张商英由读《维摩经》入佛，后与禅师东林常总、兜率从悦等相与论学，佛学日进，儒学亦日进。他认为只有儒家的世间法是不够的，还要有佛家的出世间法。世间法可以治世，出世间法可以治心。从救治社会弊病说，儒家法可以治标末，佛家法可以治心髓。焦竑对张商英此论非常赞赏，他在《焦氏笔乘》中说：“释氏之典一通，孔子之言立悟。张商英‘吾学佛而后知儒’，诚为笃论。”（《笔乘续》卷二）
又如，后人对王阳明有无二义的理解分歧很大，故对“四句教”的解释尽失阳明本意。而“无善无恶心之体”一语，实可用佛家所谓遮表二法诠解。用此法解，王阳明“心即性”、“良知即天理”与“无善无恶心之体”可贯通为一，了无滞义。《焦氏笔乘》记：“问：‘如来藏具种种功德，今但离一切相，何以满足如来法身？’曰：‘约教中有表有遮，离一切相为遮，具种种功德为表，其实遮中即是表也。’”（《笔乘续》卷二）“无善无恶”是遮，也即此所谓“离一切相”；良知至善之显现是表，即此所谓“如来藏具种种功德”；“遮中即表”，即有无合一。“无善无恶”与“至善无恶”一而二，二而一。佛教之遮表法对于理解王阳明之有无论实在是一个助缘。“学佛然后知儒”，诚非虚语。
又如，焦竑十分仰慕苏轼，以为旷代奇才。但他指出，苏轼见解之超迈，文气之空灵，有得于读佛典之力。尤其苏轼对《周易》的理解，更渗透佛理，焦竑说：
苏子瞻氏少而能文，以贾谊陆贽自命。已从武人王彭游，得竺乾语而好之，心凝神释，悟无思无为之宗，慨然叹曰：“三藏十二部之文皆易理也。”（《刻苏长公集序》，《澹园集》卷四十六）这里很清楚地说，苏轼对于易理的悟解，得自佛理。
第三，呵护佛教。焦竑以佛教为儒学义疏，认为“学佛然后知儒”，他是把佛学作为儒学的辅翼来看的。因此，他反对先儒出于卫道之心对佛教所作的批评，极力辩白佛教与儒家的相同处。他曾对韩愈、欧阳修的排佛给予批评：“二公于儒理本无所得，其辟佛老亦慕孟子之攻杨墨而为之耳，非脚根点地之人。宜无特操乃尔。”（《崇正堂问答》，《澹园集》卷四十七）他提出，韩愈之排佛全在迹上，不过言佛教为夷狄之教，佛教徒口不言儒家先王之法，身不服儒服，不知君臣之义、父子之恩等等，皆摭拾前人排佛之论。韩愈排佛的目的，在重新确立儒家的正统地位。而韩愈所言儒家宗旨如仁义道德等，还在粗率外在处；一入精微，即与他力排的佛教相通。如韩愈与僧人大颠往还，得胸中无滞碍而能外形骸的境界，此正学佛所得的证悟，亦儒者修养所追求的结果。这正好证明学佛的好处：学佛，可以使心性精微，得儒家修养所不能得。欧阳修最为倔强难入，但晚年见富弼得法于净慈本，亦不觉心动，稍稍亲近颙华严问学。可见欧阳修亦不能坚持己见。究其实，二人对儒学所得未深，对心性精微处未加详究，对儒佛会通之旨更是肤隔。他们排佛，只是慕孟子距杨墨之名，自处于褊狭固陋之地。焦竑认为，当时辟佛者多未尽佛理，佞佛者又只慕其外在之迹，皆未能真懂佛教。
对于程颢的排击佛教，焦竑也加以驳斥。程颢是焦竑十分敬仰的人物，但对程颢的排佛，则批评甚为严厉。他曾集程颢排佛语，一一加以辩驳，名《答友人问释氏》。焦竑的辩驳，集中在四个方面：
其一，佛家之空与儒家之理。程颢批评佛家“佛氏直欲和这些禀彝都消煞得尽”，意思是说，佛家主张一切皆空，这样儒家所谓性理也被空掉；佛家盛，儒家伦理纲常就要毁堕。焦竑辩驳说，认为佛家只讲空不讲有是对佛家的曲解。程颢所说，正是佛家所斥的“二乘断灭之见”。佛家主张真空即妙有，故并不废儒家伦理纲常。佛家主张山河大地皆由心造，即不废其妙有。如落有无一边，即是心障。所以，程颢“情顺万世而无情”，正是佛家真精神。情顺万世是有，无动于心是无。有无合一，正佛家妙谛。
其二，出离生死是否利心。程颢指出，佛家的目的是要人出离生死，故是一个“自私自利之心”。生死不能出离，只能顺之。焦竑驳斥说，佛言出离生死，是悲悯世人贪恋富贵之场，引人入道之义；世人贪恋生命，故教之出离生死。但若真成佛慧，即了人本无死。佛学的极
致在于一种襟怀，一种境界。此种境界标志人生之圆满，心灵之纯净；超不超生死，其余事也。佛家非以生死胁持人。这里，焦竑所理解的佛教，已经是以炼养心性为最高目的，主要不是一种宗教，而是一种学养。生死轮回、今生往生、佛国净土等纯宗教的东西，已被焦竑
