一、牟宗三学思生命之发展
牟宗三（１９０９—１９９５），字离中，生于胶东半岛的栖霞。栖霞是多山的小县，牟宗三的村庄处在环山的一块平原上。
栖霞牟氏，系明洪武年间自湖北迁移而来。经数百年之繁衍，成为县内最大的姓氏。牟宗三系出老八支中之第四支，世代耕读相续。其祖父时，家道极为衰微贫窘。其父牟荫清初营一骡马店，后改营纺织业扶助农耕，克勤克俭，始稍足温饱。牟荫清喜读曾文正公家书，夜间亦常讽诵古文，声调韵节，稳健而从容。为人刚毅守正，有令誉于乡里。德配杜氏，有懿德。生子三，长宗和，次宗德，先生其季也。据弟子蔡仁厚说：牟宗三取名字也大有讲究，“宗三，师尊之名也。离中，师尊之字也”。“三有多义：天地人曰三才，日月星曰三光，儒释道曰三教。而宇宙之数，义蕴无穷。自其基始而言之，一为元，二对待，三则善能表道妙；所谓道生一，一生二，二生三，三生万物，是也。道，有体有用，于‘中’字可见道之体，于‘三’字可见道之用。是故，‘三’字可‘宗’而不可定着，定着则拘限于三，而三亦遂无由灵动而生万物矣。‘中’宜‘离’以显其用，无离则滞执于定中，而离能得其时中之妙矣。师尊之名与字，正蕴含道之体用。承体起用，即体即用，则法运昌隆之几，慧命绵流之兆，实已启其端矣。后之来者，继志述事，其念之哉，其勉之哉！”
牟宗三小时候在家里养蚕时，常伴着兄弟姊妹去采桑。他“无任何拘束，无任何礼法。那时也不感觉到拘束不拘束，礼法不礼法，只是一个混沌的畅亮，混沌畅亮中一个混沌的男孩”。看到乡村人都争着搭秋千，大人不给他搭，就自己搭，自己去扛几根木柱，找几条破烂绳子，拿几把铁锹，掘土挖坑，竖立柱子，搭上横木，两边撑起来，就是个自己可用的秋千。此后形成独立思考的习惯，往往专注于思考问题，而不注意周围的事物，“常视而不见，听而不闻。我因此挨了打。大概是六七岁的时候，正在仲夏麦忙之时。母亲病了，父亲急着从麦场上回来照顾，并叫我赶快送一件东西到麦场上去。我当时正在莫名其妙地沉溺地玩着什么玩意，父亲的吩咐只是随口答应了，可是一转眼全忘记了，好像根本没有这回事。父亲在屋里又嘱咐了一声，仍根本没有听进去。只听得一个声音，声音的意义与内容也都听见了，可是随听见，随忘记。麦场上急得不得了，差人来家取。父亲心绪不好，一时大怒，照着屁股狠狠地打了几掌。（这是很少有的，因为父亲对于子女们是很少发怒的，不要说打骂。）”村中有一个池塘，牟宗三见小鱼浮在水面晒太阳，就拿一块肉骨头，放在竹篮里，沉下水去，不一会拖上来，竹篮里一大堆小鱼活蹦乱跳。从池塘到村外，四五里遥，有一片梨树林子。他经常在里边穿来穿去，信步而走，享受大自然中的快乐。
十五六岁时，牟宗三帮助家里干活，秋收时能背负１２０斤重的粮米走一里多路。乡下人认为这是成人之力。扛、抬、挑、负都能做。父亲常背后夸奖他的泼皮，能弯下腰，水里土里都能去，以为是一把好庄稼手；而他感觉肉体黏着于物上，乃是一种构造的自我满足。家里开着一个骡马店，是祖父时留下来的，父亲继续经营着。
南来北往运货的骡马，行走了一天，急忙归槽求安息的苍茫意味。
人困马乏，人要求安息，骡马也要求安息，看到这些，他从中悟出人生急于奔归宿求安息，人生总是西风、古道、瘦马，总是野店里求安息。这安息虽是一时的，也是永恒的。
农闲的时候，乡村常演戏酬神自娱，常演关云长、包文正的戏。
牟宗三特别喜欢那戏装的关云长以及短打武生如林冲、武松、黄天霸。戏装的关云长，那夫子盔，那红脸谱，那长发绿袍，如青龙刀，那配笛的歌唱，那威武正大的气象，那不同凡响的举动（关公戏的举动都有一定的特殊安排），一出台，必使人精神严肃，眼睛一亮。
有一次，来了一个马戏团，正在天气严冷，风雪飘零之时，他们圈了一个广场，先是鸣锣开场，继之一个十三四岁的小女孩骑在马上，绕场一周。矫健的身段，风吹雪冻得红红的皮色，清秀朴健的面孔，正合着上面所说的清新俊逸的风姿，但是可怜楚楚的，是女性的，不是男性的，牟宗三直如醉如痴地对她有着莫名其妙的感觉。其父严肃，不准小孩常去看这类江湖卖艺的把戏，他不知不觉地偷去了好几次，一看见了她，就有着异样的感觉，既喜悦又怜惜。
事后悟出大概就是那时的恋情。一霎就过去了，这是他一生唯一的一次爱情之流露，此后再也没有那种干净无邪而又是恋情的爱怜心境了。
依传统的惯例，做父母的对于子女总得安排一个读书者。老大管家，老二经商，老三就得读书。那时他的家庭，经过父亲的经营，渐趋佳境，还可以过得去，就教牟宗三从学。他当时对于读书，不见得是衷心喜悦，所以也不一定要从学，要升学。他心中所亲切喜悦的实在是与土接近的农夫，与苍茫寥廓接近的赶马者。他没有“万般皆下品，唯有读书高”的意识。对于穿长衫的秀才们，三家村的学究们，不见得有好感。儿时感觉到他们有点别扭。
牟宗三９岁入学，读私垫。在那二三年间虽然也好好读书，也怕先生，但对于这些先生、秀才们，总觉着异样，不自在、不自然。
他当时不知道讨厌，后来才知道那实在是讨厌，讨厌的是他们那寒碜气、酸气。读书固然重要，但他当时似乎总感到有在读书以外超越了读书涵盖了读书的气氛。读书不是唯一凸显的生活，这意识一直维持到现在。
１５岁时，牟宗三离开村庄，进入县城的县立中学。初入中学，他功课都很平常，但颇用功。每门都可勉强接得上，尤其是英文、数学，算是好的。在中学时读国文，学作文，都是相当吃力的，勉强不甚落人后而已。在他看来，单是孤离的语言本身，在乡下土话中，是没有完整而一定的句法的。县立中学，还是老式的，一位拔贡先生教国文，要背诵古文，大体是《古文观止》那类的文章，但始终没学会。乡下人是土话，一个小孩就是土话也没有成套的。尤其乡下孩子见人说话面红，喃喃不能出口，出门在外，要学一套说话的语言机栝。
在中学时，人都能看小说，牟宗三独不能。有一次，先生出了一个游记之类的题目。这题目没有什么限定，他那郁闷劲儿在这里得了表现。先生无法欣赏他这郁闷劲儿，结果批了“隐晦”两个字。
牟宗三说：“直到如今，我写的东西还是‘隐晦’两个字，一般人看不懂。看不懂当然不免要引起怨恨。”
１９岁时牟宗三到了北京，离家更远了，正式投入了大都市。暑期考进北大预科。当时看小说也要费力。高级小说如《红楼梦》、《水浒传》之类，进北大预科始能看得懂。初到北平，报纸也看不懂，也觉得是陌生的。任何一样东西他觉得都要费力方能进入。党人同学讨论问题，认为唯物论盛行，而认为唯心论是错的。他当时就有异样的感觉，为什么唯心论就是先天地错误呢？除唯物论外，当时阶级意识也很强。吸收国民党党员时，先看他家里有多少财产，有几亩田，小农、贫农才是合格的。这纯是经济决定的意识，不能平正地视人，牟宗三觉得与他生长于其中的那谐和的一套全相违背。
