话说王夫之听到桂王败走梧州的消息后，大吃一惊，他再也坐不住了，即领了新婚的妻子，风尘仆仆赶赴梧州，桂王授他做了个小官。来到梧州，永历政权的党派之争，几乎让他身陷囵圄而丧身异乡。这时他彻底地绝望了，对永历王朝已不再抱任何幻想了。此刻却接到母病的消息，然而当他辗转返回衡阳，母亲早已去世，入土为安了。他痛哭了一回，即在母坟旁边结庐而居，守孝尽忠。守孝期毕，又于衡阳船石山筑了草堂，命名为湘西草堂。因山上有石如船，王夫之以石为志，而改名＿于船山。
却说王船山居湘西草堂时，已是清朝的康熙盛世时期，因政治的相对稳定，经济的相对繁荣，各种社会矛盾有所缓和。
尽管这样一种盛世给王船山带来了一些精神上的慰藉，但潜于骨子里的反清情绪，却一直没有过减弱。他十分清楚，就目前形势而言，要想摧翻清朝而恢复大明已是不可能的了，于是他改变了反清的方式，回到金兰乡的观生居里题了“六经责我开生面，七尺从天乞活埋”，表明了自己要研究典籍，建立自己划时代的理论体系。
王船山早年肄业于岳麓书院，是著名山长吴道行的高足弟子，岳麓书院传统的湖湘正学，给了他扎实的学术底子。起初他所宗是程、朱之学，但在经历了明亡的现实以后，为抗清复明而奔走呼号，却终无所建树，经历了生与死的考验，血与火的洗礼，他慢慢地发现程、朱理学在对于世界构成的问题上存在了许多纰漏，而陆、王心学也很不现实，是一种理想主义虚构的精神家园。后来在与方以智的交往中，他认识了“气”，并在“气”的基础上，提出了“诚”的观点，对程、朱以“理”，陆、王以“心”为宇宙本源的观点提出了尖锐的批判。认为程、朱之“理”、陆王之“心”归根到底没有突破释氏的藩篱，没有走出释氏理论的圈子。王船山否认了程、朱之“理”，也否认了陆、王之“心”，对世界本源提出了极有物质意味的“诚”与“气”。在“诚”与“气”的问题上进行了尽情的发挥，建立了朴素的唯物主义观点及唯物的哲学理论体系。尽管王夫之对朱熹的“理”的基本观点进行了否定，但对于以朱、张为宗的湖湘学派的其他观点，却是十分地推崇。因湖湘学始创于南宋，而始创年代却同王夫之所生活的年代一般，是处在民族矛盾十分尖锐的时期，因此湖湘学一诞生，就注定了与“民族”这一概念有着血与肉一般的联系。湖湘学的始祖胡宏，就是因为不愿意与秦桧同朝为官，才隐居衡山的。他对胡氏的《春秋传》十分推崇。认为《春秋传》“著攘夷尊周之大义，入告高宗，出传天F，以正人心而雪靖康之耻，起建先之衰，诚当时之龟鉴矣！”为胡氏的抗金爱国主义思想所折服。他在衡阳创办书院讲学，更是把胡氏的《春秋传》奉为经世大典而大肆传授。
胡氏把《春秋》同抗金的现实斗争联系在一起，王船山亦是把《春秋》同抗清斗争联成一气，“《春秋》经世大典，见诸行事，非空言比，今方思济艰难，左事繁碎，不宜虚废光阴，耽玩文采，莫若潜心圣经”，他对“不究实用”的学风十分痛恨，说：“而后世学者多寻空言，不究实用，平居高谈性命之际亹亹可听，临事茫然，不知性命之所在者多矣”，更是把张栻的“学贵力行”观点发挥得淋漓尽致。
他亲眼目睹了吴道行的绝食斗争，又在史料中明白了吴猎、赵方的抗金事迹，是“有得于宣公求仁之学而施于经纶之大者，非区区迂儒章句之陋”，更为岳麓士子抗金抗元，乘城共守，死伤无数的悲壮感到震撼。他感悟到了湖湘学的民族内涵，感悟到了经世致用的学风，所以他结社议论，抨击时弊，他奔走呼号，要唤醒民心，要振兴民族的意识。他甚至以弱瘦之躯而扛起反清复明的义旗，他失败了，事实并没有因为他的不同意见有所改变，但他并不气馁，他改变了斗争的方式，他把他的思想，注入到了湖湘正学之内，更是把湖湘学的研究，推向了一个高潮。他没有完成的事业，湖湘的后世学子，亦是吸取了他的精华，替他做了个圆满的答案，所以他终究是以一个胜利者的姿态，出现在中国的历史上。
