随着社会经济和政治的发展，地主阶级统治者不断变换思想统治形式。秦的统一，显示了法家推行法治，坚持集中统一的进步作用；而秦的速亡，也暴露了法家严刑峻法、繁役重赋在维护统治方面的弱点和弊端。因此，继承秦制的汉王朝，又以“除秦苛法”为号召，笼络人心，并采用“逆取顺守，文武并用”（《史记·陆贾传》）的长治久安政略，以稳定统治基础。与此相适应，统治者转而用“无为”之道来缓和法家的严酷苛峻，黄老刑名之学由此居于指导地位。汉初清静无为、与民休息的政策，收到了巩固和发展经济的成效，但又酿成群藩专恣、诸侯叛乱，严重威胁中央皇权的政治危机，从而表明“无为而治”的政策又必须加以改变。后来汉武帝改行“有为而治”的政策，重新加强极端君主专制。适应这种政治的需要，要求进一步加强思想上的统一，在秦时几乎被湮没的儒学，这时又取代黄老学说并达到“独尊”的地位。儒学以传授、整理和注释儒家经籍而取得经学的地位，从此开始了经学的历史。
汉武帝置五经博士，并选取《公羊》学大师董仲舒“为群儒首”。五经传说是经孔子整理的旧文以作为教授学生的课体，其中《春秋》经行文有褒有贬，文字简略隐晦，便于穿凿引申，与刑名之学配合；而它宣传大一统，也非常适合汉武帝的政治需要。正是在这种历史条件下，董仲舒打着孔子的旗号，以《春秋公羊》学的名义，对各家学说以及儒家各派思想进行加工改铸，形成了西汉经学最具代表性的唯心主义体系，得到汉武帝的赏识和支持，以至成为官方正宗哲学。
经学的特殊地位，成了追逐利禄的主要途径。经学和利禄的结合，固然推动了经学的盛行，同时也促成了经学内部的斗争。晋身捷径必是角逐之途。当时不仅表现于经学和其他学说之间的水火不能相容，也突出地表现于经学阵营内部的今古文经学的严重对立。经学内部学术上的争论其实是争夺政治统治权的斗争。
今古文经学的差别，开始时主要是字体的不同，用秦以来通用的文字写的，称今文经；用秦统一前的六国的文字写的，称古文经。后来发展为治学的重点和方法、对经书的解释，以至对若干具体社会历史问题的看法也各不相同。经古文在汉初景帝时就有发现，到西汉后期，刘向、刘歆父子整理文献，研究古文经，刘歆提出把古文经列于学官的要求，遭到今文经博士的群起反对，由此形成今文经和古文经两个派别，分门角立，门户森严，势不两立，相攻若仇。
在延续二百年的汉代今古文经学的斗争中，今文经学一直居于优势。西汉末年古文经博士曾一度压倒今文经博士，但直到东汉时期古文经一直没有得到正宗思想的地位。古文经学在反对今文经学的谶纬神学、反对用谶纬解释儒家经典方面，是有进步意义的，因而也得到当时的唯物主义者扬雄、桓谭和王充的支持；但是古文经学一般说来并没有摆脱阴阳灾异的羁绊，也搞烦琐哲学，理论思维水平低下，而且在政治上和今文经学也没有重大的原则区别，因而都具有阶级局限性和思想局限性。
汉代经学在内容上是以天人感应、谶纬迷信为特征的神学体系。这是促使它走向衰亡的重要的内在根源。
在汉武帝时被“独尊”的儒学，是宣扬天象和人事的相互关系的今文经学。盛倡这种天人之学的儒生，多系战国时代的齐人。如传《尚书》的伏生，是齐的济南人，创《齐诗》的辕固生和著《公羊春秋》的公羊子，也是齐人。齐地是邹衍的阴阳五行说泛滥的地方，是方士宣扬神奇方术的发源地；又由于自秦以来的皇帝酷爱和推崇神仙术，所以，儒生和阴阳家、方士深相结合，儒学深受阴阳学的影响，掺杂了大量的阴阳五行、神仙怪异的内容，经学改变了孔子儒学的原貌而更加神学化。任何一部经都必须讲阴阳五行灾异，否则就不能立脚。这种神秘化了的经学的要义，是改变以前殷周时只有一个上帝的说法，而利用五行说和五德说分上帝为五个，五帝的儿子轮流在人间做皇帝，从而沟通天帝和人帝之间的神秘联系，为皇权神授作论证。
