朱元璋建立明朝后，采取以儒学为主导，对僧道又利用又控制的政策。洪武元年，设立玄教院，洪武十五年改为道录司，掌全国道教事。道录司的道士官员依官秩由国家支给俸米。为防止僧道数量过多，由道录司规定州府县道士数额，并仿僧人管理办法，道士、女冠也发放度牒。取得度牒要经过国家主持的考试。对宫观数量也加以限制，洪武间有归并寺观之令，州府县只留大寺观一所，令有戒行者主持，防止逋逃者混迹其中。严禁私建道观，私度道士。这些禁令以后各朝皆遵行，有效地控制了道士的活动，虽然有些措施有废毁的情况，但总的说，明代对僧道的管理是有力的。
明代初期，道教最有力量、影响最大的是正一派。洪武元年朱元璋即皇帝位，正一派天师张正常朝贺，朱元璋赐号大真人。张正常逝世后，又令其子张宇初嗣天师位，亦赐号大真人。洪武十八年，诏选道士充神乐观提点，负责朝廷诸大典音乐事。仰慕全真道著名道士张三丰，遣使多方访求。成祖继承朱元璋崇奉正一道的成法，免罪复用在建文帝时坐罪夺印诰的张宇初。因起“靖难”之兵时姚广孝曾预言其将得真武神帮助，故又崇真武神，于武当山大建宫观，岁时遣使致祭。英宗亦崇道，下令重修《道藏》，增所未备，刊印完成后，于正统十二年颁赐天下道观，是为《正统道藏》。宪宗崇信道士方术，李孜省、邓常恩等以祈禳术得官，交结宦官，干预朝政。宪宗还传升（不经过吏部诠选）道士多人为道录司官员。武宗虽对前朝弊政有所革除，如削夺多人国师、真人名号，严禁僧道出入禁中，罢斋醮等，但又崇奉喇嘛教，传升僧官甚多。道官虽不如僧官之盛，但亦不在少数。至世宗嘉靖帝，为明代崇道之最。他自号“灵霄上清统雷元阳妙一飞玄真君”，宫中建斋蘸，又征道士邵元节入京，专司祷祀之事。世宗有疾，太子患痘，道士陶仲文祷之而愈，由是宠信尤甚，特授礼部尚书。斋蘸时需读祝文，称为青词，大臣皆争工青词以邀宠，顾鼎臣、夏言、严嵩、徐阶等，皆以青词得高官，《明史·严讷传》谓：“自嘉靖中年，帝专事焚修，词臣率供奉青词，工者立超擢，卒至入阁。时谓李春芳、严讷、郭朴及（袁）炜为‘青词宰相’。”又好扶乩，任用道士蓝道行等，在宫中设坛。迷信方药，延道士入宫中合药，道士乘机献房中秘方，世宗最终死于丹药。世宗朝，明代初期订立的对道教的管理制度多被废弃。隆庆朝鉴于世宗崇道乱政的教训，对道教采取抑制政策，如削夺邵元节、陶仲文等的封号，拆毁其墓碑、牌坊，诏停正一真人等。万历帝恢复张国祥正一真人封号，诏令编印《续道藏》，拨银三万两修缮龙虎山上清宫殿宇。张国祥死后，赠太子少保。万历后诸帝因国势阽危，已无暇顾及道教，道教虽不为朝廷崇奉，但在民间仍有很大发展。
道教在明初分为正一和全真两大派。正一派道士司斋醮祈禳等事，全真派更倾向于独修。朱元璋在为《大明玄教立成斋醮仪》所作的序文中把正一派比做佛教的教门诸宗，把全真派比做禅宗，说：“禅与全真，务以修身养性，独为自己而已。教与正一，专以超脱，特为孝子慈亲之设。益人伦，厚风俗，其功大矣哉！”明朝自始至终置正一道于全真道之上，正一派的天师成为全国道教各派首领。正一道士虽地位高于全真道士，但由于他们侧重于斋醮科仪等外在形式方面，对道教教义发挥不多。对道教教义有发展并付诸实际修炼的，主要是全真道士，特别是内丹各派宗师。
