皖南事变爆发后，中国共产党全面揭露蒋介石制造皖南事变，破坏抗日统一战线的罪行和反共本质。1月20日中共中央军委发布命令，重建新四军军部，任命陈毅为代军长，刘少奇为政治委员。22日，毛泽东向国民党政府提出解决皖南事变善后处理办法十二条。蒋介石的反共行径遭到全国各阶层的反对，也遭到了国际舆论的谴责，处于内外交困之中，被迫暂时收敛了反共气焰。
二年后，国民党蒋介石集团又发动了第三次反共高潮，向陕甘宁边区展开进攻。
1943年3月，蒋介石在其《中国之命运》一书中对共产主义和中国共产党进行恶毒攻击，并命令国民党军队进犯我淮北抗日根据地和山东抗日根据地。6月18日，国民党在陕西洛川召开军事会议，胡宗南就向陕甘宁边区进攻做了军事部署，并增调2个军的兵力，包围陕甘宁边区，共集结了四五十万人准备向边区进攻，并于7月初开始多次试探性进攻。中共中央一面在军事上做好打击国民党军事进攻的准备——先后将第三五八旅和晋察冀军区、晋冀鲁豫边区部分部队调至陕甘宁边区，一面在政治上充分揭露蒋介石发动反共内战、破坏抗战的罪行。鉴于我军已做好了充分的军事部署以及国内外反对蒋介石发动反共内战舆论压力不断增加，蒋介石被迫于7月10日下令停止对我陕甘宁边区的军事进攻。国民党发动的第三次反共高潮宣告破灭。
1941年12月7日清晨，日本由6艘航空母舰（搭载400余架舰载机）、2艘战列舰、3艘巡洋舰、9艘驱逐舰和30艘潜艇组成的特遣舰队对美国夏威夷群岛中瓦胡岛上的珍珠港发动偷袭。美军猝不及防，停泊在军港中的8艘战列舰、7艘巡洋舰、8艘驱逐舰以及其他辅助船只被炸沉或炸伤，300余架飞机被击毁，其太平洋舰队几乎全军覆没。日军对珍珠港的袭击，宣告了太平洋战争的爆发。日军同时还向东南亚发动进攻。其后德意等国相继向美国宣战，德意日三国还签订了不单独媾和的军事协定。太平洋战争全面爆发，形成了以美、英、苏、中为首的反法西斯阵营和以德、意、日为首的法西斯阵营。中国人民的抗日战争也成为太平洋战争的重要组成部分。
太平洋战争爆发后，日军为了扩大侵略的需要，进一步疯狂地扩充兵力，陆军扩充到51个师团，总兵力达到210万余人。虽然日本从侵华日军抽调出6个师团用于东南亚作战，但其在侵华战场上仍有21个师团、20个独立混成旅团和1个骑兵集团的兵力，约60余万人。
囿于兵力不足，日军自太平洋战争爆发后至1944年初发动打通大陆交通线作战的两年间，在正面战场仅进行了几次有限的作战，以牵制中国军队，策应其在南方和太平洋作战，其余大部时间与国民党军队处于休战状态。
1941年12月太平洋战争爆发不久，为配合日本南方军向香港发动进攻，华中日军第十一军以其第三、第六、第四十师团和第九独立混成旅团等约12万人的兵力，向长沙发动第三次进攻，并以部分兵力在南昌方向作策应进攻。
12月24日，日军由岳阳开始向中国第九战区部队防守的新墙河阵地展开攻击。27日，日军强渡汩罗江。1942年1月1日，日军向长沙展开猛攻，守军顽强防御，并增调援兵。战至4日，在日军再次发动的全线进攻被击退后，日军开始后撤，国民党军队对撤退的日军展开围攻，日军伤亡惨重，于15日退过新墙河。双方又恢复了会战前的态势。此次会战日军共伤亡5万余人。
1942年5月，日军为了摧毁设在浙江的中国空军机场，阻止美机由这些机场起飞轰炸日本本土，调集第十一军和第十三军的6个多师团约15万的兵力，从杭州和南昌两个方向向浙江金华、衢州等地夹击，发起浙赣战役，企图打通浙赣铁路。东路日本第十三军之4个多师团于15日由杭州一带沿浙赣铁路向西南进攻，突破国民党第三战区部队的多道防线，经激战于28日占领金华，6月7日攻占衢州，其后相继攻占广丰、常山、玉山、上饶。西路日本第十一军的2个师团于6月初发起进攻，15日攻占鹰潭，16日陷贵溪。7月1日，东西对进的日军在横峰会合，打通了浙赣铁路。8月中旬，日军开始撤离，至27日撤回原进攻出发地，浙赣战役遂告结束。此役日军虽打通了浙赣线，却也付出死伤近3万人的沉重代价。
