以上所据《大学古本旁释》出版于１５１８年，反映了该年以前阳明的思想，大约１０年后，即阳明逝世前一年，他还在强调这一观点，讲得更为明确，他说：
意与良知当分别明白。凡应物起念处，皆谓之意。意则有是有非，能知得意之是与非者，则谓之良知。依得良知，即无有不是矣。现在我们再回来看一庵的解释：
旧谓“意者心之所发”，教人审几于念动之初。窃疑念既动矣，诚之奚及？“旧谓”，系指朱子、阳明对“意”的训解。按一庵的理解，这一解释包含着一层重要意思：“教人审几于念动之初。”意谓教人在意念发动之际去做审查、检点。于是，一庵表示了自己的疑问：既然意念已经开始活动，那么“诚”的工夫如何能把捉住这个“意”呢？
在这个疑问的背后，隐藏着他的一个观点，就是他认为在念头发动处，是不可能做“诚意”工夫的。其实这个观点是非常重要的，是他在“意”的问题上想要推翻前人、有所突破的一个关节点。根据他的这个观点来推论，那么结论之一就是，意应当是“寂然不动”的，相反，心则是无时不动的。所以紧接着上面这句话，一庵点明了自己的观点立场：
盖自身之主宰而言，谓之心；自心之主宰而言，谓之意。
心则灵虚而善应，意有定向而中涵，非谓心无主宰，赖意主之。
自心灵虚之中，确然有主者，而名之曰意耳。大抵心之精神，无时不动，故其生机不息，妙应无方，然必有所以主宰乎其中，而寂然不动者，所谓意也。犹俗言“主意”之意。盖意字从心从立，中间象形太极圈中一点，以主宰乎其间。不著四边，不赖依靠。人心所以能应万变而不失者，只缘立得这主宰于心上，自能不虑而知。不然，孰主张是？ 孰纲维是？ 圣狂之所以分，只争这主宰诚不诚耳。这段文字是一庵的新诚意哲学的纲领，值得细细领会。他首先亮出了他自己的鲜明立场：“意为心之主宰。”接着来分别解释他所理解的“心”和“意”。他认为心是虚灵善变、无时不动的，意则是确有定向、寂然不动的。那么什么叫做“定向”呢？他打了一个比方，犹如俗言“主意”的“意”，还用了一个拆字法，说是“意字从心从立”，中间的“日”字则好比是太极圈中的那一点。这里面有牵强附会之处，可以不论，其中重要的是“主意”一词。
一庵的想法有几层意思：其一，作为“中涵” （心中涵有）之“定向”便是“主意”；其二，心不能自身主宰自身，必须“赖意主之”，这是说唯有心中之“意”才能成为心之主宰；其三，大抵说来，心是动的，意是静的，故心能善应万变、妙应无方，而意则是“不著四边，不赖倚靠”，独立自在、寂然不动的；其四，心所以能应万变，原因在于有“意”主宰于“心上”；其五，在这个意义上，可以说“意”是“自能不虑而知”；其六，结论是，能“主张是”、能“纲维是”的主体便是那个“不虑而知”的“意”，更无可能是其他任何东西。
对于理学或心学的理论稍微有所了解者来说，一庵上述的一大套说法，仿佛在自说自话，听起来头头是道，但总觉得哪里不对。
一言以蔽之，我们最终还是不知道一庵所说的“意”到底是什么。
整个说法中，只有一句比喻，形容得最为恰当——— “犹如俗言‘主意’之‘意’”，这是说，“意”就好比是我们日常生活中人人都会说的“我心中已打定了‘主意’”的那个“意”。那么问题是，这样一个“意”，它有什么内容或本质呢？它又根据什么来保证它的“主宰”是正确的呢？它能保证自己所主宰的心不走失方向吗？ 所谓“确然有主”、“寂然不动”、“太极圈中一点”等等措词用语都不能解答这个问题。当朱子说“意者心之所发”，当阳明说“意则有善有恶”，这个“意”是一个中性词，其本身并无价值和意义，也正由此，它不能成为心的主宰，而只能成为“诚”的对象，并须由“知”来引导。反之，如果说“意”是心之主宰，那么这个“意”就不能是没有价值意义的中性词，而应当是善的意志或至善本体。一庵没有用“善”来界定“意”，但他曾说：“意近乎志”、“志、意原不相远”，承认“意”与“志”是十分相近的，只是他始终拒绝“意即是志”的定义性说法，他认为毕竟“意略在前，主意立而后志趋定矣”。总之，到目前为止，我们不能确切地了解一庵说的“意”是否是具有“好善恶恶”这一良知判断能力的善的意志，抑或是纯善之本体。顺便说一句，同样主张意为心之主的刘蕺山则明快地指出，意是有善而无恶的纯善之体，具有好善恶恶的意志力量，所以意能够成为心的“定盘针”，为心指定趋善避恶的明确方向。
