徐道覆的第二轮攻击开始了，他没想到兵力微弱的沈林子不退反进，已抢先占领南塘堤道的北端，徐道覆军拥挤在堤道上无法展开，无从施展兵力上的优势，两军杀作一团，交战多时仍不分胜负。徐道覆挥军反复攻击，将战线一点点往北挤，沈林子毕竟兵少，在徐道覆军的车轮式攻击下渐渐难以支撑，但正在此时，朱龄石的援兵到了。
朱龄石率领的一千鲜卑兵士可能是骑兵，南塘的狭窄地形根本没给战马提供驰骋的空间，因此他们全部步战，排成密集的队形，端着四米多长的长槊，像一道长满锋利矛尖的钢铁城墙，沿着堤道缓缓推进。
五斗米道军的强项是水战，陆战使用的主要是短兵器，如果是在开阔地上一对一地格斗，用这些武器对战笨重的长槊并不落下风。但在这样重兵对抗的战场，面对密集的槊尖，徐道覆率领的士兵无处可避，根本没有机会靠近对手便被乱矛捅死！而且因为兵力太密集，前面的人想撤退都不容易，于是一番战斗下来，徐道覆军前锋数百人战死，后边的人惊骇而退，晋军损失却非常小。徐道覆见已无力再攻，只好收兵退回丹阳郡城。
稍后，卢循率领大军到达丹阳郡城，刘裕也率军渡过秦淮河，在南岸筑垒布阵。卢循见徐道覆打了败仗，而刘裕也已赶到，不敢再打，又从丹阳郡城撤回蔡洲，结束了这次雷声大雨点小的会战。此战卢循、徐道覆开局打得不错，他们第一次成功地算计了老对手刘裕，将晋军主力调到北线，然后又用诱敌伏击战术击败徐赤特，差点洞穿晋军南线的木栅防线，实属难能可贵。但徐道覆的后续行动没打好，尤其不该在第一轮攻击后，在南塘以南休整军队，导致沈林子抢先控制了南塘要隘，使这次进攻功败垂成。晋军方面，沈林子是此战的最大功臣，正是因为他临危不乱，应对得当，撑到朱龄石的援军到达，终于转败为胜。刘裕在此战中的表现略失水准，整个过程有点被动，这大概与他此时只想坚守不战，等待时机有关。刘裕最大的失误是用人不当，本身的指挥并没有大破绽，且此时晋军的处境比卢、徐二人初到时已大幅度改善，就算徐道覆成功突破了沈林子的防御，要想真正打败刘裕，夺取建康，恐怕成功的机会仍很渺茫。
卢循在精心策划的军事行动小败之后，再不敢贸然发动攻击，只是分兵袭击京口和沿江各城，但因为晋军防备严密，都未获得太大战果。因为晋军此时缺少足够的战船，当然不愿以己之短，击敌之长，刘裕也没有进攻蔡洲，只是任命庾悦为江州刺史（总部寻阳，现在还在卢循的控制之中），让他组织力量去骚扰卢循的后方。因此在之后一个多月内，双方都未再发生大规模的交战。
时间一久，人数众多又远离后方的卢循大军渐渐感到支持不住了。在建康附近的各郡县要么是守备太强，要么是已经坚壁清野，都弄不到多少粮食。于是卢循找徐道覆商议说：“如今军队已经疲惫不堪，再留在这里，不被刘裕打垮也要被饥饿拖垮！不如先回寻阳，然后攻取荆州。我们占有了荆、江两个大州，就可以依仗天下的三分之二，与建康对抗。”徐道覆虽然心有不甘，但面对客观情况也只能如此了。
五斗米道军的两大头目达成共识之后，七月十日，卢循率军从蔡洲西撤，回师寻阳，只留下范崇民率五千兵守卫南陵（今安徽贵池县西南），阻挡晋军追兵。在确定卢循已经退走后，建康城宣布解除戒严，历时约两个月的建康保卫战终以晋军的胜利而告结束，刘裕终于凭借着过人的毅力、才华，还有运气，度过了他一生事业中最大的一次危机。
【荆州争夺战】
在刘裕看来，卢循、徐道覆从建康城外撤走，代表的意义并不仅是朝廷度过了危机，也意味着卢循永远丧失了主动权，接下来的仗要怎么打，就要由刘裕来决定了！卢循、徐道覆，你们的死期快到了！
