工业革命之前，由于生产力水平低下，人类不断扩大耕地、毁坏森林和草原来满足自己的需求。这种破坏对于生物多样性虽有影响，影响程度不是很严重。进入工业革命之后，人类自以为已摆脱自然的束缚，成为自然的主宰，尤其是人口的迅速增长，人类为了满足自己的欲望，忽视了客观规律，破坏了生物多样性。过多的人口使得人类活动的足迹踏遍世界各地，挤占了原先生物群落赖以生存与发展的区域和外围环境，干扰了生物正常的繁衍生息，致使生物多样性受到前所未有的严重威胁。
面临着巨大的人口压力，人类让生物群体及整个生态系统超负荷地运转。生物多样性得不到维持，将来会是一个生命种类极度贫乏的世界，最终将危害到人类自身。因此，生物多样性的保护应当解决人口过度增长所带来的问题。
(四)资源的不当利用
人类对生物资源的过分掠夺和对非生物资源的过度开发给生物多样性带来了史无前例的灾难。人类滥杀、滥捕动物使很多物种濒临灭绝甚至已经灭绝，严重威胁着生物多样性的存在。人类为了满足自己的私欲而猎杀无度；野生物种的国际贸易也正在成为许多物种灭绝的元凶。人类无限制的索取使生物多样性遭受严重破坏。人类对植物的摧毁损坏了生态环境，也使许多物种的生存受到威胁。100多年来，人类疯狂地砍伐森林、破坏草原植被，不仅使许多植物品种灭绝或濒临灭绝，而且还使全球荒漠化加剧、水土流失严重、全球气候变暖，将导致更多生物的灭绝。
对于非生物资源的过度开发利用，严重危害着生物多样性。第一，人们疯狂地利用土地，把更多的土地改造为耕地，种植粮食，在这个过程中，只知一味地利用土地上的养分而不知还原，一旦土地贫瘠就开发更多的土地资源，从而在根本上影响了水土保持，造成土地荒漠化；人们还因为对土地的不科学的使用而造成土地盐碱化，这些都严重破坏了生物多样性存在所依赖的环境，使当地物种数量和种类锐减。第二，人类过分地采挖矿藏，改变了所采挖地区的地质结构，从而造成地质塌陷等严重后果，改变了当地的生态环境，从而使物种的生存环境遭到破坏，严重影响了生物多样性的存在。第三，人类对水资源的无限制利用和不当使用很可能造成水位的断带和破坏，不仅直接影响了水生动物，而且也会影响到陆生动物对水的需求，从而造成生物多样性的毁损。
(五)环境污染
人类对环境的破坏也是造成生物多样性丧失的重要原因。一方面，环境污染直接使一些物种受到污染的侵害，造成中毒，导致物种灭绝；另一方面，环境污染破坏了生物赖以生存与发展的环境，使原先适宜生物生存的地域变得不再适合生物繁殖与发展。
环境污染主要是大气污染、水体污染、固体废弃物污染和噪声污染。大气污染主要来源于化工厂烟尘及有毒气体的排放、汽车燃油尾气等。这些有毒的气体进入空气后不能得到有效的治理，就会越积越多，形成规模，并向周围扩展，一旦进入生物群体的主要生存环境，就会毒害树木致其枯竭、毒死动物，从而使生物多样性锐减；严重时，这些气体中的酸性气体还会与空气中的水蒸气发生化学反应，形成酸雨，进入土壤之中，形成过于酸性化的土壤，使植物分布格局发生不正常变化，从而影响了更多物种的生存。
水体污染主要来自于工业废水、生活污水、农药残留、原油泄漏等。这些水体一旦被排入河中或被雨水冲刷到更多的地方，会造成水域生态系统的极端不稳定，存在于水体中的污染物还会影响岸上动植物的生存，导致这些动植物的死亡与基因突变，严重影响生物多样性的存在。
固体废弃物主要是指人类的生活垃圾。人类过多地向大自然排放的废弃物超出了自然本身所具有的净化能力，带来了破坏生态的效应，而这些不可以被自然所吸收的残留物，影响损害了动植物向积极方面进行遗传变化的能力和生活的能力。而噪声污染则主要体现为影响动物的个体发育。虽然植物可以吸收噪音而不受其污染，但动物却受其影响，过于巨大的声响和杂乱的音律使动物原先的生活受到干扰，原先的生活习惯被不正常地加以改变，这些都在很大程度上影响了动物，使其繁衍生息受到严重的干扰。
因此，在人类对环境进行污染的情况下，生境虽然没有被破坏，但由于受到巨大的干扰而在逐步退化，污染正在使生物多样性遭到直接和间接的破坏。
三、生物多样性面临的挑战
2006年，联合国《生物多样性公约》执行秘书长艾哈迈德·朱格拉夫(Ahmed Djoghlaf)就曾发出警告：“人类正处在自恐龙灭绝后的第六次物种大灭绝的危急关头，地球从未出现像目前这样的生物多样性流失速度，而导演这一悲剧的正是人类自身。”有科学家预测，如果按现在每小时3个物种灭绝的速度，40年后的2050年，地球上1/4到一半的物种将会灭绝或濒临灭绝。根据计算机模拟，这一速度比生物自然灭绝的速度快1000倍，比物种形成的速度快100万倍。人类不可能在地球上独自存在，物种的大规模减少，直接削弱了人类的生存基础，而且还会通过食物链引发其他物种的灭绝。导致这种状况发生的原因很多，其中气候变暖、森林退化、野生动物的非法贸易等问题不容忽视。因此，保护生物多样性的工作迫在眉睫。
