泰伦灭绝之后的第五百个年头，密切监视着地面情况的几个残存叛军基地忽然同时检测到了地面上有不同往常的活动迹象，经过侦查后他们发现了相当诡异的一幕——一群有机智慧物种开始在地面上繁衍生息，这些生命跟曾几何时的克隆几乎没差别，捕获之后的解剖结果也证实他们就是被高速孵化出来第二代克隆。这个所谓的第二代只是年代上的意义完全没有任何改进，还是那些基因原体还是那些适应化改造的基因痕迹，只是这些新克隆失去了本该由培养舱进行灌输的科学知识。他们就像刚从灵长动物进化成智慧生命的人类祖先那样以部落形式分散生活在欧洲大陆的各个角落，而本来打赢了这场内战的塞伯利安议会军却仿佛一夜之间全面从地表消失，只有部分没有被拆毁的废弃基地和高悬天上的伟大奇迹系统还能证明这些战胜者曾经确实存在过。
究竟发生了什么？没有一个叛军能搞清楚。他们最初将此视为塞伯利安人用以引诱他们的陷阱避免和任何第二代克隆进行接触，可是随着时光流逝他们发现无论自己如何动作也不会得到塞伯利安人的任何反馈，只有那些第二代克隆像被放养在大草原上的兔子一样在地面上肆意繁殖。
时间一晃又过了几百个年头，生存在地面上的第二代克隆已经从一群原始猴子演化成了具有国家体系和自身语言的新文明，得益于俯拾即是的泰伦和塞伯利安遗迹新文明的科技发展进步非常之快，短短几百年他们就做到了旧人类曾经用成千上万年才做到的科技积累。这时候叛军的警戒心也已经被漫长的空等给消磨殆尽，当他们下定决心拿出勇气来跟地面上的第二代克隆进行接触时赫然发现自己面对的已经是一个用有早期工业时代科技水平和数千万人口的种族，这个新种族甚至在曾经是塞伯利安发源地的亚洲大陆建立了一个殖民国家。
具体该如何与这些后进者相处，叛军中有两种态度。比较开放的一派认为既然第二代克隆与他们同种同宗就应该向他们传授技术和过去的历史帮助他们发展壮大，相对保守的一派则认为他们应该保持自己的独立性和神秘性只进行最低程度的接触，因为幸存的克隆叛军统统是经过“升华”的机械体，在最基础的生命形式上他们就已经和第二代克隆出现了差别，贸然进行过度接触只会平白招致第二代克隆的敌意和塞伯利安人可能的注意。
作为一个为求生存不择手段的谨慎之人玛尔什理所当然地选择了站在后者那边，不过百年的孤独等待却让前者的想法更被克隆叛军们接受。由于叛军的统合政府早在三神战争末期就被消灭，孤立在各地的叛军分支基本是根据自己的想法在各行其是，他们中的少数避世不出只和地面上的新文明进行最低程度的物质交换，更多的干脆离开地下基地试图融入地面上的新文明，但是选择重回地上的叛军无一例外地发现了一个问题，地面上这个新文明的侵略性太强了。
确实依靠着过去的恩惠让第二代克隆完成了跃进式的科技发展，但他们的思考方式和哲学理念在这几百年没能够跟上科技发展的步伐，他们成立了几个国家，这些国家的执政者秉承的却是非常原始的丛林法则，他们造出了钢铁和蒸汽机，这两样东西却更多被用来制造枪炮和坦克而非高楼和汽车。在叛军们重现地面之前地面上就已经是战火遍地，他们的出现更是加剧了这个不良态势，那些国家用大量的物资甚至是出卖自身人口来从自己的古老前辈手中换取到科技得到更强的生产力，然而这些生产力很快便被投入到烈度更高的战争中去，连天生被训练为士兵的克隆叛军们有时候都无法理解这些生命何以能在明知道自己头顶就存在一个可怕威胁的情况下如此狂热地进行无止境的自相残杀，很多时候他们伤亡惨重的战争只是根本没有意义的“尊严之战”。
幸好地面上这种混沌的态势并没有持续到永远，在三神战争无疾而终后的第一千年，所有争斗都被终结了——以最根本的方式。沉寂了千年的塞伯利安大军再次出现在地平线和天空，仿佛没有感情的天罚般无差别地屠戮了所有第二代克隆和没来得及逃回地下的第一代克隆，他们不接受投降也不进行任何交流，只是用压倒性的武力扫平了地面上的一切。先进的科技造就了卓然的屠杀效率，那个建立在塞伯利安发源地的殖民国家在一周内人口从四千多万降到了零，其余国家也没能挺过一个月，当塞伯利安军队跟他们出现时一样毫无征兆地消失时第一代克隆只剩下不到千人存活，第二代克隆则完全灭绝无一幸存。
