赫拉克勒斯的第十二件功绩圆满完成，再也用不着为欧律斯透斯效劳了，恢复了自由的他返回有七座城门的忒拜，但是仍有新的任务等待他完成。因为他曾亲手杀死自己的儿子，因此无法面对妻子墨伽拉，于是伊俄拉俄斯娶了墨伽拉，赫拉克勒斯去了提任斯。
但是女神赫拉并没有放过他，赫拉克勒斯还会经受许多磨难。
赫拉克勒斯与欧律托斯
赫拉克勒斯小时候，曾跟随俄卡利亚国王欧律托斯学习弓箭。欧律托斯的箭术老师是阿波罗，因此他箭术超群，声震希腊。这位国王曾在全希腊宣告，如果谁的箭术胜过他，就可以娶他美丽的女儿伊俄勒为妻。赫拉克勒斯闻讯，急忙赶往俄卡利亚城参加比赛，并且轻而易举地取得了胜利。但是国王欧律托斯毁了约，认为这位伟大的英雄是欧律斯透斯的奴隶，绝不把女儿嫁给这样的人。尽管他的大儿子伊菲托斯——赫拉克勒斯的朋友，一再劝说，欧律托斯还是将赫拉克勒斯赶出了王宫。赫拉克勒斯满腹悲伤，对侮辱自己的欧律托斯充满了仇恨，独自离开优卑亚岛，回到了提任斯。
后来有一天，欧律托斯的牛群被赫耳墨斯的儿子、奥德修斯的外祖父，同时也是希腊最奸诈狡猾的奥托吕科斯偷走了。但是欧律托斯把这个罪名怪罪到赫拉克勒斯身上，认为他是要报复从前所受的侮辱。伊菲托斯不相信伟大的赫拉克勒斯会偷窃，他决定去寻找牛群，以证明赫拉克勒斯的清白。伊菲托斯找到赫拉克勒斯，与他一同寻找牛群。而正当他们俩在高峻的山岩顶上的提任斯城堡的高高的城墙上时，赫拉克勒斯突然想起曾遭受的侮辱，难以抑制的怒火控制了他，他再也无法克制，将伊菲托斯从城堡的高墙上推了下去，将伊菲托斯摔得粉身碎骨。宙斯被赫拉克勒斯失手犯下的杀人罪激怒了，因为他破坏了友谊的神圣。为了惩罚自己的儿子，宙斯让赫拉克勒斯得了重病。
赫拉克勒斯被病痛折磨得心力交瘁，只好到得尔福神庙去请求阿波罗的谕示。可是女祭司皮提亚决绝地拒绝帮助他，并且因为他曾犯下的杀人罪，甚至将他赶出神庙。赫拉克勒斯盛怒之下将皮提亚预言用的三脚供桌偷走，这惹怒了金发卷曲的阿波罗。阿波罗向赫拉克勒斯讨要三脚供桌，但被赫拉克勒斯严词拒绝。于是这两位宙斯的儿子——永生的太阳神阿波罗与最伟大的凡人英雄赫拉克勒斯举行了残酷的决斗。宙斯不愿看到儿子流血，他从奥林匹斯山扔出一道霹雳，将两个儿子隔开，平息了这场血腥的搏斗。直到此时，皮提亚告诉赫拉克勒斯必须卖身为奴三年，并且把卖身所得的钱都给欧律托斯，才能还清这笔债，治愈疾病。
于是赫拉克勒斯再次失去了自由，成为吕狄亚女王翁法勒的奴隶，翁法勒是伊阿耳达诺斯之女，赫耳墨斯将赫拉克勒斯的卖身钱送给了欧律托斯，但欧律托斯拒不收钱，一如既往地与赫拉克勒斯为敌。
赫拉克勒斯与达埃阿尼拉
在赫拉克勒斯被欧律托斯逐出俄卡利亚后，他到了埃托利亚的卡吕冬。请求统治该城的国王俄纽斯将女儿达埃阿尼拉嫁给他，因为在冥国时，他答应过墨勒阿革洛斯娶她妹妹达埃阿尼拉为妻。但是一位可怕的情敌却出现了。有许多英雄渴望美丽的达埃阿尼拉，河神阿刻罗俄斯便是其中之一。俄纽斯难以抉择，于是宣布谁在角斗中获胜，谁就娶达埃阿尼拉为妻。但除了赫拉克勒斯，没有人敢面对强大的河神阿刻罗俄斯。
