讵知后世之门庭张网者，偶窃一知半见，谓入悟门，便住门限上，登曲录床，此生不可复下。习便遮遣，偏畏多闻，三学十支，挥斥禁绝。一语及学，则（颧骨）为之赤；稍涉质核，曰：“落教家也，罣义路矣。”何况通三教，收一切法乎？（《东西均·道艺》）
门庭张网者，以一家自限，拘守门户，无往来游学增广见闻。住门限上、登曲录床，谓执著一偏之见，抱残守缺终生。习便遮遣者，习熟于否定法，以一空字抹去积年苦求所得。此类僧人以渐修为大忌，不可语学。吐纳儒释道三教，收摄教门宗门一切法而融会贯通者，何能梦见！方以智的志愿是，集古今中外一切知识，从中提炼出某种识度，然后据这种识度对一切现象进行重新判释。这就是他所谓“且劈古今薪，冷灶自烧煮”所表达的意思。
四一与二与三
从以上的论述可以看出，方以智既是一个知识渊博的学问家，也是一个哲学家。他的哲学是中国传统的辩证思维和实证思维的混合物。他的思维方式中，实证和思辨并重，呈现出思想纵横恣肆、知识底蕴深厚、思辨的广大与实证的精微相结合的特点。他的哲学体系，以一二三、交轮几、统泯随为中心，以随说随归、不落一地为归结。
1.“二”方以智曾说：“一与二为三，此教父也。”（《东西均·三征》）意为，一、二与三的关系，是他的哲学的核心，他的其他命题无不可归到这三者中来，无不是对这三者的不同侧面的阐发。方以智哲学中一二三都是重要范畴，一指对立双方的统一。二是统一中的二个对立面，矛盾着的两方。三指超越此对立面的矛盾统一，在更高的层面上与之形成新的对立的绝对体。在方以智眼中，一切皆可视作对待之物，一切事物皆以相对待的形式存在，他说：
一不可量，量则言二。曰有曰无，两端是也。虚实也，动静也，阴阳也，形气也，道器也，昼夜也，幽明也，生死也，尽天地古今皆二也。（《东西均·三征》）
这是说，统一体是不可量度的；可以量度，可以用感官感知的，皆是对立之物；两间无无对立者。他在《东西均》的《反因》篇中也说：
昼夜、水火、生死、男女、生克、刚柔、清浊、明暗、虚实、有无、形气、道器、真妄、顺逆、安危、劳逸、剥复、震艮、损益、博约之类，无非两端。
这些互相反对的范畴包括了自然现象、人的生理心理现象、社会人文现象等，包容十分广泛。方以智认为事物的又对立又统一的性质是世间根本的道理，对立统一是事物本身具有的，他说：
吾尝言天地间之至理，凡相因者皆极相反。何其颠倒古今而臆说乎？此非我之臆，天地之臆也。（《东西均·反因》）
这里方以智提出了一个深刻的哲学命题：凡相因者皆极相反。因指根据，相反相因，指以与自己相反的东西为存在的根据。相因者皆相反，互为根据的双方必是异质的，对立的，如生死、男女、刚柔等。这是现实存在的实际情况，不是哲学家的向壁虚造。相反相因可用一与二、奇与偶来表示，这就是：“千万尽于奇偶，而对待圆于流行。夫对待者即相反者也。”（《东西均·反因》）天地间皆相反之物，而相反者必相因。相因相反者在运动中必圆通为一。方以智认为，这个道理虽极平常，但溺于耳目闻见而无形上思考的人则看不见，因此需要打破实证的局限，进入哲学的慧境，这就是他所谓“开顶门背面之目”，也就是他的“扩信”所要达到的目的。“扩信”者，破旧有结论，开睿识新见，除耳目之障，信难信之至理。他的扩信秘诀是：“小中见大，大中见小，虚中见实，实中见虚，长中见短，短中见长，此中见彼，彼中见此。”（《东西均·扩信》）也就是，世界上的事物，必在相反相因的关系中存在，必在相对待中才能显出，才有意义。相反者相因是一切物的存在形式，所以方以智用以展开他的哲学讨论的，也是这样成对的范畴，如奇与庸、全与偏、神与迹、道与艺、张与弛、象与数、疑与信、源与流、消与息等。这些互相对待的范畴构成了方以智哲学的各个侧面，其核心观念是相反相因。
