护城神像被希腊人偷到了手中，但是希腊军队仍然无法攻破特洛伊城墙。狡猾的奥德修斯想出了一条计策，他建议希腊人智取。他对希腊人说，众人建造一匹木马，这不是普通的马，而是一匹能够能在马腹中藏起很多强健英雄的巨大木马。而另外的希腊军队就统统从特洛伊海岸上撤离，造成败兵回国的假象，但却是偷偷躲到忒涅多斯岛的背面去。等特洛伊人把木马拖入到城中后，藏在马腹内的英雄就趁着深夜，偷偷从马腹中溜出来，再帮助秘密返回的希腊大军将特洛伊城的大门打开。奥德修斯非常肯定，这种方法一定可以夺取特洛伊城。
祭司卡尔卡斯因为看到过宙斯降下的征兆，因此也劝说希腊人采用这个计策。于是希腊人开始着手准备。女神雅典娜帮助著名画师厄珀俄斯以及他的徒弟一同设计出了巨大的木马，在希腊将士的共同努力下，一匹巨大的木马建造起来了。以涅俄普托勒摩斯和菲罗克忒忒斯为首，其他几位英雄，如墨涅拉俄斯、伊多墨纽斯以及狄俄墨得斯、小埃阿斯、墨里俄涅斯和奥德修斯等英雄统统钻到了木马里面。木马的肚子里挤满了全副武装的勇士。而厄珀俄斯等到这些英雄进入马腹之后，就把入口封好，严严密密地遮蔽起来，没有人能看得出这里有开口，也就更加想不到在马腹内竟会藏有众多的勇士。完成以后，希腊人就把军营里所有的建筑烧毁殆尽，然后大军就登上了战船，离岸向外海驶去。
特洛伊人战在高高的城墙上，看着希腊将士们不停地四处走动，不一会儿还从希腊的军营生起滚滚浓烟，战船也开走了。一开始他们还不敢相信希腊人从特洛伊撤离了。但是后来看到希腊人的军营真的成了空营，特洛伊人终于放心了。他们相信，战争已经结束了，一切灾难都过去了，从今以后，大家就可以在和平的笼罩下一心劳动了。
但是没过多久，特洛伊人就被那个巨大的木马惊呆了。他们仔仔细细地查看木马，却弄不清这奇特的设施到底是为了什么建造的。于是一些人建议把这个东西推到大海里去，但是另一些人认为这是希腊人向众神献祭的祭品，所以应当将它拉回城里，安放到卫城之上。持有两种意见的人们各自争执不休，这时，阿波罗的大祭司拉奥孔发表了自己的意见，他认为这个木马是希腊人的阴谋，在马腹内一定隐藏着危险，不但不能运回城里，并且要把它彻底摧毁。不过众神将特洛伊人的心窍紧紧地蒙住了，他们毫不理会拉奥孔的意见，最终决定把木马运回城里。于是命运的安排很快就要兑现了。
就在原本围绕在木马四周的特洛伊人准备将木马拖进城里的时候，一对牧人押着一名被紧紧捆住的俘虏走来了。这个人是希腊人西农，他是故意自投罗网而来的。特洛伊人将他团团围住，不住地侮弄他，嘲笑他。西农只是默默地在一旁站着，装出胆怯的眼神，眼泪汪汪地打量着四周的特洛伊人。过了好一阵，他才开腔，向周围的人高声抱怨起了自己的命运，他言语悲伤，一边说着一边淌下了眼泪。他悲伤的泪水激起了普里阿摩斯和所有特洛伊人的同情。他们安慰他，详细地盘问他到底是怎么一回事儿。这时候他就将奥德修斯事先给他编好的谎言，一五一十地告诉了特洛伊人。他说，自己原本是伊塔刻国王奥德修斯最记恨的帕拉墨得斯的亲属，因此，奥德修斯一直都在想方设法地陷害他。