赫拉克勒斯坚定地站在阿刻罗俄斯面前，和阿刻罗俄斯像两头公牛般搏斗，他们手臂交叠，像弯弯的牛角交叉在一起，面对面地尽力搏斗。用那双强劲有力的臂膀紧紧抱住河神。但高大的阿刻罗俄斯站得异常稳当，就算赫拉克勒斯用尽力气，也不能将他摔倒。河神阿刻罗俄斯岿然屹立，如同任凭海浪撞击的山岩般毫不动摇。赫拉克勒斯进行了三次进攻，却都未得手，后来，他从阿刻罗俄斯的双手中挣脱出来，从河神的背后抱住他。将沉重如大山般的河神按向地面。尽管阿刻罗俄斯竭力挣扎，但无论如何也挣不脱赫拉克勒斯强有力的手臂。于是阿刻罗俄斯突然变做一条蛇，从赫拉克勒斯手中滑了出来，赫拉克勒斯一见，轻笑着高声说：“我在摇篮里的时候就能对付毒蛇！虽然你比普通蛇更厉害，但仍然无法与勒耳那水蛇相比。”
赫拉克勒斯冲上去，双手就像铁钳一般紧紧扼住蛇颈，阿刻罗俄斯几乎被勒死，于是他赶忙化作公牛，想用双角将赫拉克勒斯顶死。但赫拉克勒斯紧紧握住公牛的两角，将河神掀翻在地。只是赫拉克勒斯用了太大的力量，将一只牛角折断了。赫拉克勒斯打败了阿刻罗俄斯，获得了达埃阿尼拉的爱。
赫拉克勒斯与达埃阿尼拉举行了盛大的婚礼，然后住在了俄纽斯的王宫，但没过多久，赫拉克勒斯就在宴会上失手打死了阿耳喀忒罗斯的儿子欧诺摩斯。当时欧诺摩斯不小心将用于洗脚的水洒在赫拉克勒斯的手上，赫拉克勒斯只想给他个小小的教训，便打了他一下。没料到出手太重，将小男孩打死了。尽管阿耳喀忒罗斯原谅了赫拉克勒斯，但赫拉克勒斯仍然感到十分忧伤，最终带上妻子达埃阿尼拉和儿子离开了卡吕冬，回到提任斯。
在返回提任斯的途中，赫拉克勒斯一家要经过欧厄诺斯河。马人涅索斯在这里背人渡河，收取一定的渡费。涅索斯主动要求背达埃阿尼拉过河，赫拉克勒斯同意了，便将妻子扶到马人的背上。自己迈开大步涉水过河。谁知马人迷恋达埃阿尼拉的美色，想把她掳走。
赫拉克勒斯愤怒地拉开弓箭，向涅索斯射出一支致命的毒箭，箭矢从他的背部扎了进去，又从他胸口穿出。涅索斯受了这致命的一击，跪倒在地再也站不起来了。浸染了勒耳那水蛇毒液的鲜血从他的伤口中喷涌而出。涅索斯宁死也要报仇，他收集了自己的最后一滴血，交给达埃阿尼拉，说：“听好，俄纽斯的女儿！你是我送过滚滚的欧厄诺斯河去的最后一个人。你收好我的血！假如有一天赫拉克勒斯对你变心，这血能让他回心转意，只要你把我的血涂在他的衣服上，他就会将你看做最珍爱的女人。”
达埃阿尼拉并不怀疑丈夫的忠诚，但还是将涅索斯的血收下了。赫拉克勒斯带着达埃阿尼拉回到提任斯，住了下来，而在他身不由己地将朋友伊菲托斯摔死后，又不得不离开了故乡。
赫拉克勒斯与翁法勒女王
为偿还害死伊菲托斯的罪过，赫拉克勒斯到骄横的吕狄亚女王翁法勒家做了奴隶，在服役期间，赫拉克勒斯经受了前所未有的折磨。翁法勒女王不断地侮辱这位最伟大的凡人英雄。她命令赫拉克勒斯穿上妇女的衣裙，和女仆们一起纺羊毛。这位曾砍死勒耳那水蛇、牵走哈德斯冥国中可怕的看门狗刻耳柏洛斯、赤手空拳杀死涅墨亚狮子、在肩头扛起沉重的天宇的英雄，如今只能屈腿弓背地摆弄着纺织机，用他那握惯利剑、拉得开金弓、挥舞起大木棒奋勇杀敌的双手干些女人干的精细活。而翁法勒女王却将赫拉克勒斯那威武的狮皮披在身上，狮皮盖住了她的全身，一直拖到身后的地上，还穿上他的金盔甲，在腰间配好他的利剑，肩上扛着他的大木棒，在宙斯之子面前肆意挖苦侮辱。翁法勒这样做，似乎都为了将赫拉克勒斯身上那不可战胜的神力耗尽。但赫拉克勒斯默默忍受着一切，持续了三年之久。
