陈建证明朱熹对于陆学“疑信相半”还有一条材料是朱熹闻陆九渊上殿轮对，索取奏表看后给陆九渊的回信。此信作于淳熙十二年夏，朱熹五十六岁，信中说：“奏篇垂寄，得闻至论，慰沃良深。语圆意活，浑浩流转，有以见所养之深，所蓄之厚。但向上一路未曾拨转处，未免使人疑着恐是葱岭带来耳。如何如何，一笑。”（《陆九渊集》卷十八）
观陆九渊奏表，皆援古例以对时政有所建议。但轮对皆空泛不急之议，陆九渊此篇，亦属此类。朱熹阅后褒语，皆客套话。另此表中根本未涉及思想宗旨处，其“向上一路未曾拨转”，似批奏表中“人能弘道，非道弘人”对个人意志的强调，及劝诫孝宗皇帝不要“日与琐琐者共事，信其俗耳庸目，以是非古今，臧否人物”（《删定官轮对札子三》，《陆九渊集》卷十八），有废弃读书穷理之嫌。故朱熹谓此为陆学故态，因有“葱岭带来”一戏谑语。随后在给刘子澄的信中亦说此篇奏札“但不免些禅底意思”。但此奏札实未有一句涉及根本思想，亦无意谤人。
朱熹“葱岭带来”一语，虽是戏谑，未免多事，无端触人痛处，增其不快。而陈建将朱熹此书作为“中年疑信相半”的佐证，亦属不伦。
曹立之墓表及傅子渊相见之后，朱陆间嫌隙日深，特别是双方弟子门人激于意气而竞辩四出，矛盾愈加激化。此后，朱熹对陆学的态度，亦一变而为直率相攻，不复有曲折避护之意。朱熹直斥陆学之书信甚多，《学蔀通辨》采朱熹五十八岁后书信多封，以证明其“朱陆晚年冰炭之甚”。本节重在反驳陈建朱陆早同晚异中之“早同”，而“晚异”则事实俱在，前人亦多道之无异辞。程敏政之《道一编》、王阳明之《朱子晚年定论》，谓朱陆早异晚同，一望而知其误，此处不多辩。
二儒释之辩
《学蔀通辨》着力要证明的另一点是陆九渊、王阳明之学为禅；陆九渊之学阳儒阴释，能以其疑似之处惑乱儒学，故其蔀障尤重。《学蔀通辨》以后编、续编之全部，终编之一部分共七卷，论证陆王类禅，旁征博引，比朱陆早晚同异之辩所用功力更多。陈建的论证集中在三个方面：其一，陆学中多有陆九渊诱导其徒觉悟之处，其做派与方法与禅宗机锋、公案相似。其二，陆学遗却事物，屏思黜虑，专务虚静，以完养精神，此为禅定。其三，陆九渊师弟皆简狂率易，类似祖师禅之呵佛骂祖。
陈建提出，禅学教人第一步在绝利欲、遗事物、屏思虑、专虚静。及其积久，精神凝聚澄莹，光明寂照，神通妙用，广大无边。禅学的精蕴在此，陆学的精蕴也在此。陆九渊一生专以精神在内为教，如：“精神全要在内，不要在外。若在外，一生无是处。”“人精神在外，至死也劳攘，须收拾精神自做主宰。”“朱元晦泰山乔岳，可惜学不见道，枉费精神，遂自耽阁。”“请尊兄即今自立正坐拱手，收拾精神，自作主宰，万物皆备于我，何有欠缺。”（《语录》，《陆九渊集》卷三十四）这些都说明，陆九渊之学，专在完养精神一路，其为禅学无疑。《孔丛子》中“心之精神是谓圣”一语，是陆学宗祖。陆学专主收拾精神，不复以言语文字为意，与佛书所谓不二法门一致。
