明代是中国历史上一个独特时期，这个时期的大多数皇朝国势不振，演至明末甚至有非常黑暗的情形。但明代又是整个社会近世化最为广泛、最为迅速的时期。由于生产技术的进步，工商业的发展，城市规模的扩大，市民阶层不断增长，市民生活成了整个社会注目的中心。明代的科举考试在历史上最为典型，在科举的推动下，理学以前所未有的深度和广度影响着社会生活的各个方面。佛教道教疲敝已甚，不得不附儒学骥尾以求生存。在佛教道教内部，三教统合的趋势十分强劲。所有这些，都影响着明代哲学的形态，使它呈现出不同于前朝的独特面貌。
明代学术的主流是理学。明代理学的一个特点是理气论的褪色，心性论成为思想家的学说重心。这是因为，经过宋元诸大儒的推阐，理学发展到烂熟，越来越成为一种价值性学说，探究万物的终极实在已经变成了实证问题而逐渐居于人们视域的次要位置。理气问题已经没有多少继续深入挖掘的空间。而心性问题代表着哲学家对人的本质、对人与宇宙的关系的根本理解。特别是在佛教道教与儒学经过长期的互相吸收、冲突、融合，已经水乳交融地结合在一起之后，心性问题更有它独特的重要性和深刻性。另一方面，明代经学极敝，经学与理学分途。经学在新的方法、新的社会需要确立之前，已经很难再有发展。科举的影响使义理之学牢牢占据着思想舞台的中心，而义理之学的创新和发展在于心性体验。心性论最能体现一个思想家的根本识度。从思想方法上说，理气论是把描述对象作为一个在心之外的存在系统，用的是主客二分的方法；客体本身的法则，客体各部分之间的关系，仍是在我之外的。心性论则不然，它指向的是主体与客体的关系，客体作为主体境界的投射物已经打上了主体的烙印。理学所谓心，主要不是理智主体，而是理智、直觉、体验、觉解等的综合体，主体世界与客体世界不可分割地关联在一起。所谓性，也不是理智地获得的外在原则，而是天人合一坐标中的自我设定。它代表着理学家对宇宙的本质、人在宇宙中的地位、人与人的关系的根本看法。对这些问题的见解，对宇宙万象的意义论的、价值论的把握，不是单纯的理智分析所能奏效的。理智是思维的重要方面，并且无论用何种方式把握对象，表达研究者的见解，传递研究者关于对象的信息都是不能离开理智的，但在理学，特别是在以心性为中心的明代理学中，仅有理智这一个工具是不够的。
本书所用的方法，是在全面阅读原始资料的基础上，先确定被研究、被描述的思想家的问题域，然后找出与这个问题域相关的全部概念范畴；依逻辑与历史统一的原则，以中心范畴为纲，构成一个概念范畴的框架；理出这个框架中的逻辑关系，然后将这个框架依照其逻辑顺序叙述出来；在这一程序中，重点对这个框架中主要概念的形成及与其他概念的关系加以说明。这里比较困难的是确定一个思想家所要解决的问题。受传统的影响，宋明思想家的著作多非有系统的、首尾一贯的，他们的中心概念往往零散地包裹在讲学语录和论学书信中，论证也多东鳞西爪，需要在大量资料中提要钩玄。问题域确定了，还要对他们所用的概念加以辨析。明代思想家所用概念大多沿袭前人，且《明儒学案》多已将重要思想家的中心范畴标揭出来，困难的是分辨相同语词所表达的不同意思。本书在这方面做了较多的工作，因为只有首先理清了概念的真实的、独特的义旨，哲学家的思想脉络才能揭示出来。把一个哲学家的思想安排成一个逻辑框架来处理，这个方法近年来不断遭到质疑，认为有强拉古人以就范的缺点。但若是一个思想家的思想是有系统的，思想的各部分是有清晰的逻辑关联的，他的思想就可以按照一个框架来处理。研究思想史，要使一个思想家在我的笔下是鲜活丰满的，是层次清晰、提纲挈领的，不是散漫平铺、不得要领的，最好是把研究对象变为我的思辨的重构物。研究者不是改铸古人，强拉古人就范，而是在充分占有材料的基础上，把思想家思想过程中的架构形式重现出来，即使被研究者的思想在形式上没有严整的系统，也要找出他的思想各部分的结构关联。研究者的工作就在于把这个结构关联展现出来。陈寅恪先生曾经说过，研究古人的思想就像欣赏古代绘画雕刻那样，研究者要让驳蚀的地方复原，让模糊的地方清晰起来。这种修补的精粗工拙全赖研究者把握一个已经逝去的思想体系的能力。
要达到这个目的，体验的方法是必不可少的。体验是研究中国哲学尤其是理学一个非常重要的方法。理学家大都强调气象，强调境界，这是他们的学术的有机组成部分。他们的境界、他们的气象有时体现在文字中，有时在文字之外；有些是思想内容上的，有些是风格特点上的。气象、境界和思想内容是统一的。研究中国思想家，特别是理学家，只有把握了他们的气象、他们的境界，才算真正把握了他们，而气象、境界要靠体验。体验不仅是和研究对象处在同一立场，用同情的理解的态度去解读他们，更重要的是体察他们的气象，他们在字里行间所表达的情感，这种情感在构成他们的思想中所起的作用。哲学不仅是义理的表达，同时也是一种情感的宣泄，不过这种宣泄不像文学那样直接、那样外露。研究者应该在他的研究中把这种情感揭示出来。