西汉时董仲舒、夏侯始昌、眭孟、夏侯胜、京房、翼奉、刘向、谷永、李寻、田终术等今文经学家，都是“假经设谊，依托象类”（《汉书·眭弘传赞》），利用儒家经典，用自然现象比附社会人事，宣扬阴阳灾异。董仲舒首先把《周易》的阴阳学与邹衍的阴阳五行说融合起来，把阴阳灾异附会到《春秋》上，宣扬阴阳五行的生克运转是“天意”的体现，“阳尊阴卑”、“阳贵阴贱”是上天安排的秩序，以阴阳配刑德，并比附社会关系，鼓吹“君为阳，臣为阴；父为阳，子为阴；夫为阳，妻为阴”（《春秋繁露·基义》），以阴阳说作为论证等级统治的哲学基础。董仲舒还宣扬符瑞和灾异是上天意旨传达于人的表现，“灾者，天之谴也；异者，天之威也。谴之而不知，乃畏之以威。……凡灾异之本，尽生于国家之失。国家之失，乃始萌芽，而天出灾害以谴告之。谴告之而不知变，乃见怪异以惊骇之。惊骇之尚不畏恐，其殃咎乃至”（《春秋繁露·必仁且知》）。这套说教，尽管含有用灾异来告诫皇帝的用意，但从根本上说是一种维护皇权的宗教谬说。
夏侯始昌是传《尚书》的，他传族子夏侯胜，号大夏侯《尚书》，夏侯胜又传侄子夏侯建，称小夏侯《尚书》。他们都讲《洪范五行传》，用阴阳五行灾异来解说《尚书》。夏侯建的再传弟子李寻“独好《洪范》灾异”，宣扬“政治感阴阳”（《汉书·李寻传》），即政治的好坏会感应为自然灾异的神学。
孟喜、京房是传《周易》的。孟喜的《易》学源出东海阴阳方士。孟、京都大讲卦和四季、二十四节气的配合，宣扬灾异迷信。后来宦官石显说京房是借灾异而“诽谤政治，归恶天子”（《汉书·京房传》），把他处死了。谷永“于天官、京氏易最密，故善言灾异”。他说：“灾异，皇天所以谴告人君过失，犹严父之明诫。”（《汉书·谷永传》）胡说上帝谴告皇帝，就好像父亲教诫儿子一样。
翼奉传《齐诗》，他用阴阳灾异来比附解释《诗经》。《齐诗》大讲“五际”，“五际卯、酉、午、戌、亥也。阴阳终始际会之岁，于此则有变改之政也”（《汉书·翼奉传》注引《诗内传》，《诗内传》应为《齐诗内传》。）。阴阳变化是政治变化的征兆。他还把“六情”即人的好、恶、喜、怒、哀、乐和上下四方及十二律相配，宣扬时日忌讳的迷信。
关于《礼》，戴德和侄子戴圣因选辑讲礼的文篇多寡而有大小戴《礼》之分。戴德和戴圣都受《礼》于后苍，后苍为夏侯始昌的再传弟子，也是讲天人感应的。《礼记·月令》载有天子施政祭享的明堂制度，规定明堂的东、南、中、西、北的方向和春、夏、秋、冬的时令相配，天子按时令变换住房、衣着、膳食、音乐和神祇，并按木、火、土、金、水的运行去做“天人相应”的工作，处理时政。这种皇帝施政的重要制度就是天人感应神学目的论的产物。
还有，如通《五经》的刘向，也是完全用天人感应说来解释儒家经典的。刘向搜集了春秋以来一直至汉的符瑞灾异，整理为《洪范五行传论》十一篇，可谓集阴阳灾异说之大成。他说：“和气致祥，乖气致异。祥多者其国安，异多者其国危，天地之常经，古今之通义也。”（《汉书·刘向传》）胡说阴阳祥异象征国家的安危，而且是天经地义的必然规律！
但是，上述这种种天人感应、阴阳灾异说，毕竟荒诞无稽，漏洞百出。由于天文学的发展，如日食等已能推算出来，灾异说常被戳穿，受到自然科学家和唯物主义者的抨击；同时，灾异说和专制王朝的腐败政治联系起来，有时也不利于统治者地位的巩固而受到斥责。这一些给阴阳灾异说带来了困境，于是今文经学家又转而着重宣扬谶纬迷信了。
