1926年，方玉遭圣钦法师驱逐，昌圆法师来大慈寺主持八个月寺务。
1927年，宗理复任大慈寺方丈。
1932年，川军师长马德斋部占领大慈寺，甚至侵占大慈寺在和尚街的寺产，对大慈寺有不少破坏。宝光寺无穷和尚代理大慈寺主持，并任四川省佛教会整理大慈寺委员会主任委员。
1933年，鉴于大慈寺被马部占领的危情，大家公推圣钦继无穷和尚于腊月初八（1933年1月3日）升任大慈寺方丈，妥善地解决了与马部的纠纷，至1944年十年间重修大慈寺诸多寺观。
1936年，果澈法师任大慈寺方丈。
1939年，常恩法师任大慈寺方丈。
1942年，冬，日军在南京出土玄奘法师顶骨。
1943年，2月，日军将玄奘顶骨归还中国，五台山寿治法师和四川人白隆平居士到从北平到南京分得三份。
1944年，5月，遍能法师于大慈寺为周涛所绘《玄奘法师像》题款书赞。
1946年，普彬法师继任方丈。
1949年，3月，四川西充人白隆平居士撰《唐三藏法师玄奘灵骨隐显转移之迹》。12月初，白隆平将玄奘顶骨一份及《唐三藏法师玄奘灵骨隐显转移之迹》手稿交给著名学者、四川大学教授蒙文通。
1950年，圣钦法师复任大慈寺方丈。
1951年，是年秋天，藏匿于近慈寺的玄奘顶骨被当做浮财没收。后经学者蒙文通告知川西文教厅厅长张秀熟，才将玄奘顶骨藏于川西博物馆。
1953年，圣钦法师受聘任四川省文史馆馆员、担任成都市佛教协会学习委员会副主任。
1957年，8月3至8月26日，成都市佛协学习24天，其中佛协右派分子张净侯、牛次封两名。12月16日至1958年2月10日，文殊院41人（本庙37人，成都市佛协会长1人，工作人员3人）学习55天，大字报数目353张，意见数目730件，其中有该寺右派分子宏奎、圆照、澄济、解空四人。
是年于大慈寺成立四川省佛教协会筹备处，圣钦法师任筹委会主任。
1958年，8月31日，成都市佛教协会第一次理事会第四次扩大会议召开，参加者除宗教事务处的王处长外，有广隆、广荣、能真、福田、德厚、济正、觉度（以上昭觉寺）；真悟、永建、宏畅、隆全、寂鑫（以上大慈寺）；光性、永观、学理、万智、宗镜、定超、圣谛、隆泽、能潜、能静、永净、仁勋、陈述尧、熊子宁（以上文殊院、爱道堂、佛协及其他诸寺）。会长慈青、秘书长宽霖。此次理事扩大会议的内容是响应政府号召全民办厂。
本年度参加社会主义教育学习名单如下：文殊院5人（僧4人、居士1人）：学理、本静、宏悟、圣凡、熊子宁；大慈寺4人：永建、真观、隆福、演如。开辟东风路，大慈寺后殿被占而毁，唐物接引佛不知所终。
1959年，10月2日，各寺和尚名单及岁数调查，大慈寺一共23人，住寺者14人，在厂者9人；文殊院一共34人，住寺者25人，在厂者9人。
1960年，2月16日下午，市佛协办公室召开建设“文慈石灰厂”的会议，参加者有宽霖、永建、李震宇、熊子宁。会议内容：矿石问题、钢材问题、车子问题、经济问题（由大慈寺拨款1000元、文殊院出2000元，总共3000元作为启动资金），石灰厂地点定在文殊院。人事方面：文殊院参加者有宽霖（负责外勤）、德明（负责外勤）、本静、道正、常林、寂元、常品（负责技术）、慈惠。大慈寺有永建（负责业务）、真观（学技术）、宏清、通知。准备2月18日开工，一星期投入生产。2月29日午后2至6点，由市宗教局王处长在市佛协召开会议，参加者：能静、纯宝、德厚、真观、隆诠、元清、定超、能真、宽霖、熊子宁。主要内容为反对以化水为名，借佛敛财，反对乱收皈依弟子等。5月6日，大慈寺召开赴京汉洛阳三门峡等地参观的传达报告。发言者有真观、宏畅、维钧、清修、寂心等发言。内容为赞扬大跃进等新中国十年的成就。同日，“四川省宗教界参观团在北京武汉河南等地参观情况的传达报告”，由大慈寺永建传达，爱道堂潜能、文殊院学理补充、“王处长亲临还作了指示”。5月7日，一养场收条：“收到大慈寺肥猪2头，重331斤，掉换一养场架猪2头，重131斤，差重200斤，每斤0.4465元，共合币捌拾玖元叁角正。”大慈寺经手人释真观、一养场经手人张世远。
1961年，3月6日大慈寺住持永建同僧众制订《大慈寺生产计划》一份。“我们要在1961年秉丞（承）党的措施，全党全民大办农业，大办粮食，坚决响应中共四川省委的号召，种早玉米、红苕、南瓜等早熟作物。在这三天已挖了四十余个南瓜窝子，准备挖八十个窝子，每个窝内种四根南瓜秧。今日以（已）良苗南瓜仔（籽）五至七百粒，育苗下种红苕二百斤，点早玉米二至五分地。”“准备在苗稼出土后，尽量见缝插针的办法，有空即填，多栽多种多收，既利于自给与饲养，又可以支援市场。”1961年上半年现存寺庙27个：古佛寺（部分出租）、静修庵、净明佛学社（部分出租）、积福庵、法云庵、清修祠、潮音寺、大南海、东南岳庙（出租）、临江寺、西莲寺（出租）、北门火神庙、觉林寺（出租）、报恩寺、喇嘛寺（部分出租）、铁祥寺、城隍庙（北门，部分出租）、爱道堂、东岳庙（北门红石柱，出租）、文殊院、三圣庵（出租）、昭觉寺、白衣庵、近慈寺、金沙庵、大慈寺、观音阁。
