（3）科技投入不足。一是我国历史上科技投入占GDP比重最高年份是1960年为2.32%，以后逐年下降，到1998年为0.69%，2000年为1.07%，到2003年恢复性增长也只有1.31%，与我国有关法律规定研究与开发（R&D）科技经费占GDP的1.5%的要求还有一定差距；二是2003年科技经费筹集额为3459.1亿元，比1996年的1289.8亿元增长2.68倍，占当年财政支出的比重由16.24%下降为14.03%，从结构上分析，政府资金只占一小部分为24.26%，企业资金占大部分为59.36%，金融机构贷款占7.49%，其他占8.89%；三是科技经费占GDP的比重，我国高于发展中国家，但是又低于发达国家，如日本（1993年）为3.12%，美国（2000年）为2.68%，德国（1998年）为2.46%，法国（1997年）为2.14%，英国（1999年）为1.85%。
（4）公共卫生投入不足。2003年“非典”疫情促使我国建立和加强公共卫生事业，我国各级财政建立了136亿元的防治基金，其中，中央财政投入28亿元。公共卫生总费用从1996年2857.2亿元到2003年为6305.93亿元增长了120.7%，其中，政府预算支出为956.39亿元，占总费用的15.17%，社会卫生支出为1654.71亿元，占总费用的26.24%，比1996年增长94.2%，居民个人卫生支出为4651.22亿元，占总费用的73.76%，比1996年增长2倍以上。我国公共卫生总费用占国内生产总值的比重，1996年为5.89%，2003年为5.38%，比一些发展中国家高，如印度（2000年）为1.61%，印度尼西亚（1999年）为2.32%，埃及（1997年）为3.31%，墨西哥（1999年）为4.22%；但普遍低于发达国家，如：美国（2000年）为20.5%，德国（1998年）为18.89%，英国（1999年）为15.41%，法国（1997年）为21.71%。
（5）环境保护投入水平低。我国县及县以上工业企业“三废”排放及治理情况表明，污染治理项目本年完成投资额，1995年为98.73亿元，占当年财政总支出的1.44%，占当年GDP的0.17%，2003年总投资额为221.8亿元，占财政总支出的0.89%，占当年GDP的0.19%。与各国比较，我国财政用于治理“三废”的投资处于低水平阶段。目前全世界各国用于环保经费占GNP的比重为0.5%～2%，其中：发达国家为1%～2%之间，发展中国家为0.5%～1%之间，一般来说，使环境得到保护的最低投资底线要占GNP的1.5%左右，理想投入水平为GNP的2%左右。
（6）社会保障制度不统一，政府保障主体局外缺位。我国目前社会保障制度与体制不统一，其资金来源与福利标准，地区之间、部门之间、行业之间高低不一，有国家管理的公共福利、有国有企业管理的企业福利、有集体管理的部门福利、有私营企业管理的个体福利等。我国财政用于抚恤和社会福利的支出，虽然从1952年的2.95亿元逐年增长到2003年的498.82亿元，但是，这项支出占财政总支出的比重，除1965年达到2.35%以外，50多年来始终徘徊在1%～2%之间，2000年和2002年分别为1.34%和1.69%，2003年微增为2.02%，与世界发达国家比较，我国财政支出用于抚恤和社会保障方面比重较小，在我国的社保资金总额中，企业承担了大头。这说明国家财政在公共事业和公共服务上处于缺位的不正常状态，但同时又存在许多“越位”现象，如公共财政承担了本来应该由企业自己负担的各种“挖潜改造”资金、流动资金以及各种所谓的政策性亏损、补贴等等。
总之，政府支出中的“越位”与“缺位”并存现象，充分说明我国财政资金供给范围很不规范，用于竞争性、经营性领域的投入过多，而用于非营利性或微利性的公共设施和基础设施等方面的投入严重不足，在整个政府支出中，中央政府的支出规模与地方政府支出规模比较，前者比重过小，后者比重过大。我国政府支出中存在的这些问题，只有通过改革才能得以解决。
2.解决途径。
（1）强化政府支出的预算管理。具体来说，要将过去“政策、拨款、监督”模式改变为“政策与拨款相分离”、“拨款与监督相分离”模式，加强和完善专项经费跟踪检查制度，对经费使用情况进行专项审计和评估，这是优化支出管理的制度保证。