方以智的相反相因是存在着层次的，就是说，对待着的两方各包含对待，如天地为一个对待，天地中各有阴阳，阴与阳中又各有对待，如此层层无尽。方以智说：“两端之中，又有两端。”（《一贯问答》）这和王安石“物有奇偶，耦之中又有耦”的思想是一致的。而在一个对待中，对待之两端所起的作用不同，二者不是均衡的，而是有主次、轻重的区别。方以智说：“衍古太极者，始皆阳而无阴，阳之所不足处，则为阴，盖主阳也。”（《东西均·公符》）意为，太极最初只有阳，而阳所不足的，就是阴。在这二者中，阳是主动者，阴是补足者。他还说：
其先阴者，阳藏阴中，阴拱含阳，由静而动，破阴而出。所谓奇冲偶为参两，天贯地中而周乎地外者也。当阴含阳之时，亦重阳也；当阳冲阴而包之之时，亦重阳也。自此对待相交而生生不已，皆阳统阴。犹天统地，夫统妻，君统臣也。（《东西均·公符》）
这是说，阳的活动总是最先的，即使是阴处于显、阳处于隐之时。此时阳藏于阴中，支配着、统御着阴的活动。而当阳由隐变为显时，便冲破阴的包围，明显地与阴处于相对待之中。此时阳以阴为它的补充者而宰驭之、包笼之，犹天贯地中而同时包围着地。所以，阳始终处于主导的、统领的地位，故时时重阳。这是宇宙的法则。方以智说：
由此论之，于变易无定之权，而有一定不易之权，则此天统地，阳统阴，夫统妻，君统臣，体统用，善统恶之权也。……重体贱用，而无不用之体；重阳贱阴，而必用阴。（《东西均·颠倒》）
就是说，天地间之物皆无时不变，不时不动，但主阳主动乃永恒的法则。重体贱用，重阳贱阴，才能使体、使阳始终处于主导地位，它的作用也才能充分发挥。而体和阳的作用的发挥过程，就是带动、提携用和阴的过程。这一思想或有取于魏晋玄学家王弼。王弼有“崇本息末”和“崇本举末”两个方面，从充分发挥本的作用说，须息末方能崇本，而从本末体用相须相济共同发生作用说，崇本必能举末。故崇本息末正所以崇本举末。
阴在阴阳对立统一体中的作用是补充，是辅助。方以智说：“阴者，阳之臣，阳之余，阳之用也。”（《东西均·颠倒》）这一思想与宋代著名道士陈抟的易学暗合。方以智说：“希夷尝曰：‘阴者阳之余。’凡贞悔卦皆曰：‘坤者乾之余，蒙者屯之余。’以此知恶者善之余也。”（《东西均·公符》）即在卦义或卦象既对立又统一的两个卦中，必有一个处于主导地位，另一个则起补充、辅助的作用。处于主导地位的必是表示能生、能动、积极意义的，如乾（健）、屯（生）、善等。方以智把这一原理用于观察往古的道德生活，认为从古到今皆是一“主善”的
局面。他说：
圣人尊阳尊善，故一以阳为主。（《东西均·颠倒》）
名教因之，以中道立邪正之大防而主于劝善。故伯夷盗跖等死而右伯夷，学问利禄等累而褒学问，末世皆乡愿盗跖而宁容乡愿，以诈者善也。究竟为善即有恶，有真即有伪。（《东西均·公符》）
实际上善是相对于恶言，真是相对于伪言，两者是一个统一体中的两个方面。但方以智认为，无论主善还是善恶平等，皆以俗世的眼光立论，犹落第二义。第一义则无善恶可言，所谓“混沌视之，三教皆刍狗也”（《东西均·公符》）。
2.“一”方以智在注重统一体皆分为互相对立的两个方面时，也注重两个方面的统一。他认为，事物既对立又连接、既相反又相因是宇宙的普遍法则。他举例说：
