完全彻底地消灭了赵汝愚，在衡州置了赵汝愚于死地，解了韩侂胄的心头大患、后顾之忧。但赵汝愚所支持的理学集团，虽然已全部被驱赶离开了朝廷，却一直是一股潜在的势力，有如一头正在酣睡的猛狮，等到他们一旦苏醒，其后果就不堪设想。特别是朱熹被赶出了朝廷，罢了官、废了祠后，并没有因此而消沉颓废，他似乎活得更潇洒、更自如，仍然到处授徒，到处开馆，到处讲授他的“正心”“诚意”，尽管朝廷已下诏，甚至像当年的秦始皇一样焚了书，但从朱熹游学之士仍是云集，并没有减少。如此这般，韩侂胄真是嫉妒得要命，恨得咬牙。自消除赵汝愚又驱赶了理学派的京官后，韩伲胄的势力猛涨，南宋王朝的权柄也就落到了韩伲胄个人的手中，可谓翻手为云、覆手为雨了。恰巧此时，因投机钻营作了小官的刘三杰，却冒了天下之大不韪，当然亦是想投韩伲胄所好，向宁宗帝作了奏章，把朱熹等理学之徒更是定罪为逆党：“前日伪党，今变而为逆党”，将“伪党”定性为“逆党”，其性质就发生了根本的变化。
这刘三杰亦是刘德秀一族，不学无术，却是十分善于钻营。他生得一双三角眼，两道鬼目夹眉，精精瘦瘦，整日里像幽灵一般。他对读书做学问一点兴趣也没有，然而却十分热衷于仕途，使了金银买通了刘德秀捐了个七品县令，以后又因刘德秀提携而入户部做了文秘，离了县衙，做了京官。刘三杰做了京官后，犹如刘嬷嬷进了大观园，一切都新鲜，踌躇满志了数月，见京城并非自己想像的那么简单，也就产生了一些悲哀。他人微位卑，在京城达官巨卿面前，卑微得不得了，因此一心想往上爬。他想巴结韩伲胄，亦是备了见面礼物，恳请刘德秀引荐。韩伲胄见所送之礼太薄，而且刘三杰人长得猥琐，韩侂胄并不正眼瞧他，对他欲搭不搭、欲理不理的，当面将他的“见面礼”分赠了下人，把刘三杰气了个半死。要不是韩伲胄执掌了朝柄，权倾朝野，刘三杰可真是要恨之入骨了。但没有办法，“人在屋檐下，不得不低头”。刘三杰是极精于此道的，受了韩侂胄莫大的侮辱，他只得强打起精神。
他清楚，要作人上人，韩伲胄这棵大树是不能放弃的。尽管韩侂胄对他百般侮辱，根本不把他看成一个角色，而他却死皮赖脸地抱住韩侂胄不放。韩侂胄打败了赵汝愚，他作书表奏韩的功劳，尽管他的奏章无足轻重，甚至根本没有可能上达天聪。韩侂胄在朱熹理学派的问题上下功夫。刘德秀投下了一颗重型炸弹，却终究没有产生预期的效果。于是刘三杰仔细揣摸了韩侂胄的心理，咬文嚼字，挖空心思。他想，既然“伪党”不以致死，那么“逆党”便足以斩头了。于是，他连夜炮制了奏章，托了刘德秀转奏。韩侂胄大喜，他没想到这个他一向瞧不起眼的角色竟有如此一招，于是立即召见这个作奏的小字辈，眯着眼睛看了刘三杰一回，竟是命刘三杰做了京官，为右正言，把刘三杰收服到了自己的帐下，做了打手。