今文经师集合或自造大量谶文和纬书。“谶”是谜语式的宗教预言，如刘秀时有一条谶文：“刘秀发兵捕不道，卯金（‘刘’字前半部）修德为天子”，说刘秀应该上应天命当皇帝。“纬”对“经”而言，是用宗教迷信的观点对儒家经典的解释和发挥。每一种经都有纬，每一种纬又包括若干篇目，名目神秘奇特。董仲舒的《春秋繁露》实际上已很接近纬书。纬书的内容很复杂，但是多为妖言怪说。西汉时翼奉说：“五经六纬，尊术显士”（《汉书·翼奉传》），足见当时纬书已很普遍。“言五经者皆凭谶为说”（《隋书·经籍志》），除纬书外，五经要凭借谶语来解说。后来经东汉光武帝刘秀中元元年（公元56年）“宣布图谶于天下”（《后汉书·光武帝纪》），图谶更具有权威性和指令性。东汉时纬学号为内学，纬书被尊为“秘经”。《后汉书·苏竟传》说：“夫孔丘秘经，为汉赤制”，李贤注：“秘经，幽秘之经，即纬书也。”纬书的重要性在《五经》之上。东汉章帝建初四年（公元79年）召开白虎观会议，名义上是大会诸儒“讲议《五经》异同”，实际上是章帝借皇帝的威势，用图谶纬书来妄断经义。
今文经师把孔丘塑造为教主，奉《五经》为天书。纬书的特点就是把儒家经籍和思想神秘化、宗教化。如：对于《周易》，《春秋纬·设题辞》说：“易者气之节，含五经，宣律历。上经象天，下经计历，文言立符，象出其节，彖言变化，系没类迹。”对于《尚书》，《尚书纬·璇玑钤》说：“尚书篇题号，尚者上也，书者如也。上天垂文象，布节度，书如天行也。”对于《诗经》，《诗纬·含神雾》说：“诗者天地之心，君祖之德，百福之宗，万物之户也。”对于《礼》，《礼纬·稽命微》说：“礼之动摇也，与天地同气，四时合信，阴阳为符，日月为明，上下和洽，则物兽如其性命。”对于《春秋》，《春秋纬·握诚图》说：“孔子作春秋，陈天人之际，记异考符。”从列举的这些神秘艰涩的论述中，可以看出，纬书主要还是用阴阳五行、灾异祥瑞这个老基调，对儒家经典普遍地加以涂抹，使原有的神秘倾向更为浓重，有的则加以改铸，强加以宗教色彩。这样一来，官方经学也就完全丧失了学术上和理论上的价值，而演变为宗教僧侣主义，成为专言灾异祯祥的宗教巫术。
但是，谶纬可以随时编造添加，对统治者来说也具有相当的副作用。汉桓帝时，出现汉朝气数已完，“黄家当兴”的预言，就被张角利用来发动黄巾军起义。其他各式各样的人物包括有皇帝欲的人，也都可以炮制或引用谶纬来为自身的欲望和行为作论证。如刘秀时，有个叫尹敏的人，在整理谶文纬书时，乘机在书的空白写上：“君缺口，为汉辅”六个字，企图得到重用，被刘秀看出，臭骂一顿。谶纬走向了统治者主观需要的反面，以至后来一些皇帝也主张禁绝谶纬了。
汉代经学在方法上是以注经解字，固守师法、家法为特征的烦琐哲学。这是促使它走向衰亡的另一重要的内在根源。
汉代经学家们从信仰主义出发，把儒家经籍的一字一句都看作天经地义，奉为金科玉律，他们把注释经籍作为治学的唯一的内容、道路和方法。桓谭在《新论》中曾指出：“秦近（应为延）君能说《尧典》（《尚书》第一篇篇名）篇目两字之谊（义），至十余万言；但说‘曰若稽古’（《尧典》篇首句）三万言。”（颜师古：《汉书艺文志》注引。）《汉书·儒林传》也说：“山阳张无故子儒、信都秦恭延君，……无故善修章句，为广陵太傅，守小夏侯说文。恭增师法至百万言。”一部《尚书》篇名的阐述费了十多万字，第一篇开头四个字解释了三万字，全书章句多至百万字，这是何等烦琐！刘秀当皇帝后曾令儒生删五经章句作为太子的课本，有的《尚书》本子从四十万字一删再删，留十二万字，有的本子从四十五万字删为九万字，这也足见原来章句支离蔓延，废话连篇了。
