罗钦顺这类解说在《困知记》中并不少见。但这些说法，只是对宋儒批佛的发挥，如程颢的“圣人本天，释氏本心”、张载的“佛氏不知天命，而以心法起灭天地”、朱熹的“佛家都从头不识，只是认知觉运动作性”。罗钦顺根据这些意思加以发挥，并表彰他们辟佛的功绩。罗钦顺在理论上深入一步的，是他对于佛教一些较深层次的概念的解剖和辨析，以及他对于佛教理论失误之处所做的论证。这些分析和论证比前人更加深刻和全面。
比如，罗钦顺深入分析了佛教的根本概念“觉”。佛之本义，即觉，觉即佛的名号之一，所以“觉”在佛教概念名相中占有十分重要的地位。罗钦顺吸取《大乘起信论》的说法，分觉为始觉和本觉。始觉，即人后天由迷得悟，本觉即人心本体，亦即真如。本觉生而具有，非后天
所得。人的修养在由迷到悟，与此真如本体冥合，始觉泯灭，本觉独存。这就是罗钦顺所谓“因始觉而合本觉，所以成佛之道也”（《困知记》第48页）。
罗钦顺也考察了佛教的认识活动。他认为，在佛教的认识活动中，本觉是体，见闻知觉是用；本觉是能知，见闻知觉是所知。没有本觉即无法发生现实的见闻知觉，没有见闻知觉也无以见所谓本觉。能知者是主体的识，所知者是佛教所谓十八界。因此，佛教能知所知皆是识，皆是心。
罗钦顺由此详细考察了“识”这一概念。佛教讲识，最广泛的是“八识”之说。八识中之第八识又名藏识，藏识有本有末，本是智，末是识。“本”如“如来清净智”、“常住”等，“识”如“业相”、“生灭”等。修行的目的在“转识成智”，在“妄想识灭成涅槃”。罗钦顺指出，佛教的这一说法理论上包含着矛盾，这个矛盾在以本体为真，以现象为妄。既然本末体用一如，怎能在其中分真妄。他对这一说法提出责难：
夫识者，人心之神明耳，而可认为性乎？且以其本体为真，末流为妄，既分本末为两截，谓迷则真成妄，悟则妄即真，又混真妄为一途。（《困知记》第53页）
罗钦顺进而站在儒家立场提出，所谓真，即自然不可道者，即天理；所谓妄，即出于情欲之役使，即人欲。真者存之，妄者去之，即存天理去人欲。这是儒家内以治身心，外以治天下国家的根本途径。按佛教以迷悟分真妄的说法，在未悟时，不管合天理与否皆妄，悟则一切皆真，无天理人欲之辨。这样的结果，便是人欲肆而天理灭，这些都是“知觉为性”所发生的后果。
罗钦顺还批评了佛教以“心”为世界本体的说法。禅宗有一首有名的诗：“有物先天地，无形本寂寥，能为万象主，不逐四时凋。”此先天地之物，即“觉”、“心”、“本觉真心”，它是无形无象、湛然常寂的，故“无形本寂寥”。此本觉真心能生万法，所谓“山河大地皆吾妙明真心中一点物相”，故“能为万象主”。此心常住不灭，超绝对待，不随万物的动静而动静，故“不逐四时凋”。也有儒家学者用这四句诗比况《易传》中“太极生两仪”的宇宙生成论，罗钦顺对此做了辨析。他指出，《易传》中“太极生两仪”之说，表面上可以和禅师“有物先天地”类比，但儒家太极，不离阴阳而言，太极是体，阴阳是用。太极虽可说无声无臭，但其神妙作用即表现于阴阳、万物的运动中，非“湛然寂寥”。而太极阴阳所生的万物，皆气象万千、生生不已的实有之物。《易传》所谓“富有之谓大业，生生之谓易”，非妙明真心生出的幻象。也就是说，“有物先天地”之物，不是本觉真心；“能为万象主”之万象，不是本觉真心生起的假象。这是儒佛分界处，不可混淆。
