事关数十万旗民的生计，朱昌祚遂将圈地中所存在的问题一一列举，上奏朝廷：“镶黄、正白两旗拨换地土一事，奉差大学士管户部尚书苏纳海、侍郎雷虎，会同臣与巡抚登联等履亩圈丈，将及一月，而两旗官丁较量肥瘠，相持不决。且旧拨房地，垂二十年，今换给新地未必尽胜于旧，口虽不言，实不无安土重迁之意。至被圈夹空民地，百姓环诉失业，尤有不忍见闻者。若果出自庙谟，臣何敢越职陈奏，但目睹旗民交困之状，不敢不据实上闻，仰祈断自宸衷，即谕停止。”朱昌祚的疏奏言简意赅，明确提出“仰祈断自宸衷，即谕停止”，请求康熙皇席制止辅政大臣所造成的这场灾难。巡抚王登联亦上疏极言：“臣同部臣东往丰润、滦州诸处，荒凉极目。民地之待圈者，寸壤未耕，旗地之待圈者，半犁未下，恐明岁青黄不接，无从得食此旗人与百姓并困之情形也……百姓情形更有难于见闻者，自圈地之令一传，知旧业难守，有米粮者已粜卖矣，无积蓄者将轻徙矣，妇子老幼环泣于前……目前霜雪载途，惧填沟壑，将往奔他境，而逃人令严，谁容栖止？仍僦集本土，而人稠地窄，难以赁居，又有谓丁地相依，地去而丁不除，赋免而徭尚在，糊口无资，必亏课额”，“旗民皆不愿换圈”，“亟请停止”。
鳌拜已经习惯一呼百应，独断专行，一览朱昌祚、王登联之疏便火冒三丈，随即降旨，令吏、兵二部对“越行干预、纷更具奏”的直隶三省总督、保定巡抚“会同议处”。鳌拜惟恐吏、兵二部拘于律例，不能对朱昌祚、王登联以及从一开始酝酿圈地就从中作梗的苏纳海从重、从严议处，遂又于当天再度降旨，令吏、兵二部把“尚书苏纳海拿来禁守，总督朱昌祚、巡抚王登联拿来”。逮系三大臣的命令便于十一月二十日从北京发出。
康熙五年（1666）十二月十四日，苏纳海，朱昌祚、王登联被逮入京，均被革职，交刑部议处。刑部“查律无正条”，遂对“拨地迟误”的苏纳海，“纷更妄奏”的朱昌祚、王登联作出各鞭一百，“不准折赎”、“籍没家产”的拟处。
然而鳌拜对于刑部法外施刑的议处仍不满意，早在苏纳海把八旗都统呈请更换土地的行文驳回后，他就已动了杀机。
康熙五年（1666）十二月廿日，对苏纳海、朱昌祚、王登联判处死刑的议处送抵御前。康熙深知鳌拜对苏纳海“不阿其意”深恶痛绝，对朱昌祚、王登联吁请停止圈地，“阻挠其意，必欲置之于死地”。为了避免一起新的冤案，康熙帝“特召辅臣等赐坐询问”。但令康熙帝感到震惊的是，不单鳌拜，就连索尼、遏必隆也都坚请把三大臣“置重典”，只有苏克萨哈一语不发，以沉默表示反对。
尽管康熙受到三位辅臣的轮番陈请却毫不为之所动，“终未允所奏”。权倾内外的鳌拜在御前召见后，竟然假传圣旨将“苏纳海、朱昌祚、王登联俱著即处绞”。苏纳海的罪名是“既奉差拨地，种种奸巧，不愿迁移，迟延藐旨”。朱昌祚、王登联的罪名则是“拨地事，不照所委料理，妄行具奏；又将奏疏与苏纳海看，且疏内不止言民间困苦，将旗下不愿迁移之处一并具题，情罪俱属重大”。三大臣之冤死，不仅使得殃及数十万旗民的灾难继续下去（圈占民地三十一万垧），也遏制住了愈演愈烈的吁请皇帝亲政的舆论。在擅权的道路上，鳌拜又迈出了一大步。
野心勃勃的鳌拜并未就此罢休，仍变本加厉大肆揽权。康熙六年二月，晋封他的孙女婿贝勒兰布（敬谨亲王尼堪之子）为郡王，旋即任命他的心腹辅国公领侍卫内大臣班布尔善（努尔哈赤之孙，塔拜第四子）为内秘书院大学士。紧接着又利用三月份的大计京察，任命亲信噶褚哈为兵部尚书，马迩赛为工部尚书，泰壁图为吏部右侍郎，迈音达为兵部右侍郎。此刻就连索尼也对鳌拜的结党营私感到震惊，遂联合苏克萨哈、遏必隆迫使鳌拜联名疏请皇帝亲政，然而这一疏请却被“留中”。在苏克萨哈看来，皇帝亲政是解决问题的惟一办法，因而在四辅臣吁请归政的疏奏被留中后，苏克萨哈仍一再“自行启奏”，请求皇帝亲政，并多次向太皇太后表示：“夕归政于皇上，朝即具疏恳往陵寝居住。”（为顺治守陵）以示绝无揽权恋栈之意。