但是他当时也沾染了那泛滥浪漫的精神，被列为国民党预备党员。
暑期回家，团聚农民，成立农民协会，每夜召集他们开会讲习，训练民权初步。夜间也跑到十几里外的别村去开会。夜深了，人都关门了，他随便找个地方也可以睡一夜。但是预备党员永远停在“预备”阶段，他没有正式加入。那时看课外书，忽然觉得生命开了，悟解也开了。最吸引他的是科学与人生观论战里面吴稚晖的文章，感到它压倒一切，横扫一切，那时思想受其影响最深，可谓达泛滥浪漫之极致，粗野放荡，几不可收拾。文字荒谬，不避肮脏，全为其所开启。有一次，父亲看见了，大为震怒，责斥何以如此。他当时极为羞愧，答以外面风气如何如何。父亲则曰：择其善者而从之，不善者而改之。实际上，他受吴稚晖影响也只是一时的，因为文中的观念内容，他以后没有一个是赞同的，反而认为吴稚晖那种人物是新式人祸的祸首。
牟宗三考入北大预科时，即决定读哲学。预科二年级时（相当于高中三年级）在图书馆看《朱子语录》，觉得很有意味，又不知说些什么，但一直天天去看。直到一个月后，他忽然开了，摸到了朱子说话的层面，所说的道理之线索，觉得很舒畅，很容易。朱子说着这句，他常能知道下句是什么。表示他自己也能主动地顺着朱子的线索走。知道朱子所说是形而上之道，而且感到这“道”是在越过了现实物的差别对待障隔之气氛下而烘托出来的。同时，对于西方所正在流行的观念系统，夹七杂八，也学得了一些，如柏格森的创化论、杜里舒的生机哲学、杜威的实用主义、达尔文的（进化论），等等。
那四年中，给牟宗三帮助与影响最大的，在校内是张申府与金岳霖两先生，在校外是张东荪先生。张申府先讲罗素哲学，继之开数理逻辑一课，在国内是首先在北大开的。虽然讲得很简单，但牟宗三很有兴趣。金岳霖是兼课，讲授所精思自得的哲学问题，大体是以那时正在盛行的新实在论为底子。两先生对哲学思考非常努力，文章亦最多。那时的《哲学评论》杂志，几乎每期都有他们的文章，牟宗三都找来看。这对其学知历程是很有帮助的。而他们所思有得的问题，所牵涉的观念，也正是牟宗三兴趣之所欲而亦能接之以企及的观念与问题。西方感到能亲切接得上的是罗素的哲学、数理逻辑、新实在论等，然而他的兴趣集中在《易经》与怀特海的哲学。
爱好《易经》，是在预科读《朱子语录》时所开发出来的。中国的文化生命、慧命，不能不说是集中在《易经》与《春秋》。读着《易经》，想着伏羲画八卦是在宇宙洪荒原始混沌中灵光之爆破，读其书实在费了极大的精力。汉《易》一直读下来，遂写成《从周易方面研究中国之玄学及道德哲学》一书，在北大毕业那年写成。林宰平见后，大为赞赏。稍后沈有鼎说是化腐朽为神奇。但牟宗三自认此书实无几人能解，亦无书店愿印，便自筹资出版，分送好友。后来觉其芜杂不精练，不再刊行。
此阶段牟宗三特别表现了想象之丰富、直觉之解悟。能有宇宙论之兴趣，就《易经》而彰羲、和之传统，全归功于怀特海。他当时一方面大规模读《易经》，另一方面潜读怀氏书。怀氏早出之《自然知识之原则》与《自然之概念》两书，精练简要，是其观念之发端；１９３０年左右出版《科学与现代世界》，是其思想由蕴蓄而发皇之时；不数年，出版其庄严美丽之伟构《过程与实在》，此是其宇宙论系统之大成。牟宗三当时读之而叹，爱不释手。其《过程与实在》刚出版时，张申府曾有一个简单的介绍，深致赞叹之辞，但是他又说了一句令人泄气的话：没有人能懂，亦无懂的必要。金岳霖也说不懂，说隐晦模糊，他也不是读这书的灵魂。牟宗三说：“我读其书，亲切喜悦，历历可解，无隐晦处。我读其书，只作哲学读，先嗅到他的义理之气氛、他的观念之层面、他的抒发义理之纯理论的理路，直就其名言本身而如是如是想，没有一切其他牵连，我也不知其他一切牵连，因为我没有到外国，我不知他们的风俗习惯，我于他们的文学作品阅读能力很差，于他们日常生活所使用的语言知之很少。” “我当时是极讨厌‘生命’一词的。凡关于生命、价值、主体、道德宗教、历史文化的，我都讨厌。我也曾极度外在化，我也曾喜欢那泛客观论、泛事实论、泛物理数学的外延论。但是在我，那只是生命膨胀直接向外扑，在稍为凝聚下的外在化。我用生命而不自觉生命，这是‘百姓日用而不知’。用久了，总会触动心灵而回头正视他。”
牟宗三对逻辑发生兴趣引他到逻辑系统之内部。他从罗素与怀特海合著的《数学原理》入手，一个一个命题去抄写、演算。每一个符号进入意识中都需要高度的自觉，而且也是很费力的。他一方面抄写演算，另一方面体会它的意义：纯形式推演方面无问题的意义以及定义与基本假定方面有问题的意义。抗战前一年，有一次，在金岳霖家里开了一次逻辑讨论会，讨论这个题目，主讲人是清华毕业的张遂五。他讲来讲去，闹不明白。后来沈有鼎突然冒出来一句，说这个公理就等于“全称命题等于无穷数的个体命题之絜和〔乘积〕”。
翌年七七事变，抗战爆发，牟宗三播迁广西，在南宁中学任教。
那时南宁中学由南宁迁居乡间，地名马村。课余之暇，天天为此问题困惑。每傍晚散步于阡陌间、小桥边、流水旁，默默沉思，忽然得着了一隙之明。从此以后，渐渐明了。他已确然涌现了安排名数，说明知识，进窥形上学的全部哲学系统之架构，这就是所谓“架构的思辨”。从此他接近了康德。不但接近，进而还要了解，去好好学习康德那套架构的思辨。
牟宗三认为康德的哲学是伟大灵魂的表现，也是哲学的宝库。
他也学习维特根斯坦（罗素的高足）、杜威逻辑，也研究布鲁维之直觉主义、希尔伯特之形式主义，以及莱布尼茨的学说。“我常想，康德的三大批判，罗素、怀悌海的《数学原理》，圣多马的《神学总论》，佛教的《成唯识论》，宋明儒者的‘心性之学’，这些伟大的灵魂（从‘学’方面说，不从‘人格’方面说）实代表了人类学问的骨干。人类原始的创造的灵魂，是靠着几个大圣人：孔子、耶稣、释迦。这些从人格方面说的伟大灵魂都是直接的、灵感的、神秘的，简易明白，精诚肯断。而又直下是生命，是道路，是光，又直下是通着天德的。他们都是在苍茫中有“实感”的。他们没有理论，没有系统，没有工巧的思辨。他们所有的只是一个实感，只是从生命深处发出的一个热爱，一个悲悯：所以孔子讲仁，耶稣讲爱，释迦讲悲。……这一切引发了我的‘客观的悲情’。由这客观的悲情引我进入‘架构的思辨’以外的义理。由于对这义理的渗透，我始能明白这一切之所以如此与所以不如此之‘精神上的根据’。”遇到熊十力，是牟宗三生命中一件大事。在大学三年级的时候（民国二十一年，１９３２年，２４岁），有一个冬天的晚上，他看到《新唯识论》，落款为“黄冈熊十力造”。第二天下午，在聚会上他“看见一位胡须飘飘，面带病容，头戴瓜皮帽，好像一位走方郎中，在寒气瑟缩中，刚解完小手走进来，那便是熊先生。他那时身体不好，常有病。他们在那里闲谈，我在旁边吃瓜子，也不甚注意他们谈些什么。忽然听见他老先生把桌子一拍，很严肃地叫了起来：‘当今之世，讲晚周诸子，只有我熊某能讲，其余都是混扯。’在座诸位先生喝喝一笑，我当时耳目一振，心中想到，这先生的是不凡，直恁的不客气，凶猛得很。我便注意起来，见他眼睛也瞪起来了，目光清而且锐，前额饱满，口方大，颧骨端正，笑声震屋宇，直从丹田发。
