由于土壤缺乏有效硼，棉花在苗期会出现缺硼症状。典型症状是：下部叶片深绿，增厚变脆，上部叶片变小，卷缩，边缘失绿，叶柄有浸润状暗绿色环带状突起，似节节状。缺硼严重时，叶片萎缩，蕾而不花。有的棉田虽然没有出现蕾而不花现象，但施用硼肥仍有显著增产效果，说明这种土壤潜在性缺硼。硼肥施用方法有如下几种：
基施：一般每公顷施用硼酸3000克左右，为了施用均匀，可同磷肥或农家肥混施。
拌种：用浓度为0.1％的硼酸溶液拌种。
浸种：用浓度为0.02％的硼酸溶液浸种4～5小时。
根外喷施：用浓度为0.1％的硼酸溶液，棉苗小时，每公顷用225～375千克硼酸溶液喷施，随着棉苗长大，逐渐增加到750千克左右。