前已提及，有学者认为《教学通义》一书可以第十一章“春秋”为界分为前后两个部分。这种看法实际上是在康有为的今文经学究竟是否抄袭了廖平、《教学通义》是否在康有为见廖平之后做了关键性的修改等陈旧争论的左右下产生的。很容易注意到，《教学通义》中直接看起来与康有为后来的今文经学立场比较接近的一些观点，主要出现在第十一章“春秋”和第十八章“六艺上”中。因此，如果以康有为抄袭了廖平且在见廖平之后关键性地修改了《教学通义》立论的话，那么，很自然地就会以第十一章“春秋”为界将《教学通义》分为前后两个部分，并提出康有为见廖平之后主要修改了后半部分的结论。这个看法的问题首先在于其忽略了在第九章“六经”中康有为对《春秋》的看法已经和章学诚不大相同，其次，也是更重要的，这个看法未能从《教学通义》的整体写作构想来看待其结构和各章之间的关联。我们知道，康有为写作《教学通义》，本亦有上书之意，所以其意图在于缵三代教学之绪而又立足现实，提出一整套他认为堪称完备的教学复兴方案。以此来看《教学通义》一书的整体结构，我们可以将之分为前后两个部分：从第一章“原教”到第十二章“立学”是前半部分，主要是依据经、史方面的有关记载，阐述尧舜以来一直到清代教学问题的沿革和演变，第十三章“从今”则是一个转折点，从这一章一直到最后第三十一章“谏救”是后半部分，主要是以前半部分的论述为基础，立足现实，提出一整套他认为堪称完备的教学复兴方案。就是说，如果将《教学通义》分为前后两个部分的话，那么，应当以第十三章“从今”为界，而非以第十一章“春秋”为界，这是符合《教学通义》一书的整体写作构想的。
于是，接下来的问题就在于，既然在第十二章“立学”中已经对朱子提出了“庶几为道德之师而不足言”的批评，为何在第十三章“从今”之后的第十四章又提出了“尊朱”？这个问题更直白的表达是，如何理解第十四章“尊朱”在《教学通义》整本书中的位置和意义？如果仅仅是想在对宋代之立学提出严格批评的基调上对朱子作出有限的肯定，那么，第一，不需要以“尊朱”这样高调的说法命题，第二，肯定朱子的这一章不应当放在作为前后转折的“从今”这一章之后，而是应当放在之前。但事实是，康有为是在第十三章“从今”之后谈论“尊朱”的。这其实表明，康有为对朱子的尊崇，与他推述尧、舜、周、孔而阐发出来的教学思想有密切关系，也与他试图立足现实提出一整套教学复兴方案的想法有密切关系。康有为对朱子的尊崇，首先当然不能被理解为仅仅是对作为理学家的朱子的尊崇。这一点从上引第十二章“立学”中他对朱子的批评就可以看出。而在写作时间相近的《民功篇》中，康有为明确对朱、陆的理学进路提出了批评：“近世学术，大端有朱、陆之二派，一在格物理，一在致良知。二者皆托于《大学》，而自以为先圣之学。传其绪者，相攻若寇敌。余以为皆非也。”（《康有为全集》第一集，82页。）再者，康有为对朱子的尊崇，也不能被理解为仅仅是对作为历史上的一个经学家的朱子的尊崇，尽管他对朱子的经学成就作出了不低的评价。（康有为尊崇朱子当然有朱次琦的深刻影响在里面，而朱次琦对朱子的评价恰恰摆脱了汉、宋之争的门户心态，是以朱子为郑玄以后折衷汉、宋的百世之师：“孔子殁而微言绝，七十子终而大义乖。岂不然哉！天下学术之变久矣。今日之变，则变之变者也。秦人灭学，幸犹未坠。汉之学，郑康成集之。宋之学，朱子集之。朱子又即汉学而稽之者也。会同六经，权衡四书，使孔子之道大著于天下。宋末以来，杀身成仁之士，远轶前古，皆朱子力也。朱子，百世之师也。”（简朝亮编：《九江年谱》，转引自钱穆：《朱九江学述》，见《中国学术思想史论丛》卷八，314页））理由很明显，正如前面已经论及的，如果这样的话，“尊朱”这一章的内容就应该放在“从今”这一章之前。由此不难想到，康有为推述尧、舜、周、孔而阐发出来的教学思想，正是他尊崇朱子的思想基础——当然也是他批评朱子的思想基础。