清气、奇气、秀气、逸气：爽朗坦白。不无聊，能挑破沉闷。直对着那纷纷攘攘，卑陋尘凡，作狮子吼”。
抗战初期，牟宗三生活艰困。在广西教中学一年以后，牟宗三应友人张遵骝之邀，至昆明。无职业，租一小屋居住，生活费全由遵骝担负。遵骝，张文襄公（之洞）之曾孙，广交游，美凤仪，慷慨好义，彬彬有礼。牟宗三在昆明，日处斗室之中，草写《逻辑典范》，暇则散步于翠湖公园。时熊十力在重庆，致函汤用彤谓：“宗三出自北大，北大自有哲学系以来，唯此一人为可造，汝何得无一言，不留之于母校，而让其飘流失所乎？”牟宗三知道是胡适将自己阻于校门外，他更加认为新文化运动之内容是消极的、负面的、破坏的、不正常之反动的、怨天尤人的。
昆明谋事无成，他全靠张遵骝在生活上接济。牟宗三说：“吾当时有许多体悟：吾自念我孑然一身，四无傍依，我脱落一切矜持；我独来独往，我决不为生存委屈自己之性情与好恶；我一无所有，一无所必恃，我黯然而自足，但我亦意气风发，我正视一切睚毗，我冲破一切睚毗；我毫不委屈自己，我毫不饶恕丑恶；以眼还眼，以牙还牙，恶声至，必反之，甚至嬉笑怒骂，鄙视一切。我需要骄傲，骄傲是人格之防线。我在那阶段与处境，我若无照体独立之傲骨，我直不能生存于天地间。在那处境里，无尽的屈辱、投降，不能换得一日之生存。我孑然一身，我无屈辱之必要。我无任何事上的担负，我亦无屈辱以求伸之必要。痛之至，即对于君劢先生憾之至。这是我一生最难堪最窝囊之处境。”
熊十力在重庆主讲复性书院，力介牟宗三进复性。马一浮为山长，辞以无款。熊商之教育部部长陈立夫，由教育部支薪，以都讲名义住书院。他考虑三日应约，因为向不与国民党要人接头，但逼上梁山，决定前往而不辞。他心想吾从熊先生，非就国民党。熊十力因日机炸嘉定受伤，又与马一浮先生相处不谐，毅然辞去复性书院职务。大理民族文化书院成，牟宗三就去大理，酝酿《认识心之批判》。撰写之余，不免借酒色以自娱。他感叹说：“生命极萧瑟。幸赖有此工作以凝聚内心之灵台，否则全散矣。灵台孤运，无陪衬，无滋润，无外在之修饰，无礼法之整饬。现实自然生命一任其泛滥。人不理我，我不理人。心灵投于抽象之思考，自然生命则下坠而投于醇酒妇人。个体破裂之象由此开其端。普遍性与特殊性趋于两极化，此之谓个体性之破裂。此是生命离其自己而以种种因缘促成之结果，亦是最痛苦之境地。整个时代在破裂，吾之个体生命亦破裂。此是时代之悲剧，亦是吾之悲剧。世人憧憧不能知也。惟友人君毅兄能知之。
吾当时有云：‘生我者父母，教我者熊师，知我者君毅兄也。’当时与熊师与君毅兄有许多论学之信件，亦有许多至情流露之信件。”大理民族文化书院成立不到三年，因政治关系而解散，牟宗三返重庆勉仁书院投奔熊十力。勉仁书院为梁漱溟所筹设，熊处其中。
勉仁诸君对熊都执弟子礼，然精神气脉则亲梁远熊。牟宗三与梁始终不相契。勉仁诸君视梁若圣人，牟宗三益起反感。
广西以来，昆明一年，重庆一年，大理二年，北碚一年，此五年间为牟宗三最困阨之时。五年间，除熊十力外，最大的缘会是遇见唐君毅，成为他谈学问与性情最相契的一位朋友。初到华西大学，牟宗三住在宿舍的三层楼的一个小房间里。这不成为一房间，面积只容一床一桌，顺屋脊之坡度而钉了一个天花板，他这个身长不满五尺的人，站起来还是顶着天花板。他藏在里面，写《认识心之批判》。成都茶馆多，酒馆多，还有最足以引发人之幽思的，便是贾瞎子之竹琴说书。在撰述之暇，牟宗三或是独坐茶馆，或是独往听书，而吃酒则大都是在晚上十一点以后。贾瞎子之说书，声音很低沉，开始有点干涩，愈唱愈甜而润，最富幽深沉郁之致。
１９４２年秋，牟宗三至成都华西大学任哲史系讲师。抗战胜利，牟宗三由成都转至重庆中央大学。他与友朋数人，出版《历史与文化》月刊，从头疏解中国之文化生命、学术命脉，如何发展而有今日，民族生命之途径何在，凡此种种，期有以彻底反省。南京垮，由杭州浙大赴广州，然后去台湾。
１９４９年牟宗三赴台，任教台湾师大与东海大学，讲授逻辑、中国哲学史与人文课程。１９５４年，受聘为教育部学术审议委员。１９６０年，应聘赴香港大学，主讲中国哲学。１９６８年，由港大转香港中文大学新亚书院，任哲学系主任，先后讲授魏晋玄学、南北朝隋唐佛学、宋明理学，以及康德哲学、知识论等课程。１９７２年，赴檀香山出席东西哲学家会议。１９７４年，自中文大学退休，任教新亚研究所，为哲学组导师。１９７６年，应台湾“教育部”客座教授之聘，讲学于台湾大学哲学研究所、台湾师大国文研究所，并先后应聘为东海大学、中央大学荣誉讲座教授。１９８４年，荣受“行政院国家文化奖章”。１９９０年，香港大学特授予名誉文学博士。１９９５年４月病逝于台北。牟宗三总结自己的一生有四段非常关键的话，对了解他很有意义：
我的一生，老实说，从来没有得志过，飞黄腾达过，也可以说一生没有走过运。有人给我算命，说你这个命不能活过十岁，你怎能活过来呢？他觉得很奇怪，要为我批八字。我说你也不完全错，三岁的时候我就死过一次。当时出麻疹，但出不来，就憋死了。乡下人的小孩死掉，就拿个草包裹起埋掉。就拿了个草包将我包起来，一包就将麻疹闷出来，发出来就活了过来，否则就死掉，所以这个算命的也有点道理。
青年时在大学读书，几乎读不下去，我的家庭环境不够，那是很艰苦的读下去。同辈同学中，个个都神气得很，而我从未神气过，只是吃憋气，就是这种性格的人。但我从来没有悲观过，也没有泄气过，也没有甚么了不起的奋斗斗争；怎样艰难的时候也不影响工作。
我在昆明将近一年，是靠一个姓张的好朋友来维持。他住在一个小房间，我就住在这个小房间，生活很简单。他是我的好朋友，所以说人生得一知己可以无憾。所以你们交朋友很重要，朋友不需很多，好的朋友一个，两个就够。他没有很多钱，也在逃难，拿出几十块来帮助我，我就相信他。他拿东西来，我就吃，毫不客气；反正我生在这个社会上，有生存的权利，这个时候我就不讲客气了；就是李太白那句话：‘天生我才必有用’，我要吃饭，我要生存。所以那时候很有流氓气，到现在大概没有了。那时很骄傲，因为你自己不成，人会欺负你，欺负你就有反抗性，我不服气，所以骄傲。骄傲，在生活困难的时候是需要的，这是人格的防线。假定在这个时候抬不起头来，那不就垮掉吗？通通垮下去了。
在一生里，我的老师只有熊先生；前辈中只有这位老先生能了解我。你这个貌不惊人，言不雅重的年轻人，谁来欣赏呢？