1962年，2月17日，大慈寺存款（账号200879）截至2月17日止，除代扣所得税外，止计利息2332.73元。9月，四川省佛教协会成立，圣钦和尚被推为名誉会长。10月22日至31日召开成都市佛教协会第二届代表大会。选举了成都市佛协第二届理事会和会长、副会长、秘书长、副秘书长、领导机构负责人。其选出理事23名，即永光、宽霖、永建、能潜、能静、心全、述超、法喜、光性、定超、仁勋、能真、福田、德厚、汶澄、宏畅、觉华、隆性、隆泽、熊字宁、卢云表、王旭东、伍心言。理事会选出常务理事九名，即永光、宽霖、永建、能潜、光性、心全、福田、仁勋、能真。与会代表一致礼请慈青和尚为名誉会长，选举永光和尚为会长、宽霖和尚为副会长、福田为秘书长、心全为副秘书长。
本年度，玄奘顶骨被迎回大慈寺供奉。海灯法师一整年于此习拳练武。
1963年，3月1日，《大慈寺自养猪只月报表》有：窝头、头数、存活、自养、代养、已配、已怀、母猪、成年、仔猪、病猪、50至100斤四个等级、饲料储存诸栏目。表中显示大慈寺自养猪只2头、一头50斤以下，一头100斤以上，其中的母猪已配、已怀，猪饲料，包括青、干、精各两百斤。5月31日，所列栏目与今年3月1日同。仔猪2头（50斤以下）、成年2头（一头在50斤至100之间，一头在100斤之上）。青、干、精饲料分别为200斤、100斤、100斤。
1964年，1月30日，圣钦和尚圆寂。世寿95岁，腊戒79年。遗体荼毗后，葬于峨眉山接引殿前坡下，立碑为记。5月21日，自来水公司来检修大慈寺光华牌水表。8月22日，成都市东城区红星街建筑修缮队做《大慈寺铜神像迁移耗工概算》，工程地点，省佛协迁至后殿。工程项目分14项：拆除神盒（龛）、吊装运起铜像、拆除花纹神座、运输铜神像、修复花纹莲台、神像后续刷白、吊装铜神像、机械设备、拆除隔坪、修复隔坪、拆除修复板门、竹编拆修、改修神盒（龛）、前后绕拆机械架，共计花费459.36元。
1965年，1月21日上午11点，讨论“我们怎样过革命化的春节”，参加者有能潜、永建、宽霖、能静、定超、永光等。永建发言内容摘录：“我们也应该把陈规破出（除），真观、大朗要点香蜡，每年春节要用20几元。还有他们倒来催供佛的灯油，我说我们应当干干净净过革命化的春节，礼佛自己拜。”3月3日，大慈寺植棉小组给文殊院《挑战书》，定下亩产皮棉150至180斤的产量，“今以此指标，仅向你组作出友谊的挑战，请允诺为荷”。稍后文殊院植棉小组有回应，“做到在去年亩产原有的基础上，再逼近达到政府指标的最高标准，仅此作友谊的应战，并希互相促进争取丰收。”年底，大慈寺生产组长真观、大慈寺负责人永建同作《大慈寺种棉经验总结》，分析了1965年种棉花不如1964年成绩、减少37%的原因，如育苗时遭三次失败、秋天雨水过多致棉桃沤坏等。是年玄奘顶骨移往文殊院供奉。
1966年，3月20日，成都市杜甫草堂管理处致大慈寺主持永建函：“大慈寺永建师：市文化局在你处存放的石碑，已指示交给我处作文物保护用，特介绍钟大全同志前来启运，希接洽为荷。”4月15日，《大慈寺1965年清洁卫生情况汇报》。4月30日，成都市宗教界缝纫组（由成都基督教三自爱国运动委员会盖章）借条：“兹借到大慈寺竹椅子二十把，木茶桌子四张，铜茶壶一把。为宗教界劳动生产方面需用。”
同年，寺庙由成都红卫兵成都部队野鸭子战斗队进驻。后军队亦进驻。
1967年，大慈寺成为成都警备司令部驻地。
1981年，大慈寺成为成都市文物保护单位，军队亦于次年全部撤出。
1982年，大慈寺成为成都市博物馆办公地。
2002年，成都市博物馆从大慈寺撤离。
2004年，4月8日，大慈寺重新开放。
2005年，6月25日，大恩法师成为大慈寺重光后的第一任方丈。
2007年，4月创办《大慈》杂志，大恩法师任主编，向世山、冯修齐任副主编。
2008年，随宋代道隆禅师东渡日本的行者西川人能云之后西川弘及其女儿、女婿，于2008年四川大地震前于大慈寺访祖寻根。5月12日，四川发生大地震，大慈寺成为市区避震民众的暂住地，大慈寺僧众随即多方参与救灾。