于是，桓玄决定暂时落脚在益州，并急忙筹划携带一些重要人物，立刻乘船西去。
次日傍晚，桓玄、毛修之等一行人乘船急驶，走在大江之上。这时，看看天色将晚，百鸟噪叫归林，船队业已驶到杖洲地面。人们忽见上游过来了数只小舟，为首的船上立着一员大汉，与这边站在船头上的毛修之打了个照面，也不答话。
“嘿，前面的人听着：你们的船上是否载有叛贼？”正当桓玄在船中苦思冥想之际，竟然听到对方那船上的大汉如此向这边大喊大叫起来。
“你好大的胆子！朕乃是当今的新朝天子，哪里有什么叛贼？谁人竟敢在皇上面前胡言乱语？”桓玄见毛修之没有和那人答话，竟亲自向那人厉声喝叫起来。
但是，未等桓玄话音落下，对面船上又跳出了两员大汉，他们搭弓飞箭，将桓玄面前的护卫全部射倒。接着，一群人手持大刀，迅速地冲了过来，并跳到桓玄的船头甲板上。
桓玄见了大惊！其侄桓振看情形不妙，遂趁乱跳向江中，游水逃脱，奔走华容山道上去了。
“末将正是益州督护冯迁！受益州刺史毛璩大人之令，要前来取你这个反贼的首级！”冯迁大叫一声，同时举刀刺向桓玄，结束了桓玄的性命。
“我们乃是费恬、毛右之，正是来杀戮你们桓党的！”随即，费恬、毛右之也跳上此船，向桓玄之子桓升及族人桓石康、桓浚等人叫着，并且相继取下了桓玄及族人的首级。
冯迁令毛修之带着桓玄的首级，押解着桓升前往江陵。
到了江陵后，晋安帝见逆首被斩，不禁大喜。他立刻晋封毛修之为骁骑将军，将桓玄的首级挂在东市示众。
刘毅削平了桓玄后，令王腾之、王康产带着数千人马驻守江陵。接着，刘毅得知建康局势不稳，安排好了江陵诸事后，他立即率军退到浔阳，以便随时策应下江都城建康。
再说，桓振得知刘毅大军已经退回浔阳，城内只有王腾之、王康产带着数千人马驻守，知道江陵空虚，遂欣喜若狂。于是，他急忙召集数千桓玄余党前来夜袭江陵。落草在沮川的桓谦也纠集了数千人马前来响应。
见桓孽又来，江陵城内王腾之、王康产带着数千人马与二桓对峙搏斗，但是经过了几个时辰，终因寡不敌众，二王人马被二桓杀戮殆尽。于是，江陵再次落到桓党之手。
接着，浑身血污的桓振早已杀红了双眼，他竟持刀，气势汹汹地跑进晋安帝的宫中。
“你这个落魄痴呆的皇帝，我为何杀你不得，我一刀砍了你！”桓振愤然冲进皇宫，怒发冲冠，举起大刀，向晋安帝叫着，说着就要砍下晋安帝的头颅。
“贤侄不可造次！”此时，突然，桓谦冲进来向桓振大叫着，阻止了桓振的行动。
“大将军……”众人一见桓谦进来，遂惊惶失措，向他齐声呼唤。
“左右，还不拿下桓振将军的砍刀？”桓谦向侍卫们喊起来，接着他又向桓振叫道，“岂有此理！前朝晋帝，我皇兄尚且谦恭有加，你岂能如此无礼？你必须向晋皇请罪！”
于是，桓振只好向晋安帝跪拜，最后怏怏而出。
“上皇且安心，等到收拾了城中的叛匪、葬毕楚帝之后，我们仍将向陛下交还玉玺！”说罢，桓谦引众走出皇宫。
出宫后，桓谦又转身悄悄地向随从们说道：“我们明日就要攻打襄阳，为免江陵事变，今晚你们一定要更换晋帝的贴身侍从。”
众人诺诺听命，也去了。
两日后，退驻在浔阳的刘毅正在召集众将在营中议事。
“刘将军，大事不好，上江桓玄余孽又死灰复燃了！华容的桓振和沮川的桓谦趁我江陵兵弱城空之际，发兵袭击了江陵，现已杀败王腾之、王康产的数千驻守江陵的兵马，并且占领了江陵城——”忽然，小校进来向刘毅禀报。
“啊，我本以为桓首既灭，就可以高枕无忧了，想不到二桓竟又死灰复燃！”刘毅一听大惊，随即令道，“现令何无忌、刘道规二将立即引军，前往西江，讨伐桓党余孽！”
何、刘闻罢，立刻率军夜奔江陵，风驰电掣，不到一日，大军已经来到江陵马头地界。
“禀报二位将军，前方桓谦大队人马也已经到达马头！”探马小校上来报道。
“命令前军，快马加鞭，杀向敌阵——”何无忌大叫道。
于是，大军叫喊着，势如排山倒海，向桓谦军营压来。桓军阵脚未稳，立即仓皇败退。何、刘二将胜了一着，又向前奔杀了一阵。此时，但见前方有一座河桥将道路分为两股，他们一时不知从哪条路前行，于是二人只好权在桥头歇息商量，再接着分兵追击。