熊先生欣赏我是很奇怪的，所以梁（漱溟）先生就莫名其妙。
有一次问熊先生：宗三这个人的好处在哪？你为甚么欣赏这个人？我这莫名其妙的一个年轻人，也不很懂事，世故人情完全不懂，胸中自创，不理任何人。所以熊先生的女婿对他说：宗三是你的学生呀，他应当送点礼，怎么不送份礼给你呢？教熊先生骂他一顿：你这个胡涂的东西，你想他送甚么礼呢？我受熊先生影响很大，得他的好处很多。在一个青年人四无依靠的时候，谁来帮助你？谁来支持你的生命？谁来保护你呢？这是个保护人，我需要师长的保护。
而牟宗三的朋友唐君毅则说他“天梯石栈，独来独往，高视阔步，有狂者气象”。
牟宗三著作等身，重要者有《认识心之批判》、《历史哲学》、《道德的理想主义》、《政道与治道》、《中国哲学的特质》、《生命的学问》、《名家与荀子》、《才性与玄理》、《佛性与般若》、《心体与性体》、《从陆象山到刘蕺山》、《智的直觉与中国哲学》、《现象与物自身》、《圆善论》、《中国哲学十九讲》、《时代与感受》、《康德的道德哲学》等，另有《康德〈纯粹理性批判〉译注》。
二、心体与性体
牟宗三判定孔、孟、陆、王为儒学“正脉”，而儒学不过就是“身心性命”之学。他一反传统的程朱理学和陆王心学的区分，主张周敦颐、张载、程颢、程颐、胡宏、朱熹、陆九渊、王守仁、刘宗周是宋明理学中的九个代表人物。他把陆象山与王阳明归为一系，胡宏与刘宗周归为一系，认为北宋周敦颐、张载、程颢为宋明儒学之大宗，其论学以《中庸》、《易传》、《论语》、《孟子》为主；程颐和朱熹则是所谓的别子和继别子为宗，其论学以《中庸》、《易传》与《大学》合。“吾人之性体”，与“於穆不已”的天命实体为一，“由之以开道德行为之纯亦不已，以洞彻宇宙生化之不息”，“而以圣者仁心无外之‘天地气象’以证实之”。他认为，“本体、宇宙论的立体直贯之创生型或扩充型乃是先秦儒家言天道性命、言心性之本然”；北宋诸子如周、张、程（明道）等皆“克就此义而言天道性命，言心性”；而他们以下，胡、刘、陆、王也“皆是继承此直贯型而立言”。程朱系本《大学》之义，讲至善之道“是就应物之‘事’上”，至于此道“究往何处落，则不能定”，对内圣之学的义理方向不能确定，于“先秦儒学原有之义有基本上之转向”，转成另一系统。因此该系统“显非先秦儒家所发展成之内圣成德之学”，“虽有功夫方面有辅助之作用，可为原有者之所允许”，有其特殊价值与崇高性，但“就儒家言，此固不得为正宗也”。
牟宗三认为，中国文化有道统而无学统和政统，内圣强而外王弱。针对面临西方文化的严峻挑战，中国传统文化如何现代化的问题，牟宗三提出了“开出”说，由儒家的“内圣之学”而开出“新外王”，由“道统”开出“政统”和“学统”；要通过“良知自我坎陷”，开出“知性主体”和“政治主体”，从“道德主体”转出民主与科学。学术界看重牟宗三的生命儒学，按照学术界一般的说法，生命儒学即心性儒学。牟宗三的生命儒学包括心体与性体、才性与佛性、圆教与圆善；而为了构建“良知自我坎陷”论，他首先下工夫解决的是心体与性体的关系问题。
《心体与性体》一书是牟宗三的代表作，是他花费八年心血而成的一部宋代理学思想研究的著作，同时也是其独创的道德的形而上学体系的一部奠基之作。序说：“予以顽钝之资，恍惚摇荡困惑于此学之中者有年矣。五十以前，夫专力于此，犹可说也，五十而后，渐为诸生讲说此学，而困惑滋甚，寝食难安。自念未能了然于心，诚无以对诸生，无以对先贤，亦无以对此期之学术也。乃发愤诵数，撰成此书，亦八年来之心血也。”他在书中大量运用康德哲学的观念及方法，来分析宋代理学的进路。最终为传统儒家哲学的本质作出了一个清晰的哲学描述，被学术界认为是第一次将传统儒家的思想提升到现代哲学的层面。对于道德的形而上学，他解释说，以形上学本身为主（包括本体论与宇宙论），而从“道德的进路入”，以由“道德性自身”所见的本源渗透至宇宙之本源，故曰“道德的形上学”。这一道德形上学证明：“正宗儒家所说的性体心体同时是道德的，同时又是本体宇宙论的；它是我们的性，同时亦普遍而为‘天地之性’，而为宇宙万物的本体，实体，即生化万物的寂感真几……在我们实践的体证中，他‘隐而不见的神性和无限性’即逐步朗现或顿时朗现（性体心体只有隐显，并无生灭）。”牟宗三认为宋儒理学是“心性之学”，即“内圣之学”。所谓“内圣”，即“内而在于个人自己，则自觉地圣贤功夫（作道德实践）以发展完成其德性人格之谓也”。因为是道德的本心与道德实践之所以可能的先天根据，亦即道德创造之性能，是究竟义，是最高义，故曰“心体”与“性体”。牟宗三认为，儒家哲学的“性体”与“心体”，其实就是康德的自由意志。王阳明哲学的“良知”，被牟宗三用以指称其所谓“性体”亦即“心体”。心性本体，是与康德的“自由意志”统一的。牟宗三所理解的形而上学的本体，或者是超越的实体，如有神论的上帝，儒家的道体、性体、心体、仁体、自由意志，佛家的如来藏自性清静心；或者是理境，如道家的道心玄照，如此等等。他在《中国哲学十九讲》中谈到朱熹的时候，说心不是形而下的，不是“气之灵”，而是以孟子所说的“本心”来看；这就是所谓的“心体”，心就是本体。这时，心不是属于形而下的，不是属于气；心就是理。这时，心以理言，不以气言。譬如王阳明的“良知”，不能说是属于气；若属于气，那就成了形而下的，那就糟了。所以心体以理言，它就是理，因此说“心即理”。陆、王可以说“心即理”。他以“明道、象山等所代表之一大系为根据来融摄康德，并借康德之辩解以显自律道德实义，并进而展示其所涵之全部理境，即道德的形上学之究极完成”。他以此构筑起一套具有现代意义的儒家哲学体系。
这一体系的关键是要解决良知自我坎陷的问题，这是和儒家的“为己之学”一致的，是其学问的最高境界。
“自我坎陷”有时被说成“良知坎陷”或“良知自我坎陷”，有时则又被说成“道德理性之自我坎陷”。牟宗三在《理性的运用表现和架构表现》一文中，使用“道德理性自我坎陷”，试图用儒家的道德理想来统摄和融合古今中外的一切学术，将中西之学结合起来，以此来解决中国文化的现代化问题。这一学说主张，良知能够自觉地坎陷它自己，使自己分成两层，一层是道德心，其表现和作用是完成德性人格；一层是认知心，其表现和作用是成就知识，开出科学。所谓“自我坎陷”，是指作为道德主体的“良知”，或称“知体明觉”，要由内部成就出外部，并且具有必然性，而外部则成就知性，使物成为“对象”。整个由内而外的开显过程，即是“自我坎陷”的过程。他说：“知体明觉不能永远在明觉之感应中，它必须自觉地自我否定（亦曰自我坎陷），转而为‘知性’，此知性与物为对，始能使物成为‘对象’，从而究知其曲折之相。”牟宗三认为理性是可分的，他提出理性有两种表现形式：理性之架构表现与理性之运用表现。他指出西方的科学与民主政治是理性之架构表现的成果，是一种分解的尽理之精神；而中国文化中较为发达的是理性之运用表现的成果，是一种综合的尽理之精神。理性之运用表现，是“德性之感召，或德性之智慧妙用”，如宋明儒者之“即用见体”，《易经》中“于变易中见不易”。