三 独即意之别名
不过，正如以上对一庵之言“意”的几层涵义所作的分析那样，一庵提出了“不虑而知”这个概念，以此作为“意”能“主宰于心上”的根据。依照阳明的良知学说，这个概念应当就是指“良知”，是从孟子的“不学而能”、“不虑而知”的良知概念而来。如果一庵明确地宣称他在这里所说的“不虑而知”就是良知的话，那么，我们在上面所作的层层追问，自然可以得到一个令人满意的回答，问题就变得非常简单。但是如果说“意”就是“不虑而知”的良知，那么“意为心之主”，就变成了“知是心之主”，表述方式虽不够严谨，但还是可以为阳明学所认可，因为“知是心之本体”，这是阳明良知学的一个基本命题，只是在阳明那里，良知与心体是同质同层之概念，两者之间不存在谁“主张”谁的问题，因此“知是心之主”的“主”字若是“主宰”义而非“本体”义，则对阳明来说，也还是大有问题的。尽管如此，一庵还是提供了一个解释的方向。虽然在他的阐释过程中，“意”的确切涵义、内容规定并不明朗，但是有一点却是可以确认的，“意”绝非就是“良知”，与此同时，“意”又确是一个“不虑而知之灵体”，一庵名之曰“独”。他这样说道：
诚意工夫在慎独，独即意之别名。慎则诚之用力者耳。意是心之主宰，以其寂然不动之处，单单有个不虑而知之灵体，自作主张，自裁生化，故举而名之曰独。少间扰以见闻才识之能，情感利害之便，则是有所商量倚靠，不得谓之独矣。世云独知，此中固是离知不得，然谓此个独知处，自然有知则可，谓独我自知，而人不及知，则独字虚而知字实，恐非圣贤立言之精意也。知诚意之为慎独，则知用力于动念之后者，奚无及矣。故独在《中庸》谓之不睹不闻，慎在《中庸》谓之戒慎恐惧。故慎本严敬而不懈怠之谓，非察私而防欲者也。这段话对于我们了解一庵的诚意哲学将有决定性的意义。从“独即意之别名”到“故举而名之曰独”的一段表述尤为关键。
整段叙述的一个核心思想是诚意与慎独的融合贯通。这一思想颇有点类似于刘蕺山的慎独诚意学说，尤其是蕺山到了晚年，他也力图将其中年发明的慎独说与其晚年主张的诚意说合而归一，此不赘述。按照“独即意之别名”的说法，那么也就意味着“意即独”。
那么，何谓“独”？一庵解释道：“以其寂然不动之处，单单有个不虑而知之灵体”。这里出现了三个关键词：“寂然不动”、“不虑而知”、“灵体”。其中， “以其”两字，是承上文“意是心之主宰”而来，因此，代名词“其”当是指“意”。按其脉络，以下的解释便是针对“意”而来。接着又说：“自作主张，自裁生化，故举而名之曰独。”则是要表明“意即独”的理由。值得注意的是，这里的“意”—“灵体”—“独”的三元素构成了一个整体结构。作为这一结构的特质及其功能，则可表述为“寂然不动”、“不虑而知”、“自作主张”、“自裁生化”。
那么，一庵所谓的“灵体”，又究为何指呢？我们通过回忆，就会有一个大发现，在上面“反对‘以知是知非为良知’”一小节中，我们看过一庵有一个鲜明的观点：“良知自是人心寂然不动、不虑而知之灵体。”若以此为准，则上述一庵的种种曲折的表述，不如直接点明“独即良知”或“灵体即良知”。但他始终只是含糊地使用“不虑而知之灵体”的说法，而不愿直接以“良知”来规定“独”或“意”。或许这是由于一庵的思想有早期和晚期的变化过程，只是现有资料无法明确这一点。然而隆庆二年（１５６８）发表的《一庵语录》