再说，桓谦被晋军追击着，急速地领着残军败将翻过前山，赶上了桓振大军。
“贤侄，愚叔方才败了一阵，何、刘气势正盛，我们切不可硬战！此处山林险恶，我军当以埋伏之计胜之！”桓谦回过头来，急向桓振说道。
“侄儿已令部将冯该在杨林丛中设伏，并将亲率主力前往灵溪迎战何、刘！”桓振道。
“这样很好！”桓谦道，“何无忌来势凶猛，务必要在小路两旁埋下绊脚绳！”
桓振点头称是，并命令兵士安置去了。
“启禀将军，何无忌的兵马业已赶来——”探马飞奔，来到桓振跟前报告。
“前方果然烟尘漫天，大敌就在当前，全军接战——”正在这时，桓振看见何无忌大军业已尾随到来，慌忙大叫，“接下来要依计而行！”于是，两军大战，桥上立即飞沙走石，桓军与何军在溪边滚打起来。然而，双方激战不过两个回合，桓振拨马就走。何无忌不知是计，趁着胜战的余威，策马追赶上去。桓振且战且退，不觉已经把何军引到杨林深处。
何无忌正在奋勇杀敌之际，抬头望去，不料，此时在林丛之中，突然爆发出“哗啦”一声巨响，接着，桓振伏兵四出，将何军围在崖前的乱草丛中，同时有多名将士的战马被绊绳捆倒。接下来，桓军在林中纵火，烈焰烛天，何军又遭遇到大火的袭击，损失惨重。
“啊，气煞人也！”刘道规身在大河的对面向这边喊叫道，“眼见得何无忌在烟灰中挣扎，我们却隔岸观火，爱莫能助——”
“这将如何是好？”众将惊问刘道规。
幸好，此时忽见一支人马到来，堵住了桓军。
“哦，原来刘敬宣率军到来！”刘道规见了大喜，“看来何无忌有救了！”
于是，已投刘裕的刘牢之之子刘敬宣杀退了桓振兵马，给了何军以歇息的机会，并给何军送来粮草，这才使得何军转危为安了。
接着，刘毅命令何无忌、刘道规二将重整军威，再次军进夏口，自己亲率大军攻进鲁城。何无忌、刘道规在率兵攻克了偃月垒之后，两路大军会师，直指巴陵，兵锋所向，势如破竹，桓军残部，望风披靡。
听到何、刘两路大军以排山倒海之势袭来，桓振闻风丧胆，忙挟持着晋安帝屯兵江津。看看刘军势不可当，遂与桓谦商议向刘军求和事宜。
“如今之事，已然只有智取，我们不妨以屈求伸，向敌求和，以图保留根本，来日方长？”桓谦急切地向桓振说道。
“啊，求和？刘毅如虎，何人敢于前往敌营？”桓振疑惑地问。
“为了大计，愚叔甘愿去敌营一遭！”桓谦答道。
“如此有劳叔叔了！”桓振懊丧地说。
于是桓谦带人向刘毅大营走去。
桓谦来到刘毅大营，软磨硬泡，百计兼施，与刘毅等人作了多次会谈，谈了很久之后，刘毅才慢慢抬起头来。
“……如今晋天子安在？”刘毅严厉地问桓谦。
“我已与桓振说过，望刘裕大将军赐我江、荆二州以为立足之地，我们当将安帝奉还江陵！”桓谦向刘毅恳切地说，“况且……现在安帝业已回返江陵，由卞范之等人看护，一定毫发无损！”
“既然投降，就应当携众回归京城，向皇上请罪，求得宽恕，何必还要占有江、荆二州？”刘毅們然拒绝道，“其实，你们并非求和，你们无非是想留下一隅之地，以便来日死灰复燃，东山再起。我们岂能中你们的奸计，你们休要妄想！看在我们往昔同朝为官的份上，我今日给你留下一丝生机，否则我就要立即砍了你的狗头！去吧，休要再来胡说——”
“唉……”桓谦见刘毅毫不妥协，只得叹了口气告退出营，策马奔向江津。
“桓将军，大事不好！南阳太守鲁宗之受刘裕指使，已经突然袭击了襄阳，桓振将军已引军前往抗敌去了，他叫您和冯该将军共同留守江陵——”刚到江津，桓谦迎面碰到小校在向他高叫。
“老夫明白，江陵乃是重镇，如今兵马空虚，我将引军驻守江陵，请冯该将军前往豫章口，以屏江陵东隅！”桓谦听罢，立即向部属吩咐道，并随即率军东去。
然而，桓谦刚刚进到江陵城不久，就闻冯该将军镇守的豫章口已经失守，于是，桓谦惊慌失措，只好弃了江陵城池，掉头向西逃去。
“将军为何未战先退？”见兵马仓皇逃避，部众们急忙问桓谦。
“豫章乃江陵门户，今冯该将军镇守的豫章口已经失守，江陵就将不保，我们不如引军先去！”桓谦向部下说，“倘若不去，恐怕我们逃命都来不及了！”
