不过，从另一方面看，莱布尼茨的物质论在他的体系中的确具有重要意义，或者不如说，他是出于他的形而上学理论的需要才对物质作上述理解的。首先，被动的、不完善的物质不仅是单子之所以可以存在而且彼此不同的根据，也是所有个体事物之所以可以存在而且彼此不同的根据。不同的单子和不同的个体事物是因为有被动性才彼此不同的。如果没有被动，也就无所谓单子之间及个体事物之间的差异。既然每个事物都是有差异的，而个体事物又是无限的，它们就构成了从低到高的无限系列。在这个系列中，每一个个体事物都有存在的理由，它的地位是不能由他物所取代的。其次，既然每个事物都有被动性的一面，它就有活动的必要，通过活动使自己朝着不断完善的方向变化。如果事物没有不完善性，都是完善的，事物就没有活动的必要，也就没有发展。设想那种没有活动、没有发展的尽善尽美的宇宙，不仅在理论上不能成立，而且在实践上是有害的。只能有一个上帝是完善的，以作为所有被创造物追求的目标，但不能设想所有的被创造物都是完善的。被创造物是被创造的，这本身就意味着它不完善。最后，也是最主要的，有被动性才有事物的差异，有不完善才有事物活动的必要，而有事物的差异和活动才可能有和谐。
如果所有事物是青一色的、静止不动的，即使每一个事物本身再完善，也不可能有整体的、事物之间的和谐和美。在莱布尼茨看来，只有个体的不完善才能构成整体的完善，只有个体的差异才能形成普遍的和谐。在某种意义上可以说，莱布尼茨之所以要肯定个体事物的不完全性方面、个体的质的差异，就是要从根本上打破近代以来形成的那种千人一面、万物一律的毫无生气、毫无生命的宇宙观，代之以一种绚丽多采、普遍和谐的充满生机和活力的宇宙观。莱布尼茨自己说：“如果只有精神，它们就不需要联系，就没有时间和空间的次序，这种次序需要物质、运动及其法则。”罗素在他的《莱布尼茨哲学述评》中根据莱布尼茨自己的说法，进一步谈到了莱布尼茨物质学说的意义。他说：“只有上帝是高于所有物质的；摆脱物质的创造物就会是一般秩序的背离者，就会超乎宇宙的联系。另一方面，莱布尼茨宣布反对这样的观点，即天使是没有肉体的精神。他说，去掉他们的身体，去掉地点，就是去掉世界由与时间和地点的关系所形成的普遍联系和秩序。所有这些言论似乎都要由这样的事实来解释，即地点是由观点引起的，而观点包含混乱的知觉或原初物质。而且，这也是与关于无意识的学说密切联系的。主张我们反映整个宇宙，只有通过大量使用这种学说才有可能。”
二、灵魂与形体
从前面关于次级物质的讨论可以看出，次级物质在莱布尼茨那里事实上有两种不尽相同的含义。一是指由单子构成的物体，而物体本身具有能动性和被动性。这种物体就是个体实体。不过这里的物体所侧重的是个体实体的物质形态或形体方面。二是指单子的堆集，这种堆集不具有内在的统一性，因而不是个体实体。莱布尼茨在讨论灵魂与形体的关系时，进一步明确了以上两种不同的含义，把物体称为“自然机器”，而把单子的堆集称为“物质团块”或“纯粹的团块”。这种区分是他在给Des Bosses神父的信中第一次明确作出的。他认为，有机体具有一定的统一性，它是substantia composita（一个复合的实体），它包含某种给它的现象一定实在性的东西，或者说，在它的现象之间有一种实体的联系纽带（vinculum substan-tiale）。它是unum perse（一本身）。而纯粹的堆集 （如一堆石头、一群羊、一支军队等），则不是一个实体，而是一些实体（substantiae），它不具有它自己的统一性。就一堆石头而言，它的统一性在于它的部分之间的联系，就一支军队而言，它是由一个共同的目的统一起来的。但无论在哪种情形下，都缺乏vinculum substantiale，它们的联系纽带完全在于观察者的心灵。因此，它是一个与unum per se形成对照的unum per acci-dens（偶然的一）。
