在那个互联网的冬天，只有为数不多的企业成功“过冬”了，它们分为两类：一类是融资额有限，但在战略上并没有犯错，因而得以撑过去了；另一类是融资额足够多，即使犯了战略性错误也依然有足够的余钱来修正错误，因而也见到了曙光。
盛大陈天桥即属于前者，阿里巴巴马云则属于后者。
2000年马云所犯的战略性错误，给了他足够的教训，也促使这家企业格外早熟。
阻击eBay，淘宝网诞生
2002年年底，马云带着团队前往日本向孙正义“述职”，其间孙正义与马云有过一场密谈，而这场密谈直接导致了2003年淘宝网的诞生。
当时孙正义对马云说：你们研究过eBay吗？他们跟你们的平台实际是一样的。马云一时间有些摸不着头脑：eBay不是C2C吗，而我们是B2B，怎么会一样呢？当时孙正义仅仅是点到为止，没有多说。马云隐约觉得似乎有问题，于是与团队一头扎进去琢磨起eBay来。
不研究不知道，一研究吓一跳，eBay虽然只是个人卖家平台，但其产品的陈列同样适合企业卖家。也就是说，只要eBay愿意，它随时能攻入B2B领域，如果再来中国宣传一番，凭借其在全球的知名度与雄厚财力，阿里巴巴的注册用户（大部分以外贸企业为主）岂不全跑到eBay那里去了？
马云当时需要立刻思考一个问题：如果eBay大兵压境怎么办？“进攻就是最好的防守”，马云首先想到的就是，抢先攻入eBay的C2C地盘，以确保自己的B2B地盘不被eBay攻入。马云的想法得到了孙正义的支持，于是回国之后，马云着手秘密研发基于C2C的淘宝网。
2003年4月7日，阿里巴巴的七位骨干员工被马云秘密召见，“我现在派你们去做一个C2C的项目，这个项目目前还处于绝密状态，全公司的人都不知道阿里巴巴会进入到C2C领域。公司派你们去做这个项目，你们不能告诉任何人，包括女朋友、爸爸妈妈。否则，我只能开除你们”。随后这个小团队与公司签订了“保密”协议，并且重新回到湖畔花园马云的家里办公。
此后不久，马云从美国买回来一套C2C交易系统，这支秘密团队便在此基础上开始了淘宝交易平台的研发。2003年5月，淘宝网正式上线，马云随即对外宣布将投资1亿元打造C2C淘宝网，并且承诺三年之内向用户完全免费。
其实，当时阿里巴巴账户里并没有足够的资金去孵化淘宝网，马云之所以有底气宣布1亿元投资淘宝网，是因为在此之前就得到了软银孙正义的投资承诺。
2003年下半年，阿里巴巴正式获得软银、富达投资、寰慧投资和TDF合计8200万美元的投资，其中软银的6000万美元是单独注资给淘宝网的，软银因此成了淘宝网的大股东。
其实，在淘宝网诞生之前，eBay已经通过收购易趣网进入中国，那时候易趣网在中国C2C的市场份额高达80%，几乎完全垄断了中国C2C市场。
淘宝网与eBay的正面对抗能有胜算吗？
就在马云宣布投资淘宝网1亿元人民币之后，eBay也随即宣布在中国市场投入1个亿，不过，是美元。按当时的汇率计算，eBay投入的资金量是淘宝网的8.3倍，显然其意图非常明了：通过强力的市场封锁，将淘宝网扼杀在摇篮之中。
当时，eBay以两倍于正常价格的代价，与各大门户网站签订广告合约，唯一的条件便是，对方不得接受淘宝网的广告投放。基于这种绝对的资金优势，eBay的CEO惠特曼甚至扬言：“淘宝网会在18个月内夭折。”
在门户网站广告投放被阻断的情况之下，淘宝网只能退而取其次，在一些站长控制的中小网站投放广告。一时间，国内的中小型垂直网站布满了淘宝网的广告。
双方的“烧钱大战”不仅在线上打得如火如荼，而且还将战火烧向了线下。淘宝网开始在公交站牌、地铁车厢、户外灯箱投放广告，eBay则挟持优势资金跟进，以图全面压制住淘宝网的市场推广。eBay甚至在马云办公室对面的大楼买断一块巨大的外墙广告，让马云抬头就要看到eBay的广告，而马云则买断了eBay中国办公楼附近地铁入口处的广告以示回击。
这种阵地战式的广告比拼，显然不是马云宣布的1个亿能应付得来的。2004年，马云被迫又给淘宝网追加了3.5亿元预算。
虽然eBay以明显的资金优势压制着淘宝网，并且在中国C2C领域的市场份额继续维持着第一的位置，但是淘宝网借助“免费”的策略，用户的增长速度明显要快于向用户收费的eBay，eBay的市场份额相对在下滑。
马云花巨资培育淘宝网的一个意外收获是，支付宝在不经意间迅速做大。