康熙六年（1667）六月二十三日索尼病故，鳌拜便公然以首席辅政大臣自居，气焰更加嚣张。七月初三日，康熙将索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜联名请皇帝亲政的疏奏批示如下，经“太皇太后谕允，择吉亲政”，辅政大臣“仍行佐理”。七月初七日康熙帝行亲政大典，此后皇帝便亲自处理政务。令苏克萨哈感到不解的是，以果断著称的太皇太后，何以在处理归政问题时如此瞻前顾后，一再以“帝尚幼冲，如尔等俱谢政，天下事何能独理，缓斗二年再奏”为词，莫非这位太皇太后果真衰老到体力不支、精神欠佳的地步？更令苏克萨哈不解的是，鳌拜对归政本来就没有诚意，而辅政大臣“仍行佐理”的懿旨，则为其继续独揽大权提供了方便。
康熙皇帝亲政以后的情况，的确像苏克萨哈所料，但鳌拜在“仍行佐理”的旗号下，日与兄弟子侄心腹党羽穆里玛（弟）、纳穆福（子）、塞木特、纳莫、玛迩赛（侄）以及班布尔善、阿思哈、噶褚哈、泰必图、济世、吴格塞等“党比营私，凡事即家定议，然后施行”。苏纳海死后，户部满尚书缺员，康熙己任命玛希纳出任，但鳌拜“欲以命玛迩赛”，竟在玛希纳已经任职的情况下，援引顺治年间户部曾置满尚书二人的旧例，强行增设一个满尚书。这种目无君父目无朝廷的行径，使得苏克萨哈别无他择，只有激流勇退，实践为先帝守陵的诺言。
七月十三日，苏克萨哈疏言：“臣才庸识浅，蒙先皇帝眷遇，拔授内大臣，夙夜悚惧，恐负大恩。值先皇帝上宾之时，惟愿身殉以尽愚悃，不意恭奉遗诏，臣名列于辅臣之中，臣分不获死，以蒙昧余生，勉竭心力，冀图报称。不幸一二年来身婴重疾，不能始终效力于皇上之前，此臣不可逭之罪也。兹遇皇上恭亲大政，伏祈睿鉴，令臣往守先皇帝陵寝，如线余生，得以生全，则臣仰报皇上豢育之微忱，亦可以稍尽矣。”
鳌拜一览此疏，即假传圣旨，斥责苏克萨哈“奏请守陵，如线余生”之说，“不识有何逼迫之处，在此何以不得生，守陵何以得生”，“著议政王大臣会议具奏”。
鳌拜对于异己，从来都是必置于死地而后快。半年前当鳌拜假传圣旨杀害苏纳海、朱昌祚，王登联时，就已经把苏克萨哈作为下一个陷害的目标。在鳌拜看来，苏纳海、朱昌祚、王登联之所以敢阻挠换圈，就是因为得到苏克萨哈的支持。反对换圈的罪魁祸首，不是别人，正是苏克萨哈。更令鳌拜不能容忍的是，苏克萨哈竟然“自行启奏”疏请皇帝亲政。当鳌拜得知苏克萨哈以“夕归政于皇上，朝即具疏恳往陵寝居住”讨好太皇太后时，便恶狠狠地说道：“今日归政于皇上，明日即将苏克萨哈灭族！”
两天后（七月十五日），在鳌拜的策划下，苏克萨哈及其满门均被逮捕入狱。大学士班布尔善仰承鳌拜鼻息，竭尽造谣诬陷之能事，拼凑所谓二十四大罪证，交议政王大臣会议议处。在鳌拜的把持下，议政王大臣于七月十七日会议，并作出如下议处：苏克萨哈“系辅政大臣，有负世祖章皇帝眷育厚恩，不仰体遗诏，以尽忠诚，怀抱奸诈，存蓄异心，欺藐主上，种种任意诡饰之罪甚大，本朝并无犯此等之例，应将苏克萨哈官职俱行革去，即凌迟处死。苏克萨哈之子内大臣查克旦不行劝阻，革职即凌迟处死。一等侍卫穗黑、塞黑里，郎中那塞、候补塞克精额、苏克萨哈之侄图尔泰俱革职，苏克萨哈之子达器、德器，孙侉克札，苏克萨哈亲弟苏哈喇之子海兰等，无论已到岁数未到岁数皆斩立决，伊等家产籍没，妻孥一并交内务府。