唐末五代，是内丹学的成熟和完善时期。这段时期，外丹黄白术迅速败落下去，内丹学大放光辉，在道教修持方术中占据了正统的主导地位。著名内丹家崔希范、钟离权、吕洞宾、陈抟、刘操、施肩吾、陈朴、谭峭等高道以内丹学传功度人，使内丹功法趋于成熟和完善。崔希范所著《崔公入药镜》歌诀，为历代丹家推重，实是阴阳双修秘诀。钟离权和吕洞宾之事迹被后世道士神化，各派丹家多认钟、吕为开山祖师，内丹学的历史舍钟、吕则无从谈起。施肩吾为吕洞宾弟子，撰《钟吕传道集》、《西山众仙会真记》述钟、吕丹法，对后世影响甚大。另有《灵宝毕法》、《破迷正道歌》等，皆题名钟、吕所作。其中相传吕洞宾所著《敲爻歌》，为阴阳双修功夫法诀。钟吕丹法为性命双修、形神并炼的人体系统工程，以凝结精、气、神为基本功，以摄取先天一炁为要诀，次第分明，步步有验，吸引了不少修道者终生去从事这项人体实验。传说钟离权得丹诀传吕洞宾、陈朴等人，吕洞宾之徒又有刘操（海蟾真人）、麻衣道者、施肩吾、何昌一、张中孚等。陈朴著有《陈先生内丹诀》，收入《道藏》，其法诀直指玄关，九转成功。吕洞宾之徒刘海蟾又传张伯端、晁迥、马自然、蓝元道、王庭扬、张继先等，为内丹大师。内丹学史上的关键人物，还有著名道教学者陈抟。陈抟字图南，自号扶摇子，赐号”希夷先生“，得麻衣道者所传钟吕丹法，又从何昌一学锁鼻术，隐居华山。陈抟之学传种放、张无梦、火龙真人等，谭峭亦与陈抟相师友。陈抟著《指玄篇》并传《无极图》，奠定了”顺则生人，逆则成丹“的还丹原理和”炼精化炁，炼炁化神，炼神还虚“的基本步骤。陈抟又传”蛰龙法“，后世各派丹法俱受陈抟影响。
宋代以来，内丹学在发展中产生出许多流派，功法逐步达到炉火纯青的境界。要之，成熟的内丹学，由吕洞宾、陈抟、刘操传开，而后又有天元、地元、人元之分，门派有南、北、中、东、西之传。天元丹法，后世一般指北宗龙门派的清修功夫，但传统上将服食后可立地飞升的外丹称天元神丹。人元丹法，后世一般指南宗男女栽接的阴阳双修功夫，但也有人将南北宗性命双修的丹法统称为人元大丹者。地元丹法，一般指外丹黄白术，称地元灵丹。内丹各门派，皆推源于伏羲、黄帝、王乔、赤松、老子。一派自称传自关尹子（文始真人），号文始派，由陈抟传火龙真人。另一派依托东华紫府少阳帝君王玄甫（汉代人），称少阳派，自称由王少阳传钟离权，钟离权传吕洞宾，后开南北宗诸丹派。文始派以虚无为宗，属虚空阴阳交合的无上至真之妙道，顿超直人，修性而兼修命，乃天元丹法。少阳派主张性命双修炼养阴阳，以有为法而至于无为法，次第分明，便于入手，流传甚广，故丹家有以文始派最高，以少阳派最大的说法。
内丹修炼程序由浅入深，又有鬼仙、人仙、地仙、神仙、天仙五等仙之别。内丹学称炼炁之术为命功，称炼神之术为性功。仅修性不修命者（包括修禅定者），虽有灵异神通，能出阴神为清灵之鬼，但不能延命，为鬼仙；仅修命不修性者，虽能延年，而无灵异。只有性命双修的金丹大道，至小周天无漏功成便为地仙；逐次修来。直至出阳神，有无边神通，称为神仙；再到虚空粉碎，合道还虚，达最上一层天仙的境界。李道纯还将内丹功法分为旁门九品（内有属邪道的下三品，为采阴栽接的泥水丹法；属外道的中三品，为辟谷、服气、持戒、步斗等；属旁门的上三品，为定观、存神、导引、搬精运气等）；渐法三乘（下乘安乐法门，中乘养命法门，上乘延生法门）；最上一乘（无上至真之妙道）等阶梯。