赫拉克勒斯很少有机会能走出翁法勒女王的宫殿。一次，他从宫殿中走出去，在厄斐索斯城郊的树林中睡着了。就在他熟睡之时，来了一群矮小的刻耳科珀斯人，他们偷偷摸摸走到他身旁，想偷走他的武器。就在小矮人们扛起他的弓和箭的时候，赫拉克勒斯醒了，他逮住这群小矮人，把他们的手脚捆住，用一根大木杆从他们被捆住的双脚中间穿过，扛着他们到了厄斐索斯城。但这群刻耳科珀斯小矮人装腔作势的姿态，把赫拉克勒斯逗得大笑不止。于是便将他们统统释放了。
赫拉克勒斯曾在为翁法勒女王服役期间到过奥利斯国。那里的国王绪琉斯强迫所有外乡人为他做管理葡萄园的奴隶。他也同样强迫赫拉克勒斯劳动。赫拉克勒斯十分生气，把绪琉斯的所有葡萄藤都拔光了，还挥拳打死了这个霸道的国王。赫拉克勒斯在作为翁法勒奴隶的三年间，还参加了阿耳戈英雄的远航。三年过后，宙斯这位伟大的儿子终于重获自由。
赫拉克勒斯之死
赫拉克勒斯在为翁法勒女王服役期间，所完成的最后一件功绩便是打败了欧律托斯，并且将俄卡利亚城摧毁，带着俘虏凯旋，回到了特拉喀斯。在这群俘虏中有欧律托斯的女儿伊俄勒。赫拉克勒斯的使者利卡斯带着俘虏先回来了，达埃阿尼拉隆重地迎接了利卡斯。利卡斯告诉达埃阿尼拉，赫拉克勒斯的身体和从前一样强壮健康，但他在离开优卑亚岛之前，还要准备众神献祭，迟几日才能回来。达埃阿尼拉这时在俘虏中发现了美丽的伊俄勒，于是便向利卡斯询问这是谁。
利卡斯躲躲闪闪地回答：“女主人，我不知道她是谁。这姑娘大概属于优卑亚的名门望族。一路都没有说过一句话。她自从离开故乡就一直在流泪。”
达埃阿尼拉同情地感叹，让利卡斯带俘虏先进宫去。
利卡斯刚走，一名使者就凑到达埃阿尼拉身边，对她说：“听我说，达埃阿尼拉，利卡斯说了谎话。他知道这姑娘的身份，这是欧律托斯的女儿伊俄勒。赫拉克勒斯曾非常爱她。就是为了她，赫拉克勒斯才攻打俄卡利亚城的。现在，他将伊俄勒带回来，是想娶她做妻子。”
达埃阿尼拉听到这番话很悲伤。她责怪利卡斯对她隐瞒事实，百般无奈之下，利卡斯说出了实情。达埃阿尼拉更加悲伤了。她深爱着赫拉克勒斯，不能让他被别的女人拥有。达埃阿尼拉突然想到了马人涅索斯送给她的血，马人临死前对她说的话清晰地出现在她的脑海中，她决定使用马人的血。达埃阿尼拉本不相信马人的妖术，但是对赫拉克勒斯的爱以及失去他的恐惧却盖过了一切。她取出秘藏着的涅索斯之血，小心地涂在自己为赫拉克勒斯亲手织的一件华丽的斗篷上，然后将斗篷锁到一个密封的箱子中，吩咐利卡斯把这件礼物交给赫拉克勒斯，一定亲手交给赫拉克勒斯本人。
忠心耿耿的利卡斯带上斗篷走了。他刚走，达埃阿尼拉就惊骇地发现，她蘸着涅索斯的血往斗篷上涂的那些羊毛都腐烂了，而等达埃阿尼拉把这些羊毛扔在阳光照射的地板上，那些羊毛被马人那晒热的毒血烧成了灰烬，地板上涌起恐怖的泡沫。达埃阿尼拉惊恐不安，可怕的预感日夜折磨着赫拉克勒斯的妻子，她不由得寝食难安。
不久之后，达埃阿尼拉与赫拉克勒斯的儿子许罗斯突然跑进宫来，他本来与父亲在一起。许罗斯脸色发白地看着母亲，两眼垂泪，高声呼喊：“啊，这三种情况我看到任何一种都会感到高兴：要不你已经死去，要不你是别人的母亲，要不你能比现在更聪明！你知不知道，你把自己的丈夫、我的父亲害死了！”
“啊，不幸的命运！”达埃阿尼拉惊慌地呼喊，“你在说什么呀，我的孩子！是谁告诉你的？你为什么把这个罪名加在我头上！”