视为佛教中粗鄙的东西弃之不道。
其三，精神修养与实际事务。程颢认为，佛学只讲个人内心修养，与实际事务无关涉，故佛教只有“敬以直内”，无“义以方外”；只有“穷神知化”，无“开物成务”。焦竑认为，这是误解佛家，实际上佛家之学无内外，穷神知化与开物成务一而不二。他指出，程颢见寺僧进退有
礼，说“三代威仪尽在是矣”；又说儒家之洒扫应对，与佛家默然相合。这都是说佛家有开物成务，不过佛家之开物成务与儒家不同罢了。佛家之“觉无内外”与儒家“体用一原”是一致的。不必说佛家割裂内外、理事。
其四，明心见性与存心养性。程颢认为，佛家只有明心见性，没有存心养性。此一点特别针对禅宗之顿悟说。焦竑认为，佛氏之明心见性，与孟子的尽心知性同。若真能知性知天，不必更说存养。程颢曾说“明得尽，渣滓便浑化”。既“浑化”，更不必存养，顿悟即是存养。若
必从存养说，佛教之“一翳在眼，空华乱坠”，即有保任心体，勿使糠秕翳目之意。这里，焦竑明显有禅宗意思，重顿悟，不重渐修，悟即是养，不必另有养心功夫。
至于外在的衣服轨仪制度如“削发披缁”之类，焦竑认为不必置辩。他总的认为，程颢辟佛之言，皆未真懂得佛教：“伯淳未究佛乘，故其掊击之言，率揣摩而不得其当。大似听讼者，两造未具，而臆决其是非；赃证未形，而悬拟其罪案，谁则服之！为士师者，宜平反其狱，以为古今之一快，不当随俗尔耳也。”（《明儒学案》第835页）
从以上焦竑对儒佛会通所作的论证看，他思想中有极强的佛学因素。这与明代后期思想界会通儒佛的思潮是一致的。明代后期，随着阳明学的确立与推阐，他对佛道二家的吸收与融合为学者效法而逐渐形成趋势。学者大都到佛理中寻找理论养分，而泰州后学首当其冲。即就泰州内部而论，佛学在学者一路（如罗汝芳、耿定向、焦竑），成了其哲学思想达到深刻、精微的有力助益。而在实行者（如何心隐、李卓吾）一路，则作了冲决名教藩篱，“鼓荡狂禅”的工具。
三道家：以道补儒
焦竑不仅喜好佛书，以之为儒学之助，他也涉猎道家著作。他曾作《老子翼》、《庄子翼》，对老庄进行发挥，目的亦在辅翼儒家。同对待佛教一样，焦竑对于道家，主要吸收其性命之说，而对炼养、服食、符箓、炉鼎之术弃置不顾。《澹园集》中有专论道家一节，其中说：
九流唯道家多端。昔黄老、庄列言清净无为而已，炼养服食所不道也。赤松子、魏伯阳则言炼养而不言清净，卢生、李少君则言服食而不言炼养，张道陵、寇谦之则言符箓而不言炼养服食，杜光庭以来至近世黄冠独言经典科教。盖不唯清净之旨趣寂焉无闻，而炼养服食之书亦未尝过而问焉矣。而悉宗老氏以托于道家者流，不亦谬乎！道以深为根，以约为纪，以虚极静笃为至，故曰虚者道之常，因者君之纲。此古圣人乘要执中而南面无为之术也。岂有几于长生哉！（《澹园集》卷二十六）
在焦竑看来，必须区分道家与道教。道教以老庄列为宗，道家的理论宗旨是清净无为，炼丹服食等道教十分看重的东西，先期道家并无闻者。道教之炼丹符箓各派皆背离了初期道家的宗旨，即杜光庭之删定道教史籍也是抛弃了老庄清净无为之旨。焦竑所看重者，为道家老庄
列的心性理论，其极致为虚极静笃，其理论表现为围绕道与德展开的一系列论证。长生久视是其中次要的东西，肉体成仙更为老庄所不道。焦竑是把道家理论看成“君人南面术”的。正因为此，它可以辅翼儒家，助成教化。他特别轻视道教中性命理论之外的东西。他曾为《盘山语录》作序，其中说：
余少喜是书，不必铅汞龙虎，别安名目，与化金御女，自堕旁门，孳孳然独治心养性为务。此七真之正派也。夫方士言长生者往往穿凿于性命之外，不知养性之即为长生；世儒言性命斥养生，不知养其性者同于天道而不亡。（《澹园集》卷十六）
《盘山语录》为道书，焦竑少年即好之。但他所好者，为书中的性命理论。他认为性命理论是全真道的精华，炼丹、房中诸术为旁门左道，皆在屏斥之列。他与王阳明一样，有“养心即所以养身”的思想。王阳明曾答弟子问道家元气元神元精，认为三者只是一件：流行为气，凝聚为精，妙用为神。养心即养精气神。焦竑在这一点上与王阳明相同，认为儒家所谓养生，在于养性、养心；养性、养心则合于天道而自然长生。
在性命理论中，焦竑着重者，在“有”“无”范畴对儒学的补充。这一点突出地表现在他对老子宗旨的阐释上。焦竑在《老子翼》序中说：