陈建的以上说法，关系到陆学在多大程度上接受了禅学，儒学特别是理学能否容纳佛学内容。接纳了佛学以后儒学是否就降低了价值，吸收佛学对中国哲学的发展是有利还是有害等，这些都是中国哲学史的大问题。陆九渊接受了佛学，这是不争的事实。但理学家接受佛道二家的思想养分丰富自己，正是它得以发展从而使中国哲学走入一个新阶段的前提。朱熹也接受了佛家和道家的某些成分，这对于他拓展哲学的内容，加强分析论证的细密与条贯都起了作用。佛道作为他的思想的有机成分，已经融贯在他的整个学说中。陆九渊在接受了佛教以后，更以其简易直接、了彻心源的精神，荡涤污浊，清除鄙吝，立大胸怀，成大气魄。这对于扫荡五代以来的萎靡之气，开发儒者被经书所束缚的灵性，培养日常生活中自尊自信、自强自立的精神，都是有益的。陆学作为程朱理学的对立和补充，在中国哲学的理论发展、中国知识分子人格塑造上都提供了有益的营养。陆九渊吸收的禅学，是已经彻底中国化了的禅学。这种禅学是中国哲学的有机成分，陆学作为中国哲学中一个学术流派，吸收彻底中国化了、作为中国哲学一部分的禅学，本是自然的、无可厚非的。陈建以陆九渊之学“逃禅”而大兴挞伐，就是视佛学为洪水猛兽，凡接受了佛学而以之为学术养分的，都应对之进行抨击。在陈建这里，先秦孔孟学说是完备的，任何吸收异源学术对它进行改造、充实和发展，都是天下之大不韪，都要遭到卫护正学者的攻击。
陆九渊的哲学主旨是心即理、发明本心、剥落物欲等。他强调的是培养理想人格的根据就在自己心内。所以，陆九渊的“心即理”不是佛教“以心法起灭天地”，不是“心生种种法生，心灭种种法灭”。陆九渊先立其大的用功方向和剥落物欲的修养方法完全是正统理学的，不能说他偏离了儒学。只是按照完美人格的要求，按照内圣外王的标准，陆九渊专主发明本心而对具体事物知识脱略不讲，突出了道德理性的强势地位而对知识理性注意不够，这是他的不足。他所认为的只要本心不受伤害，“当恻隐时自然恻隐，当羞恶时自然羞恶”，道德意识的端正自然产生对事物的正确处理，这方面缺乏有力的论证。这一点是朱熹和许多理学家所诟病的，也是心学的完备形态王阳明良知之学所认为的“粗处”。
陆九渊主心即理、发明本心，所以，本心这一天赋道德意识如何以完全纯粹的形式呈现到现实的知觉层面，就是心学所着力讲求的。按照理学的说法，一方面，本心的呈现是自然的，自动的，无时或息的；另一方面，本心又时时受到气禀物欲的浸染，它透至知觉层面而成为人的现实的道德资养需要主体的自觉寻求、体悟。悟的方法是多种多样的，这一点是禅学对心学的最大启发，而这正好造成了悟者的独特性，所悟内容和过程的难以理喻。故被习惯于常规理性思维的思想家称为“百怪俱出”。《学蔀通辨》就列举大量陆九渊和弟子悟道之方，谓之类禅。如陆九渊与詹阜民的对话：“先生（陆九渊）谓曰：‘学者能常闭目亦佳’。某因此无事则安坐瞑目，用力操存，夜以继日，如是者半月。一日下楼，忽觉此心已复澄莹，中立（杨简字）窃异之，遂见先生。先生目逆而视之曰：此理已显也。某问先生何以知之，曰：占之眸子而已。因谓某：道果在迩乎？某曰：然。”（《语录》下，《陆九渊集》卷三十五）陈建对此评案曰：“无事安坐瞑目操存，此禅学下手工夫也。即象山之自立正坐，收拾精神也。即达磨面壁静坐默照之教，宗杲无事省缘静坐体究之教也。‘一日下楼，忽觉此心澄莹’，则禅学顿悟识心之效验也。所引‘道在迩’等语，则推援之说也。”（《学蔀通辨》后编上第5页）陈建说陆学从下手功夫到最后顿悟都是禅学，此说不确。陆九渊虽然吸收了禅学的某些修养方法，但其内容仍是儒学的。安坐瞑目，是二程教人的方法。