儒释道三教融合的趋势在明代继续发展，道士习儒书、佛书，以禅理谈炼丹、谈心性修养已经成为风气，道士的著作中讲忠孝节义的可以说无书无之。以儒佛观念解释道教教理的颇不乏其人，甚至参叩佛门耆宿以增加道念。三教同源、三教道同教异的说法也很普遍。中唐以后经宋元到明代长时间的互相浸润，儒释道早已在共同的文化背景中混合生长。在基本理论、法事仪节、修养方法等方面很多东西已难以说清楚哪是儒家的，哪是释道的，指出三教在细微之处的互相吸收将是困难的和琐碎的。本章选取明初张宇初、明代中后期著名道书《性命圭旨》以及著名道士陆西星的思想，以见明代道教哲学的一般状况。明代中后期活动在福建及江浙一带的三一教并非道教分支，但它受道教影响甚为明显。把它附在道教哲学之后讨论，可以加深对明代三教融合趋势的了解。
一张宇初
张宇初（1361—1410）是明初著名道士，正一道第四十三代天师，著作有《道门十规》一卷，《岘泉集》十二卷，《度人经通义》四卷。张宇初针对明初道团生活世俗化，戒律松弛，修行废坠，道教理论混杂于巫术神异等现象，提出清整道教，重新确立教制教仪。张宇初为了抬高道教的地位，把道教的创始人追溯到黄帝曾向之问道的广成子，殷末周初则有老子，老子在文王时为柱下史，武王时为藏室史。老子所著书为《道德经》，其徒则有文子、庄子、列子、亢仓子等。这里关于道教源流的叙述都是些不确实的说法，张宇初的目的亦不在历述道家传承谱系。值得注意的是他对《老子》的性质的看法，在他眼里，道教最重要的经典《老子》中修齐治平、富国强兵，经世出世之术互有之，所以道教一开始就不专以修身养性为事，它也讲经国治民之术，它与儒家并非绝对排斥，与后世混入道教的巫祝祷祠绝不同。张宇初说：
自秦汉以来，方士竞出。若文、成、武利之以金石草木，徒杀身取祸，遂世称方术矣。外而施之，则有祷祠祝之事。自寇、杜、葛、陆之徒，其说方盛，由后之师匠增损夸诞，奔竞声利，而世曰异端矣。然二者太上之初所未彰显，后之不究其本、不探其源者，流而忘返，眩异失同，则去太上立教之本，虚无清静、无为不言之妙日远矣。凡习吾道者，必根据经书探索源流，务归于正，勿为邪说淫辞之所汩。（《道门十规》）
虚无清静无为不言是道教之本，内外丹道、长生之术、巫祝祷祠皆是方术之士为猎取声利而缘饰增益的东西。在《道门十规》中他首先叙“道教源流”，就是要使入道者明白哪些是道教本来有的，哪些是后来增饰的，哪些是应该发扬的，哪些是应该革除的。这是清整道教的首务。
关于道教经典，张宇初也提出了他的简择标准，他认为，道教经典应能够消除魔障，增广道源，具体说，“元始天尊、灵宝天尊、太上道德天尊金口所宣，历劫相传诸师阐化”的“三洞诸品经典”才是应该修习的，且修习时应当斋戒，洗心涤虑，存神默诵，反对非毁经典和念诵时不存诚敬。
关于持身炼气，张宇初提倡以坐圜守静为要旨，在他看来，道教以超脱虚幻生命，了悟生死正理为本务，道教的修炼目标是所谓“真人”，“真人”应该“积心善行，绝世所欲，不兴妄想，无有染着，不滞有无，永绝生灭”（《道门十规》）。张宇初吸收了元代全真道的修行方法，主张性命双修，他说：
近世以禅为性宗，道为命宗，全真为性命双修，正一则惟习科教。孰知学道之本非性命二事而何？虽科教之设，亦惟性命之学而已。（《道门十规》）
所谓禅为性宗，指禅宗以开显心性使人觉悟为根本目的，参禅虽多方，根本目的皆在悟道。道为命宗，命指肉体，道教以炼气养形，延年长生为根本目的，其法虽亦多门，但总不出内外丹。全真道的性命双修，能够使心涤除思虑，无有染着；使身体筋骨坚固，祛病益寿。且修命以修性为前提，他最重视的是静定之功，认为道教的精髓即在定静，他说：