牟宗三认为，从人格上说，圣贤的人格感召方式是直接而当下的，不需要任何媒介。从政治上说，儒家的德化治道即是理性之运用。理性之运用表现在圣贤人格方面是恰当的、正直的，但在政治方面是不恰当的、委曲的。牟宗三指出：
中国文化于理性之架构表现方面不行，所以亦没有这方面的成就。今天的问题即在这里。而架构表现之成就，概括言之，不外两项：一是科学，一是民主政治。数十年来的中国知识分子都在闹这问题。中国为什么不能出现科学与民主政治呢？我们的答复是理性之架构表现的不够。中国文化只有理性之运用表现。……若论境界，运用表现高于架构表现。但若缺了架构表现，则不能有建筑物。是以中国文化一方面有很高的境界，智慧与气象，而一方面又是空荡荡的，令近人列举的头脑发生太惨的感觉。所以中国不出现科学与民主，不能近代化，乃是超过的不能，不是不及的不能。
牟宗三解释“超过的不能”，说中国文化因为“以仁为笼罩”，所以“智”的一方面没有彰显。但是中国并不缺乏智的成分，很多哲学家都重视智的开发：
智，在中国是无事的。因为圆智、神智是无事的。知性型态之智是有事的。惟转出知性型态，始可说智之独立发展，独具成果（即逻辑、数学、科学），自成领域。圆智、神智，在儒家随德走，以德为主，不以智为主，它本身无事，而儒家亦不在此显精彩。智只是在仁义之纲维中通晓事理之分际。而在道家，无仁义为纲维，则显为察事变之机智，转而为政治上之权术而流入贼。……一个文化生命里，如果转不出智之知性型态，则逻辑、数学、科学无由出现，分解的尽理之精神无由出现，而除德性之学之道统外，各种学问之独立的多头发展无由可能，而学统亦无由成，此中国只有道统而无学统。他指出，荀子的心灵就是认识的心灵，是一种逻辑的心灵，但是近人皆不能感兴趣，而无法接得上，他说：“荀子实具有逻辑之心灵，然彼心灵毕竟非正面面对逻辑而以逻辑为主题也。此乃从其正面学术拖带而出者。故欲了解荀子逻辑之心灵，亦必须先通其学术之大体。……且欲表明荀子之思路实与西方重智系统相接近，而非中国正宗之重仁系统也。故宋明儒者视之为别支而不甚予以尊重也。然在今日而言中国文化之开展，则荀子之思路正不可不予以疏导而融摄之。此亦疏通中西文化之命脉而期有一大融摄中之一例也。”通过一定的转化，中国文化可以彰显出智。牟宗三认为，只要使中国文化生命“活转”，由动态的成德之理性，转为静态的观解理性，就可以使理性之运用转变为理性之架构的表现，由内圣之学开出科学民主的新外王。“中国文化生命民族生命的正当出路是在活转‘生命的学问’以趋近代化的国家之建立。中国第一次面对西方，是在南北朝隋唐时代，面对的是印度的佛教文化。而现在第二次面对的是西方的科学、民主与基督教文化。科学与民主、尤其是民主，是近代化的国家之所以为近代化者。我们须本着理性、自由、人格尊严的文化生命来实现它。”
正是为了解决这个转化，牟宗三提出通过“理性的自我坎陷”，即让理性的运用表现否定自身，逆转为自己的对立面，变成理性之架构表现，追求科学与民主。如果德性只停在作用表现中，则只有主观的实现或绝对的实现。如要达成客观的实现，则必须在此曲通形态下完成。在他看来，“道统”是中华民族文化和儒家伦理的传统，是比科学知识“更高一层，更具有纲维性、笼罩性的圣贤学问”。但是从内圣、道德理性的运用表现中，不能直接推出民主与科学来，道德理性只有通过自我坎陷、自我否定才能成为理论理性，从而才能成就民主与科学。
牟宗三深为中国文化传统的丢失而感到悲凉，认为这是我们的“自败”。他说：“我们试看由西方的武力先把满清政府打败，继把我们的民族打败，最后把我们的文化打败。其实西洋人并未打败我们的文化，当然无所谓败不败。文化是自己努力的事，是有弹性的，是随时滋长壮大或转型的。西洋人并不敢说打败我们的文化。外人所能打的只是外在的有形的东西，一定形态的物质力量。两种物质力量相交绥，冲突便是打，谁强谁打败谁。把你的一定形态的物质力量打倒就算完，此外他管不着。所以打败我们的文化是我们自己代人行事，起来自己否定的。这就叫做自失信心，自丧灵魂，此之谓‘自败’。这种败才算是一败涂地。”
为了挽救中国文化，牟宗三开出民主、科学提出良知坎陷说，试图为科学知识建立一个哲学的基础。他以“良知自我坎陷”说打通两层存有论，从而开出认知主体，实现民主政治与科学知识，成就出其理想中的新外王构想。由内而外的开显过程，即是“自我坎陷”的过程。他认为，现象界的存有论就是对现象作形上学的思考、说明。如果无执的存有论是德性之知的话，那么执的存有论则是闻见之知。经验之知从知性始，经想象下趋至感性而后止。反过来，“认识心的活动从感性起，步步向后跃起，跃至知性而后止”，执的存有论与无执的存有论能够互相转化。他说：“识心之执和科学知识是知体明觉之所自觉的要求者。依此义而说‘无而能有’，即它们本是无的但依知觉明觉之自觉地要求而有，它们便有。……它们既是权用，则仍可把它们化而归于知觉明觉之感应而不失知觉圣德之本义。即依此义而说‘有而能无’，即它们亦可经由自觉的撤销而归于无。进一步若以明觉而通之，则虽有不为碍，亦不必撤销，此亦是有而能无。无而能有，有而能无，由于是这样地进退自如，故此两者是一个轮子在知觉明觉这个‘天均’上圆融无碍的转的。”由此他进而提出“三统说”，希望通过建立三统，能够帮助解决中国文化的问题，并为新时代提供一个新的方向。他对三统说有如下的描述：
（１）道统之肯定，此即肯定道德宗教之价值，护住孔孟所开辟之人生宇宙之本源。（２）学统之开出，此即转出“知性主体”以容纳希腊传统，开出学术之独立性。（３）政统之继续，此即由认识政体之发展而肯定民主政治为必然。
牟宗三的良知坎陷说自提出以来，即受到学术界不断的批评，如包遵信（《批判与启蒙》）、傅伟勋（《佛学、西学与当代新儒家———宏观的哲学考察》）都有对他的批评，但大多数学者都能够给予同情的理解，如吴文璋就是代表。他说：“我认为‘良知坎陷说’，只要在良知自我坎陷，转出认知主体之后，用好奇心来补足其动力因；肯定认知主体和科学知识的价值以巩固目的因，就可自动自发开创科学的新世界，在成就科学世界之后，又可返回良知的主体，对科学作考察与修正，避免科学对人类产生祸害，那‘良知坎陷说’就相当圆满了。中体可以西用，西体也可以中用，中西互为主体性，交相为用，而归本于德性主体，牟先生的‘天均’论和‘良知坎陷说’，亦可做如是解。”