（2）优化支出结构。这分两个方面，一是政府支出的职能结构，即根据全国人大十届一次会议决定，要按照市场经济要求，把政府职能转变到宏观调控、社会管理和公共服务上来，这就要求政府支出在逐步退出竞争性领域，压缩一般性项目投资的同时，要加大对国民经济有重大影响的非经营性和非竞争性领域的投资比重，如基础设施、公共设施、高新技术产业、自然垄断行业、风险产业等。二是政府支出的性质结构，即要降低行政管理费用支出，削减政策性补贴支出（含对国有企业的补贴），控制债务支出，扩大社会保障支出，完善转移支付制度等等。
（3）调整支出范围，解决财政职能越位与缺位问题。根据实际要求科学界定支出范围，合理确定支出项目，彻底改变国家财政包揽一切或该包不包的问题，该由市场承担的就要从政府支出中分离出去，该由政府承担的就要彻底揽过来，该由政府和社会共同负担（或可由政府也可由社会负担）的，就要明确分工，各负其责。只有这样，政府支出才能纳入科学管理轨道，才能充分发挥其应有作用。
三、政府支出绩效评价
政府支出过程，就是政府利用公共权力将社会经济资源集中到手中后，根据政府职能需要，进行支配与使用的过程。通常认为，只有当这些资源集中在政府手中，并通过政府支配能够发挥出比由微观经济主体支配取得更大的成效时，政府占有并支配资源对社会才算是有益的。政府支出追求绩效，其依据也是如此。可以说，政府支出的核心问题，就是指提高政府支出的绩效。
（一）政府支出绩效与绩效评价的内涵
政府支出绩效，是指各项政府支出所发生的“成本”与所得“收益”的对比关系。提高政府支出绩效，实际上就是政府通过相应的经济活动，达到“低成本、高收益、高效率”这样一种最优效果。当然，政府支出绩效与微观经济主体支出的绩效相比，还存在较大差别，这是因为，政府除像微观经济主体一样，可直接从事某些经济活动外，还处在宏观调控主体的地位。具体表现在两方面：一是成本与收益的计算范围不同。对微观经济主体来说，只需要分析发生在其自身范围内的直接的和有形的成本和收益；而对政府来说，不仅仅要分析其自身范围内直接的和有形的成本与收益，还需要分析与政府部门有关的长期的、间接的和无形的成本与收益。二是在具体相关方案上，双方选择的标准不相同。对微观经济主体来说，其经营目标是以追求自身利益为出发点，任何时候都不会选择亏本的方案；而政府则不同，其所追求的目标是实现社会整体利益的最大化，为达到这个总体目标，有时必须牺牲局部利益。
政府支出绩效评价是指运用科学、规范的绩效评价方法，对照统一的评价标准，按照绩效的内在原则，对政府支出行为的过程、效果（包括经济、政治和社会）进行的科学、客观、公正的衡量比较和综合评判。在政府支出规模一定情况下，成果越大效益越高。
政府支出效益主要包括三个方面。一是经济效益，“少花钱多办事”是政府支出经济效益的集中体现，也是对纳税人负责的根本要求。二是社会效益，政府支出的性质和目的决定政府支出在追求经济效益的同时必须兼顾社会效益，有时，甚至社会效益胜过经济效益。三是生态环境效益，生态环境好坏关系到全社会成员的共同利益，政府支出与其他任何支出不同，它必须符合和保护社会生态环境，或者说，改善生态环境、保护生态环境是政府的职责，也是政府支出所承担的重要任务。
（二）财政支出绩效评价的原则
20世纪80年代以来，西方国家从绩效审计理论和实践中充分汲取营养，并借鉴其他学科理论发展的成果，提出了财政支出绩效评价的“经济性（Economy）、效率性（Efficiency）和有效性（Effective-ness）”，即所称的“3E”原则，这构成了财政支出绩效评价理论基本平台，并成为绩效评价的基本原则。
所谓经济性（Economy）是指以最低费用取得一定质量的资源，简单地说就是支出是否节约。所谓效率性（Efficiency）是指投入和产出的关系，包括是否以最小的投入取得一定的产出或者以一定的投入取得最大的产出，简单地说就是支出是否讲究效率。所谓有效性（Effectiveness）是指多大程度上达到政策目标、经营目标和其他预期结果，简单多说就是是否达到目标。
（三）财政支出绩效评价的方法
1.成本一效益法。成本一效益法又称投入产出法，针对财政支出确定的目标，比较支出产生的效益及所付出的成本，通过比较分析，最小成本取得最大的效益是最优的项目。这种方法特别适用于政府支出中有关投资性支出项目的分析。
在运用该方法过程中，关键问题是如何确定项目的效益、成本和贴现率。关于效益和成本的确定一般分为五大类：