“没有人对我说！是我亲眼目睹父亲罹难！”
许罗斯告诉母亲在俄卡利亚城边的卡奈翁山上发生了什么：那时赫拉克勒斯刚刚筑好祭台，准备向众神——首先向他的父亲宙斯献祭，就在这时利卡斯带来了斗篷。赫拉克勒斯将妻子的礼物披在身上，开始献祭。为敬奉奥林匹斯众神，他一共宰杀了一百头牛做祭品。首先，他在祭坛上点燃圣火，为父亲宙斯敬献了十二头精选的公牛。赫拉克勒斯站立在祭坛前，虔诚地举起双手高声感谢众神。圣火于祭坛上熊熊燃烧，将赫拉克勒斯的身体烘烤得全身冒汗。那件沾满了毒液的斗篷突然粘在了他的身上，赫拉克勒因为剧烈的疼痛浑身颤抖。他痛苦难忍，将利卡斯叫到面前，问他为什么要将这件斗篷给他。利卡斯是无辜的，他能怎么说呢？他如实地对赫拉克勒斯说，斗篷是达埃阿尼拉让他送来的。但伟大的英雄被剧烈的疼痛折磨得神志不清，他抓起利卡斯的一条腿，把他摔到了被海浪环绕的岩石上，将利卡斯摔得粉身碎骨。难以忍受的痛苦使赫拉克勒斯倒在地上不断地翻滚挣扎。附近的人惊恐的呼喊，但是都不敢接近他。赫拉克勒斯诅咒达埃阿尼拉和自己与她的婚姻。伟大的英雄对自己的儿子高声呼喊道：“儿子，别把你的父亲抛弃在不幸之中，即使是死亡威胁你，也不要丢下我！把我带回去！不要让我死在这个地方！”
大家合力将赫拉克勒斯扶了起来，抬到船上，送回了特拉喀斯。最后，许罗斯对母亲这样说，结束了对话：“好了，宙斯那个伟大的儿子就在门口，他也许还活着，也可能已经死去。母亲，你谋害了人间最杰出的人！这就是你所做的一切！”
达埃阿尼拉静悄悄地走进宫里，一句话也没说。宫中的女佣早听说达埃阿尼拉被欺骗的事情，并把这些告诉了许罗斯。许罗斯赶忙去找母亲，但已经晚了，一把利剑刺入达埃阿尼拉的胸膛——她已经死了。许罗斯哭号着向母亲扑去，将母亲紧紧抱在怀中，为自己的言论后悔不已。
这时，赫拉克勒斯被抬到了宫门口，他已经被剧痛折磨得奄奄一息了。
赫拉克勒斯高声喊道：“我现在在哪里？希腊的英雄，你们快来帮助我吧！用火或剑替我解除苦难！让我死吧，然后去惩罚那个害我的女人吧！”
许罗斯两眼含泪对父亲说：“这是母亲无意之中犯下的罪孽。为了赎罪，她已用利剑刺破自己的心脏而死了！她是无辜的！只是为了挽回你的****。害死你的是马人涅索斯那染上了勒耳那水蛇之毒的血。”
听到这些话，赫拉克勒斯惊呆了，他不再想着报仇，而是让自己的儿子娶了欧律托斯的女儿伊俄勒为妻，还请求朋友和许罗斯将自己抬到俄忒山上，堆起一个高高的柴堆，将这个最伟大的凡人英雄放在柴堆上。勒耳那水蛇的毒液不断侵入赫拉克勒斯的身体，疼痛越来越剧烈，他只想用死亡摆脱这种非人的折磨。没有一个人愿意点燃篝火。直到最后，菲罗克忒忒斯被赫拉克勒斯说服，将篝火点燃，为此得到了赫拉克勒斯的弓和浸过勒耳那水蛇毒液的箭。篝火的火光明晃晃的，但宙斯的闪电比这更明亮。随着天上隆隆的雷声，雅典娜与赫耳墨斯乘坐着金马车来到篝火旁，将人类最伟大的英雄赫拉克勒斯接到了光明的奥林匹斯山上。在众神的欢迎下，赫拉克勒斯成为了永生的神。女神赫拉也抛却了仇恨，让赫拉克勒斯与自己的女儿——青春女神赫柏结婚，从此，赫拉克勒斯就在光明的奥林匹斯山待了下去，成为了伟大的、永生的神祇中的一员。这正是他曾在人间建立过的许多伟大功勋的奖励，也是对他所经受过的巨大磨难的报偿。