自上古以来，太上历劫化现诸师之修炼成道，皆自定静之功，庶得道功克就，神通自在。迨宋金之初，重阳王祖师遇钟吕之传，始立全真之教，盖本经曰：养其无体，体故全真。是教则犹以坐圜守静为要。（《道门十规》）
坐圜守静类似佛教所谓坐禅，但不讲禅定时的观想，要求涤除杂念，心无所滞，回到老子所谓“致虚极，守静笃”的状态。提倡修道者在研习经典的基础上，选择山明水秀，形全气圆之地创立庵舍，隐居静修。
张宇初还对斋醮符箓的仪节，道派传人应具备的品德，道士参访云游应遵守的规范作了说明，建立宫观、修葺庵堂、庙产的管理等皆遗有定制。他的《道门十规》对后来道教特别是天师道的修行方向及各种具体仪规起了范导作用，对纠正由道教过分世俗化所引出的种种弊病也起了一定作用。
张宇初是正一道天师中为数不多的有自己哲学思想的人，他清整道教的做法，可以看做他的哲学思想的具体实施。他的哲学思想以道、本、玄三个概念为基础，围绕这三个基本概念进行阐述。
1.道——虚实统一道这个概念到了明代道教哲学中，已经没有了万物之前的绝对者、万物的产生者这样的意思，而更多的是作为万有及万有存在和运动的总过程。道是即本体即流行的。明代的儒家学者特别是王门后学由于理论重心已转到心性方面，又由于道的含蕴差不多发挥已尽，对它已失去了申论的兴趣。而作为道教学者兼道门领袖的张宇初，却不能回避这个对道教说来属于纲领性的问题。张宇初说：
至虚之中，坱圠无垠，而万有实之。实居于虚之中，寥漠无际，而一气虚之。非虚则物不能变化周流，若无所容以神其机，而实者有屈伸聚散存焉。非实则气之缊阖，若无所凭以藏其用，而虚者有升降消长系焉。夫天地之大，以太虚为体，而万物生生化化于两间而不息者，一阴一阳，动静往来而已矣。凡寒暑之变，昼夜之殊，天之运而不息者，昭而日星，威而雷霆，瑞而风雨霜露；地之运而不息者，峙而山岳，流而江海，蕃而草木鸟兽，若洪纤高下之众，肖翘蠕动之微，一皆囿于至虚之中，而不可测其幽微神妙者，所谓道也，理也。（《冲道》，《岘泉集》卷一）
这里所说的虚，非绝对的虚无寥廓，而是太虚之气的本始状态。实，即形形色色的具体存在。所谓道即万物生生化化，永无止息的过程。“虚”是具体物变化运动的场所，“实”是一气屈伸往来。太虚之气有升降消长，两间之物有阴阳动静，万有在太虚中的运动变化就是道。说道重在其存在义，运动变化义；说理重在其顺而不妄，实有根据义。但张宇初也以心为太极，他在盛赞道的广大精微之后，转而论心，他说：
故知道者，不观于物而观乎心也。盖心统性情，而理具于心，气囿于形，皆天命流行而赋焉，曰虚灵，曰太极，曰中，曰一，皆心之本然也。是曰心为太极也。（《冲道》，《岘泉集》卷一）
心为太极，明显是受了邵雍的影响。所谓不观于物而观于心，指把对外物的研究转到反观内心上来。张宇初对道的描述最后归结为“太极”、“中”、“一”等一系列价值概念，而这些概念同时也为心所具有，道与心是对应的，道的存在状态就是心的存在状态。道之虚实合一即心统性情，道即理也就是理具于心。张宇初对道的阐述是为他的宗教修持作理论根据的，所以在对万有的存在状态进行描述后，紧接着的就是心如何应对太虚中的万物，张宇初说：