支付宝于2003年10月推出，最初只是淘宝网的一个部门，当时推出支付宝的目的在于，使原本互不信任的买卖双方，能够通过第三方的担保完成交易。支付宝的推出，极大解决了C2C买卖双方在付款环节的相互不信任问题，因而极大促进了网购市场的发展。另外，由于当时没有任何人想到要开发一个网络支付产品，导致支付宝在初期时没有任何竞争对手，从而迅速奠定其垄断地位。
2004年12月，支付宝从淘宝网剥离独立运行，支付宝不再仅仅服务于淘宝网用户，开始向其他B2C和C2C商户公司开放，马云的意图在于将支付宝打造成整个网购行业的支付工具。
支付宝可谓是马云天才般创造力的又一个杰作，借助支付宝，马云迈入了中国商业的纵深—金融领域，支付宝也成为日后整个阿里巴巴最具含金量的一块资产。
eBay逼宫，雅虎入局
进入2005年，淘宝网与eBay之间经过两年的“烧钱大战”仍不见胜负，双方难分难解的较量势必要继续进行下去，而软银两年前投给淘宝网的6000万美元已经接近耗尽，因而急需再获得输血。
所谓“屋漏偏逢连夜雨”，此时马云面临的烦恼远不止于此。
其一，在中国互联网界向来令人生畏的腾讯，居然裹挟着拍拍网杀将进来加入C2C战局，而且也跟淘宝网一样打着免费的旗号，这意味着淘宝网不得不同时面对两个强敌。
其二，这边淘宝网已经很缺资金了，那边阿里巴巴的前几轮风险投资人迟迟等不到阿里巴巴的上市，已经急不可耐地要求套现退出，毕竟他们自1999年起持有阿里巴巴股权已经有四五年时间了，马云不得不想办法为前几轮投资人找到股权接盘者。
其三，eBay正在打着新算盘，所谓“杀敌一千，自损八百”，它不愿意再与淘宝网继续恶战下去，因而向孙正义抛出橄榄枝，谋求收购淘宝网进而实现在中国C2C市场一统江山。而且eBay开出的价钱是令人难以拒绝的10亿美元，孙正义对这个价码动了心。
面对这接踵而来的难题，特别是eBay明确提出收购的逼宫，令马云彻夜难眠。马云不知道孙正义面对eBay的收购邀约最终会做出什么决定，但他深知孙正义的本性，只要利益足够，一切都可以商谈。因而他很难阻止孙正义将股份卖给eBay。
如果eBay真的实现对淘宝网甚至阿里巴巴的收购，那对马云来说绝对是个灾难。因为以eBay首席执行官惠特曼的强势性格，决不可能让马云随心所欲地掌控企业，双方之间的控制权之争将不可避免。马云的这种担心不是没有缘由的，因为eBay收购了中国的易趣网以后，易趣网创始人邵亦波就逐渐失去了对企业的话语权。
因此，对企业控制权异常在意的马云，必然强烈抵制eBay的收购动议。这次孙正义似乎并不愿迁就马云，因为他自己也有套现的需求，况且eBay给出的还是一个不错的价格。于是两人最后只能相互妥协，找一个eBay之外的接盘者，既能够满足孙正义及其他前几轮投资人的套现需求，又能保留马云对企业的控制权，而且还能额外再向马云投资以解决淘宝网后续发展资金的问题。
能符合以上条件的接盘者，似乎只有类似于eBay那样的互联网跨国巨头，于是在孙正义的撮合之下，雅虎得以入局阿里巴巴。
那么，雅虎又为什么愿意做这笔买卖呢？
雅虎在2003年以1.2亿美元的代价收购了周鸿的网络实名搜索插件3721公司之后，雅虎中国与3721合并，并且由周鸿出任雅虎中国区总裁。
但是雅虎中国与3721合并之后，周鸿与杨致远之间却发生了严重的战略分歧。杨致远主张雅虎中国继续门户网站路线，以维护其全球门户形象；而周鸿则执意继续3721时代的搜索路线，试图借助雅虎的搜索技术与百度一决高下。在这种战略摇摆不定的情况之下，雅虎中国变成了一个“四不像”，不仅门户方面越来越被三大门户网站边缘化，搜索方面也被百度甩得越来越远。
也正因如此，杨致远与周鸿最终交恶，一拍两散。雅虎自1998年进入中国市场以后，尝试了各种方法都未能令雅虎中国的经营有所起色，杨致远也在琢磨着，或者干脆将雅虎中国完全托付给一家本土公司，就像雅虎日本完全托付给软银来经营一样，自己仅仅做财务投资人的角色，只分享收益不干涉经营。
雅虎中国托付给谁呢？或许马云会是个合适的人选，况且还有孙正义从中撮合与游说。
2005年8月，阿里巴巴与雅虎结成战略同盟，后者以10亿美元现金外加雅虎中国的所有资产，换取阿里巴巴40%的股权。
其实，雅虎与阿里巴巴的这场交易，其复杂程度在中国互联网界堪称“前无古人，后无来者”。这场交易的全貌实际由四笔交易组合而成：