刘三杰奏朱熹等理学之徒为“逆党”，因此得到了韩侂胄的重用，而连升了三级。这事给了选人余杰以启示。他想：“原来要想升官，竟是如此简单耶！只要凭空地写上几句，就能得到提升、重用！”于是余杰想：“既然你刘三杰凭空地将‘伪党，定性成了‘逆党’，我余杰岂不顺水推舟？既然成了‘逆党”也就触犯了‘刑律’；既然‘触犯’了‘刑律’，就罪该万死了。”这天夜里，余杰激动得不亦乐乎。他相信，这是余家的祖宗在庇佑他，让他捡了如此一个便宜。他更是相信自己丰富的想像力和逻辑思维能力，于是连夜作了折子。第二天早朝，他慌忙地把折子呈了上去。仿照刘三杰的模样，向宁宗上了一本，要求宁宗将朱熹及其门生等理学之徒“械来京，袅首朝市，号令天下”，只有如此，“庶伪学可绝，伪徒可消，而悖逆有所警”。但余杰的运气似乎没有刘三杰好。
他本想如此顺水推舟，捡个便宜，自己因此连升三级，博个封妻荫子什么的。然而，他的奏章却落到了参知政事谢深甫的手里。谢深甫看后，认为韩侂胄之流过于嚣张，因而有些过意不去。
这谢深甫，虽系行伍出身，孔孟之书亦不曾多读，然而为人却直率；曾作过枢密使，出将入相，对宁宗来说可谓是镇国梁柱。他力主抗金，亦对朱熹的所谓“正心”、“诚意”反对备战而产生过强烈的反感，但他为人却是十分刚毅正直。
见韩侂胄如此指使下属喽口罗，如此打击朝中的理学群臣，他有些不满。尽管他对朱熹也有些不满，也相信孝宗帝所说的，朱熹的理学“崇尚空谈”，没有实用，但见余杰如此，他大发雷霆，将余杰的奏章掷之于地，并且陈言怒斥：“朱元晦、蔡元定不过自相讲明经书之奥义，启迪四方之学者，今有何罪而诛之乎？”
他不承认朱熹的理学派为逆党。余杰讨了个没趣，哭哭啼啼地向韩侂胄告了状。
却说韩侂胄，此刻位极人臣，权至极品，一手遮天，但对于谢深甫，却终究无可奈何。因为他清楚，尽管他此时权力炙手可热，但毕竟是依了裙带关系而入仕的，文不能安邦，武不能定国。谢深甫虽然不是文臣，而是出将入相，南宋的江山却不能没有他，就是宁宗帝见他也要让三分。韩侂胄对余杰的做法虽然很是赞赏，认为他的所奏恰到好处，如果不斩朱熹，“作孽日新，祸且不测，臣恐朝廷之忧方大矣”，正合自己的心意，但终因为谢深甫的拦阻而不能得逞。韩侂胄只好留下这个遗憾。
韩伲胄想斩朱熹而绝后患的计划终于没有得逞，但却以杀赵汝愚的办法，杀害了朱熹的得意门生蔡元定。朱熹被罢赶出朝廷之后，蔡元定亦被贬，解送道州，最后亦同赵汝愚一样暴卒道州，但他没有赵汝愚一样的福气。赵汝愚是在欣赏了天下名山南岳的春景之后而被杀的，而且葬到了理学圣地长沙的妙高峰。蔡元定却没有，只是稀里糊涂地死了，而且是作为一个犯人而稀里糊涂地葬了。蔡元定客死道州，对朱熹的打击确实是残酷的，几乎数日之内朱熹就满头变白了。斩杀朱熹没有得逞，倒是让蔡元定见了阎王，韩侂胄多少有了些得意。于是他又指使锦州知州作了奏章，请求宁宗建立伪学逆党档案，并令省部籍记姓名，就好像阎王的生死簿一样，并且扩大了打击的对象。以前只是对以朱熹为代表的闽学之徒进行打击，如今建立这个生死簿，几乎包罗了南宋理坛不同宗师、不同流派的门人；对建安、长沙、金华、永嘉、象山诸派系的弟子进行跟踪监视，像阎王去翻生死簿一般。在籍的理学弟子，要么不明不白地失踪，要么稀里糊涂地死去，搅得人心惶惶而不可终日。
