二十三早辰刻，虏大队兵数万抄出山后，直冲出左先锋镇之营。时因本藩传令中军营，无令不许轻战，而山下山上又隔远不见，只听虏拥挤蝟集，对山用炮攻击。虏攻具齐备，一齐下马打死仗，炮矢交击，无可容足，冲突死战。我兵冒死迎敌，退却三处。本藩已遣右冲、右虎往援，山高爬不及到，左先锋等众寡不敌，遂被杀败。前冲镇蓝衍战没阵。虏乘胜从山促下，中提督、五军等在山内被围，死战不出，亦在阵亡。左武卫、左虎卫在山下整搠死敌，但大势已溃，独力难支，亦在战没。后提督堵御大桥头，与虏对击，被首尾合攻战没。宣毅左镇万义，浮水而走。藩见大势已溃，遂抽下船。虏水师蚁集，齐拥下来。左冲镇一面堵御，一面防护眷船而出。其我兵有被伤浮水而逃者，左卫镇令载上眷船配载而出，计活数千人。我船竟护无失，仍击沉虏船二只，虏是以不敢轻犯。时辖下陈谅张禄囗进，刘明之功居多。
是晚，本藩随传令出师镇江，仍委左冲镇黄安、宣毅后镇吴豪等殿后，再等我兵有逃回者，着令载来。
二十四日，藩师至镇江，官兵有繇（由）路逃回〔者〕，有繇（由）水浮回者，有被左冲载回者，惟查不见大将甘辉、万礼、林胜、陈魁、张英、蓝衍、副将魏标、朴世用、洪复并户官潘庚钟、仪卫吴赐等回。藩叹曰：『是我欺敌之过，轻信余新所致也。然胜败常事，亦何虑囗』。吊（调）常镇道冯御史、右武卫周全斌、后冲镇黄昭并瓜州地方柯平、援剿后镇刘猷等俱各在船听令，别作良图。
二十五日，议正杨祖、杨正、姚国泰等失机之罪，令枭首示众，后诸将劝免，杨祖、杨正暂管事，姚国泰发刑官监候。
二十六日，令右武卫收拾左武卫官兵；令前协裴德、副领兵林瑞、刘国轩等管束右虎卫，收拾左虎卫官兵；令前协郑仁、后协陈蟒等管束囗，囗；令右提督收拾五军骁骑镇官兵；令中军虞允升协理，黑云祥等管束囗；令中冲镇收拾前锋镇官兵；令右冲镇、宣毅左镇收拾后提督官兵；令右镇颜囗后劲镇，收拾中提督官兵；令右镇李昂、亲随营林正管束囗，囗；令宣毅后镇收拾前冲镇官兵。
朱逷先先生曰：『南京之战，所占篇幅甚长，然其载甘辉之谋，仅得其片段，而又不甚明了。夏琳记甘辉之言则较完备。闽海纪要卷上曰：「瓜镇既破，甘辉进谓成功曰：瓜镇、南北咽喉，但坐镇此。断瓜州，则山东之师不得下；据北固，则两浙之路不得通，南都不劳而定矣。成功不听。将进兵，甘辉又请陆路而行，以为乘破竹之势，一鼓可下，或攻取其附近州县，以绝援兵，则南京势孤，自必难守。若由水路，恐风信稽迟，援兵四集，又费工力」。南京之战，以甘辉为最重要人物，而谋画及其死节，皆不为之详载，故闇然而无光彩也』。
二十八日，派程班师驾出长江：一程本藩文武各官亲军四镇，二程左冲镇、宣毅后镇、后劲镇、左提督、中冲镇、中提督、囗囗囗囗左先锋、援剿右、后提督、宣毅左、右冲镇、囗囗冲镇、援剿后等断后，并专押运粮船，右提督、正兵镇先行堵口。
八月初一日，师回至狼山，上沙时，粮运船多重载，不堪驾驶，委户都事杨英分派各中军船并各提督统镇船只运载，预作兵粮。各船俱满载，粮船放回，赐手梢各路粮千余石。