凡物之形色纷错，音声铿戛，皆有无混融之不齐，而品物流行者，特气之糟粕煨烬也。人与万物同居于虚者也，然以方寸之微，而能充乎宇宙之大，万物之众，与天地并行而不违者，心虚则万有皆备于是矣，何喜怒欣戚哀乐得丧足以窒吾之虚、塞吾之通哉！庶乎虚则用其不勤矣。（《冲道》，《岘泉集》卷一）
宇宙的本然状态即太虚与具体事物纷纭交错自然顺通而不为具体事物所窒塞。心之本然状态是虚灵不昧而不能不对万有之貌色形象发生反应。万有之貌色形象出入流转于心中而主体不对其起喜怒哀乐之念，则万物形象无窒碍充塞，心保持其虚灵的本然状态。心之用可以周给而用之不尽，这就是所谓道冲。在道冲状态下，心守静一，中虚而渊深，若镜之明，此时即老子所谓致虚守静，归根复命，抱一守中。
张宇初所谓道冲是他所描述的宇宙本体，心之本体。本体是本然的、自然的，也是最符合价值理想的。这个理想实际上融合了儒家的修养方法：万物的运行出于其本性的必然性，自然而然，无窒无塞，在宇宙总图景中各安其位，各极其至。这就是儒家所谓“於穆不已”，“物各付物”，“鸢飞鱼跃”。这是实而虚的。这种实而虚的性质表现为心，就是方寸之微而能容纳天地之大，万物之众；物过而不执，无有喜怒得丧等，这种状态就是实现了心中固有之性。张宇初对道的描述既是道家的也是儒家的。
2.本——儒释统一张宇初的重要概念“本”，更是儒道调和的产物，他所谓本，即安身立命的方向。张宇初以儒家的经世、道家的出世相结合为本，他说：
学必有本焉，经世出世之谓也。故学非所当务，则不足志矣。其所当务者，经世之学，则圣贤之道焉。……必求夫出世之道焉，则吾老庄之谓是也。（《慎本》，《岘泉集》卷一）
张宇初眼中的儒家经世之学有两个方面，一是指儒家学说的核心内容道德性命仁义，一是指儒家之道的载体——六经。对这两个方面他都有论述。张宇初非常推崇儒家学者所宣扬的上古时期道德纯备、政治清明的状况，他说：
三代之始，道在唐虞，后之言道者，必曰是焉。盖道明者三皇，德著者五帝，法备者三王。以尧舜禹汤文武之为君，尽君道也；皋陶伊傅周召之为臣，尽臣道也；孔子颜曾思孟之为师，尽师道也。千万世之所法者，未之有改也。（《慎本》，《岘泉集》卷一）
三代之治是儒家所树立的理想，后世儒者提起它，不过是以一种理想反衬当时政治的黑暗和道德的陋劣。在张宇初这里，三代是道的体现。他相信道统说，并且相信理学家周程张朱接续上了这个道统，他认为道“蕴之为德行，发而为文章”，大可据以为天地立心，生民立命，小可据以治其身，炼身养气。
张宇初还认为，儒家之士达则兼济天下，穷则独善其身，儒家隐逸之高士即道家。也可以说，道家中人大部分是先入世而后出世的。如果要追溯道家的起始，它与儒家同出一源，他说：
道不行则退而独善，以全其进退于用舍之间而已矣。故高举远引之士，将欲超脱幻化，凌厉氛垢，必求夫出世之道焉，则吾老庄之谓是也。（《慎本》，《岘山集》卷一）
如老子曾为周王朝史官，他著《道德经》是为了阐明内圣外王之道。鬻子、关尹、庄子、列子都曾为小吏，不得志而归隐为道家。故儒道同源，内圣外王为儒道共同的理想。张宇初熟悉儒家经典，认为儒家学说集中表现在六经中，他承袭先前儒家的说法，对六经的作用作了阐述：
圣贤远矣，而其道具在者，六经焉。夫《易》以著阴阳，推造化之变通也。《诗》以道性情，别风雅之正变也。《书》以纪政事，序号令之因革也。《春秋》以示赏罚，明尊王抑霸之统也。《礼》以谨节文，明上下等役之分也。《乐》以致气运，达天地之和也。凡圣贤传心授道之要于是乎具，蔑有加矣！（《慎本》，《岘山集》卷一）