第一，确定实际成本效益和金融成本效益。实际成本是指实际耗费的人力、物力以及对社会、经济和人民生活造成的实际损失；实际成本效益是指该政府支出项目所创造的社会财富以及由此带来的社会发展和人民生活水平的提高。金融成本效益是指该项目建设致使社会上价格变动，从而使部分组织或个人收入也发生增减，由于这种收入增减变化在不同组织和个人之间是此消彼涨关系，社会总成本和效益并无变化，所以，金融成本和效益也叫虚假成本和效益。
第二，确定直接成本效益和间接成本效益。直接成本是指为项目建设直接投入的人力物力价值，直接成本效益是指该项目直接增加的商品（劳务）量和使社会成本降低的价值；间接成本是指因项目建设而附带产生的包括其他部门在内的各种人力物力耗费，间接成本效益是指该项目对相关部门带来的效益。
第三，确定有形成本效益和无形成本效益。有形成本效益是指可以由市场估价的各种成本和效益，不能由市场估价的效益叫做无形成本效益。
第四，确定内部成本效益和外部成本效益。内部成本效益是指发生在项目实施区域内的成本效益，发生在项目实施区域外的成本效益属于外部成本效益。
第五，确定中间成本效益和最终成本效益。中间成本效益是指项目实施中产生的成本效益，在项目最终产生的成本效益叫做最终成本效益。
关于贴现率选择，是一个复杂和富有争议的问题。一般可以以借款利息率或资本投资收益率为贴现率。
成本一效益法产生于20世纪30年代的美国，一般认为，在政府支出上，运用该分析方法能够取得较好效果。
2.公共产品定价法。对于诸如公路、电信、邮政等政府支出项目来说，往往是“易于衡量成本，难以计算绩效”，但通过这些支出所提供的商品或劳务，实际上都属于准公共产品，都可以部分或全部进入市场进行相关交易。在市场经济条件下，此类项目可以通过设计“公共定价法”来衡量它们的成本与收益，并可直接提高它们作为准公共品的绩效。
公共产品定价法也叫公共劳务收费法，是指通过制定和调整“公共劳务”价格，改进“公共劳务”使用情况，以提高政府支出效益。它不涉及最优支出方案选择，其核心在于制定合理的价格和收费标准，借以达到约束社会对“公共产品”的消费量，防止浪费，节约政府开支，提高政府资金使用效率之目的。
从定价政策来看，公共定价实际上包括两个方面：一是纯公共定价，即政府对自然垄断行业（如能源、通信和交通等公用事业以及煤、石油、原子能、钢铁等基本品行业）直接制定价格；二是管制定价或价格管制，即政府规定竞争性管制行业（如金融、农业、教育和保健等行业）的价格。
公共产品定价具体有三种方法：平均成本定价法、二部定价法（即定额定价和从量定价合二为一）和负荷定价法（即根据不同时期的需要制定不同价格）。公共产品定价法适合分析那些成本容易衡量、效益难以计算的支出项目。政府使用公共产品定价方法的目的有二：一是提高整个社会资源的配置效率，使这些物品和服务得到最有效的使用；二是提高政府支出的效益。
3.最低费用选择法。有些政府支出项目，如政治、国防之类的支出，其成本容易计算，但绩效却难以衡量，况且，这类支出所提供的商品或劳务，不可能以任何形式进入市场交换，因此，就不可能使用成本一收益分析法来测算政府支出绩效，而只能运用最低费用选择法来对其进行分析。
最低费用选择法又称最低投入法，即在无法取得有关项目的预期收益时，分析比较项目的投入，费用或成本最低即为最优。由于不要求计算效益，所以该法比较简单，适合那些难以计算效益而容易计量成本的支出项目的评价，如文教卫生、国防、行政等。与成本一效益分析法相比，最低费用选择法主要表现在不必使用货币单位来计量备选的政府支出项目的社会效益，只需要计算所有每项备选项目的有形成本，并且把所花费的成本最低，作为政府支出项目择优选择方案的基本标准，在所有备选方案中，哪一个方案成本最低，就成为政府支出项目方案的首选方案。
从确定政府支出项目最终方案的程序看，使用最低费用选择法与“成本一效益”分析法大致相同。其主要步骤如下：首先，根据经济和社会发展要求，按照国家总体发展计划，相关政府部门确定建设项目目标，归集各自提出的多种备选方案。其次，以现有货币单位为统一尺度，分别计算出已经归集的所有备选方案可能发生的各项有形费用，并分别予以加总。在计算费用的过程中，如果碰到了需要多年安排才能完成全部支出的项目，都要用贴现法折算出“费用流”的现值，以保证备选方案的可比性。最后，按照各种备选方案所有可能发生的费用的多少排出顺序，以供政府决策部门的决策者们进行择优选择。
这种选择法一般被运用于政治、国防、文化、卫生等政府公共支出项目。使用这种分析法来确定政府支出项目的最佳方案，从技术上看已经没有太大困难，而真正的困难在于如何确定所有备选方案。