基于对完善性的上述理解，莱布尼茨对传统的上帝概念进行了三方面的改造。
首先，也是最重要的，莱布尼茨认为上帝与被创造物之间没有根本性的差异，它们都是单子，区别只在于被创造物是被创造的单子，上帝是原始的或最高的单子。作为单子，上帝像被创造的单子一样是有能力、知识和意志的。只是作为原始的或最高的单子，他的这些属性具有绝对无限性和完善性，从而构成了万物的终极本原，而其他单子则有某种限制，不那么完善，是上帝的“仿制品”。他说：“在上帝之中有能力，能力是万物的源泉，又有知识，知识包含着观念的细节，最后更有意志，意志根据那最佳原则造成种种变化或产物。这一切相应于创造出来的单子中的主体或基础、知觉能力或欲望能力。不过在上帝之中这些属性是绝对无限或完满的，而在创造出来的单子或‘隐德来希’中，则只是按照具有完善性的程度而定的一切仿制品。”
莱布尼茨多次谈到被创造的个体事物有形体，而只有上帝没有形体，如他说：“我相信禽兽是有不灭的灵魂的，而人和其他一切的灵魂是决不会没有某种身体的；我甚至主张唯独上帝，作为一种纯粹的现实性，才是完全不具形体的。”但是，这并不是上帝和个体实体的根本区别，因为形体按照莱布尼茨的理解，不过是被创造的单子的堆集而已。正是在这种意义上，莱布尼茨一方面说上帝创造了单子，另一方面又说“上帝不仅创造了形体而且也创造了灵魂”。因此，上帝与被创造物的区别就是原初单子与被创造的单子的区别。单子的完善性是单子本性的完善性，而单子的本性在于能动性，因而上帝与被创造的单子在完善性方面的区别，就在于能动性方面。在莱布尼茨看来，上帝的绝对的完善性就在于他是纯粹的能动性，他是绝对独立自主的，不受任何其他的影响，而被创造物虽然也都具有能动性，但总程度不同地具有被动性，总要受到他物的影响，尽管这种影响不是实在的，而是观念的。对于莱布尼茨来说，单子的能动性主要在于单子知觉的清晰程度或混乱程度，在于对于整个宇宙的细节的知识方面，“单子具有能动性，是就它具有清晰的知觉而言；说它具有被动性， 是就它具有混乱的知觉而言”，不过，所有单子知觉的对象是相同的，即宇宙。就此而言，上帝的能动性主要表现为他具有无限的智慧，对整个宇宙的细节及其过去、现在和未来具有完全的知识，而被创造物的能动性虽然也在于表象，但它只对一小部分（如最近、最大的事物）有清晰的知觉，而在整个宇宙的细节方面只是混乱的，“单子都以混乱的方式追求无限，追求全体，但是它们都按知觉的清晰程度而受到限制和区别。”
无论是说能动性，还是说知觉清晰的程度，它们都是就活动而言的。无论是上帝还是其他单子，都是活动的主体，唯有如此，它们才有能动性和知觉活动。从这个意义上看，上帝的完善性就在于他能以最完善的方式即完全能动地进行清晰的表象，而其他单子的不完善性则在于它们以不完善的方式即程度不同地被动地进行混乱的表象。从莱布尼茨对上帝与被创造物关系的阐述看，在他心目中，上帝不过是能动性或表象清晰程度的极限，这与亚里士多德形而上学中的“纯粹形式”是一致的。另一方面，他的上帝既然是一种单子，那么作为他的本性的能动性主要在于知觉方面，或者说在于理智方面、智慧方面，而不在于善性方面。这样，他的上帝主要是一种理性的主体，而不是道德的主体，就此而言，他的上帝概念与笛卡尔的上帝概念相类似。其次，莱布尼茨虽然也承认上帝是全知、全能、全善的，但他对所有这些特性都作了限制。就全知而言，莱布尼茨认为，上帝不仅知道现实世界变化的全部细节，是实在事物存在的源泉，而且在他的理智中包含着所有可能性，因而他是本质的源泉，是可能性的源泉。他说：“上帝不仅是存在的源泉，而且是本质的源泉，是实在的事物，也同样是可能性中的实在事物的源泉。这是因为上帝的理智乃是永恒真理的所在地，或永恒真理所依赖的理念的所在地，因为如果没有上帝，就没有任何处在各种可能性中的实在的东西，不仅没有任何实存的东西，而且没有任何可能的东西。”
