年限比出家人要长些。另外，通过建立配套的檀讲师制度，使自早在清乾隆年间（1736—1795）就反复出现居士上堂讲经说法[34]，而僧尼对此多表示反对——这一两百年来争论不休的问题得到了实质性解决。星云无须为居士去“争”，只要做就是了，这一制度化比口头上承认他们讲经说法的“合法性”也更有效。具体地讲，该制度规定了取得檀讲师的资格须具备具有正知正见等四个条件，[35]规定了其评鉴与晋升为檀教师、檀导师的标准。
同时，原有的大本山与下属寺院的关系也进一步得到理顺，一般在国内外人口超过百万的大都市，经常性弘法集会超千人，可设别院，本山派住出家人可达八人以上。在人口超过五十万的城市，经常性集会超五百人，可设分院，派住出家人四人以上。在乡镇地区，经常性集会超过两百人，可设禅净中心，派住出家人两人到四人。在边远地区设布教所作为宗教场所，法师巡回开展活动。各分院、别院、中心的人员由本山统一调遣，财务则独立。人员平均三年轮调一次，由宗务委员会讨论决定，调动时首先考虑个人志愿，再依本山或分、别院的需要。太虚当年借鉴天主教教区制重建僧制的设想，通过星云与佛光山的努力，居然得以初步实现，而且吸取了日本佛教大本山制之长，建立在佛光山事业稳步发展的基础上，可谓东西合璧，相得益彰。
4．不但如此，星云还有鉴于“佛教道场的积弊”，进一步确立了在佛光山上得到较彻底贯彻的原则规定，如不违期剃染，不夜宿俗家，不共财往来，不私收徒众，不私蓄金钱，不私建道场，不私交信者，不私自募缘，不私自请托，不私置产业，不私造饮食。这些规定，有的原本戒律上就有，有的太虚早就在1921年杭州净慈寺改革中实行过。但在许多地区，可以说屡禁不绝，绝而复生，甚至愈演愈烈。其原因绝非不知戒律清规，更重要的恐怕在缺乏执行的权威，传统的一盘散沙似的寺院环境正是这些戒律清规所禁的现象一再泛滥的温床。只有佛光山或类似的体制能够挽狂澜于既倒。以“不私收徒众”为例，星云说：“佛教的徒众并不是属于私人的，而是整个佛教的，以前的佛教滥收徒众，滥传戒法，滥挂海单，致使僧格堕落，教团散漫，因此我主张出家弟子只论辈分，不依某一人，例如第二代都是师父，第三代都是徒弟；如果是在家众弟子，所有出家人都是师父。”[36]
佛光山的规定与星云的这种解释，是对传统的皈依制度的重大变革。但这不允许，那不可以，没有私利可图，有多少人愿意在佛光山干下去呢？事实上，佛光山还订立了完善的福利制度，从僧俗四众的医疗、休假、留学、旅游、探亲、贷款，甚至父母逝世后的灵骨安放，都有条文可循。这就保证了佛光人无后顾之忧。更重要的是，除了宗教本身的奉献精神，佛教的修行品格之“无我”要求之实践外，佛光山温熙和乐的氛围，能够“人尽其才”的制度等等，对有抱负的宗教师与追求才能有施展空间的现代人更有吸引力与凝聚力。
根据符之瑛的调查与概括，星云建议订立的这整套制度升迁奖惩明确，使佛光山的人才运用活而不滞，分工而有协调，平时事事有人管，人人对分工全力以赴；遇到大型活动，大家也纷纷响应动员，争干“分外事”。但她把星云与佛光山创立的制度与现代企业管理制度相比拟似不妥。星云建立的全套制度的主体其实是现代佛教的职业宗教师制度，具有鲜明的佛教特色：“把丛林里好的东西和社会上好的东西结合起来，使佛教人才不只有传统的修行品格，也具有现代的人间性格，不只在修行上有境界，也能在社会上有专业的涵养；不只在思想上能领众，在处事上也能圆融。”[37]
这就是星云的要求。佛光山宗务委员会在《国际佛光会组织章程》中也明确规定了会员的权益，如享有选举、被选举权、发言权、表决权，有权参加该会所举办的各种活动，有权获得该会发行的书刊，有权在处理婚丧喜庆与疑难问题时得到该会组织的帮助，有权在旅行时，凡有该会或佛光山分布世界各地的分、别院的地方，均可享有组织的服务。[38]
总之，佛光山的体制建设没有生搬硬套，而是星云借鉴太虚等前人构想，在实践中不断总结经验教训，不断改进的成果。