根据国务院和省政府有关指示精神，决定建立法门寺博物馆，以便国内外各界人士目睹这批稀世瑰宝，弘扬古代文化，推进现代文明。随着法门寺总体建设一期工程的全面展开，法门寺博物馆筹备工作也拉开了序幕。
1988年元月12日，宝鸡市文化广播电视局局长曹振中召集文物科科长任周方、扶风县文化局局长韩金科、扶风县委党校副校长张恩贤等同志开会，研究法门寺博物馆筹建工作，并成立筹建领导小组。2月27日，筹建处在法门镇宝塔村小北巷正式办公。在设备简陋、环境恶劣的情况下，他们凭着对文博工作的热爱和执着敬业精神，白手起家，艰苦创业，风餐露宿，战严寒，斗酷暑，以忘我的工作态度和拼搏的工作干劲深入施工现场，协助建筑单位严把建设工程质量关；为博物馆行政生活区征地，移交珍宝阁工程；继续清理出土文物，竭尽全力做好法门寺文物的保管、保护工作；协助和参与法门寺文物在北京、西安两地的陈列展览；本着“以历史为纲，突出文物，突出佛教文化艺术”的指导思想，高质量完成法门寺文物陈列大纲的编写任务，精心筹备法门寺文物陈列开放，为博物馆的创建付出了大量的心血和汗水。筹建处人员由少到多，队伍不断发展壮大。7月21日，市文化广播电视局正式任命韩金科、张恩贤同志为宝鸡市法门寺博物馆副馆长。随后，成立办公室、宣教保管部、保卫科等科室，加紧文物陈列的展览制作。
11月9日，修葺一新的法门寺正式对外开放。上午10时，法门寺举行盛大的释迦如来真身舍利瞻礼法会和真身宝塔重建落成典礼，全国政协副主席、中国佛教协会会长赵朴初和各界群众5万多人参加了盛会。10时30分，法门寺博物馆举行了隆重的开馆典礼，宝鸡市市长李均主持并致欢迎词，国家文物局局长张德勤、陕西省政协主席周雅光剪彩，副省长孙达人、省人大副主任刘力贞、省政协副主席白文华、宝鸡市委书记纪鸿尚等领导应邀参加。
剪彩仪式结束后，来宾们步入珍宝阁，参观了法门寺地宫出土文物。法门寺博物馆从筹建到对外开放历时一年多时间，建设工程质量之优良，建设速度之快，在我国文物陈列设施的建设中前所未有。
1989年2月23日，宝鸡市编委批准成立法门寺博物馆，该馆为副县级事业单位，隶属市文化广播电视局管辖，编制45人。5月24日，宝鸡市文化广播电视局任命韩金科同志为法门寺博物馆馆长。1998年年底，法门寺博物馆上划归陕西省文物局和陕西旅游集团公司双重管理。目前，法门寺博物馆设有办公室、宣教部、公安科、保管研究部、创优办、外联部、票务科、旅游服务部等科室。