七月十四日，刘裕命辅国将军王仲德、广川太守刘钟、中军咨议参军孟怀玉和河间内史蒯恩等率军沿江西上，作为追击卢循第一波攻击部队。鉴于此时卢循军在水军实力上较晋军仍有很大优势，真要在长江上与卢循交战，晋军还没有取胜的把握，所以刘裕故意等卢循开拔四天后才命这支军队出击，并不真打算让他们追上卢循。说白了，第一波攻击部队的作用是象征性的，主要是做个样子给天下人看，让各州郡知道朝廷已经渡过难关，有余力出击了！这对于维系外地州郡的人心是有很大作用的。刘裕判断，卢循此次撤退后一定会进攻荆州，所以又派了淮陵内史索邈率领骑兵（可能又是那一千鲜卑重骑）从陆路西进，设法增援荆州。但这支军队兵力不多，又沿途受到卢循军的阻拦，进展非常缓慢。而刘裕本人则赶往东府，大力督造新战船，为第二波真正的攻击做准备。
一般说来，武器装备的优劣对水战的影响要大于陆战。在建康之战中，刘裕已经亲眼见到卢循军队战船的精良，所以这次督造的新战船全是按照压倒卢循军战船的标准。重新设计制造的战船有不少是多层的大型楼船，高度也有十余丈，完全不逊色于徐道覆建造的八槽船。这样，等刘裕亲统大军出师的时候，卢循军将要面对的就不再是他们熟悉的，欺负惯了的晋军小船了。
那么现在残存的晋军旧战船怎么办？刘裕命令将这些旧战船集中起来，交由建威将军孙处与振武将军沈田子率领，再配上水军三千人，沿海路南下，穿过今台湾海峡，去袭击卢循的后方老巢番禺（今广东省广州市）。这个计划一出，不少人都明确表示反对，他们认为，“船队航行在大海之上，常会碰上难以预测的大风大浪，路途又遥远艰险，不见得能够到达。而且现在大战在即，正是用兵之际，不该分出三千人去做这种不靠谱的事。”
在历史上，我们常常看到这种现象：一些天才的想法常会因为超出常人的理解力不为众人所接受，最终被平庸的想法淹没。不过这次没关系，因为靠不靠谱，最后还是要由刘裕来决定。刘裕不理睬所有的反对意见，坚持派出这支奇兵，并在出发前，对带队的孙处、沈田子说：“估计到今年十二月，卢循、徐道覆一定会被我打败！你们的任务就是赶在这个时间之前攻占番禺，夺取广州，捣毁他们的巢穴，让败退的卢、徐等人无路可逃，无家可归，没有东山再起的机会。”
再说晋军在东线建康转危为安的时候，西线的江陵却正处于危急之中。随着荆州军团在长沙、寻阳两次失利，荀林率领的五斗米道军已推进到江陵东面不过百里的江津（今湖北荆州市江陵区东）了。这还不是最糟糕的，对荆州更大的威胁是谯蜀任命的荆州刺史桓谦。
两年前，由于刘裕派刘敬宣讨伐谯蜀，谯纵很慌张，除了派谯道福统军抵御，并向后秦讨要援兵外，还上书后秦主姚兴，请求派桓谦来蜀，一同谋划攻讨刘裕。姚兴征求桓谦的意见，桓谦见有恢复桓氏祖业的机会，立即表示赞成，并颇为乐观地说：“我们桓家数代治理荆楚，对那里的百姓有恩德，如果能借助巴蜀的兵力顺江而下，荆州一定会有很多人响应！”姚兴见他积极性很高，便同意了，但提醒他说：“我听说小沟里容不下大鱼，谯纵如果有攻取荆楚的能力，就不会找你去帮忙。如果他没有能力，又岂能重用一个有能力的外人下属？你要去巴蜀，就自求多福吧。”桓谦一心沉浸在恢复祖业的梦想中，没听姚兴的劝告便来到巴蜀。到达成都后，桓谦兢兢业业，礼贤下士，努力招揽各方人才，很像当年刘备应刘璋之邀入蜀，只差没带军队。这样扎眼的表现果然让谯纵起了疑心，马上将桓谦一行人软禁在龙格（今四川双流县），派军队严加看守，禁止他们与外人接触。至于精诚合作讨伐刘裕的事，自然也就“太监”了。失去自由的桓谦后悔不迭，流着泪对诸兄弟说：“天王（指姚兴）真是料事如神啊！”