桓谦说罢，见刘毅大军已经浩浩荡荡地向这边奔来，桓谦立马舍掉了晋安帝，丢下了卞范之等人，自己率军弃城而去了。
于是，刘毅来到城外，立即径人江陵城池，清剿了江陵的桓玄余党，斩杀了卞范之等人。
刘毅率众进到皇帝行宫，谒见了晋安帝，安帝对他百倍感激，并大大地夸奖了刘毅及其部众们一番，请求刘毅主持一切军政事宜。
“为今之计，当继续追捕二桓余党——”在宫中，刘毅大声向安帝奏道。
“这一切只有再烦刘爱卿辛苦一趟了！”安帝欣然答应道，“只是桓党疯狂，爱卿也应当格外谨慎才是！”
“启奏皇上，并禀报刘将军，桓振昨夜曾回军救援江陵，在路上闻得江陵失陷，部众霎时如鸟兽散，桓振只得孤军逃向郧州去了！”这时，部将刘怀肃赶来向刘毅报告，“我们是否要立即引军追去？”
“哦！”刘毅听罢惊道，接着他又轻声地对刘怀肃说，“不必了，我以为桓振性格暴躁，他对待此败，决不会善罢甘休，他必定仍要收拾残渣余孽，再来偷袭我江陵，请刘怀肃将军立刻挥军前往江陵西郊密林深处埋伏静候，等桓振一旦率军从郧州卷土重来，你们便可以逸待劳，起而击之！”“末将遵命——”刘怀肃答应后，引军往江陵城外埋伏去了。
桓党的行径，果然不出刘毅所料：未等刘怀肃军队埋伏停当，桓振竟又趁夜色正浓，引兵来袭江陵了。这样，他们恰好中了刘怀肃的伏兵之计，悉数被歼。
在此战中，当桓振身边仅剩数十人时，他仍与晋将索邈大战于沙桥。桓振虽然兵少，但是他们齐心协力，瞋目奋击，竟然使晋军一时不敢向前。但是，桓振终因内心恐慌，深知自己已经日暮途穷，所以数战之后，遂悲观地以酒当水，痛饮完毕后，又乘醉冒险冲突敌阵。晋军见了，连忙齐放箭矢，桓振身中数创，仍前冲不畏。于是，这位桓家勇将终于也战死于沙场。
桓振孤身蒙难，桓谦也再一次受挫，只得带着几个亲兵落荒而逃，投西北的后秦国去了。
刘毅大军扫平了桓党余孽，举国一片欢腾。
回江陵后，刘裕令刘毅、刘道规仍留驻夏口，令何无忌护送晋安帝还都建康。安帝回到建康后，改元义熙，大赦天下，令百官复职。任琅琊王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保。并且重赏刘裕、刘毅、何无忌、刘道规等诸位安国功臣，对其他朝臣也都各加封赐。
然而，针对着纷乱的局势，刘裕为免朝臣相忌，力辞官爵，只乞还乡归隐。晋安帝派百官向刘裕劝慰挽留，刘裕只好请求在京外任职。于是，晋安帝令刘裕督管荆、司、梁、益、宁、雍、凉等十六州军事，并允许他带军回丹徒镇守。又封刘毅为左将军，何无忌为右将军，二人分别督管豫州、扬州军事；再封刘道规为辅国将军，督管淮北军事。
“微臣谨遵圣命，不日即将出京，只是，临走前尚有几言奏上：如今桓党虽灭，然而，南方仍在动荡不定，因朝廷暂时无暇南顾，所以，微臣奏请仍让卢循任广州刺史，徐道复任始兴相，我想以敌制敌，借以维系南隅暂时的安定。”刘裕又出班奏道。
晋安帝一一允准。
三年后，在建康皇宫金殿内，百官齐集。在群臣的建议下，晋安帝为了追念讨伐桓逆之功臣，再次召集众臣计议。
“前次，大将军刘裕等诸位爱卿为了大晋社稷，浴血奋战，削平了桓逆。有大臣上本奏请封赏功臣，所以，朕今将颁旨再加封赏，请诸位爱卿奏报！”安帝向朝臣们说道。
“吃水应当不忘开井之人，为温暖众臣之心，陛下理当封赏功臣——”何无忌首先出班说道，“刘裕大将军出生入死，拯救了大晋，国家岂能忘怀？”
“何将军所言极是——”随即，众臣齐声上前奏道。
“朕非草木，岂能无情？今即颁旨封赏诸公爵位！”安帝说道。
安帝说罢，向身后内臣们点点头，于是，总管太监手持圣旨，当众宣读：“……今再加封刘裕为豫章郡公，刘毅为南平郡公，何无忌为安成君公……”
听罢，全场一片欢腾，接着又引出一阵嘁嘁喳喳的议论之声，隐藏着一些危机的征兆。
江陵城楼
六、谋大计，寄奴剿谯纵
数日后，秋风渐紧，在丹徒刘裕郡公府花园中，刘裕行走在曲径之上，正在与书记官刘穆之共商大计。
“司徒兼扬州刺史王谧大人已经病故，朝内外对司徒和扬州刺史一职的任免事宜，议论纷纷，十分谨慎！”刘裕忧郁地向刘穆之说道。