琼州有一座岛屿，那儿的居民在岛的四周造了茅屋，以捕鱼谋生。家门前是活水，通着大海。岛上有一户居民，姓鱼，名某，在福建某大帅属下当差。他妻子水氏，容貌美丽，而且很有风度，可以主动向丈夫献媚。他儿子叫作比目儿，也很聪明，能接受父亲的教诲。他们这一家在岛上已经住了好多年了。
水氏因为丈夫远离家乡，家中又穷，所以一切家务事都只能自己做。一次，她到门前溪水中淘米，准备烧晚饭，忽然见到一条鳄鱼在水边游来游去，不肯离开。水氏非常惊慌，害怕它咬人，想丢下米篮逃走。看那鳄鱼的眼睛转来转去望着自己，嘴巴一张一张的，好像很有情的样子。水氏也就含情脉脉地看着鳄鱼。这天晚上水氏睡下后，梦见一个生得很俊俏、身材高大的男子来和她欢好，并且说：“我的好人，你别害怕，我就是你在白天见到的那条鳄鱼。从前韩愈在潮州写了篇《祭鳄鱼文》，我随即就奉命迁居。到宋代，我的儿孙辈又猖狂起来，被陈尧佐杀败。我率领众鳄鱼向东游去，上帝嘉奖我，准许我变成人身，能够享一次夫妇间的乐事，命中注定你要成为我的对象，你应该要保守秘密，别因为我不是人类而感到羞愧。”妇人说：“这事只可以有一次而不可有两次。我丈夫非常凶悍，持剑能斩蛟，拿绳索能捉鳖，别以为海岛上的人不会降龙伏虎。”那男子说：“好，好，请你多保重，我这就走了。”说完就披衣下床离开。妇人醒来，只看到残灯还亮着，窗外月色洁白。过了不久，妇人觉得腹中震动，肚子渐渐大了起来，医生诊断是怀孕了。邻居们暗地里嘲笑说：“世上难道还有没丈夫而怀孕的吗？否则就是鬼胎了。”但又看到她平时一向很贞静，从不轻易和男子交谈，所以都非常疑惑不解。
怀孕怀了十五个月，才临盆产下一只怪物。邻居一些老太过来一看，只见那怪物龙身虎爪，蟹的眼睛龟的甲壳，尾巴像钩子似的，牙齿像锯子似的，仔细辨看，竟然是一条鳄鱼，都非常吃惊地说：“这是祸种，留下它恐怕要害人，为什么不杀了它？”水氏很不忍心下手，看到它在盆中泼剌剌跳动，好像求救的样子，就用大瓮盛满水把它养起来，叫它儿子，取名忽雷，字骨雷。鳄鱼听到妇人叫它名字就点点头，好像听懂了的样子。过了好些日子，鳄鱼渐渐长大，肚子鼓鼓的像头猪。瓮太小了，已经无法装下鳄鱼，妇人就把它抱出去，放进门前的溪水中，并祝告说：“你虽然是妖孽，但并不是无父之子，沟渠流水，大海河汊，全都是四通八达，你为什么不去四方游动去寻你的父亲呢？”锷鱼听了，在水中上下沉浮，苦苦地依恋着妇人，不肯离去。妇人又祝告说：“你真不肯离去的话，就在此附近江河中游动，隐身潜形，当心别去捕食邻居家的牛羊牲畜和池塘中的鹅鸭家禽，让我为你操心，每天不得安宁。”祝告后，鳄鱼又点了两次头，好像表示懂了的样子，保证不残害生灵。妇人每天用剩粥剩饭及豆麦之类的东西喂养它，只要一听到妇人呼叫，它就摇头摆尾跃动着来吃食。邻居们看到它性格温顺，而且能懂人说话，也就没有生出再杀害它的心思。而且他们也知道鳄鱼名义上的父亲大小是个官，亲生父亲奇诡不测，所以两处都讨好，叫它鳄公子。只是鳄公子的肚子越发大了，一顿要吃好几人的食量，妇人因为这个感到十分苦恼为难。
