玄奘是一位具有多方面品格、业绩和特色的历史人物。他作为旅行家，作为中印文化交流和加强国际友谊的使者以及杰出的佛经翻译家，是前无古人的，作为爱国者，他的崇高的爱国主义品德是中华民族的骄傲，他的严谨的治学态度、渊博的学识，也是罕见的。他在世界佛教史和世界文化史上劳绩卓著，贡献是不朽的，是应当充分肯定和值得永远纪念的。玄奘所述《大唐西域记》对于研究印度、巴基斯坦以及中亚细亚各国的古代史具有重要的史料价值。但是，作为一个虔诚的佛教徒和我国唯识宗的开创者，他所宣扬的宗教唯心主义思想，无疑是具有严重的落后性、消极性，而应当从原则上加以否定的。唐代唯识宗盛行只不过三四十年，影响一时就很快转向消沉歇绝了。唯识宗早衰的根本原因是，这种烦琐的经院哲学，固执印度佛教教义，反对人人都能成佛的学说，不能结合中国专制社会的具体情况，因而不适应唐代社会的需要；加之它弘传的地区只是偏于河洛一隅，限于有较高的文化水平的上层人士，不能争取更多的信众而失去了群众基础。武则天上台后，她为了和李唐王朝相区别，重新扶植一派对于巩固女皇统治特别有利的信仰，于是转而提倡华严宗。同时，法门简易，贵族学究气很少，能够比较接近一般地主阶级知识分子和群众的禅宗一派，也起来和高高在上的唯识宗相争，唯识宗的失败就成为事实上不可避免的了。玄奘在印度时曾会通佛教大乘"空"、"有"两宗的歧义，著《会宗论》三千颂（今佚），并试图部分地修改有宗关于成佛根据的学说，这都表明玄奘并不是冥顽不化的人。但是，他在回国后创立的唯识宗，虽然也不无个人的心得，但总的来说，仍然严守印度佛教的唯识说，以一经二论，即《解深密经》和《瑜伽师地论》、《成唯识论》为基本经典。这个学说最重要的内容是三性说、"阿赖耶识"说和与之相关的"真唯识量"。三性说是唯识宗对于诸法实相，即世界一切现象的本性、本相（性、相相通）的根本看法。唯识宗认为一切事物的自性、自相有三种，即"遍计"、"依他"和"圆成"。所谓"遍计"，即"遍计所执性"，意思是说，由于众生内心对各种现象的"虚妄分别"，以至"周遍计度"，普遍地对万事万物加以分别计较，用名词概念来确定各种事物的区别，并把这样一些对事物的区别执著为客观的真实存在，其实人们对事物的分别、认识并不反映事物的真实相状和本性，可见人们正是以"无"为"有"。但是，遍计所执也不是凭空而来的，而是有所依附的，这种所依的自性，称为"依他"，即"依他起性"。玄奘译《成唯识论》卷8说："依他众缘而得起。"即依各种因缘而生起。这里"依他起"的"他"就是缘起的"缘"，也就是条件，主要是指人意识中的种种"习气"——一种内省的经验，也就是所谓的"识"。简言之，"依他起"就是只能"唯识"而有。人们把事物看做真实的，是由于主观的"识"在起作用，实际上一切事物是假有，是虽有而非真实。唯识宗认为，建立在"依他起性"上的遍计所执性虽然是不真实的，但是去掉它便能得到一切事物的真实性。这样，在"依他起"上就显示出一切事物的所谓"实性"，得到这种认识也就是圆满的了，有了这种认识还能成就种种佛教上的功德，这就是"圆成实性"。概括地说，三性说的主要之点是：一切事物的实相要区别为三性，其中人们对事物的区别、认识是一种虚妄的幻想，认识到事物是因缘而起，这是相对真实，由此进而认识事物的实性才是所谓绝对真实。三性说认为，一切事物的本相本性既不像人们的语言文字所表达的那样是有自性的，也不是一切都无所有。这是看到了人们的认识与客观事物本身的差别，接触到事物的形成是有原因和条件的，这有值得重视的因素。