那么，为什么会有这种区别？或者说，区别有机体和非有机体的根据是什么？按照莱布尼茨的看法，这种区别的根据不在于两类次级物质（或广义地称为形体）本身的构成成分，因为它们都是由简单实体或单子构成的，而在于它们之中有没有一个占统治地位的单子或灵魂。非有机体因为没有一个占统治地位的单子而是一种纯粹的堆集，没有内在的统一性。而一个有机体则是因为有一个占统治地位的单子而成为有机的，通过与这个单子的关系，它获得了一定的统一性。如果没有一个占统治地位的单子，形体就会是纯粹不确定的量。“没有形式”，形体如果不是“虚空”，那就是一种纯粹有差异的混沌。关于这种占统治地位的单子，莱布尼茨在《以理性为基础的自然和神恩的原则》中作了这样的阐述：“到处都有简单实体，它们实际上是由于它们自己的能动性而彼此分离的，它们连续地改变它们的关系；每一个特别重要的简单实体或单子，即构成一个复合实体（如一个运动）的中心及其一性的本原的单子，被由无限多的其他单子构成的一个团块所包围，这些单子构成这个中心单子的形体，根据它的形体的影响，这个单子像一个中心那样表象他之外的事物。这种形体是有机的，尽管它构成一种自动机或自然机器，这不仅是作为一个整体的机器，而且就能观察的最小部分而言，也是机器。”在莱布尼茨看来，占统治地位的单子之所以成为占统治地位的，是因为这种单子在一组单子中具有最分明的知觉。
我们知道，每个单子都在知觉的分明性上不同于其他所有的单子。这样，在每一组单子中必定有一个单子比其他单子更分明地表象这一组单子。莱布尼茨所谓的占统治地位的单子，就是每一个有机体中的这种具有最分明知觉的单子。它的控制和统治只在于它的知觉的分明性以及相应的能动性。如果其中占统治地位的单子是一种只有无意识地赤裸裸的单子，我们就可以称形体为无机的。如果其中占统治地位的单子的知觉具有高一些的分明性，我们就称形体为植物，等等。某个形体具有的有机统一性的程度只在于它的占统治地位的单子的知觉的分明程度，这种单子越分明，它的统治作用越大，越完全。这样，有机体的部分比物质团块的部分更密切地联系着，更牢固地结合在一起，相比较而言，前者是实在的，后者是不实在的。不过，有机体和无机体是不知不觉地彼此转化的，而且我们称作“无机的”并非绝对无机的，而实际上是在较低程度上有机的。从这个意义上看，自然是彻底有机的。他说：“的确，尽管并非所有的形体都是有机的，然而在所有的形体（包括无机形体）中，有机体处于隐蔽状态，以致于外表看来是无形式并且未被区别开的团块，并非内在地未被区别开，而是各不相同的，而它的多样性不是混乱的而是有序的。
这样，到处都是有机体，没有那里有混沌，这才会与英明的创造者相称的。”由于严格说来只有有机体才有占统治地位的单子，而有机体在莱布尼茨那里实际上所指的是具有灵魂的植物、动物和人，因而莱布尼茨通常把占统治地位的单子称为灵魂，而把有机体称为形体，它们之间的关系也就是灵魂与形体的关系。灵魂是单子，形体也是由单子组成的，因而它们的关系首先是一般单子之间的关系。按照莱布尼茨的观点，尽管单子具有能动性，但任何单子都不能对自身之外的单子产生任何实在的影响，也不能从它之外的单子接受任何实在的影响。单子之间的关系纯粹是观念的，它们各自的能动性和被动性是完全内在的。一个单子就它的知觉是相对模糊和混乱的而言，本身是被动的；就它是相对清楚和分明的而言，本身是能动的。同样，由于每个单子都从它自己的观点知觉或表象宇宙，因而就一个单子的知觉与另一单子的相应知觉相比较是模糊或混乱的而言，在与那个单子的关系上，这个单子就是被动的。如果一个单子的知觉比另一单子的知觉更清楚、更分明，在与那个单子的关系上，这个单子就是能动的，或者说在观念上作用那个单子。而且，由于清楚和分明的知觉是相应的较混乱的知觉的展开或解释，一个单子对另一单子的作用就意味着能动的单子（就它是能动的而言）在它自身中包含被动的单子（就它是被动的而言）的解释。这样就可以在作用其他单子的单子中更清楚地发现被作用的单子中所发生变化的理由。据此我们可以看出，在有机体或个体实体中，由于占统治地位的单子即灵魂具有最分明的知觉，因而它就是形体（即其他单子）的单子，它是能动的，是被动的形体发生变化的原因。只不过灵魂与形体之间的原因与结果的联系是一种纯粹观念的联系，是一种内在变化和活动的和谐，不包含任何物理影响。