所含有的诚意说当是其晚年的成熟思想，则无可怀疑。在其有关“意”的问题的阐述中，良知显然已退居次要地位。尽管“不虑而知之灵体”含有良知的意味，但在上述的脉络中，这个“灵体”则依然主要是指“独”。
为什么一庵要回避将“独”字指认为“良知”？其因之一在于一庵认为，“独”与“独知”应作严格分别。我们回头来看上面引文中“世云独知”以下一段文字，即可明了。其中针对朱子《中庸章句》中的“人所不知而己所独知”的这一经典解释，一庵提出了严肃的批评。理由是“独”中自然有知，但没有人我彼此之分，在层次上，“独”字实而“知”字虚，如果正像朱子所说的那样，结果反而成了“独”字虚而“知”字实。一庵认为，这种观点与儒家圣学不合。从中可以读取的一点信息是，在一庵的观念中，“独知”概念亦应当重新解释，两个字中显然“独”字应为首出之概念， “知”字则轻而虚，是“独处”的一个属性，属于“自然有知”的性质。一庵的这个观念与其认“独”为“意”的思路是一致的，换言之，他所不能认同的是认“知”为“意”。也正由此，独与知在概念名义上有虚实轻重之别，不可混淆。一庵所认定的这样一种性格独特的“独”，已非常接近于蕺山的“独体”概念，只是一庵并没有明确点出。但有一点一庵与蕺山却非常相近，他们的哲学工作有一个毕生的愿望：
将慎独与诚意融会贯通。
既然讲到“慎独”，一庵还将面临一个问题，就是应当如何具体地来理解慎独工夫？他首先明确指出慎独不是说“用力于动念之后者”，并引用了《中庸》本文中的说法——— “不睹不闻”、“戒慎恐惧”，将前者解释成“独”，将后者解释成“慎”，这一思路很接近于心学以来的一个传统说法：“不睹不闻是说本体”、“戒慎恐惧是说工夫”。应当说，一庵在这里的解释只是部分地解决了何谓慎独的问题，但丝毫没有解决如何慎独的问题。上面引文中的最后一句“故慎本严敬而不懈怠之谓，非察私而防欲者也”，则是指明“慎”字之义在于“严敬而不懈怠”，这明显有取自于程朱理学的“居敬”说，然其内涵所指却有不同，关于这一点，下面将会谈到。后面一句“非察私而防欲者”，则是一庵的全新见解，正与他的慎独非“用力于动念之后者”的思路完全一致。因为，如果说慎独便是“察私防欲”，也就意味着慎独工夫必在“动念之后”才能下手，然而按一庵的思路，此正是“旧说”或“世云”的一种传统见解，而绝不是他所说的诚意慎独之教的本义。他甚至断言：“察私防欲，圣门从来无此教法。”这一宣言与其反对慎独工夫“用力于动念之后”的观念有着非常密切的关联。但是说到最后，我们依然要追问：如何慎独？
这一问题又在何种思路的引导之下，与一庵反对动念之后“察私防欲”的思想立场关联起来？以下所引的几段资料，我们将要看到一庵对“慎独”与“研几”之关系等问题的讨论，其中他将回答如何慎独的问题。他这样说道：
慎独注云：“谨之于此以审其几。”后儒因欲审察心中几动，辨其善恶而克遏之，如此用功，真难凑泊。《易大传》曰：
“君子上交不谄，下交不渎，其知几乎。”“几者，动之微，吉之先见者也。”则几字是在交际事几上见，非心体上有几动也。心体上有几动，则是动于念。杨慈湖所以谓之“起念”即非《大学》《中庸》所谓独也。《大传》又曰：“夫易，圣人所以极深而研几者也。”朱子解云：“所以极深者，至精也。所以研几者，至变也。”以变释几，非事几乎？ 后儒因又谓：“于心几动处，省察而精察之。”以是为研，谬亦甚矣。
在这里，一庵对朱子的两个解释（一则释“慎独”，一则释“研几”）进行了批评，并在此基础上，亮出了自己的观点。其中主要强调了两层意思：慎独不是指“审察心中几动”； “几”字非指“心体上有几动”，而是指“交际事几上见”。其主旨则在于强调慎独绝非是于“心几动处”，待其善恶萌发，然后再去加以“克遏”，若此则已落了后手，永远“凑泊”不上，所以，慎独工夫应当是在动念之前而非已发以后。他又指出：