初四日，师泊吴淞港。遣礼都事蔡政往见马进宝。进京议和事机宜，俱授蔡政知之。亦无书往来。
初八日，舟师至崇明港，集诸将议曰：『师虽少挫，全军犹在。我欲攻克崇明县以作老营，然后行思明吊（调）换前提督等一枝，再图进取。一则逼其和局速成，二则采访甘提督等诸将生死信息，三则使虏知我师虽败，尚全力攻城，不敢南下袭我。诸将以为何如』？众签曰：『可』。于是随派防水师并攻城官兵。以左冲镇黄安督配援剿右镇、前锋镇、右虎卫、左武卫、协将裴德、五军、左虎卫等共战舰十六只，提调罗蕴章防御七了港口，泊白米沙外洝。以援剿后镇刘猷、宣义左镇万义、中冲镇萧拱辰、右冲镇万禄等共战舰十二只防御吴淞港口，泊新兴沙外洝。以右先锋杨祖、后劲杨正督配中提督、前冲镇等防御狼山上流，泊王家港。各分遣防守去讫。
初十日，传令登岸札营，攻崇明县城，派定处所：
一、右武卫堵攻西门，并护大炮；
一、宣毅后镇堵攻北门桥；
一、正兵镇堵攻东北角；
一、后冲镇堵攻西南角；
一、右提督为各路应援；
一、左提督札土堡为老营，接应北门；
一、伙兵限初十夜俱到城下，照所分汛地在河沟干呐喊，分其铳路便安籧篨。
十一日早辰时开炮，至午时，西北角城崩下数尺，河沟填满。藩亲督催促登城。守将梁华凤死敌不退。时正兵镇韩英勇壮登城梯，被铳伤中左腿，跌下。矢石交加，有如雨下。监督王起俸亦被铳伤而退。藩见城坚难攻，传令班回。越数日，韩英死之，王起俸亦被伤而亡。时本藩又欲吊（调）集诸将前来攻打。右武卫周全斌言曰：『此城深沟高垒，梁华凤请加守援，已难骤拔。况官兵被创之余，昨日韩英被伤，闻者寒心，无意恋战。且得此孤城绝岛，亦是无益，不如渐回旧汛休养，号召精锐，候明年再进长江，以图大举，未为晚也。伏请睿裁』。藩从之。随传令班师。
是日晚，适马提督差中军官同都事蔡政至营，言：『马提督因闻大师攻围崇明，特遣中军前来说和，称：「既欲奏请讲和，仍又加兵袭破城邑，教我将何题奏？贵差将何面君？不如舍去崇明，暂回海岛候旨，成否之间，再作良图，亦未为晚」』。藩谕之曰：『尔酋等大张示谕，谓我水陆全军覆没，国姓亦没阵中，清朝无角逐英雄之患，吾故打开崇明，安顿兵眷，再进长驱。尔主其亦知之否？我今搀施数铳，其城已倒及半，明日安炮再攻，立如平地。既尔主来说，姑且缓攻，留与尔主好题请说话也』。令人同看营中兵器船只整备，叹曰：『京都覆没，岂有是耶』？藩随令搬营在船。
十二日，遣蔡政同马提督中军再回吴淞，往京议和。
十八日，藩督师回至林门。传令左武卫、左虎卫、中后提督等各协营将所收拾将领官兵并配执军器造报查点操练。查报阵亡将领官兵家眷安顿给赡。左武卫前协裴德收管中协并后协官兵；副领兵林瑞收管领旗协、骁翊营、火攻营、正领兵下官兵；左协萧泗收管右协并候缺官兵；随征营刘国轩自收并同张魁收左右协理官兵；一营洪善收二、三营直库。