内丹学南宗以张伯端为开山祖师。张伯端（987－1082）晚年得道，著《悟真篇》，将《周易参同契》的内丹秘诀公诸于世。张伯端兼习浦修丹法与同类阴阳丹法，但由于惧怕”天谴“，其男女栽接秘术不肯轻传，故将法诀隐于书中。张伯端传石泰（号杏林），石泰传薛道光（法号紫贤），薛道光传陈楠（号翠虚，人称陈泥丸），陈楠传白玉蟾（号海琼子，封紫清真人），被后世尊为南宗五祖。张伯端又传马自然、刘奉真等；刘奉真即刘永年，字广益，号顺理子，传丹法于翁葆光，翁葆光又传若一子，为同类阴阳法门。薛道光为修丹功，由僧还俗，所习亦为阴阳法诀。而白玉蟾之丹法则为清修派，门徒甚众，形成教团，其徒以萧廷芝、王金蟾、彭耜、留元长、洪知常、桃源子、林自然等较为著名。
南宗丹法与北宗相较，在性命双修的前提下较重命功，其丹法先修命后修性，先术后道，形成一套次第分明的人体系统工程。南宗同类阴阳派认为男子一身皆属阴，故其所传三家相见的阴阳栽接功夫，主张由彼家身上采取先天一炁之坎中阳爻，和自家离中真阴合而成丹。陆彦孚、戴同甫、陆子野、甄九映、陶素耜、李文烛、彭好古、仇兆鳌、傅金铨等皆主同类阴阳丹法，尊奉《参同契》和《悟真篇》，遂使同类阴阳丹法成为南特色。
北宗创自金代全真教祖王重阳。王重阳（1112－1170）48岁于甘河镇上遇异人授丹诀，乃于终南县南时村”活死人墓“中炼养三年丹成。后王重阳东游山东半岛传道，收马钰（号丹阳子，创遇山派）、谭处端（号长真子，创南无派）、刘处玄（号长生真人，创随山派）、丘处机（号长春子，开龙门派）、王处一（号玉阳真人，开嵛山派）、郝大通（号广宁真人，开华山派）、孙不二（马钰之妻，号清静散人，开清静派）。王重阳所创内丹为禅道结合的清修法诀。北宗丹法先性功后命功，重在性功，以丘处机的龙门派为代表。其法诀在于降心炼性，把断眼耳口鼻四门，不令外景入内，使心如止水，性似明镜，凝合神炁，回光寂照，以改造人体素质。王重阳及全真七子皆用了数年时间静坐修道，道成之后皆开发出人体潜能，个中秘诀，就在”活死人“三个字上。全真道乃融汇儒释道三教之道，内丹北宗亦汲取了禅宗、密宗、瑜伽功夫的长处，对南宗内丹功夫有所革新和发展。然而南北宗丹法既同源于钟吕内丹系统，则在本质上是统一的，都是对人体精气神的凝炼工程。实际上北宗马钰、刘处玄皆习过男女双修丹法。自马钰、宋德方、李双玉、张紫阳，到赵友钦（缘督子）、陈致虚一脉相传，为北宗主阴阳双修的支派。
元初全真道士李道纯，字元素，号清庵，别号莹蟾子，住扬州仪真长生观，著《中和集》、《三天易髓》等书，创内丹中派。中派以内丹学解《中庸》、《心经》等儒释之书，采用禅宗打坐、参究诸手段，追求明心见性。李道纯以”守中“一着为丹法要诀，以为天地有天地之中，人身有人身之中，守人身之中，以应天地之中，便是天人合一之要旨。人心若与天心合，颠倒阴阳只片刻。这”中“字便是玄关，识得中字，守中致和，自然虚极静笃，明心见性，直超圆顿。中派丹法乃是一种明心见性的自身阴阳清修功夫。清末道士黄元吉，著《乐育堂语录》、《道德经注释》、《道门语要》，以守中为一贯功夫。黄元吉认为渐法修炼自炼精化炁入手，舍守中一着功夫，别无二途可循。明代所传丹经《性命圭旨》，亦含守中要诀。