本书以揭示被研究者的思想本身为主要任务。哲学是社会生活的总括的、曲折的理论反映，这是没有问题的，但哲学本身又是一种综合的思维活动。这个综合指思辨地、直觉地、体验地把握对象的方式。哲学思维活动本身就是自足的。哲学家特别是中国的哲学家与现实政治的关联很紧密，但中国哲学家大多不以他的哲学思想影射、比附现实政治。由于中国思想家的亦官吏亦学者的身份，他们有发抒政见的渠道；即使在言路阻塞时不得已采取影射的方式，这些内容也是非主流的。另外，明代相当多的思想家仍然采取传统的注经方式发挥他们的思想。注经是较为纯粹的理论活动。本书选取较为纯粹的哲学内容加以论述，不把思想活动归结为政治主张的曲折、隐晦的表现。除了重要的思想家之外，一般不特别涉及产生思想的社会生活土壤，而较多注意思想本身的逻辑结构。这样做的目的是为了使内容更为显豁，更有一贯性。在一些较为重要的思想观点上，不仅要说出当时讨论的具体问题，还要进一步说明这个问题所蕴涵的一般哲学意义，以加深对思想的意义、价值的把握。
本书有专章叙述佛教、道教哲学及天主教传入时与中国本土文化的碰撞。前人叙述明代思想家一般止于刘宗周，佛教、道教部分则归入佛教史、道教史，天主教部分多付诸阙如。本书的目的是论述明代重要哲学家的思想内容，佛教、道教、天主教这些大的思想文化活动是明代哲学不可缺少的内容，特别是明代宗教生活世俗化，儒释道互相影响、互相包容的情况下，把它们作为这个断代的内容来叙述就显得很有必要，也很有理据。本书不把佛教、道教、天主教当作中国宗教史的一部分，而是当作中国哲学史的一部分；不选取特别专门的宗教内容，而选取更具普遍性的哲学内容。如佛学部分，儒释关系、性相关系、禅净关系这些关乎中国哲学发展的更一般的问题是论述的中心，特别专门的佛学问题可以从佛教史著作中得到解决。道教也是这样，过于专门的问题，如外丹烧炼等一概不涉及，着重论述明代道教关于性命、道气及与精神修养、身体炼养有关的哲学问题。天主教传入一章，重点在中西文化发生碰撞的哲学根据和文化观念、思维特点的不同及其根源上。这些都是明代思想文化史上的大事，明代哲学全史性的著作对此不能没有论述。
此外，黄宗羲、方以智、王夫之这几位思想家所处的时代，一般笼统称明清之际，而在断代哲学史著作中有不同的分法，有的将他们放在清代叙述。本书认为，将黄宗羲、方以智、王夫之放在明代哲学史中更为合理。这是因为，从时间上说，李自成入北京，明朝灭亡的这一年（1644），这几位思想家都已成学，而南明政权则又延续了近二十年，这段时间是这几位思想家哲学创作的鼎盛期。特别是他们都经过战乱的颠沛流离，感亡国之痛，伤民生多艰。他们存续中国文化的情结，他们的著作中表现出的问题意识，都是明代思想的延续。如黄宗羲，他的老师刘宗周是明末大儒，刘宗周已开始对明代儒学进行总结，并且惩先天良知派讳言功夫径任本体发生的流弊，起而纠正当时学风的苦心是很明显的。黄宗羲表达他的哲学思想最鲜明而透彻的是《明儒学案》，《明儒学案》对各思想家的评论，基本观点完全承袭了刘宗周。他着力凸显的先天后天、本体功夫诸问题，也都是典型的明代问题。把黄宗羲放在明代哲学中并且直承刘宗周而论述是自然的、合理的。方以智也是如此，他早年雅好博物，兼习通几之学，甲申国变后四处流亡，思想发生了很大变化。不得已出家后，他的思想充满了酸楚、诡诞及捉摸不定感。代表他后期思想最重要的著作《东西均》完成于南明永历六年（1652）。他的具有纲领性的“三一”模式此时已经成熟。而他的思想渊源最主要的是家传易学，这都是明代学术的延续。王夫之仓皇逃难，窜身瑶峒中，以中华文化承续者、创新者的自觉意识进行学术创造活动。他的重要著作都是在隐居湘西草堂时著成的，此时他差不多与世隔绝。“六经责我开生面，七尺从天乞活埋”表明了他开创中国文化新形态的壮心和对明遗民身份的肯认。这几位大思想家都受明亡的刺激，有纠正文化弊端、创新思想学术的意愿。这些问题放在明代学术文化的大背景中来考虑更恰当些。清代学术的开端，大约要待清室统治初定，招揽汉族知识分子参与学术活动，知识分子在心理上大体接受了这个异族统治的王朝并逐步打消了反清复明的意欲才算真正开始。基于这些考虑，本书把黄宗羲、方以智、王夫之这几位思想家列入明代哲学史来论述。
感到不足的是，一部完整的明代哲学史还应包括明代经学中的哲学方法论问题。但理出明代经学的发展线索并找出其中方法论的演变及其发生的根据是个颇费时日的课题，这一部分本书暂告阙如。