朱熹罢黜归家，其时他尚不知韩伲胄他们已制了理学的“生死簿”，他只知道自己的弟子门生无缘无故地失踪、死亡。后来有弟子告诉他：“恩师，还是躲一躲耶，人家已制‘生死簿’矣，只等时候一到，人皆在劫难逃矣！”
“理学‘生死簿？…朱熹听了很觉有些新鲜。“何谓理学‘生死簿’耶？汝为为师说说。”
弟子回答：“理学生死簿乃韩伲胄之流奏建的‘伪学逆党档案，以先生为首，实录理学之徒六十余人矣。”
朱熹听了，不觉有些心痛，继而大呼：“蒙冤若此，奈何，奈何！”
朱熹大呼了一阵，回到书房，展纸研墨。他不甘心，讲学授徒以明天下之理，何罪之有呀？他要作札以奏圣上，他相信圣上是聪颖明智的。他作侍讲，圣上听了他的讲经，很是称道，但他不清楚，这是赵扩在演戏，赵扩做了戏子，韩倔胄做了导演。不久，一篇数千言的《封事》写了出来，众生见了都为先生的安危担忧。
“算了吧，先生，事已至此，无力回天了。”
见朱熹并不言语，大有要为“道”而殉之状，众生慌了，齐跪在朱熹跟前，苦苦哀求。朱熹仍是执著，众生见苦谏无效，却想了一策。
“先生，占个卦如何？”
朱熹听了，也觉有理。“也可。”
他们依了《周易·序卦传》，请朱熹占卦，决定是否进奏。朱熹依了，占了一卦，“得逐之家人”卦，“遯”，《周易》日：“退避也”。这是天意所为，见了卦意，朱熹连叹数声，便将所有奏稿一并烧了，并为自己取名“遯翁”，意为“退避的老人”。从此，朱熹绝意仕途，避居东阳石洞潜心钻研儒学。
自宋宁宗庆元初年，朱熹理学被定性为伪学而遭到打击迫害开始，至宋宁宗五年四月的五年之间，尽管韩伲胄以各种手段，巧立各种罪名加害朱熹，但终究没能使朱熹屈服，他的官被罢了，但他的追求、他的探索并没有因此而荒废。他依然设馆讲学授徒，尽管宁宗亦像当年秦始皇一样，焚书坑儒，禁止儒学，但他依然相信，这只不过是一种暂时的黑暗，直到占卦后，自觉无力同天，才有些沉寂。于是他终于野服见客，谢绝应酬。“两年以来，名在罪籍，每读邸报，观其怒目切齿之态，未知将以此身，该做如何处置然后快”。年龄的递增，病痛的增加，加之长期被打击压抑，再加上蔡元定等爱徒的离去，亲友凋零，朱熹感到精疲力竭。“苍颜已是十年前，把镜回看一怅然，履薄临深谅无几，且将余日付残编”。对镜自嘲，无限感慨。庆元六年三月初九午时，朱熹溘然长逝。
朱熹走了，宁宗那理学信徒的生死簿上，又少了一个辉煌的名字。他在南宋的奠基之年诞生，在南宋的战火、动荡中成长，在南宋长期的主战与主和狭缝中挣扎，又终于在南宋的派别斗争中凄凉地死去。他见证了南宋的历史，他光耀了南宋的理坛。朱熹的死，尽管当时并没有得到南宋当权者的重视，因而显得有些凄凉悲哀，但他的思想却一直在影响着南宋的历史，也就是宋理宗当朝的宝庆三年正月，宋理宗在读了朱熹集注的《大学》、《论语》、《中庸》之后，认为发挥了圣贤的蕴奥，有助于治道，于是，大加赞赏：“朕励志讲学，怀典型，可特赠熹太师，追封信国公，谥如故。”“后之时君世主，欲复天德王道之治，必来取此法矣。”宋理宗对朱熹的推崇，可谓无以复加。
正是：
朗朗神州云霭飞，跳梁小丑乱纲纪。
忽然一夜阴风起，吹拂理坛孤然凄。