刘宗周这一思想是独特的，他要纠正前人天道论与心性论、心性论与修养论不能统一，整个思想缺乏统一的物质基础的偏弊，欲把它放在统一的基础上。比如，朱熹的理气论以理逻辑上在气之先、气之上的理论有可能导出理气为二之弊，“天命之谓性”，未发是性，已发是情，有可能导出性与命、性与情分而为二、性在情之外别为一物的可能，其涵养用敬与进学致知亦不能打并为一。王阳明虽能即内即外、即理即心、即上即下、即知即行、即功夫即本体，将不同方面滚合为一，统以良知包蕴，但良知似缺乏一个清楚的物质基础。刘宗周则以气为基础，心亦是气，以理为气之理；以心之气之中和为性，以心所感应所发的念头为情，其天道论、心性论皆有稳固的统一的物质基础，且天道论与心性论平行，有形上学根据。这些方面，是刘宗周融和程朱陆王，又吸收王廷相等的合理见解熔为一炉所开出的一条新的理路。
刘宗周的《性论》，对以上所表示的意思进行了清楚的总结，对历史上有代表性的关于性的解说，也进行了驳正，他说：
夫性因心而名者也。盈天地间一性也，而在人则专以心言。性者心之性也。心之所同然者理也，生而有此理之谓性，非性为心之理也。如谓心但一物而已，得性之理以贮之而后灵，则心之与性，断然不能为一物矣。……盈天地间一气而已矣，气聚而有形，形载而有质，质具而有体，体列而有官，官呈而性著焉，于是有仁义礼智之名。（《原性》，《刘宗周全集》第二册，第280页）
他的观点是，性非离心而别为一物，性无处不有，因为气无处不具。人之性，即因人这种特殊形态的气而有，所以说“性者心之性”。性的本质是理，但此理是气之理，非别为一物而驻于心中，性与气同在，故生而具有。不能离气而言性。气聚而为形质，人这种形质有身体有器官，性是心这种器官的功能。仁义礼智是心的条理和不同表现。
由此，他批评了告子的性无善无不善，认为性既然是心的条理，就不能有善还是恶的性质，它是超乎善恶评价的。甚至孟子“性善”说也是就当时语脉说，是不得已而为之。至于后世性恶、性善恶混、性三品诸说，皆不能成立，宋儒天地之性气质之性之分，愈益支离。孟子性善是就气而言，仁非他，即恻隐之心；义非他，即羞恶之心。性与心非二物。即使《中庸》的“天命”之性，也是就中和而言，心之气的条理韵节喜怒哀乐即仁义礼智，即性。所以，《中庸》也是“以心之气言性”。后人在心性上的矛盾皆因理自理、气自气、理气离为二所致。先儒相沿之“性即理”固可说，但须有辨，自其分而言，仁义礼智各为一理，自其合而言，仁义礼智统为一理。“理为形而上者”亦可说，但须知此形而上形而下是一体两分，非截然两物。他指出，以上种种错误，皆外心以言性。“外心言性，非徒病在性，并病在心，心与性两病，而吾道始为天下裂。”（《原性》，《刘宗周全集》第二册，第281页）
对于当时流行的王阳明“心外无理”说，刘宗周也以自己的性论作了不同的解释：
自良知之说倡，而人皆知此心此理之可贵，约言之曰：“天下无心外之理”，举数千年以来晦昧之本心一朝而恢复之，可谓取日虞渊，洗光咸池，然其于性犹未辨也。予请一言以进之曰：“天下无心外之性”。惟天下无心外之性，所以天下无心外之理也。……向之妄意以为性者，孰知来即此心是。（《原学》，《刘宗周全集》第二册，第285页）
刘宗周对王阳明“心外无理”之说是首肯的，认为它有重新光大心之含蕴、心之尊尚之功。但他指出，须同时光大“无心外之性”说，因为天下无心外之性是天下无心外之理的根据。因为性直接根于心、根于气，而理是性的别名。刘宗周这里实际上要补足阳明的不足。王阳明的“心外无理”虽其本义在强调人的善良动机的重要：天下凡有价值的行为，皆是出于人的善良动机；衡量行为的善恶，惟有这一个标准，以杜绝“义袭于外”。但“心外无理”容易被理解为心即是理，而忽视了具体的变化气质的功夫。这一意向在他的为学根本方向中表露得很明显：