三、才性与佛性
牟宗三在《中国哲学十九讲———中国哲学之简述及其所涵蕴之问题》的《序》中说“予既写《才性与玄理》、《佛性与般若》、《心体与性体》……”可见除了心体与性体，他也很重视才性与佛性。牟宗三说：“生命虽可欣赏，亦可忧虑。若对此不能正视，则无由理解佛教之‘无明’，耶教之‘原罪’，乃至宋儒之‘气质之性’，而对于‘理性’、‘神性’，以及‘佛性’之义蕴亦不能深切著明也。”
《才性与玄理》是主要探讨魏晋玄学的。牟宗三认为，魏晋玄理是彻底的玄学。其前一阶段论“才性”，顺才性之品鉴可以开出人格上的“美学原理”与“艺术境界”，亦可开出“心智领域”与“智悟之境界”，但却开不出“德性领域”与“道德宗教上的境界”。中国之道统在儒家，科学之统在羲和之官，而哲学之统则当上溯名家、道家，而继之以魏晋之名理。魏晋之名理可分为“才性名理”与“玄学名理”。才性名理系的人，大体比较实际、校练，不似后来之虚浮，亦不称为名士；而玄学名理系的人，则称为名士。
名士所谈者，以《易》与《老》、《庄》为主，其言谈为清谈，其智思为玄智玄思，故其理为玄理，其学为玄学。这一系的人物，比较玄远而有高致。此期玄学的主要内容，如王弼玄理之易学、王弼之老学、向秀郭象之注《庄》、阮籍之庄学与乐论、嵇康之名理、裴之崇有论，以及自然与名教之冲突等，书中皆有专章之论述。魏晋人有才性之美，而牟先生此书所显发的文字之美，亦足赏心悦目。他系统探讨了才性系统、有无本末体用之辨、言意之辨、自然与名教关系，以及圣人有情论、声无哀乐论、养生论等等哲学问题。
魏晋的才性名理以刘劭为最显著。刘劭的《人物志》，辩论人才，理致深奥，士人慕之。与刘劭同时者，如傅嘏、钟会，也论才性同异，皆精于品评人物。晋人所崇慕的正始之风，其领袖人物为何晏、王弼，他们祖述老庄以立论，一时学者宗之。竹林七贤继而倡之，遂开晋人清谈之风。由是《老子》、《庄子》、《周易》“三玄”中的注释和哲理便为经常性的谈资了。
清谈之内容重视名理的，也谈老庄思想，但以形名为主，谈论内容切近实际，有法家精神，但也不反对儒家。这派学者认为人若有“才性”便有能力的学说，故主张“才德兼备”的思想。然而，何晏、嵇康、夏侯玄等人则主张用人不必问其德，而只用其才，过于突出才性。
清谈之内容重视名理和玄理，突出道家思想，谈论内容是玄妙的问题，如“无为”、“养生”、“梦”、“情无哀乐”等等。这派势力很大，俨然是魏晋清谈的正统。后人言清谈，都是以玄理派为代表的，如何晏、王弼、建安七子、向秀、郭象等人。
牟宗三认为，才性名理发展了魏晋品鉴的人学，而顺易学象数系统的阐释，则剔出“术数之知”的形态。术数之知的本质为“如实知”，可以广泛有效而具客观妥实性，而且自始即有一“引归德行”的价值观念。术数之知与科学之知的差别是，前者以象征的直感为媒介，是“以质还质”，是知识之精的形态。后者凭借抽象而追求简单，是“以量控质”，是知识之粗的形态。以此他整理与规划出知识形态之四层级：常识的闻见形态、科学的抽象形态、术数的具体形态、道心的境界形态。
《佛性与般若》是以中国哲学史之立场，疏导佛教传入中国以后之发展，并从义理上审识比对，认为天台圆教可以代表最后之消化。
依天台之判教而回看诸经论，乃确然见出其中实有不同的分际与关节。顺其判释的眉目，而了解传入中国以后的义理发展，将其中既不相同而又互相关联的关节展示出来，是即此书之旨趣所在。“般若”与“佛性”二观念是全书的纲领。般若是共法，行于一切大小乘。所谓“荡相遣执”，只是一“融通淘汰”的精神。般若能使一切法皆归实相，但事实上却无有积极之建立，所以没有系统相。系统之不同，系于佛性与悲愿。中国吸收佛教是从般若学开始，另外一面是唯识学。依传入中土之序，地论师与摄论师可统名曰前期唯识学；后来玄奘重译《摄大乘论》，力复原来之旧，是即一般所称之唯识宗，可名曰后期唯识学。后期唯识学是阿赖耶系统，前期唯识学则为如来藏系统。华严宗是承广义的唯识学中之真常心系，而建立的“性起”系统。性起之性，指“如来藏自性清净心”而说。天台宗是承般若实相学而更进一步，通过“如来藏恒沙佛法佛性”一观念，依据法华开权显实而建立的“性具”系统。性具之性，是就“一念无明法性心”而说。另外还有禅宗的“性生”系统。生，是含具义、成就义，生万法即是含具万法。故性起、性具、性生，皆不得说为“本体论的生起论”。
牟宗三认为中国文化系统是仁智合一的系统，而仁的一面特别彰显并将智的一面笼罩着，以致智的一面不能独立地显现出来，没有像西方一样开出逻辑、数学、科学等自成科系的学统。“仁智合一”的文化体系是“仁智合一的观念形态，而以仁为笼罩者”。对这种“仁智合一”，牟宗三说：仁以感通为性，以润物为用。智以觉照为性，以及物为用。仁是本，寡头的智则是道家的智。有此本，则智不干不冷，不虚幻，不游离。随仁之感通而贴体落实，此即不虚幻，不游离，故不成“光景”。（光景，宋明儒者雅言之。拆穿光景是圣贤功夫中一大关节。）随仁之润泽而无微不至，无幽不明；智之所至，即仁之所润，故不干不冷。贴体落实，故不穿凿。不干不冷，故不为贼。故摄智归仁，仁以养智。仁为本，故“仁者安仁”。智为用，故“智者利仁”。孔子又言“智及仁守”。此虽自功夫或自有仁有智的人而言之，亦通于仁智之本性也。
有的学者指出，中国早期文化不乏逻辑思维（如名家和后期墨家）、数学概念（如天文历法的推算）、科学发明（如印刷、火药等），证明中国人的智力不弱。既然中国传统文化中早有逻辑、数学、科学等知性的因子，理应可以从传统文化的资源中开出中国学术的学统，何以竟未有学理系统的发展？由孔子开创的儒学是仁智合一的德智圆融的学术，称为仁学，随着以后的社会发展，人自身独立的个性在社会群体中逐渐消失，自主能力减弱，感通活动、思维活动与仁、智之间渐出现错误的配置，限制了智的思维细胞的发育。孔孟仁德之学——— “己欲立而立人，己欲达而达人”（《论语·雍也》）、“亲亲而仁民，仁民而爱物”（《孟子·尽心上》）———是感于心而能修己安人的内圣外王之学。到了宋明时期，着重心性理论与修养功夫的探讨，儒学重点落在修己的内圣一面；外王从孔子“修己以敬”、“修己以安人”（《论语·宪问》）的原意发展为进入仕途，在政治上起作用，管治百姓使之安于生活。孔子时“汝安则为之” （《论语·阳货》）的导引自觉的教化方式，渐变为要求别人学习自己的修养模式，内圣外王之学变为道德管教之学与样板学习之学。中国文化是仁智合一的文化，是以仁统智的文化。道德理性的自我坎陷就是使仁让开一步，使智在仁智合一的文化模型中暂时冷静下来，暂时脱离仁，成为“纯粹的知性”，开出智之独立系统。中国文化要发展，必须才性与佛性相结合，形成仁智合一的形态，才能够永远立于不败之地。