但是它片面夸大人们的认识与客观事物之间的差别，根本否定人们的认识是客观事物的反映，则是完全错误的。它讲的事物形成的原因、条件是主观的"习气"、"识"，这更是通过歪曲和否定人们认识的客观内容和客观对象的真实性，从而证明它的所谓"圆成实性"——虚构的宗教境界的存在，也在证明由所谓三性将归结为三无性（相无性、生无性和胜义无性）。可见三性说实是一种主观唯心主义的世界观和认识论。和三性说密切相连的是唯识说。三性不离识，"依他起"的"他"就是"识"。而"识"有八种（八识，指眼、耳、鼻、舌、身、意识、末那识（联系第八识和第六识的桥梁）和阿赖耶识（第八识）。），其中最重要的是"阿赖耶"（梵语a-laya，意译作"含藏"）。所谓"依他起"就是依"阿赖耶识"而起，"阿赖耶识"是一切现象的总根源、总根据。这是唯识宗继承印度佛教瑜伽行派的重要学说。"阿赖耶识"，原来的意义是家宅，有收藏的意思，所以也叫做"藏识"。"阿赖耶识"是收藏一切现象的种子仓库，是包摄一切现象种子的总体。种子是借用稻谷等种子的名称，指人们具有一种能够变现现象的精神性的潜在功能。一切现象的产生完全依靠这种种子的作用，所以"阿赖耶识"是一切现象的总根据。"阿赖耶识"作为总体能够产生一切现象，而现象之所以森罗万象、各不相同，是由于"阿赖耶识"内部藏有性质不同的种子，由于种子的性质不同而产生各种不同的现象，也就是说，一切现象的种种区别，都是由于名言、概念种子的不同，是由于认识上的原因。上面提到一切现象都是"依他起"的，所谓"他"，进一步说，就是一切现象的名言概念种子。这些种子贮藏在"阿赖耶识"里，而一旦显现其功能作用（"现行"）就产生纷纭繁杂的不同现象。种子又是怎样形成，它又是怎样产生宇宙一切现象的呢？唯识宗说，识有八种，"阿赖耶识"是第八识。由于前七识有所见闻觉知，就留下印象在第八识的上面，这就是所谓熏习，这种熏习的产物就是种子。由前七识的熏习而有种子，种子再发挥自身的功能作用，生起了其他的识，并且通过前六识变现出外界客观环境和影像，而且执著为实有。这就是唯识宗论述种子产生万物的图景。一切现象由"阿赖耶识"所变现，由"阿赖耶识"的种子所变现，就是说宇宙的一切现象都离不开识，"万法唯识"、"心外无法"，就是唯识宗唯心主义的基本认识路线。"阿赖耶识"说是为佛教业报轮回（业报轮回："业"，包括身、口、意三方面的活动。佛教认为业发生后不会消除，而将引起善恶等报应，叫做"业报"。一切众生如果不求解脱，则永远在所谓"六道"（天、人、阿修罗、地狱、饿鬼、畜生）中生死相续，有如车轮旋转不停，叫做"轮回"。）思想提供立足点的，因为业在未受报之前应该是存在的，不存在就不能成立业报。那么，它存在何处呢？唯识宗认为，业是以种子的形式存在于"阿赖耶识"中。"阿赖耶识"种子就是造业的承担者。这种种子不能说是物质性的东西，而只能是精神性的东西，但它又是可以接受影响的，是变化的，且能发挥很大的作用，这与某些宗教迷信所讲的不变的灵魂又有某些不同。唯识宗宣扬种子有染污的和清净的两种，人们应当通过宗教修持，使染污的变为清净的，也就是转"识"成"智"，八种识都转变为成佛的智慧，也就达到了成佛的境界。
附带指出，唯识宗认为有两种转变：一种是由染污转为清净，这种转变是在"藏识"上实现的，也就是归之于心。一种是由迷妄转为觉悟，即由平日对事物分别执著的看法，转变为按照事物的本来面貌（这种事物的本相，也叫做"法界"、"如性"、"真如"）去理解，这也是悟解一切事物的共同道理。懂得这些道理，也就由迷转变为悟了。这样，染净的转变在于心，迷悟的转变归于理，心和理并不等同。这种观点和天台宗、华严宗、禅宗等主张心和理等同的看法相去颇远，从而成为唯识宗和这些宗派理论分歧的焦点之一，并对尔后中国佛教史和中国哲学史都产生了重要的影响。