康有为对朱子的尊崇，还有一个非常明确的意味，就是说他是以继承朱子的事业为一生之志向的，正如上引《谒白鹿洞紫阳书院》第二首诗中所表达的那样：“煌煌遗规在，吾道有蕲向。”说得更明确一点，康有为的核心想法是，以尧、舜、周、孔以来的教学统绪为依据，以朱子的遗规为指南，立足现实，提出一整套完备的教学复兴方案来。此即前言中所谓的“下称朱子”。其中“立足现实”这一点，也就是康有为着重表达的“从今”之义。“从今”这一章在《教学通义》中的重要性也值得充分重视。康有为刻画教学之历史而提出的一个重要看法是，因应时代的变化而进行改制是三代教学统绪中的应有之义，如周公、孔子，皆是改制之圣人。圣贤从今之旨还表现在对国法、掌故的重视上，这是他在讨论公学时已经谈到的。质言之，整个《教学通义》的核心思想，其实就是从今改制。于是我们看到，康有为以如下话语结束“从今”这一章：“故从今之学不可不讲也。今言教学，皆不泥乎古，以可行于今者为用。六艺官守，咸斯旨也。朱子曰：‘古礼必不可行于今，如有大本领人出，必扫除更新之。’至哉是言也。”（《康有为全集》第一集，45页。与他后来的托古改制的思想相比，托古在这里还没有出现，而是依古，不过，忽略其中一些具体的差异，可以说，无论是托古还是依古，其实都是从今的表现。）
于是我们还看到，“尊朱”这一章之后，康有为按照前面对于三代教学体系中不同部类的划分，多处引用朱子，尽可能参考朱子的相关做法和想法，依次提出他的一整套教学复兴主张，计有幼学、德行、读法、六艺、敷教、言语、师保、谏救等内容。（中间有七章文目俱阙。）
第十五章论幼学，康有为依据《礼记·内则》等经典，指出幼学“其事至切实，一则为学世事之基，使长不失职，一则为人义之始，使长可为人，乃人道之必然，理势之至顺者也”（此处所引来自题为《论幼学》的一篇单行文章，见《康有为全集》第一集，59页。编者在这篇单行文章下加按语曰：“今存《教学通义》缺‘幼学’一篇，或即本文。”）。接着，康有为指出秦、汉以后“幼学无善书颁行天下”，其中特别评论了朱子晚年所编《小学》：“朱子晚年编《小学》，分立教、明伦、修身三例，引古嘉言善事明之，所以养德性、立人伦，于先王立教之道，诚为近矣。但其所编，规模未善，不失于深，则失于杂，于先王蒙养之义，幼子切近之学，考以古《少仪》、《弟子职》之意，未为当也。……朱子思虑精密，而忘为幼学计，亦其疏也。若朱子于幼学留意，为编一书，五百年人才必不止是也。”（《康有为全集》第一集，59~60页。）之后，在此基础上，康有为以“拟分三十类”提出“今修幼仪”的具体方案，其要点即在“以通今为义”。
第十六章论德行，康有为仍以朱子的《小学》为主要讨论对象。他认为朱子的《小学》其实不是幼学之书，而是德行之书，于是他在德行一章提出的方案是，以朱子的《小学》为主，再加调整、增附，与国法一起颁于民间，讲于学堂：“朱子《小学》一书，虽名《小学》，而中引古今嘉言善行，实言德行之书也。若汰其高深，别其体例，叙六德为统宗，以诸法拊之，分六行为门目，缀嘉言善行于其下，以经为经，以儒先之言行为传，兼明祸福之报，以耸天下之民，颁之于乡学，令民皆讽诵，州里僻壤广设学堂，朔望与圣谕、国律同讲，民无有不听。不听者以为无教，人共摈之。”（《康有为全集》第一集，47页。）
第十八章论六艺之礼，关乎康有为从今改制思想的核心内容。康有为同样以称引朱子的方式来表达从今改制、修定礼乐的重要性和正当性：“朱子曰：‘礼，时为大。使圣贤有作，必不从古之礼。只是以古礼灭杀，从今世俗之礼，令稍有防范，节文不至太简而已。’又曰：‘夏、商、周之礼不同，百世以下有圣人作，必不踏旧本子，必须斩新别做。’又曰：‘礼坏乐崩二千余年，若以大数观之，后来必有大人出来尽数拆洗一番。’夫新王改制，修订礼乐，本是常事，而二千年中，不因创业之未暇，则泥儒生之陋识。有王者作，扫除而更张之，亦何足异乎？朱子谓：‘不知迟速在何时？’此晦盲否塞至于今日，此其时也。”（同上书，48~49页。第49页对朱子的称引还有：“朱子曰：‘孔子欲从先进。礼之所以亡，正以其太繁，周文已甚。’”“朱子曰：‘古礼必不可行于今。’”“朱子谓：‘《仪礼》非一时所能作，逐渐添得精密，然后圣人写出本子，皆以称情立文也。’”）康有为就复兴礼乐的问题所提出的方案是：“今宜将国朝《会典》、《通礼》广加增备，及公私仪式定为一书，颁发郡县，立于学官，自穷乡远方社学义学咸令诵读。岁时饮酒，乡老学师率其子弟会而习礼，择其精熟，上名于教官，而后许入学试吏。其有公私仪式不从官书者，以违制论。有司时时举罚之，则国礼之行遍于遐壤，风一道同，庶几复周时六礼防民之义也。”（同上书，48页。）