从这一层面温习一下牟宗三下面这段话是非常重要的：
假若你知道观物变之几势，其意义与层次是系属于“智的直觉主体”一层，则你当该郑重认识此“主体”之意义，并反省其如何由“知性层”（思想主体）超拔而来。你若能郑重认识此主体之意义，你也必能郑重认识“思想主体”一层之意义与成就。如是你层层转进，而知“智的直觉层”如何不是最后的，必再向“道德的实践的主体”（仁智合一之心）转进。这是从主体方面说。至于从客体方面，你必须知道观物变之几势只是一层一面之理境，决不能只认此义而排斥其他。如是，自然逼着你必承认体性学所见的“不变者”以为经纬。这是上段之所讲。
我如此开辟疏导，为的希望洞开你们的心胸，正视中外学术之大宗，以向广大之理境悟入。客观方面的“理”与主观方面的“主体之心”都为你们敞开着。陆象山云：“宇宙不曾限隔人，人自限隔了宇宙。”如今苍生已苦矣，劫难已深矣。到处有啼痕，家家有冤气，毒雾迷天，是谁造成？中夜思之，能不恻然。
你在这里，把你们的教义从头反省一下，能免于“生心害政”之罪戾乎？在真理面前，无畏无怖，勇于改过，是谓大善。四、圆教与圆善牟宗三非常看重宗教教化的作用，专门写了《作为宗教的儒教》一节，尤其认为儒学有内在超越性，是道德宗教。他发挥佛教天台宗判教而显之圆教观来会通康德的圆善论，重释中国儒释道的精神方向。他说：“就义理之发展说，天台之判教实比较如理如实，精熟而通透。华严之判教以及其所说之圆教，是超越分解思路下的判教与圆教，天台之判教以及其所说之圆教，是辩证圆融思路下的判教与圆教，是通过那些分解而辩证诡谲地、作用地、遮诠地消融之之圆教。”只有天台宗达到了“存有论的圆”，是真正的圆教。此圆教最接近于空宗，但又不同于空宗的无系统相，超越了般若之“妙用的圆”，而形成一系统。“唯此系统又不是分解地建立，故既与讲阿赖耶缘起者不同，亦与讲如来藏缘起者不同”，故为综和的圆成。
天台圆教的模式有五点：“（１）于一切染法不离不断，于一切净法不取不着。（２）法性无住，无明无住。（３）性具三千，一念三千，法门不改，即空假中。（４）性德善，性德恶，法门不改，佛不断九。
（５）性德三因佛性遍一切处，智如不二，色心不二，因果不二，乃至种种不二。”
景海峰指出：早在《历史哲学》一书中，牟宗三即以“圆教”与“圆境”概念来范定和阐明孟子的道德精神主体，谓“夫圣人，人伦之至，圆教固其宗极。而迷离惝恍，悟此圆境，本非难事。圆境既悟，说空说有，说有说无，亦为极易之联想”。整部《心体与性体》可以说都是在讲儒家的圆教，《圆善论》更是将儒家之圆教推至宗极：“圆教种种说，尼父得其实。”只不过儒家之圆教入手与佛、道不同，也不是天台宗那种“诡谲的圆融”之方式。它是由道德意识入手，道德意识即是一“自由无限心”，亦即“智的直觉”。牟宗三把儒家的这种方式称为“道德创造之纵贯纵讲”，即“圆境必须通过仁体之遍润性与创生性而建立”。儒家之称圆教，亦因其道德实践“能启发人之理性，使人依照理性之所命而行动以达至最高理想之境”，故为教。同样，道家“亦有圆教之理境”，也是一圆教系统。
圆教的关键是“智的直觉”，因为“无论儒释或道，似乎都已肯定了吾人可有智的直觉，否则成圣成佛，乃至成真人，俱不可能。……如若真的人类不能有智的直觉，则全部中国哲学必完全倒塌，以往几千年的心血必完全白费，只是妄想”。因此圆善问题的唯一入手处就是“智的直觉”，也就是本心（自由无限心或无限智心）。“依此，撇开那对于超越理念之个体化（真实化、对象化），实体化，人格化之途径，归而只就无限智心以说明圆善可能之根据，这将是所剩下的唯一必然的途径。这途径即是圆教之途径。此只就实践理性而言即可。”既然圆善是道德本心的极成，那么有道德本心，就必有圆善的出现。所以在道德主体确立之后，圆善问题也就迎刃而解了。牟宗三说：
如果道德不是一个空观念，而是一真实的呈现，是实有其事，则必须肯认一个能发布定然命令的道德本心。这道德本心底肯认不只是一设准的肯认，而且其本身就是一种呈现，而且在人类处真能呈现这本心。本心呈现，智的直觉即出现，因而道德的形上学亦可能。
最高善和圆教是相应的。你若要郑重地正视并讨论“圆善”这个概念，进而把这个问题具体地呈现出来，使之有意义，那么只有通过圆教的概念，才能使它豁然开朗。假如你真正明白了“圆教”的概念，“圆善”的概念自然会豁然呈现在你眼前。
牟宗三还提出一个“遍润性”概念，他解释说：“依此无限智心之润泽一切，调适一切，通过道德的实践而体现之，这体现之之极必是以天地万物为一体，为一体即是无一物能外此无限智心之润泽。
以天地万物为一体之生命，即是神圣之生命，此在儒家，名曰圣人或大人或仁者。仁者之以天地万物为一体非私意之臆想造作其是如此，乃是其心之仁（其无限智心之感通润物之用）本若是其与天地万物为一体也。此即是说，其无限智心本有此存有论的遍润性。此遍润性之所以为存有论的乃因此无限智心是‘乾坤万有之基’之故也。”无限智心是《圆善论》中使用的词汇，其义是说，有一种心，其本身不是识心而是智心，不是有限的而是无限的，所以叫无限智心。无限智心的重要特点是润泽一切，调适一切，从而达到与天地万物为一体的境界。这种无限智心在儒家就叫作圣人、大人、仁者。
这种圣人、大人、仁者均有存有论的遍润性，可以达到与天地万物为一体的境界。为了突出这种无限智心，这种神圣生命，按照儒家的传统，便以圣人为其代表。
牟宗三坦承自己的“遍润性”思想来自于王阳明，“此遍润性之所以为存有论的，乃因此无限智心是乾坤万有之基之故也。王阳明即依此义而说‘有心俱是实，无心俱是幻’。意即一有此无限的智心之润泽，则一切俱是真实的；若无此心之润泽，则一切俱是虚幻的”。
牟宗三也明确说他是“以无限智心代上帝”，只不过本心不像上帝是对象化、人格化的，而是体现于人自身。他说：无限智心能落实而为人所体现，体现之至于圆极，则为圆圣。在圆圣理境中，其实义完全得见：既可依其自律而定吾人之天理，又可依其创生遍润之作用而使万物（自然）有存在。因而德福一致之实义亦可得见：
圆圣依无限智心之自律，天理而行即是德，无限智心于神感神应中润物、生物，使物之存在随心转，此即是福。两者“同体相即”，即为圆善。
牟宗三指出，基督教认为人有限而不能无限，上帝无限而不能有限，人神之间暌隔不通，因此可称之为“离教”（隔离之教）。