苏克萨哈如有侄孙并家产一并籍没为奴。白尔黑图系前锋统领，自别旗寻归，认为兄弟，知苏克萨哈匪为，不行劝阻，反附其恶，串为心腹，据此白尔黑图、额迩德、乌尔巴俱革职，皆斩立决。二等侍卫占布柱等三十七人俱革职为兵丁，王府长史尼龛因殴打郎中代度曾经处分革职，苏克萨哈系伊一姓，复行起用，据此尼龛亦革职为兵丁”。有谁能相信，仅仅由于苏克萨哈奏请守陵，议政王大臣会议竟能作出两人凌迟处死，十三人斩立决，三十八人革职的议处。鳌拜的淫威，可略见一斑。
对苏克萨哈凌迟处死的议处送抵御前后，康熙帝“知鳌拜等怨苏克萨哈数与争是非，积以成仇，与其同党班布尔善等构成罪款，必欲置之极刑，坚持不允所请。”鳌拜因皇帝不允所请，竟捋袖攘臂，高声质问，咆哮御前，毫无人臣之礼。君臣各不相让，争辩持续了整整一天。对于鳌拜专横跋扈、挟制君父、目无朝廷的种种不轨，满朝文武竟无一人敢出面纠劾。这种唯唯诺诺的气氛，使康熙感受到“指鹿为马”的危险正一步步逼临。
鳌拜在七年的辅政过程中，已经网罗了一个庞大的集团，如今正凭藉着这一个集团对抗君主之权。为了“进”，康熙帝决定先退，为了“夺”，康熙帝决定先“予”。于是，还不满十五岁的皇帝在经历一场激烈的舌战之后，便偃旗息鼓了。这场争论的惟一结果，就是将苏克萨哈本人由凌迟处死改为绞。鳌拜终于将他的连襟苏克萨哈灭族，时为康熙六年七月十九日。
鳌拜既阴险又狡诈，他在朝廷内广树党羽，结党营私，先后纠集大学士班布尔善，尚书阿里哈、噶褚哈、济世，侍郎泰必图等人，结成死党，把持朝政，独断专行。在他们眼中，根本就没有这位年轻的康熙皇帝。
据康熙讲：鳌拜在朕面前办事，不拘小节，不求事理，稍有不如意的地方，即将办事官员痛斥一番。又如在接见时，鳌拜在朕前理应态度温良恭顺，但相反却大施淫威，在众官员面前表现自己，高声喝问。又说，凡是用人行政，鳌拜欺朕专权，恣意妄为。
不仅如此，康熙八年（1669）初夏的一天，鳌拜还曾托病不朝，拨弄是非，要玄烨亲自去问疾。而当康熙登门拜访，进入内室时，御前侍卫官和托看见鳌拜惊慌失措，便一个箭步走到床前，揭开床席见刀露了出来。但年轻的皇帝见到如此情景，却态度从容，若无其事地笑了笑说，刀不离身，是我们满族人的老习惯，不足为怪呀！于是，鳌拜紧张的面孔才稍有缓和。由此可见，巧计捉鳌拜，为国除大害，已势在必行，宜早不宜迟。
为此，康熙把自己扮演成一个天真浪漫，不问政事而又贪于玩耍的孩童。他每天和一群同自己年龄相近的顽皮子弟，其中包括身强力壮的卫士们，在一起摔跤打拳，久而成习，使鳌拜失去了戒意。而实际上这是康熙在暗中训练有素的捕捉鳌拜的卫队营，即善扑营。
一天，康熙以下棋为名召见近臣索额图进宫，商量如何擒拿鳌拜之事。索额图是已故首席辅政大臣索尼的次子，康熙的叔丈人，威望很高。他原任一等侍卫，康熙七年六月，改任吏部右侍郎，后复为一等侍卫身份重新回到皇帝身边，这意味着剪除鳌拜的时机已经到来。
行动之前，康熙首先分散其力，将鳌拜的党羽以各种名义先后派出，使其孤立无援。如他的胞弟内大臣巴哈、亲侄侍卫苏尔马、死党理藩院左侍郎绰克托、工部尚书都统济世等人，分别被差往察哈尔、科尔沁、苏尼特、福建等地处理公务。待一切安排就绪后，康熙八年五月十六日，康熙帝亲自向善扑营做动员，部署具体方案。他面问众人说：你们都是朕的左右老臣，然而你们害怕皇上，还是畏惧鳌拜？众人齐声回答说：我们当然畏敬皇上！于是康熙当众宣布鳌拜罪过，随后召鳌拜进宫。这时，四壁早已埋伏好的武士、摔打能手一拥而上，鳌拜徒有招架之功，无还手之力，只好束手被擒。