明初，终南山全真教道士何道全（1319～1399年）著有《随机应化录》，融合禅宗思想而弘倡全真教北宗内丹修炼思想，借用禅宗的参究法门来讲述道法修炼。与何道全同时，南昌全真教道士王道渊著有《道玄篇》、《还真集》、《崔公人药镜注解》、《黄帝阴符经注》、《黄帝阴符经夹诵解说》、《青天歌注释》等。在这些著作中，他阐发了类似于李道纯的全真思想，张宇初曾为他的著作作序。王道渊的思想有以南宗为基础融合北宗的特点，他把道与德的关系融人性命关系的理解中，说：“德者，得也，心之所蓄，性之混融，开物成务之理也。”他在内丹性命关系的论述上有独到之处。他在《还真集·性命混融说》中讲到：“日用之间，应万事者系乎性，为百事者属乎身。性所以能发机变，命所以能化阴阳。性应物时命乃为体，性乃为用；命运化时性乃为体，命乃为用。体用一源，显微无间，方可谓之道，缺一不可也。”这把性命关系从单一的体用说推进到了互为体用的新阶段。他还认为，乾卦为性体，坤卦为命体，这两卦是性命体用的根本。由此出发，他把性命混融作为内丹修炼的核心，认为人身属阴，只有一点先天祖气属阳，故叫命蒂。修炼就要从命蒂下手。不过，就总的修炼而言，他强调，修丹应该混融性命、阴阳，双修方可双成，如此既能得智慧，长生不死，也能出神通，超劫难。对修炼的一些具体原则，他也有些精辟的见解。例如，他对惩忿窒欲作出了新的解释，认为惩忿是阻止心火上炎，性天云蔽，窒欲则是阻止阳精下降转化为爱欲，导致自身精气神耗损。惩忿窒欲的目标之一，是要做到“精全不思欲，气全不思食，神全不思睡”。
全真七派中以丘处机所开创的龙门派势力大一些，但在明代也很沉寂。张德纯为龙门律宗第二代传人，陈通微为第三代传人，周玄朴为第四代传人，他们都隐居修炼，不显于时。周玄朴后分两支，一支是张静定、赵真嵩（复阳子）、王常月、伍守阳。一支是沈静圆、卫真定（1441～1645年）、沈常敬。明世宗时，龙门派尚有崂山道士孙玄清（1517～1569年），字金山，开创了金山派，是龙门支派。
总之，明代中期以后和清代，除了与官方关系密切的正一派外，在野的道教宗派就是与全真教关系比较密切的东南西北中五个支派。相比之下，全真教这一时期虽然也很萧条，但毕竟还是在道教的理论和道术方面承传不绝，偶尔也有些辉煌的火花闪耀出来。
陆西星与东派
明代嘉靖年间，江苏扬州人陆西星（1520～1606年）自称吕洞宾降临他的家中，授予他丹诀。此后他就隐居撰述，撰写了《方壶外史十五种》、《道缘汇录》、《宾翁自记》、《南华副墨》、《愣严述旨》、《愣严经说约》等，创立东派，视《道德经》和《阴符经》为丹经之祖，以之为根本，发掘《悟真篇》中的阴阳双修思想，提倡性命双修，先性后命，由炼己筑基、摄心修性人手。陆西星对凝神、调息、火候等内丹法要有很精当的讲解。他把炼神细分为澄神、养神、凝神三个步骤，认为调息的关键在于凝神入气穴，神光下照阴蹁脉。他对开关展窍、提吸追摄、过关服食的论述尤其有价值。陆西星的功法适合已婚的人夫妻同炼。陆西星虽然是内丹大家，但他所创立的东派却后继乏人，功法传承者不多，师徒传授系统不详。
据近人孙楷弟、张政娘的考证和柳存仁的分析，陆西星还是中国著名神怪小说《封神演义》的作者。
隐仙张三丰与南派
张三丰，据说名通，又名金、全一、君宝、思廉、玄素、玄化，字君实，又字玄玄、山峰、三峰、铉一，号昆阳，又号玄玄子。因为他不修边幅，人们又称他为张邋遢。关于他的籍贯，有多种说法，但多数人认为是辽阳懿州（今辽宁彰武西南）。他云游四方，行踪不定，遗世独立，所以其生卒年代无从确考。《名山藏》说张三丰生于金朝，元初与刘秉忠一同师事海云禅师，明代初年已一百余岁。《三丰全书-芦汀夜话》记载，张三丰自称生于蒙古定宗三年（1248年），曾为中山博陵县令，后弃官出家，在终南山遇到火龙真人，被授予丹诀，后赴武当山修炼，不久出走，不知所往。在武当山时张三丰曾对人说：“此山异日必大兴”（《明史·张三丰传》）。后来明成祖在武当山大兴土木，目的就在于搜捕建文皇帝和寻找张三丰，这也印证了张三丰的预言。不过，一般认为，他出生于元代初期，卒于明代中晚期。张三丰是全真教道士。他精通内丹功法，获得超常的特异功能，能够日行千里，读书有过目成诵的本领，寒暑只是一衲一蓑，一餐能食升斗，也能数月不食。他救济度人，有许多灵异之事。他诗文书画俱精，性格开朗，“善嬉谐，旁若无人”，洒脱不羁，是吕洞宾以来的又一个“活神仙”。