康熙三十一年，虚弱已极的王船山，犹如一盏黑夜里的孤灯，那如豆摇曳的火星，忽忽闪闪的了，在为了抗清复明奔走呼号了大半辈子以后，精疲力竭的他，终于难以支持本来已是十分瘦弱的躯体了，他“白题墓石”云：“抱刘越石之孤愤而命无从致，希张横渠之正学而力不能企，幸全归于兹邱，固街恤以永世”。以后忧悒而死，据说他倒下之时，人见一星，如若金斗，从天而降，不时雷电交加，狂风大作，旋即倾盆大雨骤至，亦是天地同悲之兆。
却说顺治皇帝，在做了十来年天子之后，因与摄政王多尔衮之间，非父非叔、似父似叔的尴尬关系，而造成了一系列的矛盾，很是觉得脸面无光，他剥夺了多尔衮皇父摄政王的一切权力，让多尔衮不得善终。但他突然发现他竟是多尔衮的亲子的秘密后，觉得自己曾以较为残酷的手段逼死了多尔衮，即是用亲手残杀了生父，犯了儒家“君臣父子”之伦，自觉无聊，把皇位传给了年幼的玄烨，改了年号唤做康熙，自己竟是出家做了和尚。
再说这玄烨，虽年幼却有大志，一心想做一番事业，于文推崇朱熹，命大学士李光地编纂《朱子大全》，并亲自为之作序，说朱熹是“绪千百年绝传之学，开愚蒙而立万世一定之规”。又说“朕读其书察其理，非此不能知天人相与之奥，非此不能治万邦于衽席，非此不能仁心仁政施于天下，非此不能内外为一家”，以程、朱之学作为武器统一思想。于是，派兵攻打三蕃，借此以抑制三蕃的割据势力。当是之时，平西王吴三桂，因引清兵入关，功不可没，而受封做了蕃王，独霸云贵，他依仗地方割据势力，招兵买马，发展自己，不久也就不把清王朝放在眼里，滋长了问鼎天下的野心。
清王朝对此不是不清楚，却因了天时地利有幸于他而莫可奈何。到了康熙年间，多年的生息养民，国力已是强盛，其他叛乱都已平定，玄烨就依了大学士及亲王的意见下了“撤藩”的诏书，意思是朝廷将依旧礼制，不再承认外姓为王，因此引发了云贵的叛乱。
单说吴三桂宣布叛了清朝，贵州巡抚曹申吉，提督李本深，云南提督张国柱，都起兵响应。惟有云贵总督甘文焜，得了此信，仓猝带了十余骑，兼程赶到镇压，调兵守城。偏偏兵士不从号令，反把甘围住。甘文煜将同去的儿子杀死，然后自刎。此时，兵部郎中党务礼，户部员外郎萨穆哈正在贵州办理差事，一闻此信，吓得魂不附体，备上快马，疾马奔驰，日夜继行，一口气跑回北京，下得马来，连滚带爬，闯入午门，直奔殿下，大声禀报：“不好了！不好了！吴三桂反……”说到“反”字，已神智昏厥。适值早朝未结束，殿上文武百官下阶俯视，禀报皇上：“党务礼、萨穆哈二人有奏。”
康熙命侍卫将二人搀扶入殿，只见二人仍然神昏颠倒。停了片刻，渐渐回过气来，开眼一看，惶悚万状，急忙跪伏于地，口称：“奴才该死！奴才该死！奴才昼夜疾驰，一路到京，至今已有十二日，无意神智颠倒，闯入殿来，自知谬戾，请皇上查处。”
接着党务礼禀报道：“吴三桂起兵造反，云贵两省提督响应，抚臣朱国治、督臣甘文煜被杀害……”
康熙帝道：“尔等闻信驰报，星夜前来，倒也忠诚可嘉，只是欠镇定，既已如此，朕特赦你罪，以后须谨防重犯？”
两人连连叩头道：“谢皇上，吾王万岁！万万岁！”
康熙帝问众大臣道：“这事如何处治？”
大学士索额图奏道：“奴才以为撤藩太急，致使事发。现既已如此，只可安抚三桂，令世守云南，当可无事。”
康熙帝道：“吴三桂已反，难道还会从命吗？”
索额图道：“三桂若不从命，便可将主张撤藩之人，从重治罪”。
此时在堂的主张撤藩之臣米思翰、明珠、莫洛三等人，不觉面如土色。
康熙帝道：“胡说！撤藩是朕的本意，难道亦将朕治罪？”
索额图急跪伏于地道：“不知忌讳，该死！该死！”