赦左先锋杨祖、后劲杨正、准革职戴罪暂管镇事。援剿右镇现在拟罪，其官兵船只拨归后冲镇黄昭管辖。正兵镇韩英已故，全镇官兵未有管束，传令集诸将会推一员以代。时会推裴德、洪羽、萧泗、刘国轩、郑仁、杨富、张志等以进，惟右武卫独保张志堪任，杨祖惟荐杨富。藩谕曰：『二员俱各堪任，但思功次，则杨富系洪益进亲随，从桃花山以来，历有战绩尤多；张志从施郎时到，功次尤（犹）较不如；当以杨富惟（为）是』。于是诸将跪谢曰：『藩主照功次陞授，诸将益当励效矣』。
二十七日，行委杨富管理正兵镇事。派各地方发各镇官兵休养训练：援剿后镇刘猷、后提督右镇颜望忠札右提督原札温州石塘一带地方；宣毅后镇吴豪、中冲镇萧拱辰、宣毅左镇万义札原左武卫清江一带地方；亲军右武卫并左武卫裴德等札原前锋镇金乡、瑞安一带地方；左先锋、右冲锋札蓁屿一带地方；后劲镇、后冲镇中提督右镇李昂札三都地方；左提督正兵镇札兴化南日一带地方；忠靖伯陈辉督水师前镇阮美并都督罗蕴章、李顺等为水师，泊住舟山，防御各港，抗掣上流；右提督马信同左冲镇黄安为陆师，镇守舟山应援。
以挂印都督李必管舟山地方事。
九月初三日，藩令各镇驾归汛地。藩驾至沙关澳，分派饷地，安插官兵，俱已得宜。
初七日，藩驾回至思明州，广行招募旧时散逸将领官兵。
十月，藩驾驻思明州。援剿后镇刘猷侵入隘顽所内地征饷，为虏所诱，与战不胜，颜右镇救援，不久，猷死之。
右武卫周全斌屯札沙园所，就地征输兵饷，温虏来阻饷道，斌乘醉率兵与战，不胜，左协方英死之。
十一月，藩驾驻思明州，修整船只，备造军器。
十二月，藩驾驻思明州。蔡政自京回，京报和议不成，逮系马进宝入京。伪朝委满酋长达素带满汉万余骑前来剿海，另吊（调）浙直、广东数省水师合剿。藩令差监督李长吊（调）各汛守官兵回思明州。议遣前提督黄廷、户官郑泰督率援剿前镇、仁武镇往平台湾，安顿将领官兵家眷。
十四年庚子（一六六〇）正月，藩驾驻思明州演武亭。
初八日，行兵官造报南京阵亡将领家眷，厚赐优恤。并查阵亡提督统镇有男女者，与之姻亲。时只中提督甘辉、左武卫林胜有子女合婚，遂令礼官择吉行聘。
十一日，传令督练官兵。催前提督等督各文武官随侍帐房住宿，待令军机。
十七日，陞礼武镇林顺为援剿右镇；陞前提督右镇刘俊署前冲镇；陞礼武镇林福管理礼武镇事，以其有居守之功。
二十一日，遣苏迪章押送漳平伯周金汤、太监刘国柱到龙门港登程，往行在复命。
虏酋达素头站兵马至福省。
二十四日，北汛右武卫同左冲镇等师吊（调）至思明。
二十六日，吊（调）仁武镇康邦彦出征，以左冲镇黄安交代防守新城，谕之曰：『重地锁钥，非尔不可。尔勉之』！拨正兵镇杨富代前提督右镇叶伯防守思明、东渡。
右武卫周全斌启：
『为切陈末议、仰祈睿监事。窃谓治外必先治内。叠据各报，虏添设兵马，修造船只，乘我失利之时，故敢浪逞。但彼悉皆地方之众，未习船务，区区水战，与我惯习之师相角逐，实天资我战胜之会，恢复亦未可知也。而今日我所要著者，惟在强兵裕赋，固足兵心。察各镇营官兵，奉令屯札舟山各处，皆离乡有日，在外风霜，各有归思。兼以措饷维艰，日复一日，暂为弊端。尚有缺少军器衣甲者，有警未免空拳赴敌，不如调回思明训练，择地取饷以裕兵食，以鼓兵心。以战则胜，以守则固，虏虽百万来犯，亦可立破也』。