(一)气候变暖
全球气候变暖，对生物多样性来说是一场空前的灾难，而人类自身也在劫难逃。科学数据已经证明，地球正以前所未有的速度变暖，速度越来越快，而且是不可逆转的。全球变暖是由于人类自身活动造成的。人类对森林和植被的过度砍伐和焚毁，大量地使用石油和天然气，向大气中排放了过多的温室气体，最终导致气候变暖，而且愈演愈烈。
气候变暖之后，海水对二氧化碳的容纳能力降低。随着气温升高，大量的二氧化碳释放到大气中。另外，大量的甲烷原本储存在永久的冻土层、沼泽和海底，由于海水温度上升，甲烷会释放到大气之中，甲烷对气候变暖的影响远远超过二氧化碳。接下来的问题就是，冰川的断裂和融化，导致海平面的上升，导致沿海地带被淹没、低地农田盐碱化、自然灾害增多、疾病蔓延。
气候变暖对生物多样性产生了严重的影响，一些野生物种面临着灭绝，其他物种不得不改变自身来适应气候的变化。
(二)原始森林严重退化
地球上原始森林极为丰富，几乎遍布地球的各个角落。地球上这些尚未遭受人类侵扰的森林中汇集了世界上2/3的陆生物种，而且生活在原始森林的大多数物种，离开了它们的生存环境就无法生存。在广袤的原始森林中，生活着非洲丛林象、天堂鸟、西伯利亚虎这些大家耳熟能详的珍贵野生动物，它们的存在，使宁静的原始森林充满了生机。然而，这些珍贵野生生物的家园正在面临着巨大的威胁。
如今的原始森林所剩无几，地球上接近50％的原始森林已经被砍伐，另外30％也接近枯竭，残存的部分大多也处在工业发展的威胁和蚕食之中。世界上仅剩20％的原始森林未遭采伐而保持原状。世界自然保护联盟的首席科学家Jeffery McNeely在2001年曾指出：如果按照20世纪90年代森林的砍伐速度计算，现在的森林资源到21世纪中叶就会基本耗尽。
原始森林的快速消亡，给生物多样性带来了巨大的生存威胁，当前物种仍以前所未有的速度加速灭绝。一些科学家推算，当前这一轮物种灭绝的速度是历史上最快的一次，是没有人类影响下物种灭绝速度的1000倍。2009年11月3日，国际自然保护联盟(IUCN)发布的《受威胁物种红色名录》显示，在47677个被评估物种中，17291个物种受到灭绝威胁，比例高达36.3％。根据这份《受威胁物种红色名录》，在至今所有已评估的物种中，有22％的哺乳动物、30％的两栖动物、12％的鸟类、28％的爬行动物、37％的淡水鱼、70％的植物、35％的无脊椎动物受到生存威胁。
造成原始森林退化和消失的原因很多，主要包括农业生产、采矿、工业人工林、基础设施建设和森林火灾等。
(三)野生动物非法贸易
2008年2月，广东省汕头市海关缉私局在码头发现一艘渔船，缴获了圆鼻巨蜥5776只，马来西亚闭壳龟260只，眼镜蛇1170条以及亚洲巨龟370只。2008年12月，越南广宁省海关查获4400公斤冷冻穿山甲和900公斤穿山甲鳞片，这些货物准备运往印度尼西亚，然后再转道到中国。正是这些商业化的非法贸易将已经家园破碎、岌岌可危的野生动物推向灭绝之路。2009年4月在泰国主办的打击野生动物非法贸易高级研讨会上，世界银行行长罗伯特·佐利克呼吁：生物多样性是可持续生态系统的血液，对于人类生存至关重要。
由于人类的贪婪和自私而驱动的野生动物的非法贸易，正在严重地威胁着生物多样性。科学家将物种灭绝的原因归为四类：栖息地的破坏、过度开发利用、外来物种入侵和传播的疾病，其中后三种都与野生动物的非法贸易有关。
野生动物的非法贸易是刺激过度开发利用的根源。世界上24％的哺乳类动物和12％鸟类处于灭绝的威胁中，其中34％的哺乳动物和37％的鸟类面临的主要威胁是过度的猎捕。例如东南亚地区对龟类的大量消费是对亚洲龟类的巨大威胁，亚洲有90种龟类，但其中有67种已被列入世界自然保护联盟红色濒危等级。
野生动物是植物花粉和种子的重要传播者，由于过度猎捕，看似完好的森林中野生动物的数量却极为稀少，科学家称这样的森林患“空林综合征”。失去了野生动物，生态系统的多样性和健康也会崩溃。
野生动物的非法贸易所带来的物种入侵问题也不容忽视。外来物种入侵是仅次于栖息地破坏的第二大导致生物多样性丧失的因素。野生动物的非法贸易商业化和全球化导致生物地理隔离的瓦解。许多外来物种不仅在新的栖息地生存和繁殖，并且逐渐变得具有侵略性，对整个生态系统和生物多样性造成了极其严重的负面影响。
野生动物非法贸易已经威胁着人类健康。野生动物的生活范围与人类完全不同，二者处于相对隔离的状态，人类体内往往缺乏野生动物所携带病菌的抗体。食用野生动物或者把野生动物当宠物来养，或者在非法运输的途中的接触都可能被感染。例如，猴痘是通过加纳到美国的宠物贸易，由非洲野生啮齿类动物感染当地的啮齿动物，最终感染人类。很多学者也推测SARS病毒来自野生动物，而且与食用野生动物有关。