明万历年间，又有扬州兴化县陆西星创立内丹东派。陆西星（1520－1606）字长庚，号潜虚，以扶乩托言吕洞宾降其草堂，亲授丹诀。陆西星著《周易参同契测疏》、《玄肤论》、《金丹就正篇》等书，收入《方壶外史丛编》中。东派丹法力上男女双修成丹，是中老年人修炼的上乘功夫。东派丹法认为男子一身皆阴，必须采取彼家先天一炁才能成丹，其法诀吸收了南宗丹法的精要，而对其离形交气、颠倒两窍、开关铸剑、上进下进、反经为乳等采阴补阳功夫加以改造。要之，东派丹法是同类阴阳法门的正宗彼家丹法。
清代道光年间，又有四川乐山县人李西月，字涵虚，号长乙山人，自言得吕洞宾与张三丰内丹之法，创立西派。李西月以陆西星的后身自居，著有《三车秘旨》、《道窍谈》、《后天串述》等书，亦传三家相见的同类阴阳丹法。西派丹法以清净自然立基，以阴阳妙用成丹，用彼家之铅，炼养我家之汞，使彼我相资，同类相补，达到返本还元的目的。
明末龙门派第八代弟子伍守阳，号冲虚子，江西南昌辟邪里人，得虎皮张静虚真人经李虚庵至曹还阳所传之丹诀，著《天仙正理直论》、《仙佛合宗》，倡导一种儒、释、道三教圆触的自身阴阳清修丹法。至清代柳华阳出佛入道，著《金仙证论》、《慧命经》，对伍守阳丹法加以系统化的整理与发展，世称伍柳派。直至近世又有赵避尘著《性命法诀明指》，得柳华阳之徒了空禅师和刘名瑞之传，开创千峰派。
元明间道士张三丰，是可和吕洞宾、张伯端相比肩的著名内丹家。张三丰的丹法据称传自火龙真人，称为隐仙派，传三家相见的同类阴阳龙虎大丹，著有《无根树词》、《大道论》、《玄机直讲》等，亦传陈抟的”蛰龙法“丹诀。张三丰丹法在阴跻NFDA2穴调息，这正是同类阴阳功夫炼气的特点。他不仅精于清修、龙虎丹功，而且对内家拳法颇有造诣，开发出人体潜能，有灵异，被后世道流传为神仙，清代祖述张三丰的丹派有自然派、日新派等十多家。元末道士王道渊，著有《还真集》、《道玄集》等，亦为一代内丹大师。另有清代高道刘一明，号悟元子，著《道书十二种》，以儒家理学诠释内丹学。龙门派道士闵小良，道名一得，隐于金盖山中，撰成《金盖心灯》及《古书隐楼藏书》，阐述中黄直透的虚空阴阳丹法。南无派丹师刘名瑞，号盼蟾子，著《盼蟾子道书三种》传世，亦为近世内丹大家。
汉唐以来修炼有成的内丹大师还多，内丹学著作亦不下千余种。就内丹门派而论，还有青城派、崆峒派、南宫剑仙派以及雷法的神霄派、清微派、天心派等，皆有独自的特点。
据传内丹学中还有一派剑仙功夫，其术乃修炼人体肺金之气，内丹外用，可以金气御敌。野史小说中多记剑仙之事，语涉怪异，谓剑仙功成，能身剑合一，收发自如，白光一道，取人首级，如探囊取物。然修炼方法甚秘，需在人迹罕至处炼养煞气，或以五更月朗星稀之时炼养阴寒之气，传法只许师寻弟子，不许弟子寻师。此术有云修自身金气者；有云以自身金气与古剑之金气合一者；有云可御剑飞行者。陈撄宁、吴彝珠夫妇在《扬善半月刊》第39期著文声称在1924年以来曾同剑仙派传人梁海滨等交往，力证确有此派丹法。实际上，《列子·汤问篇》早记有春秋时期来丹为报父仇去卫国求孔周借剑之事，足知剑仙之传古已有闻。笔者曾得几种剑仙派法诀抄本，有青城派所传以武术为基之剑仙派，有以内丹为基之剑仙派，有对星月之光炼气剑者，有炼神剑者，尚不知世间还传有何种抄本，未遑细作推敲。此术为世间增加戾气，在当今之世弊多利少，故以前未敢轻言。