藩批：『晓得。已先吊（调）回了』。
二十八日，委左冲镇右营陈广、拔授正领兵中军，以左武卫副领兵林瑞管左营事。
二月，藩驾驻思明州。
初二日，陞中提督右镇李昂为义武镇，左虎卫前协郑仁为正领兵，右武卫中协张志为援剿后镇。
初四日，陞左提督左镇胡酉为游兵镇，改名胡靖。
十八日，陞右提督左镇陈瑞为英兵镇，谢任为左营；陞正领兵陈璋为囗兵镇，林却为左营，改名明祚。
二十六日，陞后提督右镇颜望忠为智武镇，何佑为左营；以原护卫左县革职降尾名兵杜辉为水师。改左提督翁天佑照旧总理监营事，官兵船器，交与左镇胡靖，任游兵镇事。赦姚国泰罪，拨为右提督协理，黑云祥为左协理。
遣前提督黄廷、右提督马信率后劲、右冲等镇下揭取粮。
三月，藩驾驻思明州。报伪酋长达素到泉，催促船只舵梢齐备，刻日犯攻思明。藩令宣毅前镇陈泽同奇兵镇黄应、援剿左镇黄昌等各水师，抛泊岞后獭、窟澳等处，堵防泉港。吊（调）回南下取粮官兵，分派屯札防守。
时官兵多思逃躲，将领每有骄悍。故左冲镇黄安有启：
『为定制束兵以一体统事。窃照同仇敌忾，贵在和众，而兵士参差，尤宜严束。近察一二兵士沿习刁风，只知本管将领，而藐视别镇；遇有交加，辄敢侮慢。优容之，自可视为细故，苛责之，遂不免于生嫌。安深戒此弊，屡谕辖下将领，切责班官，不准在外生端。尤虑故习难以骤消，必使尊卑相承，管辖无分于彼此，有犯立惩，骄悍庶儆于将来。庶体统一而兵自和，泽袍亲而战自克矣。伏请通行申饬施行』。
藩从之。
宁国府知府高一阶报家后被逮启：
『为天恩曲赐矜怜以全孝治事。臣系南都首先效顺之员，矢竭犬马，以佐中兴，是以破家捐躯，随驾东下，依悬圣明，有死无二，臣之愿也。讵家后八十老母，被虏寻拿严酷。闻报肝肠寸断，日夜涕零，不禁泣尽而继之以血也。向在镇江，蒙藩主面谕，怜臣家有老母，至性关心，催促搬请；不则送臣还里，以完天亲。时臣未忍奉诏者，以国尔忘家，虏未必至是吹求也。今老母逮去，方寸乱矣，以风烛之年，万一不测，终天遗恨，则万死不足以赎罪也。求忠臣于孝子，岂用不孝之臣，以玷圣明哉？姑沥血哀陈，赐臣还里，舍身救母。倘徼天庇得全，刻期再趋报效。不然，虽在异乡，亦无异依依阙下，衔结以报也』。
藩许之。令礼都事宴送，并赠二百金盘费。谕之曰：『汉中之不留徐庶，亦以母故。尔欲回，用银救得尔母，可即遣人来取，虽千金亦不靳也』。感泣辞回。
行兵官忠振伯议南京功罪。
四月，藩驾驻思明演武亭。报虏出征兵马备到，船只器械舵梢齐集，约期来犯思明。
初三日，改右提督马信为提督亲军骁骑镇。随启：『辖将黄屿，行阵久着智勇，临敌多奏功绩，应授骁翊营缺，俾试锥利，以策奇勳』。许之。随以黄屿为提督亲军骁骑镇骁翊管理南兵营缺。
传令各提督统镇下将领官兵家眷搬住金门，仍委英兵镇陈瑞督辖兵往金门保护家眷，并令余宫镇郑户官帮同照管家眷。
初四日，遣中冲镇萧拱辰率辖兵同援剿左镇、奇兵镇、宣毅前镇、宣毅后镇、合〈舟宗〉抛泊囗武，堵御泉港，并上流虏船。委辅明侯为总督水师，共商堵御机宜。