有一天晚上，妇人快要入睡的时候，听见门外有敲门的声音，开门一看，见鳄鱼愣头愣脑地爬过来，忽然又匆忙地走了，而门边堆着许多海鱼。当时正值腊月寒天，市面上鱼的价格非常高，妇人就命令大儿子挑了去卖，赚了好多钱。从此以后鳄鱼每夜总要把海鱼或虾蟹蛤蚌之类的海鲜堆放在家门口，妇人一家靠它吃上了好菜，各种生活必需品也都渐渐充足了。水氏的丈夫本来是个卑微的人，在军队中当差所赚得的一点钱，仅仅只够他喝酒赌钱用，实在无力赡养妻儿。到这时她才逐渐有些积蓄留给大儿子去学习经商。大儿子十七岁时，妇人哭着对他说：“你没有兄弟，虽然有个鳄公子，其实是异姓之子，不能一直依赖他。你已经成年了，到了娶妻的年龄，如果像现在这样守在家中，无法施展身手，也不是长久之计，为什么不到各地去奔走经营，赚些钱来呢？”大儿子拜别了母亲，带上银两，登上海船，远到厦门一带，做起了买卖各类珍奇海鲜的行当。妇人还是掌管家事，有时登山望夫，几乎望穿双眼；有时倚门盼子归来，不停地泪流。幸好她每天去石头上坐坐，还有鳄公子伴着她度过朝朝暮暮。
过了三年，对丈夫的久久不归，妇人非常痛心，又十分思念儿子，那天正巧来到河边，就对鳄鱼说：“我虽然生下你，但终究不能指望你做羹饭祭祀祖先继承我家的香火，这重大责任只有靠你的大哥这根独苗，就好像千钧（古代三十斤为一钧）的重担都系在一根头发上。如今他经商到了远处，三年来没有音信，阿妈怎么可能不悲愁？你既然有神灵，有没有什么法术去探望大哥呢？大海茫茫，到处都是惊涛骇浪，水速飞快，不像是一般小河静水。”祝告后，鳄鱼点了两下头，一眨眼就消失不见了。
当时大儿在厦门经商已经收获了很大的利益，货物堆得像山一样，不能回归故乡。曾经写过几次信，只是因为拜托不到合适的人，无法抵达琼岛。这时正巧到广东寻找佘氏办事，途中遇到台风，所乘的船突然翻身落入大海中，所携带的资财全落入水中，生命危在旦夕。忽然水面之下有一大鱼把他背起来，在大风浪中游走，即使是战马、鸥鸟也没有这么快。终于到达岸边，他从水中钻出登上陆地，正暗自庆幸获得了新生，看到那只大鱼还没有离开，仔细一瞧，竟然是鳄公子。这才大吃一惊，说：“我弟弟真是怀有神功，救我脱险的时候是多么神速啊！”鳄公子把头点点。大哥问：“母亲平安吗？”鳄公子点点头。又问：“是母亲叫你来看我的吗？”鳄公子又点了点头。又问道：“弟弟，你为什么不赶紧回去呢？”可那鳄公子就是不肯离去。大哥说：“弟弟难道想得到一件东西作为传信见证吗？”鳄公子又用力地点了点头，好像很赞赏大哥能够懂得它的意思似的。大哥说：“这时非常匆忙，在这没有人烟的海边，也没有纸笔可以写信，你可以把我左手指上戴的金戒指衔去，上面刻着‘鱼氏内省’四个字，这是母亲认得的。你衔着它去给母亲大人过目，让她知道儿子平安无事。我很快就要结束到处漂泊的生活，好好地回家了。请你快驾着风雷，御着海神乘风破浪回去吧！”鳄公子果然衔着金戒指离去了。