汉代经学的烦琐主义方法，还因和师法、家法的门户之见相结合而益加严重。西汉重师法，东汉重家法。先有师法，而后能成一家之言。师法是溯源，家法是衍流。例如，《易》有施（雠）、孟（喜）、梁丘（贺）之学，是师法；而施有张（禹）、彭（宣）之学，孟有翟（牧）、白（光）之学，梁丘有士孙（张）、邓（彭祖）、衡（咸）之学，是家法。
今古文经学的师法是不同的。今文经学反对古文经学，就指责古文经学变乱了师法。如左将军公孙禄批评道：“国师嘉信公（即刘歆）颠倒五经，毁师法，令学士疑惑。”（《汉书·王莽传》）今古文经学两派师法不同，不相混合。古文经学家杜子春、郑玄、贾逵、马融注《周礼》、《左传》，不用今说；今文经学家何休注《公羊传》，也不引古文经学的《周礼》一字。许慎作《五经异义》，分今文说和古文说，泾渭明晰。如此等等。
师法很严，师之所传，弟之所受，一字不能出入，学生诵而不思，死记师说，不能怀疑，师师相承，世世递嬗。孟喜好吹牛，诈称老师田王孙临死时曾传给他一本讲阴阳灾异的书，同学梁丘贺就揭发他，说田死时送终的是施雠，你不在场而回到东海去取的易家阴阳灾异书。汉宣帝听说孟喜不守师法，就不准他做博士。
东汉时强调严守家法，“立五经博士，各以家法教授”（《后汉书·儒林传》）。安帝时还选取经师校雠家法，郡国所举明经、孝廉都必须到公府考试家法。守师法，修家法，结果使经学烦琐哲学更加走向死胡同。
经学的烦琐化带来了严重的恶果，当时并没有摆脱烦琐哲学的刘歆在讥讽今文经学时也说：“分文析字，烦言碎辞，学者罢老且不能究其一艺。”（《移让太常博士书》）班固也说：“幼童而守一艺，白首而始能言”（《汉书·艺文志》），并叹为“学者之大患”（《汉书·艺文志》）。烦琐的注经法是典型的唯心主义、形而上学哲学的表现，它把经学本本当成永恒不变、永远适用、绝对正确、完全不可更易的教条，人们只能躺在本本上搞同义反复、烦琐注释、词句衍绎、注而不作之类枯燥无味、死气沉沉的东西。它严重脱离实践，抹杀生动的、发展的实践对现论的决定作用，把不断变化的、丰富多彩的历史实践硬要套在本本的框框里。也就是在意识形态领域里设置重重禁区，不容有独立研究的对象，毫无学术民主，实行文化专制主义。注经法造成了严守辞句、围着经书打转的沉闷风气，以至理论停滞，思想僵化，行动守旧，后患无穷。注疏越来越多，对人们思想的束缚就越来越紧；注疏分量越来越大，人们学习也就越来越难；注释内容越来越琐碎，使原来脱离实际的状况也就越来越严重。这种注经式的烦琐哲学，是违反人类认识领域会不断开拓、认识会不断深化的规律的，是违反哲学思想发展由具体到抽象再到具体的规律的，因而必然走向自身的反面。
汉代经学在理论上和方法上所日益暴露出来的弱点，使之越来越不能很好地适应统治阶级新集团的需要。东汉时就已经出现“通人恶烦，羞学章句”（《文心雕龙·论说》）的趋势，随着汉王朝退出历史舞台，汉代经学也就走到了它的历史尽头。经学的阵地为玄学所取代，何晏注《论语》，王弼注《周易》，杜预注《左传》，范宁注《梁》，梅颐作伪古文《尚书》，把原来今古文经学家所作的注解都压倒了，只有《毛诗》、郑玄注《三礼》以及何休的《公羊解诂》还流行。一时间，玄学昌盛，儒家沉寂，汉代儒家经学的独尊地位被玄学历史地否定了。