罗钦顺对佛教重要概念的辨析，有些地方较张载、二程、朱熹更为深入、细致，捍卫儒家基本立场免受佛教混滥的苦心也更为深切。但他在对待佛教的态度上，没有同时代的人如王阳明、湛若水等宽容。他没有像王阳明那样，把佛教思想资料作为自己建构哲学体系的有用资养，没有把佛教的丰富思维成果吸收在自己的思想体系中。他的由卫道苦心产生的对佛教的拒斥也妨碍他对佛教理论作进一步的开掘。如果对比王阳明和明末诸大思想家，罗钦顺的这些褊狭之处是显而易见的。
罗钦顺不仅批评佛教，而且对他认为受了佛教影响或说就是变相的佛教的陆九渊、杨简心学进行了严厉的批评。他批评佛学，意在维护儒家道统；批评心学，意在维护儒家正统朱子学。罗钦顺比阳明生年稍早，长于王畿三十多岁，阳明后学中的禅学倾向，尚不在罗钦顺批评的范围内，但他所指斥的理论观点，包含了阳明后学中的某些流弊。罗钦顺曾说：
象山之学，吾见得分明是禅。……佛氏有见于心，无见于性，象山亦然。其所谓至道，皆不出乎灵觉之妙。盖以灵觉为至道，乃其病根，所以异于吾儒者，实在于此。（《困知记》第114页）
罗钦顺主程颐、朱熹“性即理”之说。性是理之赋予人人物物者，此理在天为命，在人为性，心是人的神明，理存于心而心不即是理。这是罗钦顺心性学说的大旨。他认为，孟子所谓心，主要指思维器官，孟子言“心之官则思”，能思者为心，所思者为理。孟子学说的关键在一“思”
字。陆九渊虽自言上承孟子，并以孟子“先立其大”为标榜，但陆九渊所立之大非孟子能思之心。“此心但存，此理自明，当恻隐处自恻隐，当羞恶处自羞恶。”是非在前，此心自能辨之。如此则无所用孟子所谓思。所以罗钦顺批评陆九渊“乃执灵觉以为至道，非禅而何？”（《困知记》第35页）并且说，儒门格物穷理，陆九渊皆反之使向内用功，格此心之物，穷此心之理，与程朱之训不合。程朱之格物，格物理而上达天理，陆九渊之格物，惟自反其心，无求物理之事。此亦与《大学》之教不合。陆九渊之言“心即理”，乃其杜撰。他特别指斥陆九渊“六经皆我注脚”之说，认为儒门遗训，千言万语，无非穷事物之理。学者之事，在熟读精思，将古圣先贤言语，反复体究。陆九渊之说，为世之好高欲速之人所喜从，但求之于身心，将儒家经书看得轻了。甚至以为书可不必读，读亦不必苦苦求解。这样做的恶果便是人皆不以读书为意。“一言而贻后学无穷之祸，象山其罪首哉！”（《困知记》第72页）至于象山之作略，如启弟子杨简“忽省此心之清明，忽省此心之无始末，忽省此心之无所不通”，瞑目静坐而悟；弟子詹阜民安坐瞑目半月，一日下楼，忽觉此心已复澄莹，陆九渊觇之眸子，知他心地已开明，天理已显发之类，皆禅师作略，儒门中无此教法。陆九渊诗“仰首攀南斗，翻
身倚北辰，举头天外望，无我这般人”，更是禅师偈语的套用。罗钦顺批评陆九渊说：
此理在人则谓之性，在天则谓之命。心也者，人之神明，而理之存主处也，岂可谓心即理，而以穷理为穷此心哉。良心发现，乃感应自然之机，所谓天下之至神者，固无待于思也。然欲其一一中节，非思不可。研几工夫正在此处。……若此心粗立，犹未及于知止，感应之际乃一切任其自然，遂以为即此是道，其不至于猖狂妄行者几希！凡象山之为此言，误人多矣，其流祸迄今益甚。（《困知记》第114页）