对于莱布尼茨来说，存在着无限多的可能事物，现实事物本身也是可能性。所有这些可能性是上帝理智的对象，这些可能事物与现实事物一样具有实在的本质。无论在现实事物中还是在可能事物中，事物的本质是同一的、不变的。这些实在本质构成了上帝的观念或绝对真理。上帝的全知就在于在上帝的理智中包含了所有可能事物的实在本质的观念或绝对真理，或者说包含着所有的可能性。他说：“没有上帝，不仅没有什么东西是存在的，而且也没有什么东西是可能的。”既然上帝的理智是以可能性为对象的，他的知识是关于一切可能事物的实在本质的观念，所以上帝的永恒真理不是任意的。在这个问题上，他批评了笛卡尔等人的主张。笛卡尔在给Pire Mersonne的信中说：“你称为永恒的形而上学真理是由上帝建立的，而且完全依赖他，像所有其他被创造物一样。的确，说这些真理独立于上帝，就是把上帝说成是朱庇特（Jupiter）和农神（Saturn），就是使他从属于外绕地狱的冥河（Styx）和命运女神（Fate）……上帝已经建立了自然中的这些法则，正像一个国王建立他的王国的法则一样。”又说：“我们不能没有亵渎地说任何事物的真理先于上帝关于它具有的知识，因为在上帝中，意欲和认识是一回事。”
在别的地方他又说到，上帝完全有自由使三角形的三个角应该是与两个直角相等的成为不是真的。对于这种观点，莱布尼茨早在1671年给Honoratus Fabri的信中就提出了批评。他说：“如果真理和事物的本性依赖上帝的选择，我就不明白知识甚至意志怎么能被归属于他。因为意志无疑是以某种理智为前提的，因为任何人除非根据某种善（sub ratione boni），否则都不能意欲。但是，理智又以某种能被理解的东西为前提，那就是说，以某种本性为前提。但是，如果所有的本性都是意志的结果，那理智也是意志的结果。那么，意志怎么会以理智为前提条件呢？”这个问题在中世纪就曾被经院哲学家讨论过，其中特别涉及到道德法则是否独立于上帝的意志。笛卡尔的观点是与邓.司各脱一致的，而莱布尼茨所遵循的是托马斯.阿奎那。因为笛卡尔认为，神的理智与人的理智在种类上是不同的，而对于莱布尼茨来说，它们只在程度上不同。在莱布尼茨看来，笛卡尔的看法只适用于偶然真理，不适用于必然真理，因为偶然真理的原则是“适宜”或“对最佳者的选择”，而必然真理则只是依赖上帝的理智，乃是上帝理智的内在对象。
就全善而言，上帝遵循最佳原则从所有可能世界中选择最佳者。在莱布尼茨看来，尽管上帝的观念中包含无限多的可能世界，而且所有这些可能世界由于是实在的，因而都有一种趋向存在的倾向，但是，它们不能同时存在。在所有这些可能世界中，上帝所要创造的，不是任意选择的，也不是像基督教神学家所认为的那样，可以选择这一个，也可以选择那一个。相反，他必须在所有可能世界中选择那种最佳的世界，并使它成为现实的。他说：“既然在上帝的观念中有无穷个可能的宇宙，而只能有一个宇宙存在，这就必定有一个上帝进行选择的充足理由，使上帝选择这一个而不选择另一个。”又说：“权能和意志是不同的能力，它们的对象也是不同的；说上帝只能做他意欲的，是把它们混淆了起来。相反，在各种不同的可能中，他只意欲他发现是最佳的东西。”“因而，人们必须想到所有可能世界中最好的被创造，更加是因为上帝不仅决意要创造一个宇宙，而且也决意要创造所有可能世界中最好的。”上帝之所以要选择最好的，是上帝的善性使然，因为“上帝以这个宇宙能具有最大完善性而做一切事情”。