而二程为宋代理学正宗。安坐瞑目，意在使纷乱的心安静下来，从而本心得以显露。理学家皆承认儒释最大的不同在程明道所谓“吾儒本天，释氏本心”。照这一分判，陆九渊的安坐瞑目是“本天”。陆九渊问弟子“道果在迩乎”，此道即宇宙伦理法则。即使最为人诟病的“占之眸子”，亦非异学独有。《孟子》有“睟面盎背，达乎四体”之说，认为人的道德修养达到某种境界，其内心的舒泰安详可表现于形体动作。心体洞彻而眸子明亮，此亦不足怪。
《学蔀通辨》说陆学为禅的另一证据是，陆九渊因扇讼启发杨简。它引《慈湖行状》：“慈湖初在太学循理斋，尝入夜忆先训，默自反观，已觉天地万物通为一体，非吾心外事。至陆先生新第，归来富阳，慈湖留之，夜集双明阁上，数提‘本心’二字，因从容问曰：‘何谓本心？’适平旦尝听扇讼，陆先生即扬声答曰：‘适断扇讼，见得孰非孰是者即本心也。’慈湖闻之，忽觉此心澄然清明，亟问曰：‘止如斯耶？’陆曰：‘更何有也！’慈湖即北面纳拜，终身师事焉。”（《学蔀通辨》后编上第7页）又引慈湖《昭融记》：“心之精神是谓圣，此心虚明无体，洞照如鉴，万物毕见其中而无所藏。”陈建对此评案曰：
此正佛氏弄精神之故智，所谓识心见性即识此见此也。慈湖乌得妄指为仁为道，为孔子之学耶！吾不识仁与道乃有形影之物可玩弄。如此谬妄推援，指鹿为马，可骇可笑。（《学蔀通辨》后编上第8页）
中国哲学特别注重人的精神境界，精神境界不是知识积累的自然结果，而是一种独特的感受和胸怀。境界靠体验，而体验无一定之途。有默自反观，有因事感发。天地万物通为一体，是一种境界，也是一种体验。境界乃修养而成，体验则可偶然而得。陆九渊以扇讼启发杨简，可见他的善教。陆九渊的“本心”，取自孟子的“四端”。四端之一即是非之心。听讼之时，需用知是知非之心。是非处断之中，本心即在运作。慈湖问“止如斯耶？”陆九渊答以“更何有也”。意即，是非之心亦即恻隐之心，亦即羞恶之心，本心只是一心，此一心当恻隐时自恻隐、当羞恶时自羞恶、当宽裕温柔时自然宽裕温柔、当发强刚毅时自然发强刚毅，本心显发为不同境遇中的不同表现形式。本心人人皆具。慈湖言下大服，因为他理解了陆九渊这一主旨。陆九渊与杨简这种师生间的随机指点，不可指为“佛氏弄精神之故智”，即使它有识心见性的意思，所见者也是儒家本心之性。杨简的“心之精神是谓圣”，此精神亦是指境界，非谓认识。站在较为通脱的立场看陆九渊，他的那些看似宏大不经的言语和行为才能得到正确的理解。
陈建以陆学为禅学的另一根据是，陆学遗弃事物，屏息黜虑，专务虚静以完养精神。他列举了陆九渊语录、书信中许多他认为是专务虚静的话来作证。如：
吴显仲问云：“某何故多昏？”陆子曰：“人气禀清浊不同。只自完养不逐物，即随清明。才一逐物，便昏眩了。人心有病，须是剥落，剥落得一番，即一番清明。后随起来，又剥落，又清明，须是剥落得净尽方是。”
心不可泊一事，只自立心。人心本来无事，胡乱被事物牵将去。若是有精神，即时便出，便好。既知自立此心，无事时须要涵养，不可便去理会事。人心只爱去泊着事。教他弃事时，如猢狲失了树，更无住处。古人精神不闲用，不做则已，一做便不徒然。所以做得事成。须要一切荡涤，莫留一些方得。（以上见《语录》，《陆九渊集》卷三十四—卷三十五）