他一开始居住在宝鸡，后来到武当山，成为开山祖师。据说他还擅长拳术，太极拳就是他创立的。明代皇帝，如太祖、成祖均派遣使者求访，都没有找到，但传说他用书墨回答了这些皇帝。明英宗天顺三年（1459年）
被封为“通微显化真人”，宪宗成化二十二年（1486年）封为“韬光尚志真仙”，世宗嘉靖四十二年（1563年）被封为“清虚元妙真君”，天启三年（1623年），熹宗因扶乩有灵，又加封张三丰为“飞龙显化宏仁济世真君”。帝王的崇仰褒封，道教界的神化，民间的传说，给张三丰披上了一层层恍惚迷离的面纱，以至于很难弄清他的真实面目。明代末年都穆在《游王屋山记》中说遇到张三丰的弟子陈性常，陈说张三丰在正统年间时尚在世。直至清代道光年问，李西月还自称遇到了张三丰。
张三丰的著作有《大道论》、《道言浅近说》、《无根树》、《玄机直讲》、《玄要篇》、《大道歌》、《炼铅歌》、《琼话诗》、《丽春院》、《青羊宫留题》、《金源还丹歌》、《真仙了道歌》等，被汪锡龄于雍正元年（1723年）搜辑，李西月补充后于道光二十四年（1844年）编为《张三丰先生全集》。张三丰的内丹思想对后世影响很大。在他身后，形成了以他为祖师，不同于全真教的新道派，被称为“自然派”、“隐派”、“邋遢派”等。
《张三丰先生全集》实际上也不完全是张三丰个人的著作，因为其中不少内容是张三丰弟子的传记、道派承传、后人的著作和灵异事迹等，而且有些题为张三丰所著的篇卷也未必真是张三丰所著，所以这部书实为隐仙派事迹、著述的汇编。
张三丰的思想特点是汇纳三教，以道为主。他认为：“儒也者，行道济世者也；佛也者，悟道觉世者也；仙也者，藏道度人者也。各讲各的妙处，合讲合的好处，何必口舌是非哉！夫道者，无非穷理尽性，以至于命而已矣！”（《大道论》上篇）在他看来，三教之道实质是相同的，只不过修炼的路径不同罢了。三教都济世度人，只不过手段和方式不同罢了，不必要去争论谁对谁错，孰高孰低。在《正教篇》中，他认为，三教赞应社会治化的实质是一样的：“孔之仁民，老之济世，牟尼之救苦，皆利人也，修己利人，其趋一也。”张三丰的思想有浓厚的理学气味。
张三丰认为，道是万物的本源和本体，统无极而生太极，对人而言则是性命的本源。他认为，穷理尽性以至于命虽然是儒家也主张的观点，但道教把它阐发得最为透彻。他确实为此作了努力。他在《大道论》中说，从人的生命历程来看，没有出生之前是一片太虚，这是无极的阶段。无极为阴静，所以阳也静。父母即将生人时，一片灵气投入胎中，这是太极的阶段。太极为阳动，所以阴也动。这样阴阳相推而生八卦，八卦相互盈荡，由此乾道成男，坤道成女。具体来说，男女交媾之初，男精女血混成一物，这是人身的根本。此后父精藏于肾，母血藏于心，心和肾通过气脉相互连通，随着母亲一起呼吸，经过十个月的发育，形体齐全，就脱离母腹部。人出生之后，“性浑于无识，又以无极统其神；命资于有生，复以太极育其气。气脉静而内蕴元神，则日真性；神思静而中长元气，则日真命。”（《大道论》）这时，性浑浑然而没有对外物的认知，心神的状态就象无极阶段的状态一样。命随着气生育人而来，其状态就象太极阶段一样。气脉宁静而内蕴元神，这是真性。心神力图宁静而使元气成长，这是真命。初生的婴儿浑浑沦沦，充满了天性天命。可惜婴儿长大之后，这种状态就被遮蔽、隔绝了。人如果能以这天性复返天命，这就是得道。