且举大较言之，阳清阴浊，至相反也。霄壤悬判而玄黄相杂，刚柔敌应而律吕协和，雌雄异形而牝牡交感，可不谓相因乎？水湿火燥，至相反也，坎离继乾坤立极，上下经皆终水火，民用甚急，刻不相离。人身之水火交则生，不交则病，可不谓相因乎？《河图》相生，必变《洛书》相克，而后成用。四时之行，雨露而霜雪，春生而秋杀，吉凶祸福皆相倚伏。生死之几，能死则生，徇生则死。静沉动浮，理自冰炭，而静中有动，动中有静，静极必动，动
极必静。有一必有二，二本于一。岂非天地间至相反者，本同处于一原乎哉？（《东西均·反因》）
这是说，大至天地阴阳，小至一人之身，以至生死祸福、律吕医占，皆对立面的统一。无统一则无对立，无对立则无统一，“有一必有二，二本于一”，物概莫能外。方以智的这一观点取自中国古代物生有两、相反相成的思想，加上他对于《周易》的研究，对于自然现象的观察和现实生活的体验得出的，不能视为简单地因袭前人。
方以智在论证二与一的关系时，说出了对立而连接的二种方式：一种是本体论的方式，一种是宇宙论的方式。宇宙论的方式指原本为一，由于它内部包含有分而为二的潜能或势用，故分而为二。本体论的方式指一之所以为一，本来由二构成；一即二，二即一；一与二非生与被生的关系，而是一种思辨的结果。方以智在论证天地阴阳等较抽象的范畴时，多取宇宙论的论证方法，而在论证较具体的事物如雌雄、水火时多取本体论的方法。另一些如坎离交济、河洛生克、生死倚伏等属于人的智识的设定时，更是取本体论的思辨方法。如：“太一分为天地，奇生偶而两中参。盖一不住一，而二即一者。”（《东西均·三征》）太一代表宇宙最高最先的混沌体，它是能生偶之奇。一不住一，谓太一由其本具的潜能和势用决定，必分而为二。雌雄、水火等则重在说它们必须在统一体中才能发生作用。离开了对待着的另一方，则
没有意义。本体论的论证重在一本二，二本一，一即二，二即一。宇宙论的论证则重在一不住一，必表现为二。方以智的论述中，以本体论的论证为多。
在方以智相反相因的思想中，对立面的相救相胜而相成是他特别重视的方面。这个观点是说，统一是斗争的统一，只有斗争（相胜）才能达到统一（相救相成）。他说：
天地惟有阴阳动静耳，非可以善恶、是非言也。圣人体道尊德以立法，故名字之。一不住一，故用因二之一，以济民行。因二剔三，二实非三、非二、非一也。举其半而用其余，用余之半皆其半。则所谓相反相因者，相救相胜而相成也。（《东西均·反因》）
这里方以智提出，阴阳动静不是价值观念，而是自然观念。圣人的作用是体认这种自然法则而以之为思想原则。这个原则就是，一是二之一，不是无差别的一。一因二而用，一与二为三。但须合观一、二、三，视其为一个对立统一中的成分。孤立地、析取地讨论，一与二与三皆无意义。因为是一个统一体，举其半而另一半必为所用，此所谓“成不独成”。所以，一个矛盾统一体，必是矛盾的双方互相补充（救）、互相斗争然后互相成就。方以智非常欣赏《中庸》中“万物并育而不相害，道并行而不相悖”这句话，认为它绝妙地表达了以上矛盾统一的思想。相害相悖是对立面的斗争，并育并行是对立面的统一。凡对立的双方都是互相补充、互相救正的，甚至消极的东西也是积极的东西所以成立的依据，如小人可以磨砺君子，祸患可以锻炼意志，危之然后能安，劳之然后能逸，怨怒然后中和，迅奋必先伏忍。故“反因即正因”。
方以智的反因即正因，是他关于性情、善恶、理欲等方面的主张的理论根据：他主张性、善、理在情、恶、欲中，二者不一不异。以智说：
性馅乎情，理混乎欲澜，犹火与薪，依之即烈。问薪何如，岂能除之乎？不能除而必言除之，适得其平。（《东西均·公符》）