佛家的“般若智心”，道家的“道心”，儒家的道德意义的“知体明觉”，都是“无限心”。儒释道三教都承认人虽有限而可无限，都把握了“慎独” （在佛家是“修止观”，在道家是“致虚守静”）这一枢纽，都认为人可通过自己的实践朗现无限心，故称之为“盈教”（圆盈之教）。就儒释道三教的圆教与圆善来说，佛家的圆教是由“解心无染”入，道家的圆教是由“无为无执”入，而儒家则直接从道德意识入。儒家的圆教自孔子践仁知天始，经孟子、《中庸》、《易传》直至宋明儒，得到大的发展。相比较而言，佛、道两家缺乏创生义，不能直贯于万物。儒家“预设一道德性的无限智心，此无限智心通过其创造性的意志之作用或通过其感通遍润性的仁之作用，而能肇始一切物而使之有存在者也”。他认为，儒教具有道德创造的意义，纵贯于存在界，十字打开，是“大中至正”的圆教。道德主体使圆教成为可能，只有在此圆教中，德福一致的圆善才真正可能。在康德那里，德福一致的实现需要上帝作保证；在儒教这里，则是以自由无限心（道德主体）取代了康德的上帝。自由无限心本身就是德福一致之机。上帝对象化为人格神，成为情识所崇拜祈祷的对象。然而，儒教的道德主体（无限智心、自由无限心）却能落实而为人所体现，在道德实践中达到圆圣理境。
牟宗三说：
圆圣依无限智心之自律天理而行即是德，此为目的王国；无限智心于神感神应中润物、生物，使物之存在随心转，此即是福，此为自然王国（此自然是物自身层之自然，非现象层之自然……）。两王国“同体相即”即为圆善。圆教使圆善为可能；圆圣体现之使圆善为真实的可能。因此，依儒圣智慧之方向，儒家判教是始乎为士，终乎圣神……由士而贤，由贤而圣，由圣而神，士贤圣神一体而转。人之实践之造诣，随根器之不同以及种种特殊境况之限制，而有各种等级之差别，然而圣贤立教则成始而成终矣。至圣神位，则圆教成。圆教成则圆善明。
圆圣者，体现圆善于天下者也。此为人极之极则矣。
圣贤立教具体表现为“可欲之谓善（此可欲指理义言）……充实之谓美，充实而有光辉之谓大”；“大而化之（大无大相）之谓圣”
（《孟子·尽心下》）；“与天地合其德，与日月合其明”（《易传·乾卦·文言》）；“以天地万物为一体”（《二程遗书》卷二）；“圣而不可知之之谓神”（《孟子·尽心下》）；“君子所过者化，所存者神，上下与天地同流”（《孟子·尽心上》）。
他对儒、佛、基督教三教作了比较，认为儒家的悲悯，相当于佛教的大悲心和基督教的爱，三者同为一种宇宙的悲情。基督教的恐怖意识，佛教的苦业意识，从人生负面的罪与苦进入；儒家的忧患意识，则从人生正面进入。儒家凸显的是主体性与道德性。“在耶教，恐怖的深渊是原罪，深渊之超拔是救赎，超拔后的皈依为进天堂，靠近上帝。天堂是耶教之罪恶意识所引发的最后归宿。在佛教……由无常而起的痛苦（苦），由爱欲而生的烦恼（业），构成一个痛苦的深渊，它的超拔就是苦恼的解脱，即是苦恼灭尽无余之义的灭谛，而超拔苦恼深渊后的皈依就是达到涅槃寂静的境界。”这个主体不是生物学或心理学上的所谓主体，而是形而上的、体现价值的、真实无妄的主体。孔子的“仁”，孟子的“性善”都由此真实主体而导出。
牟宗三还论述了儒学超越而内在的特色。在他看来，天道一方面高高在上，有超越的意义；另一方面又贯注于人身，内在于人而为人之性，因而又是内在的。天道兼具宗教与道德的意味。天命、天道正是“创造性本身”。“成圣”是从应然而非实然的层面讲的，是要人正视自己的精神生命，保持生命不“物化”，以与宇宙生命相融合，相契接。仁是精神生命的感通、润泽，层层扩大，以与宇宙万物为一体为终极。仁代表了真实的生命，是真实的本体，又是真正的主体。孔子的“下学而上达” （《论语·宪问》），强调人只需努力践仁，便可遥契天道。孔子的天保持着超越性，为人所敬畏。因此，孔子对天的超越遥契，有严肃、混沌、神圣的宗教意味。而且，《中庸》、《易传》和《孟子》，都讲内在的遥契，有亲切、明朗的哲学意味。内在的遥契，是要人不再要求向上攀援天道，而是把天道拉下来，收进自己内心，使天道内在化为自己的德性，把人的地位通过参天地而为三的过程，与天地并列而为三位一体。天命、天道观念发展的归属，是主体意义的“诚”、“仁”观念的同一化，同样凸显了“创造性本身”的创造原理、生化原理。
牟宗三认为，儒教作为宗教表现在三方面：（１）儒教既是“圣人立教”，又是“化民成俗”。伦常有道德价值，有天理为根据，不仅仅是社会学、生物学的概念，而是天理合当如此的。（２）儒教之所以为教，为民众开辟了“精神生活的途径”。它指导人生，成就人格，调节个人内心世界，又在客观层面担负着创造历史文化的责任，与一切宗教无异。（３）儒教的重心与中心落在“人‘如何’体现天道”上，道德实践是中心，视人生为成德过程，终极目的在成圣成贤。儒学有高度的宗教性，有极圆成的宗教精神。一般人说基督教以神为本，儒家以人为本。其实儒家并不以现实有限的人为本，而隔绝了天。人通过觉悟和成德过程扩充本性，体现天道，成就人文价值世界。儒家并不是盲目乐观，它不把人的能力看得太高，不认为人能把握天道的全幅意义、无限神秘，也不肯定人能克服全部罪恶；相反，儒家重视修养功夫，在无穷的成德过程中，一步步克服罪恶，趋向超越的天道。儒教表现为“道德的宗教”，牟宗三直接把儒教界定为道德教、成德教、人文教。他认为，道家的宗教是玄理；佛家的宗教是空理；儒家的宗教是性理，“当属于道德宗教者。
宋明儒所讲者即‘性理之学’也。此亦道德亦宗教，即道德即宗教，道德宗教通而一之者也”。“内圣之学”其实就是“成德之教”。“‘成德’之最高目标是圣、是仁者、是大人，而其真实意义则在于个人有限之生命中取得一无限而圆满之意义。此则即道德即宗教，而为人类建立一‘道德的宗教’也。”
牟宗三指出，空理的佛教以舍离为中心，是灭度宗教，而基督教是以神为中心的救赎宗教。儒家的道德不是停留在有限的范围内，不是以道德与宗教为对立的，他认为“道德即通无限”。
他说：
人而随时随处体现此实体以成其道德行为之“纯亦不已”，则其个人生命虽有限，其道德行为亦有限，然而有限即无限，此即其宗教境界。体现实体以成德（所谓尽心或尽性），此成德之过程是无穷无尽的。要说不圆满，永远不圆满，无人敢以圣自居。然而要说圆满，则当体即圆满，圣亦随时可至。要说解脱，此即是解脱；要说得救，此即是得救。要说信仰，此即是信仰，此是内信内仰，而非外信外仰以假祈祷以赖救恩者也。
圣不圣且无所谓，要者是在自觉地作道德实践，本其本心性体以彻底清澈其生命。此将是一无穷无尽之工作。一切道德宗教性之奥义尽在其中，一切关于内圣之学之义理尽由此展开。总之，牟宗三分析了各种圆教与圆善学说，指出真正的圆教在儒家。
他的儒学即“道德宗教”的反思，打通了性与天道、道德与宗教、超越与内在、圆教与圆善，明确提出了儒学即是宗教的看法，奠定了理论基础，是迄今为止当代新儒家关于此一问题尚未逾越的里程碑。