康熙帝斥退索额图，立即命兵部尚书明珠上前恭录上谕，命都统巴尔布率满洲精骑三千由荆州驰守常德，都统珠满率兵三千，由武昌驰守岳州，都督尼雅翰、赫叶席布根，特穆占穆修国瑶等分驰西安、汉中、汝宁、南昌、兖州、安庆诸军事要地，听候调遣。
且说呈三桂决心反叛，又公布了檄文。此时他盘踞了云南、贵州，兵力十分强盛。他仗着兵力，便起兵四处攻打，不消几个月，攻入四川、湖南，声势浩荡，杀得清兵鬼哭狼嚎。吴三桂驻守湖南，仗着他的将士卖力，连克数省。便在衡州府里和一班妩媚的臣妾终日荒淫作乐。此时，他年过六十五岁，还是淫性不衰，每夜总要三四个女人作陪，这样快活了一年，发生了一个痴念，竟想做起皇帝来了。心想，年已六十七岁，年纪又衰，不妨做一番皇帝，即使不能传世，也算英雄收场，遂令军士在衡阳筑坛，祭告天地，自封皇帝，改元昭武，称衡州为定天府，置百宫，封诸将，造新历，举云、贵、川、湘乡试，号召远近。
单说吴三桂在衡阳做了皇帝后派兵攻打了宝庆，不久即得，为了巩固自己的政权，他开始网罗人才，以充“朝政”。
宝庆府推介了车氏家族，向吴三桂详细地介绍了车氏的儒名。
当即录了车大任的五言律诗《神滩晚渡》呈了吴三桂，诗云：
峻岩留返照，古渡集行人。
野树邀归鸟，江风卷钓纶。
滩声喧白石，帆影落青萍。
为语劳劳者，何时罢问津？
立意之深远，诗风之高雅，深为吴三桂叹服。又出示车以遵诗云：既隐无言将相才，相逢浊酒且含杯，同惊老衲山中隐，谁识孤臣海上来，冰雪啮宜毛存故节，离骚出水见新裁，洞天七十一峰在，欲语卢侯便可哀。
慷慨激昂。车以遵字孝则，号劬人，系车大任之子，自幼性喜吟咏，习史论，有五斗之才，宗程、朱然而却生性怪僻，不以仕途为意。其父车大任为明朝进士，后出任福州知府，他修缮城墙，抗倭寇，靖海纷，政绩显赫，福州人为其立了生祠，朔望以儒礼拜祭，晚年惫于仕途，家居以程、朱理学为业而课子侄。
却说吴三桂见了宝庆镇守将军推介，派了重臣前往，其时车大任已经作古，只有其弟车大敬家居。
车以遵听了吴三桂将聘的消息，连夜出逃至五峰铺的高霞山隐居下来，吴三桂的使者，见偌大一个车府仅遗车大敬一人，也就顾不了许多，竟是将车大敬“请”了过来。
却说这车大敬，乃车大任之弟，年幼从兄长学，因家学渊源很早就有儒名，被邑人誉为神童，举县学作了秀才，然而参加科举，却屡试不第。明亡张献忠占领湖南之时，派人请他出仕相助，他以上吊相拒，张献忠无奈，只得弃之而去。
张亡，清入关而占有天下，宝庆知府又以贤才，推介于朝。
顺治多次诏出，授以高官赠以厚禄，终不受，而于世甘作一遗老。生子名车万育，字与三，自幼以程、朱之学相课，这车万育亦与其父大敬一般，自幼聪颖异常，听教皆过目能诵。
为了提高车万育的儒业，车大敬将子交付其兄车大任。其时车大任以礼部郎中出任福州知府，政务军务本已十分繁忙，然而却对修身齐家之事丝毫不敢马虎，对车万育时常调教。稍长，乃移公务视之。伯父的有意栽培，车万育进步极快，修身齐家亦以伯父为榜样。明亡，车大任同归故里，车万育随归，从此与伯父及兄弟同学。顺治帝出家做了和尚，传位给了康熙，康熙尊重程、朱之学，更是以仁治天下，天下太平，出现了清朝历史上的康熙盛世，如唐太宗的贞观之治一般。康熙三年，车万育参加了清朝的廷试，以程、朱之业而中了进士，选翰林院庶吉士授户科给事中。因伯父车大任政治观点的影响，“食君之禄，操君之事”而专拣当务之急且他人咋舌难言之事上奏，常常是直言面对皇上而无所畏惧，同僚为其操心而他却无所谓，乃扬言“进言是我的职责，竭尽忠诚，哪顾个人安危”，在朝有“鲠臣”之称。康熙当朝之时，最喜爱所谓的南巡，名为体察民情，其实仅为游山玩水，而且每次出游都是妻妾成群，王公贵族附和，一呼拉儿的浩浩荡荡。
地方官吏为了讨好康熙或者要做些什么的政绩让康熙看到，就不顾实情，大搞一些劳民伤财的形象工程，以显自己的政绩。