是以君子贵学焉。学维何？亦曰与心以权而反之知，则气血不足治也。于是顺致之以治情，而其为感应酬酢之交，可得而顺也。于是逆致之以治欲，而其为天人贞胜之几，可得而决也。于是精致之以治识，而其为耳目见闻之地，可得而清也。于是杂致之以治形治器，而其为吉凶修悖之途，可得而准也。凡此皆气血之属，而吾既一一有以治之，则气血皆化为性矣。性化而知之良乃致，心愈尊。此学之所以为至也欤？（《原学》，《刘宗周全集》第二册，第286页）
他认为阳明致良知是仅就正面功夫着眼：推致吾心良知所知天理于事事物物。而阳明学未直接触及气的层面，良知易杂于嗜欲之中而不能呈露这一面在致良知中没有直接的提揭。刘宗周提出，所谓学就是使良知为心的权衡，心的主宰，而不为嗜欲所蒙蔽。以此治情治欲，治识治形器，一句话，即化嗜欲为性理。此时方能真致良知。这是刘宗周特别提出以心即性为心即理的根据的用意所在。刘宗周对宋明儒者的许多流行观念如未发为性已发为情，理生
气，心统性情等都本自己的心性论提出质疑，他尤其反对义理之性与气质之性、道心与人心的区分。他说：
须知性只是气质之性，而义理者，气质之本然，乃所以为性也。心只是人心，而道者人之所当然，乃所以为心也。人心道心，只是一心；气质义理，只是一性。识得心一性一，则工夫亦一。静存之外，更无动察；主敬之外，更无穷理。其究也，工夫与本体亦一。此慎独之说，而后之解者往往失之。（《中庸首章说》，《刘宗周全集》第二册，第301页）
在刘宗周这里，理是气的条理，所以说义理者气质之本然，义理是性的内容，所以说“乃所以为性”。性是心之气的起伏韵度，是个表示气的运行方式的概念，而道是价值理想，是个表示目的、标准的概念，故为所当然。但在刘宗周这里，当然就是实然的本体状态，心本然的中和就是其理想。所以道心是人心，气质之性就是义理之性。刘宗周反对将气质之性义理之性说成二种本质不同的性，更反对义理之性来自天理，气质之性来自气禀，当然也反对朱熹所谓“道心是知觉得天理的，人心是知觉得声色臭味的”。刘宗周批评程颢“论性不论气不
备，论气不论性不明”，认为这是将性与气分而为二；即使程颢的“性即气，气即性，二之则不是”，也因为没有把性作为心气之理，故迹近笼统。刘宗周也论到性与习的关系，他说：
要而论之，气质之性即义理之性，义理之性即天命之性，善则俱善。子思子曰“喜怒哀乐之未发谓之中”，非气质之粹然者乎？其有不善者，不过只是乐而淫，哀而伤，其间差之毫厘与差之寻丈，同是一个过不及，则皆其自善而流者也。惟是既有过不及之分，则积此以往，容有十百千万倍蓰而无算者，此则习之为害，而非其性之罪也。（《答王右仲州剌》，《刘宗周全集》第三册，第331页）
气质之性即喜怒哀乐，义理之性即仁义礼智，仁义礼智亦可循以往的说法，为天命之性。喜怒哀乐未发，指心气流行之中和，它本身即是善。所谓不善，是喜怒哀乐的过或不及，过或不及则偏离中和，而究其原因，皆习引起。习指后天习染，非性之罪。刘宗周牢牢地把握住一点：天道的运行无有过忒，作为天道的凝聚的人身其本体也无过忒。人本来是一种自足的存在，人的错处，皆来自后天习染。所以刘宗周的修养功夫十分严毅清苦，在念起处狠加以克治之功。刘宗周不像大多数理学家，把人之善说成来源于天命，把人的过恶归罪于人的肉
体，而是认为，人的肉身无罪，人的过恶源于后天的习染，而人的肉体这种特殊的气则是自然存在和自然流行的。修养功夫就在于保持它本然的中和。这尤其与以心为性之源、以身为臭皮囊的说法大相径庭，这为后来重新光大践形说打下了基础。
刘宗周晚年将慎独包容一切功夫，慎独不仅是保持“意”时时作主，保持心气之中和时时不离，也包括在后天之习上进行克治，后者实际上即复性说：