交易一：雅虎以3.6亿美元的代价，收购软银所持有的全部淘宝网股权。
交易二：软银从套现淘宝网股权所得的3.6亿美元中，拿出一半用于接手阿里巴巴前三轮投资人所转让的2770万股阿里巴巴股票。
交易三：雅虎以3.9亿美元的代价，收购阿里巴巴前三轮投资人（除软银外）所持有的剩余6000万股阿里巴巴股票。
交易四：雅虎以“2.5亿美元现金+从软银手上购得的淘宝网股权+雅虎中国的全部资产”，换取阿里巴巴集团向雅虎增发2.016亿股股票。
这四笔交易完成之后，阿里巴巴集团形成了三足鼎立的股东结构，雅虎持股40%，马云团队持股31%，软银持股29%。这意味着，其一，阿里巴巴除软银之外的前三轮投资人彻底套现退出（他们当初投入的总成本是3200万美元，退出时获得5.7亿美元，17.8倍回报）；其二，软银也获得部分套现（软银此前给阿里巴巴与淘宝网总投入是8000万美元，如今不仅获得1.8亿美元套现，而且还继续持有阿里巴巴集团29%的股权）；其三，阿里巴巴集团拿到了雅虎投入的2.5亿美元现金，同时淘宝网、支付宝网、雅虎中国相应地成为阿里巴巴集团的全资子公司。
雅虎的入股，使得马云的难题基本上得到了解决。不仅化解了eBay的收购逼宫，而且淘宝网的后续发展资金有了着落，顺带着也解决了前几轮投资人套现退出的问题，孙正义也实现了部分套现。甚至，这场收购还让马云得到两个意外的“副产品”—雅虎的搜索技术及全球品牌带来的影响力。
当然，马云也要开始面对其最大的隐患：自己的大股东地位不保，雅虎成了阿里巴巴集团的第一大股东，马云有可能丧失对企业的控制权。
据说在雅虎入股之前，马云为了确认杨致远是否有意控制阿里巴巴集团并插手经营事务，曾在美国著名的圆石滩高尔夫球场与杨致远有过一场私人会晤。在此次会晤中，马云反复试探杨致远的真实想法。马云得到的反馈信息很大程度上打消了自己的疑虑，这才最终将意向确定下来。
不仅如此，马云还通过交易合同中的具体条款来强化自己对企业的控制权：
第一，虽然雅虎持有阿里巴巴40%的股权，但只拥有35%的投票权，多余部分投票权归马云团队所有，此条款有效期至2010年10月。
第二，阿里巴巴董事会的四个席位中，马云团队拥有其中的两席，作为大股东的雅虎反而只有一席，软银也只有一席，到2010年10月，雅虎才有权获得与马云团队数量相等的董事会席位。
第三，在2010年10月之前，在任何情况下，董事会不得解除马云的阿里巴巴CEO职务。
与马云相熟的UT斯达康创始人吴鹰的说法也佐证了马云的忧虑：“这么多钱进来，因为要稀释股份嘛，马云也比较重视他的控制权。所以他就说：你虽然占了40%的股份，但是只有35%的投票权；阿里巴巴管理层的投票权是比资金的比例加了5%。还有就是他们不能随便把马云解雇，当然这也是一个双向的约束。”
阿里巴巴获得新的资金补给之后，马云立刻宣布再向淘宝网投入10亿元人民币，继续免费三年。四年后，淘宝网在与eBay的较量中大获全胜，eBay败走中国。
如果说在2005年、2006年，外界对阿里巴巴的规模、影响力还只有一个相对模糊的概念，2007年11月6日，阿里巴巴B2B公司的香港上市，则给了外界强烈的冲击。
阿里巴巴B2B公司的IPO在当时创造了两个纪录：一是自2004年Google以后全球最大的高科技公司IPO募资额—16.9亿美元（2004年Google的IPO募资额为16.66亿美元）；二是中国市值最高的互联网企业—248亿美元，相当于中国三大门户外加盛大与携程的市值之和。即使马云也对如此高的市值喜形于色，阿里巴巴B2B公司上市那天，他当时特意打电话给吴鹰：“哎呀，吴鹰呐，24.8个billion（十亿）呐。”
阿里巴巴B2B公司上市以后，外界开始惊呼：单一个B2B公司市值就已经轻松超过200亿美元，如果淘宝网与支付宝再分别上市，整个阿里巴巴的市值将会是一个什么概念？恐怕超过五六百亿美元也只是一个保守的估计。按此计算，2005年雅虎以10亿美元拿到阿里巴巴集团40%的股权，那时估值不过是25亿美元，现在却已经是五六百亿美元，短短两年增值超过20倍。
在阿里巴巴集团强势崛起的同时，雅虎却在美国互联网竞争中逐渐败下阵来，以至于日后雅虎日薄西山之时，阿里巴巴集团的股权成了其最具含金量的一块资产。