本来桓谦差不多也认命了，这辈子就老死龙格得了。但卢循、徐道覆出人意料的北伐以及之后更出人意料的节节胜利，让原本没多大野心的谯纵红眼病发作，又产生趁火打劫的念头，决定出兵荆州。
要打荆州，当然不能浪费了桓家这张大牌，所以谯纵又把桓谦放出来，任命他为荆州刺史，随谯道福出征。要是某位黑社会老大无缘无故把你海扁一顿之后，又拉你去喝鸡血酒，一起海誓山盟，你还会相信他是你的真朋友吗？反正在龙格享受了两年高级囚徒待遇的桓谦是不信的，他已经不可能和谯纵一条心了。难得有个自由行动的机会，桓谦利用桓氏家族在荆州经营日久，门生故吏遍布的优势，一路安抚招集，很快汇集到他手下的桓氏旧部就有两万多人。有了这份本钱，桓谦便寻机摆脱了谯道福的控制，率自己的人独自推进到枝江（今湖北枝江县），距离江陵不到百里，并与荀林所部东西呼应，构成对江陵的两面夹击。
谯道福被桓谦甩开后，也干脆不再管荆州的战事，带着他的两万人去进攻巴东郡（今重庆奉节），并在这年的十一月将其攻克，斩晋朝巴东太守温祚和将军时延祖，谯蜀完全控制了蜀中。
在两面受敌的险恶局势下，江陵城中人心浮动，议论纷纷，不少当地人已准备迎接桓谦入城了。刘道规见人心如此，干脆来个实话实说，集合将士公开宣示全城说：“桓谦就在城外不远，听说城中有不少父老想去投奔。我从东边带来的人足够做事了，你们如果有想走的，我绝不阻拦。”然后吩咐大开城门，彻夜不关。在刘裕的宗族包括后代子孙中，除刘裕本人外，最能干的大概就是三弟刘道规了。这一招看似极险的心理战大获成功，江陵当地人对他这种大胆的做法既佩服又害怕，竟无一人出城，城中人心稍稍稳定。
这时，驻守襄阳的雍州刺史鲁宗之主动组织了数千援兵来支援江陵。刘道规的属下得知此事，却不认为这是好消息，他们指出，鲁宗之曾在桓家手下做过事，现在桓谦将至，鲁宗之虽然声称来援，但其真实意图难以确知，很可能是来替桓谦骗城的，不可以轻易放他进城，应该设法阻止他的行动。刘道规对这种看法不以为然，他认为鲁宗之虽曾为桓氏部属，但早已叛离，还在讨灭桓振的战争中立下过大功，不大可能重新倒向桓氏。而且江陵目前兵力不足，要渡过目前的难关，鲁宗之这几千人就是必不可少的。
比如一个人得了重症，只能再活一个月，现在有一种风险很大的特效药，服下去之后有一半的概率治愈，另一半的概率是立马死掉，你吃不吃？刘道规的回答是：吃！为消除嫌疑，刘道规故意不带一人，单身匹马到城外迎接鲁宗之。鲁宗之见状大为佩服，也感激刘道规的信任，果然倾心相助。
等到雍州的兵马进了城，刘道规命鲁宗之率雍州援军守卫江陵，自己与檀道济、到彦之等将领率荆州军团主动西出枝江，进攻桓谦。这一计划又遭到了部分将领的反对：“现在出城讨伐桓谦，恐怕没有必胜的把握，而且荀林近在咫尺，时时注意着我军的行动，如果乘将军西出来攻江陵，鲁宗之未必守得住！一旦发生那样的事，大势就无可挽回了！”刘道规回答说：“你们说得不对，荀林并非什么了不起的将领，愚蠢胆小，反应迟钝（荀林不久前还打败过檀道济等人，虽说主要原因是檀道济等人兵弱，但刘道规如此评价主要是给部下打气，不完全客观），以为我没有走远，一定不会贸然进攻。桓谦现在虽然汇集了几万人，但都是临时拼凑的乌合之众，只要我军一到达，马上就可以取胜，荀林还在盘算不定，我军就可以回师。等荀林得知桓谦战败，估计胆都吓破了，如何还敢来？而且就算他来，鲁宗之只守不攻，支持几天有什么难的？”