至于如何对本朝的《会典》、《通礼》广加增备，康有为亦本之从《周礼》中提炼出来的六艺兼及公学、私学的思想，提出由士人之通博者修定《礼案》的建议：“王者既制《会》、《礼》，颁之于天下，则上自朝廷，下及州县之史，乡党之师，必有专习礼科者。若六朝贺循、熊安生、皇侃、崔灵恩之属，专门礼学，以备仪礼采问之选。而士人之通博者，亦欲考知古今，得以推礼制损益之故，则当采集经传，分四代之古礼，别周、孔之异制，下及汉、唐二千年来礼制之因革沿革，定为一书，谓之《礼案》。俾学者有所考求，而不致庞杂于耳目，烦劳其心思，白首而不能言，穷老而无所用。今刑律有《刑案汇览》，以参定疑狱，岂可无《礼案汇览》乎？”（《康有为全集》第一集，50页。）在此他又一次谈到朱子，评价了朱子的《仪礼经传通解》：“朱子《经传通解》，从事晚暮，不及成书而卒，大体虽举，未免疏略。”（《康有为全集》第一集，50页。）实际上仍是以朱子的遗规为指南。
在具体论述如何修《礼案》时，康有为提到经学中的今古文之别的问题：“今修《礼案》，欲决诸经之讼，平先儒之争，先在辨今古之学。今古之学，许叔重《五经异义》、何休《公羊解诂》辨之，近儒陈左海、陈卓人详发之。古学者，周公之制；今学者，孔子改制之作也。辨今古礼，先当别其书。古学者，周公之制，以《周礼》为宗，而《左》、《国》守之。孔子改制之作，《春秋》、《王制》为宗，而《公》、《穀》守之。”（《康有为全集》第一集，50页。）此处以礼制之异辨今古文经学之别的看法，也被有些学者作为康有为抄袭廖平的一个主要证据。（参见黄开国、唐赤蓉：《〈教学通义〉中所杂糅的康有为后来的经学思想》，载《近代史研究》，2010（1）。）虽然我们不能完全排除康有为会晤廖平后对《教学通义》有所修改，但摆脱那些无谓的争论，我们首先应当意识到，《教学通义》一书的核心思想是从今改制，而康有为在此辨今古文经学之别是服从于该书整体的论说脉络的。具体而言，康有为在此处主张辨今古文经学之别，目的是为了修一部《礼案汇览》，是为了总结历史，衡定周、孔，这和他确立今文经学立场之后辨今古文经学之别的情况很不一样。后来辨今古文经学之别是要否定古文经学，因而必须对古文经学的“非正当来源”作出一个明确的解释，此即《新学伪经考》以“刘歆伪造古文”立说的意图所在。在《教学通义》中，康有为辨今古文经学之别的思想并不是为了否定古文经学，而是为了澄清周公之制与孔子之制的区别，以彰明“新王制作，修定礼乐，本是常事”的从今改制思想。前后立场最大的差异自然还是体现在对孔子的评价上。具体而言，在《教学通义》中，康有为的实际看法是，孔子的改制也是随时损益，并不具有为万世立法的意义，对后世只具有参考价值；而在《孔子改制考》中，康有为的立场和汉代公羊学家是基本一致的：孔子的改制不仅是为汉代立法，也是为万世立法。
这样的话，是不是说《教学通义》中的康有为由于过分尊崇周公而对孔子的评价太低，且在看待经典的立场上具有一种历史主义的嫌疑，以至于将孔子从圣人降低为一个相对一般的历史人物？（这正是康有为在确立今文经学立场之后的观点：“以孔子修述六经，仅博雅高行，如后世郑君、朱子之流，安得为大圣哉？章学诚直以集大成为周公，非孔子。唐贞观时，以周公为先圣，而黜孔子为先师。……神明圣王，改制教主，既降为一抱残守阙之经师，宜异教敢入而相争也。今发明儒为孔子教号，以著孔子为万世教主。”（《孔子改制考》，见《康有为全集》第三集，85页））诚然，以孔子为素王、大地教主的看法是对孔子的极高评价，但或许一个更为理性的尊圣态度并不意味着将作为圣人的孔子拉低为仅仅作为一个历史人物的孔子，反而更有可能获得历史文献的充分支持。在历史的孔子和圣人孔子之间自然存在着诠释的张力，不过，承认孔子是一个历史人物并不一定会消解孔子的圣性；而肯定孔子的圣性，也不必拒斥孔子作为历史人物的一面。其实，孔子的圣性恰恰、也只能展现在他自己实际生活的时代和处境中，且礼以时为大、当随时损益也正是经义中所有，就是说，有可能的是，礼之随时损益不惟不是对经义的放弃，恰恰是以经义为准绳而又立足现实的改制之作。实际上，如果忽略在具体理解上的一些差异，主要从如何衡定周、孔的角度看，康有为在《教学通义》中对孔子的看法，与朱子的看法也是相当接近的。朱子强调礼当随时损益，并不影响他亦以孔子为立教之圣，所谓“继往圣，开来学，其功反有贤于尧舜者”，虽然在此我们首先还是应当提到章学诚对康有为的影响。