过了十多天，水氏有一次正靠着水边，忽然看见鳄公子回来了，在水中上蹿下跳，吹浪花，像是很高兴的样子。水氏带着开玩笑的口吻对它说：“你这几天游到哪里去了？真的是寻找你大哥去了吗？”鳄公子点了点头。水氏又问：“找到你大哥了吗？他还好吗？”它又点点头。“那么你大哥很快就要回来了吗？”鳄公子不停地使劲点头。水氏说：“你大哥有没有家信啊？”鳄公子慢慢地游近钓鱼石边，嘴里吐出一样黄澄澄的东西，
的一声落在水氏身边。水氏拾起一看，大吃一惊，说：“你这孽子怎么把你大哥害死了？”说着就止不住号哭起来。鳄公子不知道出了什么事，只是痴痴呆呆地吹起浪花，发出嘶嘶的声响。水氏一边哭一边骂道：“你没害死你大哥，那么这金戒指怎么会从你腹中出来？我哺育你三年，怎么这样没良心！”鳄公子伤心地流泪，无法为自己辩白，忽然窜起一丈多高，口中发出呜呜的叫声，把头撞向岩石，竟然把岩石也碰碎了。邻居过来一看，只见鳄公子脑浆崩裂，已经死了。水氏更加伤心了，擦去眼泪，想办法把鳄公子弄到小溪边一块地方，把鳄公子埋了，上面立了块短碑，碑上刻着“鳄公子之墓”几个字。水氏感伤丈夫远行在外，虽有夫君实则形同寡妇；又哀痛两子突然去世，祸不单行。她哭得很伤心，几乎哭瞎了双眼，精神恍惚如梦，认为这一对难兄难弟先后都身赴黄泉死了。
一天，忽然有艘大船从远处驶过来，旗帜高扬，鸣锣声声。刚收起船篷，随后把缆绳系在大树上。船刚靠岸，有一人就赤足先跳了上来，一进水氏家门就拉住她衣裳，急切亲近极了。水氏一看，正是大儿子。原来他已经成了富商，把店面收拾停当后回来了。又见一位花容月貌、光彩照人的美人，在年轻婢女的簇拥下，由体面仆妇导引，向水氏下拜，起身后立刻呼唤婆婆，又轻盈地转身，偎倚在大儿身边，真是天生一对璧人。原来大儿已经娶了佘氏娇女为妻。真好比足智多谋的范蠡载得西施归，极尽孝道的曾参欢跃来堂前。大儿回家后花钱建造楼阁，购置良田，纳资捐了官。邻居们十分赞叹羡慕鱼家中兴鼎盛。
有一天，大儿打算去拜见父亲，却找不到鳄公子，就跪着问母亲兄弟的去处，水氏很悲伤地说：“鳄公子已经死了好久了。”大儿非常惊奇，忙问鳄公子怎么死的，水氏伤心得低着头说不出话来，邻人就把鳄公子死亡的情况详细地说了。大儿十分哀痛说：“不是弟弟害死我，是我害死了弟弟啊。”于是把鳄公子怎样在珠江中把自己救起、叫它带回金戒指等事详细说了。说完就出门找到鳄公子坟上去哭祭。忽然看到有一缕云丝从天边升起，紧接着电闪雷鸣，冰雹交加；又听到霹雳一声，鳄公子的墓突然裂开了。真是亲人才洒悔恨的泪水，尸体立刻就消失，大哥对弟弟的死，感到无穷的遗憾。
第二天，鳄公子托梦给母亲说：“我已经仙去，请娘亲别想我了，免得影响吃饭和睡觉。”说完，就变成一位美男子，再次拜倒在母亲身前，容颜如玉，风度翩翩，很像它父亲当年来梦中和水氏幽会时的样子。这个时候，村鸡啼叫，打破了好梦，只听到远处有箫鼓声音和开道吆喝的声音，渐渐升向空中。这一夜，岛上趁着月色打鱼撒网的人都看见一位戴着鱼皮帽的仙人，手执白羽扇，骑着青龙，在旌旗簇拥、仪仗开路中，在水面上游行，转眼间就升到空中去了。后来，鳄公子的兄长也把父亲接回家中。