张三丰把上述无极——太极——阴阳的宇宙生成论用于指导内丹修炼，他把人在父母未生前归为无极，父母施生之始为太极。所以，修丹就是率天性以复其命，归根返本。他认为，得道之时，“居不夜之天，玩长春之景，与天地同久，日月同明，此正大丈夫分内事也！##可见，张三丰的学术渊源是《还丹复命篇》的“只要凝神入气穴##（即意守下丹田），上承全真教南宗丹法强调命的修炼，但在修炼路径上则与北宗类似，在具体修炼方法上也对此前全真教的方法多有改进。它的特点主要是：把“正心诚意”，除尽物欲作为炼丹立基的根本，从凝神调息、调息凝神人手，以“心平气和”即所谓的“玄关一窍”为要，重视炼己功夫，强调收心摄念，排除杂念，凝神守窍（守窍主要是意守下丹田），调匀呼吸，心息相依。其次，讲究及时采药，掌握火候。张三丰还擅长源自陈抟内丹睡功的“蛰龙法”，其法如《三丰全书·渔父词》所云：“蛰法无声却有声，声声说与内心听。神默默，气冥冥，蛰龙虽睡睡还醒。”张三丰的内丹功法颇具特色，对后世影响很大。
《玄要篇》是张三丰的内丹歌诀专集，共计收录诗、词、曲、道情二百二十多首，内容通俗易懂，全面地反映了他的性命双修，方合神仙之道的思想，以及内丹术的方法和观点。
《无根树》是张三丰的另一部很有影响的著作。其中收有道情二十四首。它公开提出了“神仙裁接法”，主张“无花无酒道不成”，“静坐孤修气转枯”，也就是阴阳双修。《无根树》得到了道教中人的高度评价。何西复认为它“与紫阳《悟真》后先伯仲”（《无根树词注解·序》）。刘一明为它作注释，并在注末称赞说：“吐老庄之秘密，续钟吕之心传。揭示先天妙理，劈开曲径虚悬。鼎炉邪正分判，药物真假显然。空色混为一气，刚柔匹配两弦。噫！丹法始终皆泄尽，火符进退皆写全。二十四词长生诀，知者便成不死仙。##张三丰还把少林寺的外家拳改造为内家拳，是武当内家拳的创始人。
流传至今的太极拳、八卦拳、形意拳等，都是从张三丰创立的内家拳演绎而成的。由此可见张三丰对中国武术事业的贡献。
张三丰是一个生机盎然，富有生活情趣的人。《三丰全集·叹出家道情》把他的人生观和生活情趣表达得淋漓尽致：叹出家，倒也学了些散淡逍遥，顺逆颠倒通玄妙。一瓢饭能吃多少，三杯酒面像仙桃，华街柳巷呵呵笑。小葫芦常挂在腰，万灵丹带上几包。到处与人行方便，遇缘时美酒佳淆，淡薄时饮水箪瓢。富贵穷通由天造，任凭他身挂紫袍，任凭他骏马金貂，转眼难免无常到。
三寸气缥缥渺渺，一家人哭哭叫叫，那管你子贤孙孝。算将来修道为高，延年寿病减灾消，无忧无虑无烦恼。等时来到步云霄，会八仙去上仙桥，那时方显玄中妙。
当然，张三丰并未完全主张出家。他认为，学道把丹基打下之后，应该回返世俗生活中，在尘世中修炼提高，到比较高的程度后，然后再入山寻师，最终了全大道。得道之后，不要以黄白术到朝廷卖弄，应该“高隐洞天，深藏福地”，“隐显度世，以待天符，白日飞升，不露圭角，此方为无上上品真人”。张三丰可谓是身体力行地做到了这一点。
张三丰的弟子有丘玄清、卢秋云、刘古泉、杨善澄、周真德等道士，还有沈万三、余十舍、陆德原、王宗道、李性之等世俗之人。张三丰的思想，经过这些弟子的阐扬而形成隐仙派。其中又有王屋山邋遢派、自然派、三丰派、三丰祖师日新派、三丰祖师蓬莱派、松塔派等支派。清代李西月的内丹西派也宗承张三丰。隐仙派所尊崇的道教经典主要是：《斗姆元尊九皇真经》、《三教灵妙真经》、《三教灵应真经》、《三教灵通真经》、《洞玄度人真经》、《菩提真经》等，反映了隐仙派的教义、尊奉的神谱、斋醮科仪等内容。
与张三丰隐仙派的思想有一定联系的，清代有傅金铨，他对道教内丹术有一些阐述，所以也有人把他作为南派的传人之一。傅金铨，号济一子，辑撰《济一子证道秘书十七种》刊行于世。他有注释书如《吕祖五篇注》、《天仙正理读法点睛》、《度人梯径》、《悟真四注》等，自己著有《道海津梁》、《一贯真机易简录》、《杯溪集》、《丹经示读》、《性天正梏》、《心学》、《自题所画》、《赤水吟》八种。他的这些著作多引证丹经，鲜有自己的独到见解。他继承张伯端的全真教南宗的阴阳双修思想，但又深受净明教的影响。