在希腊人决定不再围攻特洛伊后，奥德修斯对卡尔卡斯花言巧语地述说了一番，让他当着所有希腊人宣示，说只有将西农向众神献祭，希腊人才能够保证顺利地返回故乡。在这样的预言之下，希腊人就把他捆绑起来向祭台押去。但是他在半路上挣断了绳索，从死亡的命运中逃脱了。他躲在茂密的芦苇丛中，一直藏了很长时间，等看到希腊人从特洛伊城撤离，返航回国，才从藏身之处走了出来，自愿被牧人俘虏。普里阿摩斯又详细询问他这个木马是怎么一回事。西农正在等着这个问题。他先向众神发誓，自己所说的句句属实。他说出了一个更加恐怖的谎言：他说，希腊人留下这个木马是为了向战神雅典娜祈求宽恕，因为希腊人曾经将特洛伊城的护城神像偷了出来，这激起了她的怒火。接着西农又告诉特洛伊人，要是特洛伊人把这匹木马拖进城里，那么它就会成为特洛伊城最强大的保卫者。希腊人一番狡猾的谎言取得了特洛伊人的信任，西农巧妙地完成了奥德修斯给他派定的角色。
为了使特洛伊人对西农说的话坚信不疑，雅典娜又在他们面前行了神迹：她派两条巨大的毒蛇浮出海面，朝岸边飞快地游来，不断扭动的蛇身在浪涛间一圈圈盘旋着，蛇头上高高耸起了血红的肉冠，双眼中冒出强烈的火光。这两条毒蛇上了岸，将拉奥孔的两个儿子紧紧缠住。拉奥孔还想要去救儿子，但就连自己也让这两条巨蛇给缠住了。毒蛇张开嘴，将尖利的毒牙刺入了拉奥孔和他儿子的体内。拉奥孔父子因为违背了神的意志，试图拯救自己的国家，结果却为自己和两个儿子都招来了杀身之祸。咬死拉奥孔父子之后，两条毒蛇就爬走了，钻进雅典娜神像的托板下边消失不见了。
这一下，特洛伊人对西农说的话更相信了。由于木马太大，无法通过城门，因此他们拆毁了一段城墙，把木马运了进去。特洛伊人锣鼓喧天，载歌载舞，找来粗绳将木马紧紧拴住，便朝着城内走去了。经过城墙的豁口时，木马先后四次碰撞在城墙上，停了下来，而躲在马腹内的希腊人的武器不断地碰撞，发出了清晰的鸣响，然而特洛伊人的耳朵被音乐和欢呼声蒙住了，什么都没有听见。他们最后终于把木马拖进了卫城。具有预见未来能力的卡珊德拉见到这匹木马，感到特洛伊城毁灭的日子就要来到了，不过命运早已注定，没有人会相信她的预言。
希腊英雄们藏在马腹内，大气也不敢出，他们竖起耳朵，集中精力倾听着外面传来的每一声动静。海伦在木马外面，模仿起他们妻子的嗓音，不停地呼喊着他们的名字。奥德修斯紧紧捂住身边一位英雄的嘴，才令他没有答话。英雄们听到特洛伊人高声欢呼，听到他们为庆贺战争结束举行了酒会，听到城里四处都在举杯把盏的庆贺。终于，黑夜来临了，一切归于沉寂，特洛伊全城都深深地沉入了梦乡。英雄们听到西农贴着木马悄悄地说话，他来向英雄们报告，现在大家可以走出马腹了。