意思是，性在情中，理在欲中，犹火在薪中，不能割裂。情与欲不能除，除则无性无理，但对于情与欲，又不能不言除。不能除而言除，最后的结果是性情理欲得到调谐。方以智反对尽除情欲，也反对放任情欲，认为此皆两偏。克制与放任的斗争，最后的结果是两者的统一。这就是方以智所谓“公符”。公符既指公理，又指现实。而公符就是理想与现实在历史中由斗争而统一，由不谐调而谐调的结果。公理即现实，此亦“凡现实的就是合理的”之意。他又说：
天而人，人而天。继续之初，微乎危乎，成之皆阴承阳，而性在情习中。下地之时，善在恶中，理在欲中，前喻素彩是也。当知素在彩先，而有彩之后，素已在彩中矣。故曰：第一念是善，第二即恶。仁一，而甲坼之芽即二。（《东西均·公符》）
这是认为，就人的性情善恶说，是天和人、先天和后天共同作用的结果。人出生之后，皆既有人性（微）也有人情（危）。性在情中，理在欲中。先天之性是善的来源，后天之情是恶的来源，现实的人皆先天后天不二，故善恶皆有。犹如图画，色彩与素底不二。方以智还认为，既然性善情恶，现实的人是性在情中而得公符，对待它的办法便是不特别在善恶上起意，不起意则善恶双泯，无善恶可言。这是第一义谛。
方以智关于一与二的关系，总的说，是继承了中国古代关于两一的理论，其中一些比较具体的说法直接取自张载。张载关于两一有一十分精彩的论述，他说：“一物两体，气也。一故神（自注：两在故不测），两故化（自注：推行于一），此天之所以参也。”（《正蒙·参两》）意思是说，气中分为阴阳二种对立的势用，由阴阳的统一故气的作用神妙不测，由一气分为两种对立的势用，所以才有万物的化生。统一时有两端在，两端在运化中推行于一。张载还说：“两不立，则一不可见；一不可见，则两之用息。”（《正蒙·太和》）这是张载气论的中心观点，其太虚、太和、神化、性命诸范畴皆从这里推演出来。张载的思想对后世特别是气学派思想家影响很大。方以智关于两一、神化的某些论述有取于张载，但思考得更加精微。如方以智说：
一而神，二而化，正谓化其一，而神于两也。一必用二，无言之行生也；两乃用一，上天之载无地。弄微言而屑越大义，与扶大义而不通微言，皆不知行生之载，全大全微者也。（《易余·性命质》）
“一而神，二而化”与“一故神，两故化”相同，皆一与二为神与化的根据之意。“化其一而神于两”是说，“两故化”是由于两乃一之两，没有一则两之用不会发生，“神于两”是由于一之神必以二为作用。没有二则一之神无发用之地。故“一必用二”，“两乃用一”。一必用二，故天不言而四时行，百物生。两乃用一，故无声无臭之天非别为一物，乃即四时百物。方以智批评的，是偏于一与偏于二两种偏向，弄微言者偏于本体，多形上学之玄论，而遗四时百物。扶大义者则拘守目前，不知天人神化之妙。二者皆只知一端，陷于偏弊。方以智的根本观点是，以二为用，二因一乃神。他说：“因二为真一，执一为遁一，贞一则二神，离二则一死。”（《易余·中正寂场功》）也就是，正确的一，乃表现为二之一。如执一而不知二，则偏于一，此一亦终将不守。方以智的这些思想，论证较张载更为细密，二与一的对立统一关系更加突出，但张载的论证止于两一，而方以智在两一之外，还有大一。这是方以智与张载的重要区别。这个区别的根源在张载以气为最高概念，而方以智则以太极为最高范畴，太极是最高的统一体。所以，具体的两一之上还有生出此两一之大一。
3.“三”在方以智这里，对待之两端的矛盾统一是一个层次，在它之上还有本体与之形成另一层次，这个本体就是生出此对待之两端而又主宰、泯没此对待之两端的绝对的一。这两个层次的关系他用∴（读伊）来表示，∴也叫圆伊三点，他说：