甜菜施肥应掌握基肥深施，种肥条施或埯施，追肥巧施的原则。基肥是甜菜施肥的主要部分，基肥施得好，可以保证整个生育期对养分的需要。基肥多以优质有机肥料为主，有机肥料除满足甜菜对各种养分的需要外，还能改善土壤的物理性质，疏松土壤，利于甜菜块根的发育。基肥的施肥量大时可于翻地前施肥，优质有机肥料也可以于起垄前条施。
甜菜苗期根系不发达，吸肥能力弱，播种时施入适量的化肥，可以满足甜菜苗期对速效养分的需要，促进幼苗健壮生长。种肥应以速效磷肥为主，磷能促进根系发育和幼苗生长，同时可增强抗病、抗寒力。盐碱土地区种植甜菜，用磷肥作种肥还可提高保苗率，种肥一般每公顷施过磷酸钙150～300千克。基肥不足的地块还可以适当配合少量氮肥。为了避免化肥伤害种子，提倡有机肥和化肥配合施用，将化肥和有机肥一起制成有机无机混合粒肥作种肥施用，可减少化肥与种子的接触，又便于机械化施肥。
追肥主要是补充甜菜叶丛繁茂期地上部和地下部同时迅速生长对养分的消耗。追肥以氮肥为主，适当配合磷肥。追肥的次数根据地力、基肥和种肥的施用情况，以及植株的生长状况确定。一般以两次追肥为好，第一次在定苗后，每公顷施硝酸铵112～150千克、过磷酸钙75～112千克；第二次在封垄前，结合中耕每公顷追硝酸铵150千克，但要注意追肥时期不要过晚。施肥部位以距植株3～5厘米为宜，要刨埯或开沟深施覆土。用机械追肥和中耕一次作业更好，有灌溉条件的，追肥后立即灌水可充分发挥肥效。甜菜生育中后期，还可采用根外追肥方法补充后期营养。