于是，刘道规依计划行事，突然出击桓谦，在枝江展开大战。晋军先锋檀道济的表现勇猛无比，率军奋不顾身地带头冲锋陷阵，桓谦的部下大多数既没有作战经历，也没经过训练，很快就被打乱了阵形，失去统一指挥。刘道规乘机指挥水陆大军猛烈攻击，桓谦军大败，两万人马顷刻间烟消云散！桓谦本人乘一条小艇逃走，他不愿再去谯纵的地盘，所以没有往西逃，而是往东走，企图去投奔荀林。但要在大败之后穿越敌占区，哪有那么容易的？很快被刘道规的追兵捕获，就地处决。在这期间，荀林果然没有动作。
再说得胜的刘道规进入桓谦大营，除了得到不少辎重粮秣外，还发现了一大堆书信，全是荆州大小官员秘密写给桓谦，表示愿做内应或透露江陵情报的。刘道规仿效刘秀和曹操，将这些书信全部焚毁，一封也不看。江陵城中的人得知此事，都对刘道规感激佩服，人心完全安定下来。
随后，刘道规率军回师，大败荀林于涌口（今湖北华容县附近，涌水入长江处），荀林率少量残军逃走。刘道规命咨议参军刘遵率军追击荀林，自己先返回江陵。到九月份，刘遵在巴陵击斩荀林，荆州转危为安。（注：关于荀林，《资治通鉴》与《宋书》的记载大相径庭。在《资治通鉴》中，记载其名字为“苟林”，身份是姚兴派来援助谯蜀的后秦军将领，其他事迹大同小异。但如果“苟林”是后秦援军将领，必然是与谯道福、桓谦协调行动的，应该先出现在江陵的西面，而不是先出现在卢、徐刚刚打下的寻阳，也不该接受卢循给予的南蛮校尉一职。而且在涌口战败后，应该北投后秦，没道理南投巴陵。所以本文采用了《宋书》的说法。）
【三面张网】
桓谦、荀林被刘道规打败的时候，卢循、徐道覆已经从建康回师，到达寻阳。刘裕虽然派军追击，但王仲德等人所率的追兵只追到南陵以北，刚遇上范崇民的阻击部队就停滞不前了，这使得卢、徐二人大感安心，既然东线一时没有危险，那就按既定方针先解决荆州的刘道规吧。荀林不管用，看来一定得动用王牌了。十月初，卢循决定自己留守寻阳，一面整军备战，一面监视刘裕大军的动向，同时派徐道覆率三万大军西上，夺取江陵。
徐道覆决定实施奇袭，不知他采用了什么办法，总之一路隐蔽行军，一直突进到破冢（江陵城东南郊）才被晋军发现，晋军大出所料。因为没有料到徐道覆军会突然来袭，几天前鲁宗之已经率领雍州军回襄阳去了，刘道规急忙派人去追他们回来，但远水一时已救不了近火。面对几乎是从天而降的徐道覆大军，江陵城中军民大为震惊。接着，谣言四起，都宣称建康已经被卢循攻下来了，晋朝已亡，命徐道覆来担任荆州刺史（这很可能是徐道覆让人散布的）。尽管城中人心惶惶，但当地军民已被刘道规枝江焚书的宽容气度折服，全都鼎力支持刘道规作战，没人产生二心。
刘道规见后顾无忧，率军主动出击，布阵于江陵东南郊的豫章口，与徐道覆决战。战斗初始时，徐道覆攻势非常猛烈，不多时便击破了刘道规前军。形势险恶，刘道规冲到前面激励三军，檀道济奋力反击，终于稳住了局面。徐道覆一击不能得手，便将全部兵力投入攻击，力图压倒晋军，而晋军也不遗余力，全力抵挡，两军将士挤满了豫章口，徐道覆因兵比刘道规多，渐渐又开始占据上风。