而在木马被拖入城中的时候，西农就在特洛伊城门前点燃了一堆熊熊燃烧的篝火，这是为了告诉那些在忒涅多斯岛背后隐藏着的希腊人：他们应当立刻赶到特洛伊城来了。在奥德修斯和厄珀俄斯的带领下，马腹里的英雄悄无声息地走了出来，他们小心翼翼，尽量避免弄出什么响声。很快，英雄们就分散到了被美酒和甜梦笼罩起来的城内的每一条大街上，他们点燃火把，将房屋烧着了，冲天的血红火光将整个特洛伊城都照亮了，预示了它行将毁灭的命运。而其他希腊英雄也回到了城下，他们跨过城墙的豁口，冲进了城内。对特洛伊人进行了血腥的屠杀。特洛伊人还沉浸在欢乐的盛宴中，被这样的景象吓得惊慌失措，随手抄起家什进行自卫。但是再也没有用了，特洛伊人民就这样纷纷倒在了希腊英雄的长枪和利剑下。就连老国王普里阿摩斯以及他的妻子和众多的儿女也无一幸免，纷纷倒在了国土四周。墨涅拉俄斯冲入宫中将还在熟睡的得伊福玻斯杀死了，而海伦就躺在他身边——在帕里斯死后，海伦与他结婚了。墨涅拉俄斯杀红了眼，看着海伦，心中无比愤怒，举手就要将她也杀死，但是被阿伽门农阻止了。女神阿佛洛狄忒一见，急忙在墨涅拉俄斯胸中重新唤起了他对海伦的爱情，然后，他便愉快地带着海伦回到了自己的战船。
而普里阿摩斯那个可以预知未来的女儿卡珊德拉，躲进雅典娜神庙，寻求女神保护。但是小埃阿斯发现了她。粗暴地将卡珊德拉连同雅典娜的神像一同摔倒了地上，把神像和卡珊德拉一同打碎了。从此小埃阿斯激起了希腊将士的痛恨，女神雅典娜也十分恨他，后来她对小埃阿斯实施了残酷的报复。
在所有特洛伊英雄中，得以幸免于难的只有两个人，一个是埃涅阿斯，他在年老的父亲安喀塞斯不知情的情况下，带着年幼的儿子阿斯卡尼俄斯，偷偷逃出了特洛伊城。另一个就是安忒诺耳。因为他自始至终都主张特洛伊人把拥有非凡美貌的海伦，以及被帕里斯偷走的墨涅拉俄斯的珍宝归还希腊人，所以希腊人宽恕了他。
特洛伊城的大火久久地延烧着。熊熊火光和滚滚浓烟直冲上云天。奥林匹斯山众神也因伟大的特洛伊城的毁灭而万分悲痛。特洛伊城的大火将整个天空都映得通红，周围的人民知道，长期以来都作为亚细亚最强大的城邦而存在的特洛伊城，如今已经覆灭了。
希腊人返回故乡
希腊人在特洛伊城内掠夺到大量的战利品，这些战利品正是对他们这十年来，在战争中遭受到了种种苦难的一种补偿。在希腊人返航的战船上，装满了金银财宝和无以计数的美丽女俘。
在返程途中，战船在赫勒斯滂彼岸暂时停靠的时候，在这里，阿喀琉斯要求希腊人将普里阿摩斯那个美丽的女儿波吕克塞娜作为祭品送给他。但是阿伽门农不愿意让出波吕克塞娜，最后在奥德修斯的坚持下，波吕克塞娜决定将自己献祭给阿喀琉斯，这样一来，也就可以避免日后在异乡被迫经受沉重的奴役。于是波吕克塞娜镇定自若地自动走向祭坛，自己动手将胸前的衣衫撕开。由涅俄普托勒摩斯亲手将剑刺进了她的胸膛，她那鲜红的热血将祭祀阿喀琉斯的祭台都染红了。
在这以后，希腊人继续踏上遥远的归途。一路上他们又经受了很多磨难，又有很多英雄在看见故乡的海岸前丧生在异乡。
而就在攻克特洛伊城的时候，盛怒的雅典娜就在希腊将士以及阿特柔斯的两个儿子之间挑起了纷争。墨涅拉俄斯想要立刻起程返回希腊，但阿伽门农却要求希腊人暂时留在特洛伊，等到向雅典娜献祭并且得到她的宽恕以后再回去。但阿伽门农并不知道，无论用什么办法，都已经无法平息雅典娜心中的怒火。两兄弟不断争吵，整整持续了一天。到了第二天一早，涅斯托耳、狄俄墨得斯，涅俄普托勒摩斯、伊多墨纽斯和菲罗克忒忒斯首先率领着一部分希腊战船载着大量的战利品，离开了特洛伊地区。没过多久，墨涅拉俄斯也从特洛伊城撤离，在勒斯玻斯岛上，他们赶上了狄俄墨得斯与捏斯托耳。之后，奥德修斯也起航从特洛伊地区离开，但又在忒涅多斯岛和同伴发生了争吵，于是又返会特洛伊与阿伽门农再次会合。