这时候活下来的人才明白塞伯利安始终都在，他们在地球轨道上用冷峻的目光监视着自己。第二代克隆的诞生是塞伯利安人一手铸成，他们容忍这些生物在地球上生存了一千年然后又将之一手毁灭，如此大费周章的原因恐怕只有塞伯利安人自己知道，至少再次幸存的玛尔什看来这么做对塞伯利安没有一丝好处。
第二个千年的首个朝阳从地平线升起时，新一代的克隆们懵懂地降临在了旧世界的废墟上，时间的指针好像被拨回了一千年前，只不过这次地面上的遗迹经过千年的大肆挖掘比以前少了很多，那些前时代的幸存者也不再敢随意现身。当幸存者再次在地表检测到智慧生命活动的迹象时每个人似乎都明白了什么，他们给这种人造的生命循环起了个名字叫“轮回”，这个词的词源来自于旧人类的一种宗教，意思是万物众生的生生死死如同车轮转动般周而复始。
塞伯利安人怕是真把自己当成超脱五行外的神仙了，这是玛尔什理解这个概念时心里的想法，可他依然不清楚塞伯利安这么做有何意义，也许这其实是一种复杂而漫长的娱乐方式？
玛尔什的记忆中第二个轮回平静、低调、让人乏味，好像生命的狂躁活力都在上一个千年里用完了似的。幸存者们在地下加固自己的栖身之所以备下一次“清洗”来临，而对自己未来命运毫不知情的地上生命则缓慢地拓展着自己的文明与领土。这段宁静时光中偶有的不和谐音符是那些因为太长时间孤守在地下而变得疯狂的克隆叛军，活着对他们来说已经成为了一种负担，这些人选择了离开掩体到地面世界去大开杀戒一番然后就没有了音讯，他们可能是被塞伯利安人给收拾掉了，并在地面的原住民中留下了真神与魔神战斗的传说。
玛尔什没有疯，和那些浅薄的克隆不一样曾是泰伦人的他早就习惯了漫长岁月带来的孤独，事实上他还很享受这种孤独。这家伙或许是个叛徒也是个懦夫，但以观察者的视角体验这段记忆的李维都不得不承认他绝对是叛徒中的天才懦夫中的勇者。在其他克隆叛军或是空耗光阴无所事事或是干脆自我毁灭的时候玛尔什给自己订立了一个逃离地球的计划，这个计划可能会暴露玛尔什在地下的位置，但玛尔什判断塞伯利安应该不会拿他这个小角色怎么样，如果塞伯利安想要他的命他们早就这么做了。
早在上个轮回叛军的巡天望远镜就曾经观测到几次龙神机甲试图入侵地球圈的动作，这些尝试无一例外地被伟大神迹系统阻止消灭了。几次失败的入侵让玛尔什认识到龙军团虽然在地球上战败却依然于月面殖民地保存着部分实力，这些家伙不惜冒险闯入地球也要获得的东西玛尔什大致能猜得到，他们可能是想拿回地球上的生命基因库。哪怕是自命为神明的塞伯利安其生命初期依然以有机形态诞生，据玛尔什的所知月面殖民地在泰伦战争之前只是一个单纯的自动化采矿站没有设置基因库，这就意味着失去了地球的同时龙军团也失去了繁衍种族的能力。没什么东西是永恒的，一个没有新生命诞生的种族就没了未来总有一天会消磨在无尽的时光中，这个道理对泰伦人如此，对克隆叛军如此，对龙军团来说亦是如此，蜂巢议会也是深知这点才会赢得两场战争笑到最后。
基于这份了解玛尔什脑中的计划出炉了，他在地面上很容易就能收集到生命基因库，如果能联系到月球上的龙军团，他完全可以用基因库当筹码换取龙军团带他离开蜂巢议会的控制范围。当然如何能把基因库从地球上送出去是个问题，玛尔什毫不怀疑龙军团为了重获繁衍能力愿意付出多少决心和牺牲，但他不相信龙军团在没有外力的帮助下可以突破伟大神迹系统的绝对防御，所以他需要等，等蜂巢议会在下一次“清洗”时全军出动无暇他顾的空当为自己和龙军团制造一次突袭的机会，不过在这里玛尔什失算了。第二个轮回的清洗并不像上次那样大张旗鼓，它只是一束光芒从天而降，正好打在了笼罩在纳米云雾中与世隔绝两千五百年的黑岛基地上方。