1943年5月，日本第十一军调集6个多师团约10万人的兵力，向鄂西宜昌等地的中国第六战区部队发起进攻。5日，日军开始进攻。战至30日，守军开始全线反击，日军全线后撤，至8日，双方恢复战前态势。此役日军伤亡1万余人。
1943年11月2日，日本第十一军抽调3个多师团约10万人兵力，向湖南常德地区大举进犯。22日，日军迫近常德并于24日向常德展开围攻，中国第六战区部队据城与敌展开激战。12月3日，日军攻占常德城。第六战区部队向常德发起反攻，8日收复常德。在国民党军队的打击下，日军开始全线后撤。至1944年初，双方恢复了战前态势。此役日军损失2万余人。
此外，1942年初至1945年初，应英美的请求，国民政府军事委员会先后出动近40万大军，组成中国远征军，开赴缅甸与英美盟军并肩作战，付出了巨大的牺牲，粉碎了日军封锁盟军援华国际通路的企图，保卫了中国的西南大后方，支援了全国抗战，还帮助盟军收复了缅甸，有力地配合了盟军在太平洋战场的反攻作战。远征军第二〇〇师师长戴安澜将军也为国捐躯，牺牲于缅甸战场。
与正面战场双方长时间休战形成鲜明对照的是，日军持续不断地对我敌后抗日根据地展开了更加疯狂的“扫荡”，以巩固其占领地，不断掠夺资源，满足其发动太平洋战争的物资需要。
1941年7月，冈村宁次接替多田骏成为日本华北方面军司令官，在他的指挥下，日军对华北各抗日根据地实施了更残酷的“扫荡”与“蚕食”进攻。其“扫荡”的重点是冀南、冀中、冀东和晋冀豫等抗日根据地。我八路军和各抗日根据地军民进入抗战以来最困难时期。
在冀南，日军多次出动千人以上兵力进行反复奔袭、合围、清剿。4月29日，日军以1万余人的兵力向冀南党政军领导机关所在地武城以北地区突然发动大规模合围“扫荡”，冀南党政军领导机关被敌包围。在部队的掩护下，我机关大部人员突出重围，但遭到很大伤亡。与此同时，八路军新编第四旅等部队也在香城固、下堡寺等地遭敌合围，经激战后大部突围，也受到相当损失，我四分区司令员、政治部主任以及新四旅政治部副主任等多人光荣牺牲。经过日军残酷的“扫荡”，冀南抗日根据地被分割成无数块，变成游击根据地，进入抗战最为艰苦困难的时期。
在冀中，日军经过一年多的反复“扫荡”和不断蚕食，至1942年初基本上完成了对冀中根据地的分割。为全面摧毁冀中根据地，日军又纠集2万余人在华北方面军司令官冈村宁次的直接指挥下于5月1日对冀中根据地层开了规模空前的“扫荡”。从5月1日至10日为日军“扫荡”的第一阶段，重点是潴龙河以北、滹沱河以北地区。5月11日至15日是敌“扫荡”的第二阶段，重点是石德路以南地区和武（强）安（平）以北地区。5月16日至6月底为第三阶段，其间日军对滹沱河以南、石德路以北、滏阳河以西的三角地区实施反复清剿。23日第三军分区遭敌1.5万人合围，28日第八军分区也遭敌合围，均经激战突出重围，但也遭到一定损失。至6月初，日军基本控制了冀中根据地。6月9日，冀中部分部队在深泽以北宋庄与日军展开激战。后日军增至2000余人，我军于夜间突出敌人重围。12日，日军向冀中党政军机关展开围攻，在部队的掩护下，机关胜利突围。7月初，日军主力撤走，历时2个月的冀中反“扫荡”作战结束。我军共作战270余次，歼敌1万余人。冀中根据地虽大部陷入敌手，遭到严重破坏，但我军却保存了主力部队。8月下旬至10月上旬，冀中我军发起青纱帐战役，向任（丘）河（间）大（城），深（县）武（强）饶（阳）、肃宁南北地区之敌发动袭击，歼敌1200余人。终于坚持了冀中抗日，渡过了最困难时期。
在冀东，日军以3万多兵力于4月1日展开“扫荡”，在冀东广大军民的机动灵活的打击下，日军于6月上旬结束“扫荡”。9月中旬，日军又以4万余人再次向冀东发动“扫荡”，我军及时跳出敌人重围。10月28日，日军在潘家岱制造了杀害1200余人的大惨案。1943年2月18日，日军向返回冀东的我军发动围攻，我军在歼敌一部后突围。日军的疯狂“扫荡”终究无法扑灭冀东军民的抗战斗争。