在勒斯玻斯岛会聚的那部分英雄们起程向优卑亚岛驶去，他们先在岛上的赫菲斯托斯海角祭祀了海神波塞冬，然后才继续航行。四天后，狄俄墨得斯回到了阿耳戈斯，捏斯托耳地达了皮罗斯。伊多墨纽斯、以及菲罗克忒忒斯与涅俄普托勒摩斯等人也纷纷顺利返回了故乡。
而此后，墨涅拉俄斯还经历了很多的磨难。先是在位于阿提刻东部的苏涅斯海角那里，阿波罗把墨涅拉俄斯的舵手佛戎提斯用箭射杀了。因此墨涅拉俄斯只好停船靠岸，隆重地祭奠以及厚葬了他的舵手，才得以继续航行。而就在他的船队航行到拉科尼亚西南端的伯罗奔尼撒海角之时，宙斯又令海面上刮起了飓风。风暴引得海上巨浪滔天。墨涅拉俄斯率领的一部分战船被风暴卷到了克里特岛，在海岸边的山岩上撞碎了，而船上的希腊人在历尽了千辛万苦后才得以活命。剩下的那些战船，也包括墨涅拉俄斯乘坐的战船，迷失了航向，在海上漂荡了许久，终于在埃及的海岸边停靠了下来。而墨涅拉俄斯经过整整七年在异国他乡的流浪，收到了各国人送出的大量礼物，积攒了大笔财产。而当他们从埃及返回故乡的途中，得到了海神普罗透斯之女厄多忒亚的帮助。厄多忒亚告诉墨涅拉俄斯，只有抓住海神普罗透斯，才能从他那里听到众神的意愿。第二天一早，厄多忒亚用四张海豹皮将墨涅拉俄斯和他带来的三个同伴们裹了起来，为了避免他们闻到海豹皮的腥臭，为他们每个人的鼻子上都涂了一层神油。墨涅拉俄斯和他的同伴就裹着这海豹皮，在海岸上躺着一动不动。直到普罗透斯带领一群海豹浮出海面，不一会普罗透斯在沙滩上睡着了。于是，墨涅拉俄斯就和同伴扑向普罗透斯，将他牢牢抓住，强迫他说出了众神的旨意，然后遵照普罗透斯的吩咐，先返回埃及向众神献祭，等到众神给他送来了顺风，他就顺利地回到了故乡斯巴达，从此安稳地生活在了那里。墨涅拉俄斯与海伦夫妇死后，被众神送往福岛，他俩便在那里无忧无虑地幸福生活着。
恩在阿伽门农返乡途中也遭遇到了千难万险。开始，他和同伴们安全抵达了优卑亚海岸，一路顺风。然而这个时候，女神雅典娜让这个岛的赫拉海角刮起了一场巨大的风暴，女神因为雕像被毁所以痛恨希腊人，尤其憎恨亲手毁掉自己雕像的小埃阿斯。在这场风暴中，许多战船触礁沉没了。小埃阿斯的战船受伤最严重，被海浪拍到岩石上撞得粉碎。但是海神波塞冬怜悯小埃阿斯，命令海浪把他送到赫拉海角的礁石上面，但是因为小埃阿斯的狂妄，并不知道感谢众神，于是引起了众神的愤怒，他那些粗暴无礼的话传入了亲手拯救他的海神耳中。波塞冬愤怒了，高高举起三叉戟，将小埃阿斯站立的山岩劈成两半，山崖发出惊心动魄的轰隆，和小埃阿斯一同坠入了大海。小埃阿斯将自己葬送在了刚刚被波塞冬救离的大海中。阿伽门农带领着船队好不容易避开了风暴，终于抵达了故乡的海岸。然而，返回拥有无限黄金的迈锡尼并未让阿伽门农得到快乐，他的妻子克吕泰涅斯特拉早已变了心，为了摆脱阿伽门农，她设下毒计，无情地将他虐杀了。