罗钦顺对陆九渊的批评是很严厉的，他是把陆九渊当作禅学式儒学的典型来批评的。他的批评集中到一点，就是陆九渊“以灵觉为至道”。但陆九渊所谓心，是否如罗钦顺所理解的，只是个灵觉；陆九渊是否如朱熹所说“只认得个昭昭灵灵的”，其中没有性和理的内容，这关系到如何正确理解陆九渊及后来王阳明心学，是需要加以辨析的。
其实，陆九渊的学术宗旨“心即理”义旨至为显豁。“心即理”是说，吾心中本有的恻隐羞恶等，即宇宙理论法则的表现，二者是同一的。恻隐羞恶等是情，但它是性的表现。故可说“心即理”。这个意思王阳明后来提出“良知即天理”统括之。陆九渊从人心中的恻隐羞恶之情与宇宙理论法则的同一着眼，认为人心中的理和宇宙所体现的道德法则根本上是一个，所谓“至当归一，精义无二，此心此理实不容有二”。陆九渊所谓心绝不仅仅是个灵觉，它有伦理内容在其中，心的基本功能如知、情、意等方面是混而为一的，所以“心即理”这一命题涵摄非常广泛。陆九渊所以与人辩驳，是因为他认为世人多不解其“心”之真实意谓。陆九渊绝不是不承认存于宇宙间之理，他明白说：“此理塞宇宙，谁能逃之，顺之则吉，逆之则凶。”（《易说》，《陆九渊集》卷二十一）不过认为宇宙之理与心中之理是同一的。其“皇极之建，伦之叙，反之则非，终古不易，是极是彝，根乎人心，塞乎天地”（《杂说》，《陆九渊集》，卷二十二）正是他的名句“宇宙便是吾心，吾心即是宇宙”最清楚的说明。陆九渊“先立其大”，即先尊德性而后道问学，非如罗钦顺所说是置经书于不顾。其“学苟知本，六经皆我注脚”亦是要把作为伦理主体的自我放在首位，用伦理去统率读书、格物等知识活动。这是他所谓“收拾精神，自作主宰”的真意。他与朱熹的争论只是为学之方的争论。陆九渊所谓心，绝非禅宗所谓心。所以罗钦顺这里对陆九渊的批评，是站在朱学立场对心学的排击。他还以同样的立场批评了心学其他学者，从这个意义上，把他说为“朱学后劲”是恰当的。但他对陆九渊的批评确有许多地方只就文字表面立论，有鲁莽灭裂之病，这一点不能不指出。
至于罗钦顺指出陆九渊所谓“当宽裕温柔自宽裕温柔，当发强刚毅自发强刚毅”，心中所发皆合理，并非人人能如此；不思而得，是“圣人分上事”。这一驳难却是切中要害的。每个能思维的人皆有伦理意识，这是程朱和陆九渊都承认的，但是否心之所发皆与外界吻合，这是不能保证的。动机与效果的符合不是自然的，而是人的认识与意志长期锻炼的结果。罗钦顺指出，陆九渊所谓当如此自如此，其轻重长短实际上都是人择取的结果，绝不会自然合理。后来的王阳明也看到了这一点，他说陆九渊学说“有粗处”，就是指他的学说中没有把道德和知识的吻合看做一个发展过程。他用以弥补此罅漏的是“致良知”：
良知是知，致良知是行，良知在实践过程中不断积累，不断充实调整以达到心与理、动机与效果、道德与知识的统一。良知与天理，是动态合一的过程。这才弥补了陆九渊的自然合一说。罗钦顺虽然看到了陆九渊这方面的疏漏，但他是站在朱子学的立场去批评的。这种批评
未必能真正抓住陆学的弱点。而他对于格物的解释，所达到的深度也不如王阳明。