在晋冀豫，日军于1942年5月对太行、太岳地区展开了大规模的“扫荡”。5月15日，日军对太岳南部我军进行奔袭但扑了空。19日日军以2.5万人兵力对太行抗日根据地北部的中共北方局和八路军总部进行合围，企图围歼我机关和第一二九师主力。我军机关在第三八五旅一部的掩护下，分三路突围。在突围战斗中，八路军副参谋长左权英勇牺牲。6月9日，日军向太行南部地区发动“扫荡”，我第一二九师一部被围，在刘伯承师长的指挥下，我军从敌间隙中跳出包围圈。10月日军又对太行北部地区展开“扫荡”，在我军民的打击下，日军于11月中旬撤出根据地。1943年5月初，日军又调集1.5万余兵力，向太行根据地中心地区展开大规模“扫荡”，我八路军总部和第一二九师分别转移到外线。日军在扑空后，对根据地大肆破坏，并于5月中旬撤退，结束了“扫荡”。日军对太行、太岳根据地进行了多次大规模的“扫荡”，虽给根据地造成严重破坏，但其消灭我八路军总部和第一二九师主力的企图，均在我军民的反“扫荡”斗争面前，以失败告终。
日军还对我晋西北、大青山和山东抗日根据地进行了多次大规模的“扫荡”，并不断进行蚕食。这些抗日根据地在日军的疯狂“扫荡”下也先后进入抗战艰苦时期。经过残酷的反“扫荡”斗争，华北我军兵力由1940年的40余万下降到30万，根据地人口由4000万减少到2500万，根据地面积缩小了六分之一。
与此同时，日军还在华中、华南对我抗日根据地进行了同样残酷的“扫荡”，特别是在苏中、苏南地区。我新四军反而在战斗中不断发展抗日根据地，根据地人口由1300万扩大到2000万，部队也由10万人增加到18万余人。华南我军也坚持了东江和琼崖地区的游击抗战。
为了战胜面临的严重困难，争取抗日战争的最后胜利，中共中央制定了一系列的正确政策：领导全党开展整风运动，从思想上清算了党内长期存在的“左”倾错误，使广大党员和干部进一步提高了马克思列宁主义觉悟，使全党在思想上达到了高度的统一和团结；实行精兵简政，使我军各级军政组织不断精干，更加适应艰苦的游击战争环境；领导根据地军民开展大生产运动，“自己动手，丰衣足食”，不仅使根据地军民的生活得到很大改善，也使部队的战斗力得到很大的提高。至1943年，我各抗日根据地渡过了最为困难的时期。
遵照中共中央“敌进我进”的战略方针，我军深入日军后方，不断打击敌人，在收复了许多根据地的同时，还开辟了一些新的解放区。晋冀鲁豫我军于1943年7—8月间进行了卫南、林南进攻战役，山东军区于7—9月间进行了沂山、鲁山和诸日莒山区进攻战役，打击了日军，扩大了根据地。1943年秋冬季，我各抗日根据地又以反进攻粉碎了日军的再次大规模“扫荡”，进一步扩大了抗日根据地。特别是10月24日，日军为推广其轮番清剿的“铁滚式”新战法所组织的“观战团”在韩略村遭到我太岳军区部队的伏击，敌少将旅团长以下军官120人被击毙，日军的士气受到极大打击，这也是对日军的所谓“新战法”的莫大讽刺。
抗日战争的战略反攻阶段
1944年，抗日战争进入战略反攻阶段。自1943年2月以来，欧洲战场和太平洋战场战势出现转折，德意法西斯开始节节败退。抗日战争的形势也出现了转折，日军在我军民打击下伤亡很大，兵力严重不足，士气和战斗力不断下降，日趋被动，疲于应付。而我方特别是中国共产党领导下的解放区军民，战胜了困难时期，在抗日斗争中进一步发展壮大，已从以防御为主开始转向以进攻为主，由内线作战开始转向外线作战，由战略相持阶段进入战略反攻阶段。
日军为挽回在华北、华中等解放区战场的败局，于1944年1月发布了以打通平汉、粤汉、湘桂等大陆纵贯铁路交通线为中心的作战计划，以确保其与南方军的陆上联系，与国民党军先后进行了豫中会战、长衡会战、桂柳会战。