浮天远父子被抓住之后，三天之后即被判决斩立决。而且通过对他们的审讯，也揭发出一批曾经与他们同流合污的官员，人数达到二十余人。
诸葛军师大怒，立刻命人将那些官员，无论还在职与否，全都逐一彻查，一旦发现证据立刻将之免官，从重发落！
其中最让刘禅惊讶的招供是：第一条，孙权居然跟浮天远有勾结，甚至直接东吴的人去跟浮天远合作，来绑架他！第二条，多种信息显示，跟荆州孙家的孙同跟浮天远也有千丝万缕的联系！
刘禅真的对孙同很恼火。可是如今孙同已经被杀头，自己也亲口承诺过，不再追究孙家其他人的罪责，所以此事也只能算是到此为止。
浮云父子被杀头后，尸首就被丢弃在菜市口，根本就无人敢去认领。
其实，刘禅那天也是去菜市口看了行刑的，整个是人山人海实在热闹。但是当人潮散去之后，现场就只剩下了两具孤零零的头身分离的尸首，真是分外凄凉。
刘禅心里暗叹，你既然做了贼，就要有被官府砍头的一天的准备吧？
不过，刘禅虽然恨这浮天远父子，但是人毕竟是已死。他就吩咐侍卫去找来几个人，用草席将两人尸首裹上，到城外的乱葬岗去埋了。然后，刘禅就略带失落地回到家里。有时候，亲眼看到仇人被杀，心里也是一样依然堵得慌的。
但是刘禅其实也没有那么多的烦心事的。至少医国院的事情就让他感觉非常骄傲。它如期在半年后如期整修完毕，由于刻意保持学院的独立性，与官府保持相应的距离，所以医国院只是简单地举行了一个仪式之后就开始招生。
其实，这恐怕是世界史上第一家用来培养专业人才的学院为了充分实现学院内部的自治，刘禅请华佗、祖文和自己一起担任学院的董事，监督学院的各项运行情况、院长的工作情况，以及学院内部的风纪。
之前，华佗和张方平一直在担心的医国院的生源问题，后来在刘禅和诸葛先生两人的共通推动之下，很快得到良好的解决。
其实，刘禅早就请诸葛军师发布命令，将荆州境内的所有医师进行登记。让刘禅惊讶的是，荆州境内医师的数量，比自己猜想的要多得多，居然达到近1800人。他们从其中挑选出那些既有基础又年轻的人员，让他们分批进入医国院进行为期一年的培训，并由官府每月发给特殊补助。不过，每期只限定20人。
不过，医科中有一个人比较特殊，不得不提一下。那就是赵风的妻子施惠。她从小就接受忍者训练，对毒药有深刻的认识。所以刘禅特别请董事会批准，让她跟随张方平和华佗专门学习各种药物的药理。因为刘禅有心要将她培养成毒药专家，将来可以为军队出力。
至于账目科的生源就更加好办。荆州境内有大量文官在从事账目和粮草管理方面的工作。这些人都是从民间挑选而来的，虽然能够处理账目，但是没有进行过系统的训练，日后刘家的地盘大了的话，难免出现力不从心的情况。于是，这些人又被分作好几期，送入账目科培训。
至于数科，这是刘禅最为看重的科系之一。古代，中华民族虽然在数学领域一直处于世界领先水平。但是愿意研究数学的人，实在是少之又少，更没有形成完整系统的数学体系。这也是日后，中国科技大大落后西方的一个重要原因。
但是在中国这样一个注重“实用”的国度，要找到愿意学习数学的学生实在太难。刘禅只好让祖文先将账目科弄好。数科先当作账目科的副科来教授。如果其中发现有什么优秀人才的话，可以尽一切可能将之挖过来。祖文原本就被数科的生源愁眉苦脸，听刘禅这么一说，立刻茅塞顿开，直呼大善。
数科后来终于找到两个很有天赋的学生，不过那已经是一两年之后的事情了，可是却真是让祖文高兴坏了。
不过有些糟糕的是，其中一个学员居然是张行先生以前的学生王羽。张行先生听说后，立刻对刘禅大发雷霆，说圣贤弟子岂可去学那些旁门左道。刘禅只好装作没有听见，顾左右而言他，弄得张先生是毫无办法。
由于刘禅事前和诸葛军师有约，不让官府干预医国院事务，现在请诸葛军师这样大张旗鼓的帮忙，显然是违背刘禅自己的初衷的。刘禅就巧立名目，将这些培训美其名曰“官府人员委托培训计划”。那么，官府当然就不可能再对学院指手画脚。这样的做法，也得到院长张方平和华佗等人的支持。