在莱布尼茨看来，上帝进行选择所依据的是最佳原则。上帝的全善就在于遵循最佳原则从所有可能世界中选择最佳者。但是，上帝又只能在可能世界中进行选择，如果在可能世界中没有一个最好的世界，上帝也不能创造出一个最好的世界来。莱布尼茨还特别强调上帝的选择是以他的理智为前提的，是受知识限制的。他说：“没有知识，他就决不能决定任何东西，因此上帝的选择是以他的知识为前提的，是受理智制约的。上帝的意志并非独立于智慧的规则。”就全能而言，上帝使所有可能世界中最好的可能世界产生。从前面的分析可以看出，莱布尼茨也认为上帝是世界的造物主或建筑师，但上帝不像基督教神学家所认为的那样从虚无中任意创造世界，而是根据最佳原则，在所有可能世界中选择最佳者，并使之产生。而所有可能世界在他看来并不是虚无，而是具有实在性的，而且“每一个可能世界都有理由要照它所包含的完善性而获得存在”。这样，上帝的创造不是无中生有，而是使可能变为现实；上帝的创造不是任意的，而是有充足理由的，“这个理由只能存在于这些世界所包含的适宜性或完善性的程度中”。上帝的创造不仅是有充足理由的，而且是以最完善的方式进行的。这种最完善的方式就是：上帝像优秀的几何学家或建筑师那样，通过最简单的手段达到最大的目的或最丰富的效果。他说：“完善地行动的上帝像一位知道怎样发现一个问题的最佳结构的几何学家，或者说像一位最充分地利用空间和用于建筑的资本、不留下任何使人感到不舒服或缺乏本来会成为美的东西的高明建筑师；或者说像一位充分利用他的土地以致于不让它未被耕种或荒芜的明智家长；或者说像一位通过所能选择的最容易的过程制造他的产品的熟练工匠；或者说像一位在尽可能少的篇幅中包容最大量题材的有学识的作者。……至于上帝的方式的简单性，这特别显示在他所使用的手段方面，而其多样性、富裕性、丰富性则表现在目的和结果方面。”
总的来看，在莱布尼茨那里，上帝的全知、全善、全能就集中体现在上帝使最佳者存在。莱布尼茨对上帝所有这些特性的规定和限定，无非是要说明上帝是现实世界的完善性或和谐性的终极根据。正如他自己明确指出的：“其所以最佳者现实存在，理由就在于上帝的智慧使它为上帝所认识，上帝的善使上帝选择它，上帝的权力使上帝产生它。”最后，莱布尼茨虽然一般也不否认上帝对现实世界的直接干预，特别是他认为上帝是精神世界的统治者或国王，他不仅是精神法则的立法者，而且也是赏善罚恶的执法官，但是，他并不赞成基督教神学家所主张的上帝的意志决定着现实世界的一切，也不同意马勒伯朗士等人所主张的上帝总是施奇迹的看法。对于他来说，经由上帝的智慧所认识、他的善性所选择、他的权能所产生的现实世界，是有秩序或普遍和谐的。上帝之所以选择这个世界，就是因为这个世界是所有可能世界中包含最高适宜性或完善性的世界，或者说，上帝在创造每一个事物时，预先规定了它们各自独立自主地变化而又彼此联系和适应。因此，现实世界被创造出来之后，上帝没有必要、而且具有最高智慧的上帝也不会干扰世界的秩序和和谐。在他看来，上帝的奇迹只表现在他对世界的创造过程中，而不会表现在世界自身的关系和变化方面。除了世界的创造之外，如果说有奇迹的话，那奇迹也得根据秩序。显然，既然事件根据秩序发生，也就无所谓奇迹了。他说：“既然没有什么东西能不根据秩序发生，那就能说奇迹像自然活动一样从属于秩序，自然活动之所以被称为自然的，是因为它们遵循我们称之为事物本性的某些从属的准则。”“那统治宇宙的整个系统的上帝法则中的最一般的东西是没有例外的。”
考虑到社会正义的需要，莱布尼茨在这里作了保留，认为虽然上帝的最一般法则没有例外，上帝不会干预，但对于善恶上帝的意志则要发生作用。他说：“能够说上帝意欲那是他特殊意志作用的对象的任何东西；但是关于他的一般意志的对象，如创造物的活动，特别是那些合情理的、上帝希望与之合作的活动，我们必须作出一种区别。如果行动本身是善的，我们能说上帝希望它而且有时命令它，即使它没有发生。但是，如果行动本身是恶的，而且只是因为事件的过程，特别是惩罚和满足纠正了它的恶性，并且以这样的方式，即比如果恶没有出现有更多的完善性在整个系列中被发现，以利益补偿了恶，而偶然地成为善的，———那么，我们必须说上帝允许它而不应该说上帝意欲它，尽管他通过他已经建立的自然法则在它之中发生了作用，而且因为他知道怎样从它之中引出更大的善。”虽然作了这样的保留，但他的尊重法则的“上帝”显然是与神学家的那种随意干预一切的上帝完全不同的。