人生而静，天之性也，浑然至善者也。感于物而动，乃迁于习焉。习于善则善，习于恶则恶，斯日远于性矣。无论习于恶者，非性；即习于善者，亦岂性善之善乎？……为之语言以习之，则知其语言以慎之；为之嗜欲以习之，则知其嗜欲以慎之；为之起居以习之，则知其起居以慎之；为之酬酢以习之，则知其酬酢以慎之；如是则习即性矣。凡境即性境，凡闻即性闻，凡见即性见。无心非性，无性非习，大抵不离独知者近是。（《习说》，《刘宗周全集》第二册，第311~312页）
浑然善性，是人心之本然的中和。习是心感于外物而动由此养成的某种倾向或习尚，有习尚即中气应物之际被习尚所迁移、改易，故远于性。习尚为独知所知，然后即习而慎，则复其性。这一功夫过程即慎独。
刘宗周整个功夫论的总纲即慎独，他曾说：“自昔孔门相传心法，一则曰慎独，再则曰慎独。”（《证人要旨》，《刘宗周全集》第二册，第5页）
他的具体功夫“六事功课”是对慎独宗旨的贯彻。如六事之一“凛闲居以体独”，刘宗周解释说：“夫人心有独体焉，即天命之性，而率性之道所从出也。慎独而中和位育，天下之能事毕焉。然则独体至微，安所容慎？惟有一独处之时可为下手法。”（《证人要旨》，《刘宗周全集》第二册，第5页）
刘宗周的慎独，不是在独体本身下工夫，而是保任本具的独体畅然流行不受习的损害。体独即是独体流至感物而动的层面，主体之知与之为一，特别是在闲居易于懈怠之时。六事之二“卜动念以知几”，是在念头初动时独体做主：“独体本无动静，而动念其端倪也。动而生阳，七情著焉。念如其初，则情返乎性。动无不善，动亦静矣。”（《证人要旨》，《刘宗周全集》第二册，第6页）
其三“谨威仪以定命”，是将慎独功夫贯彻于威仪动作上：“慎独之学，既于动念上卜贞邪，已足端本澄源。而诚于中者形于外，容貌辞气之间，有为之符者矣。所谓静而生阴也。于焉官虽止而神自行，仍一一以独体闲之，静而妙合于动矣。”（《证人要旨》，《刘宗周全集》第二册，第7页）动念是动，辞气容貌是静，以独体防闲邪僻之心，然后辞气容貌自正。所谓
“气容当肃，勿以浮荡心失之”，“头容当直，无以邪曲心失之”等等皆是。其余“敦大伦以凝道”，“备百行以考旋”，“迁善改过以作圣”，皆慎独功夫贯彻于伦理原则及日常行为中。他的《人谱类记》，则取古人言论及事迹为师法，以警诫规范后人。其间多有严刻过甚而人不能堪者。故黄宗羲说刘宗周：“从严毅清苦之中，发为光风霁月。消息动静，步步实历而见。”（《子刘子行状》，《黄宗羲全集》第一册，第250页）
刘宗周是王阳明之后体系最完备、论述最全面、思想最深刻的哲学家，尤其在形上学的高严与精微上，可以说无与伦比。他的孤介峻拔的风节是他的形上学的实践。但其究终为一理学君子，经世致用之学，刘宗周未尝措心，也不屑于措心，甚至在某些方面，还表现得有些迂腐。如御史杨若桥推荐西方传教士汤若望擅长火器，请崇祯召试以用，刘宗周上疏反对：“臣闻用兵之道，太上汤武之仁义，其次桓文之节制，下此非所论也。迩来边臣于安攘御侮之策，战守屯戍之法，概置不讲，恃火器为司命，今破城陷邑，岂无火器而然哉？我用之以制人，人得之亦可以制我。不见河间反为火器所破乎？先臣戚继光在塞上，谨烽燧，严斥堠，军法修举，数十年无窥边者，未尝专恃火器。不恃人而恃器，国威所以愈顿也。汤若望倡邪说以乱大道，已不容于尧舜之世，今又作为奇巧以惑君心，其罪愈无可逭。乞皇上放还本国，永绝异教。”（《子刘子行状》，《黄宗羲全集》第一册，第235页）对西方传教士及西方实用技术，刘宗周似未若当时眼光敏锐、主张吸收一切先进技术为我所用的思想家那样宽容。他斥责西方火器为奇技淫巧，与后来中西之争中封闭保守的人同一口吻，这是他作为理学君子的偏弊处。专诚意正心而疏于经世之学，由此出现的流弊，是明末清初实学兴起的一大缘由。清初颜元即有见于理学讲正心诚意太过而倡“习行”。颜元的“无事袖手谈心性，临危一死报君王”或以刘宗周为贬斥对象。但刘宗周学问风节自有其光彩不可掩处，不是仅仅硁硁君子所能抹过的。