一年之后，医科的第一批培训生的培训结束。这一年里面，他们每个人都学得非常认真。而且张方平在荆襄的名头很大，神医华佗的名头更是吓人，他们要是不抓住这个机会好好学习的话，那一定是傻子。经过考核后，20人之中居然只有7人能够毕业，通过率只有三分之一，真把刘禅吓了一跳，连忙跑去询问原因。
原来，当初刘禅就跟两人说过，医师是关系人命的职业，所以一定要宽进严出。而张方平两人确实也只是这样做的。刘禅想想倒也确实如此，看来是自己嘴巴无毛，办事不牢，把自己说过的话都忘记了，当即向两位先生道歉。
然后三个董事经过研究后决定，让那三分之二的学生留下继续培训，组建特别班，允许他们每个月进行一次考核，只要通过就算毕业。这样才不会浪费太多的教育资源。
那毕业的7个学生的去向比较特别。医国院一方面需要对荆州军的大力支持，表示一下自己的谢意，一方面需要替自己留下足够的储备人才。所以就挑选出两个最优秀的外科人才，送到刘备所在的葭萌关担任医官。那里时有战事，正好让他们去积累经验，几年之内，应该就可成为成熟的外科医师。
刘禅为此还亲自给刘备写了一封信，请他一定要保护好两人的人身安全，他们日后是要回到医国院来任教的。余下的五人，有三人被张飞的军队请去，两人继续留在荆州军中。
那些留级的学员，见到每个毕业生都可以当上医官，如果医术更加高超的话，甚至还可以回到医国院出任讲师，心里顿时是既羡慕又后悔，自己当初为什么就不更加努力一点呢？他们的学习热情也就更加高涨了。
而经过祖文的账目科的培训之后，两批毕业学员全都掌握阿拉伯数字以及运算法则，回去原职之后，办事效率一下子就提高数倍。对此，最高兴的人一定是诸葛军师。他是个追求完美的人，手下办事越有效率，他当然越高兴。
后来刘禅见祖文一个人教学，实在是太忙，有时候就自己亲自上阵。加减乘除的法则对古人而言，也许是挺难的，但是对前世是个重点本科大学生的刘禅而言，简直是小菜一碟。
可是当他发觉自己十几岁的孩子，要在一群大人面前侃侃而谈的时候，感觉实在是有些怪异的。不过，他和学员们后来都慢慢地适应了这样尴尬的境况。而且，他有时候会突发奇想地讲解一些几何问题，好让学员们日后在处理土地纠纷，或者丈量土地的时候使用，受到了学员们的热烈欢迎。
后来，刘禅讲课的名气也大了，每逢他来凑趣讲课的时候，那两个数科的学生，都会偷偷混在账目科学员中来偷听。
当刘禅在医国院里面混得风生水起的时候，他的在外面的名声也变得越来越大。华佗先生依然保持带学生四处义诊的习惯，更是为刘禅和医国院博得了好名声。这些都使得刘禅“神童”之名鹊起，一时间是风头无两，完全盖过魏王曹操已逝的爱子曹冲和东吴诸葛瑾一双爱子诸葛恪和诸葛乔的风头。
大家都开始相信，刘禅真的就是天上的北斗星下凡，否则小小年纪，怎么可能做出这么多连大人都做不到的事情呢？
但是，即使如此，刘备在写给刘禅的信中的语气却变得越来越严厉。一再告诫刘禅，不要过于耽溺于旁门左道之学，要将时间多多用在跟张先生的学习上，可见他对医国院其实并不是非常认同的。
后来，刘备甚至还亲自给张先生写了一封道歉信，请他多多监督刘禅的学业。刘禅无法，只得将去医国院的次数减少。
可是，就在这一年的年底，张行先生去世了。刘禅的学业也暂时解除，变得轻松了一些，但是他其实也挺伤心的，直到很多年之后依然清楚地记得，那天他和张行先生的家人将张行先生送到医国院抢救的情景。
其实，张先生虽然是个老顽固，不认同刘禅的做法，但是除了因为医国院将他的学生王羽招去，而对刘禅大发雷霆过一次之外，从未在人前指责过他的不是，从来都是以圣贤的品德来约束自己。所以在人格上，他绝对是凡人难以企及的。这样的人，刘禅就是想要愤怒，都怒不起来的。
在张先生出殡的那天，整个江陵城的人都自发地聚集起来，无论是普通百姓，荆襄名士，还是官员如诸葛军师之辈，甚至连一直与张先生格格不入的医国院的学生和老师，全都来给他送行。队伍一直绵延出城外三四里长。