自然科学告诉我们，人们的意识活动包括感觉和思维两种，人们的意识是人脑的功能和作用，是外界客观事物的反映。唯识宗的"阿赖耶识"是一种离开人的生理器官的精神性的实体，唯识宗认为宇宙的一切现象都不能离开"阿赖耶识"而独立存在，这是主观唯心主义思想。但是"阿赖耶识"说也有其认识根源，人们对社会历史现象的种种因果联系，特别是对自然界后天获得性遗传的现象不能做出科学的解释，以至于无限地片面地夸大人的主观认识能力，来说明一切社会伦理道德现象，比譬植物种子能开花结果的事实，进而把客观事物消融在主观意识（精神性的"种子"）里头，而僧侣主义的立场则更使这种唯心主义认识路线神秘化，终于成了宗教信仰的重要理据。
玄奘对于介绍印度逻辑——因明学到中国是有贡献的。他论证唯识学说时在方法论上就运用了因明学。"因"，表示充足理由，"明"即学问，所以因明学也就是古代印度的逻辑学。因明学讲"量"，"量"，就是人们的认识，如以尺量布，称为"量"。据说玄奘在回国前，由印度戒日王主持召开的、有数十万人参加的五印度僧俗无遮大会上，为了论证"万法唯识"的命题，玄奘提出了一个"真唯识量"："真故极成色，不离于眼识——宗；自许初三摄，眼所不摄故——因；犹如眼识——喻。"（《因明入正理论疏》卷中，见《大正藏》卷44，115页。）"宗"，命题。"因"，论据。"喻"，类比。"色"，有形质的事物。"初三"，指眼根界（肉眼器官）、色界和眼识界三个方面。"眼识"，视觉。这个三段论式的意思是，事物不离开眼识界（视觉）而独立存在，是自许的真实命题，理由是佛教各派共同承认"初三"是三个方面，而眼根界并不包括其他二界；例如，就像眼识界也不包括眼根界和色界一样。值得注意的是，唯识宗认为识有"相分"（事物形相）和"见分"（认识能力）两个方面，一切事物都是识所变现出来的"相分"，所谓认识是由识变现出"相分"，然后再以识的"见分"去认识"相分"。如人的眼识先变现出山河大地、花草树木等"相分"，再以自身的"见分"去认识这些山河大地、花草树木等，而人的肉眼器官（"眼根"）并不能认识外界事物，它的作用是让眼识在视网膜上变现出山河大地、花草树木等"相分"色来。一切事物作为"相分"，和"见分"一样，都属于"识"自身的一分、一个方面、一个内在的组成部分。这就否定了眼根的物质性及其认识能力，否定肉眼器官对外界事物的视觉能力和作用，错误地把一切事物归结为不能离开眼识而存在的、主观的识的派生物、附属物。这是一种地地道道的主观唯心主义思想。"真唯识量"的论证是错误的，它讲的是眼根不能有认识作用，只有眼识（其中的所谓"见分"）才能有认识作用，这个前提就是不能成立的，因而它的结论也是唯心主义的。这里应当指出，玄奘主张的唯识学说，是指事物不能离开意识而独立存在，并不是像印度有宗的某些流派所说的，只有意识，没有事物。玄奘并不如此简单。他表面上承认事物并不虚妄，而实际上坚持事物是意识所变现，这正是玄奘一派唯识宗的虚伪和狡猾的地方。另一方面，玄奘用因明学的推理方法来论证唯识学说，使他的学说在形式上有比较精致的逻辑论证。虽然，他所论证的命题是唯心主义的，但是，他所运用的逻辑推理形式，对于命题、论据、类比的分析，对论辩格式的推衍，以及对错误推理的揭示等，仍是对中国逻辑史的重要贡献。我们应该审慎地把他的宗教神学和逻辑方面的学说区别开来，对于他的逻辑学遗产，认真地加以批判继承。